ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51966

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2' A 0, -0.010, 0.053, 0.116, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.053 std_dev=0.063
O4' A 0, -0.002, 0.073, 0.148, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.073 std_dev=0.075
O2' A 0, -0.005, 0.071, 0.146, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.071 std_dev=0.076
C3' A 0, -0.006, 0.097, 0.200, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.097 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.001, 0.104, 0.208, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.104 std_dev=0.103
O3' A 0, -0.001, 0.144, 0.288, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.144 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.007, 0.175, 0.343, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.175 std_dev=0.168
P B 0, -0.032, 0.273, 0.578, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.273 std_dev=0.305
C5' B 0, -0.060, 0.287, 0.634, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.287 std_dev=0.347
O5' B 0, -0.052, 0.298, 0.648, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.298 std_dev=0.350
OP1 B 0, -0.017, 0.343, 0.702, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.343 std_dev=0.359
OP2 B 0, -0.056, 0.323, 0.701, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.323 std_dev=0.379
O4' B 0, -0.054, 0.333, 0.720, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.333 std_dev=0.387
C4' B 0, -0.069, 0.323, 0.714, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.323 std_dev=0.392
O2 B 0, -0.005, 0.398, 0.802, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.398 std_dev=0.403
C5 B 0, -0.049, 0.357, 0.762, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.357 std_dev=0.406
C2 B 0, -0.037, 0.371, 0.780, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.371 std_dev=0.408
C4 B 0, -0.048, 0.362, 0.772, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.362 std_dev=0.410
N1 B 0, -0.051, 0.359, 0.770, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.359 std_dev=0.411
C6 B 0, -0.057, 0.357, 0.771, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.357 std_dev=0.414
N3 B 0, -0.046, 0.371, 0.789, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.371 std_dev=0.418
N4 B 0, -0.039, 0.380, 0.799, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.380 std_dev=0.419
C1' B 0, -0.057, 0.363, 0.784, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.363 std_dev=0.420
C3' B 0, -0.078, 0.392, 0.862, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.392 std_dev=0.470
C2' B 0, -0.076, 0.409, 0.894, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.409 std_dev=0.485
O2' B 0, -0.089, 0.422, 0.933, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.422 std_dev=0.511
O3' B 0, -0.087, 0.448, 0.982, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.448 std_dev=0.535
O5' A 0, -0.247, 0.861, 1.970, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.861 std_dev=1.109
P A 0, -0.435, 1.354, 3.143, 3.882 max_d=3.882 avg_d=1.354 std_dev=1.789
OP1 A 0, -0.491, 1.491, 3.473, 4.291 max_d=4.291 avg_d=1.491 std_dev=1.982
OP2 A 0, -0.622, 1.873, 4.368, 5.399 max_d=5.399 avg_d=1.873 std_dev=2.495

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.17 0.47 0.22
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.53 0.31 1.34 0.80
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.24 0.34 0.44 0.16
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.35 0.26 0.39 0.20
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.45 0.34 1.21 0.77
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.42 0.04 0.12
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.51 0.64 1.51 1.01
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.58 0.71 1.67 1.09
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.33 0.59 1.18 0.87
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.59 0.54 1.58 0.98
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.46 0.16 1.13 0.65
N6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.61 0.91 1.85 1.23
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.45 0.81 1.54 1.09
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.32 0.25 0.95 0.62
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.73 0.07 0.19
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.31 0.51 0.18 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.21 0.15 0.04
O5' 0.13 0.53 0.24 0.35 0.45 0.01 0.51 0.01 0.58 0.33 0.59 0.46 0.61 0.45 0.32 0.04 0.31 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.31 0.34 0.26 0.34 0.42 0.64 0.05 0.71 0.59 0.54 0.16 0.91 0.81 0.25 0.73 0.51 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.47 1.34 0.44 0.39 1.21 0.04 1.51 0.13 1.67 1.18 1.58 1.13 1.85 1.54 0.95 0.07 0.18 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.80 0.16 0.20 0.77 0.12 1.01 0.00 1.09 0.87 0.98 0.65 1.23 1.09 0.62 0.19 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.13 0.14 0.04 0.16 0.10 0.13 0.04 0.08 0.06 0.07 0.17 0.14 0.16 0.15 0.05 0.04 0.03 0.02
C2 0.11 0.11 0.09 0.07 0.25 0.03 0.32 0.06 0.30 0.19 0.16 0.25 0.03 0.04 0.05 0.07 0.22 0.17 0.15 0.16
C2' 0.09 0.06 0.11 0.13 0.06 0.14 0.11 0.12 0.06 0.04 0.02 0.09 0.11 0.12 0.16 0.12 0.06 0.05 0.01 0.03
C3' 0.12 0.08 0.14 0.16 0.02 0.16 0.05 0.15 0.02 0.08 0.04 0.06 0.11 0.15 0.19 0.15 0.01 0.02 0.03 0.00
C4 0.09 0.06 0.08 0.08 0.13 0.11 0.22 0.07 0.15 0.01 0.01 0.16 0.15 0.11 0.10 0.12 0.12 0.09 0.05 0.08
C4' 0.15 0.13 0.16 0.17 0.04 0.17 0.02 0.15 0.07 0.12 0.09 0.02 0.16 0.16 0.19 0.17 0.02 0.01 0.09 0.03
C5 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.13 0.19 0.08 0.10 0.05 0.03 0.17 0.22 0.14 0.11 0.15 0.09 0.07 0.04 0.06
C5' 0.18 0.16 0.19 0.20 0.10 0.18 0.10 0.16 0.14 0.17 0.14 0.06 0.18 0.19 0.22 0.19 0.06 0.05 0.13 0.07
C6 0.05 0.03 0.04 0.03 0.20 0.07 0.25 0.03 0.18 0.05 0.07 0.23 0.17 0.09 0.04 0.07 0.13 0.11 0.09 0.10
C8 0.21 0.21 0.20 0.20 0.06 0.20 0.04 0.16 0.07 0.17 0.16 0.04 0.26 0.20 0.20 0.22 0.01 0.01 0.07 0.03
N1 0.08 0.11 0.06 0.06 0.26 0.01 0.31 0.04 0.28 0.18 0.16 0.27 0.05 0.01 0.04 0.03 0.19 0.16 0.14 0.14
N3 0.03 0.04 0.02 0.01 0.19 0.03 0.27 0.01 0.24 0.11 0.09 0.21 0.06 0.03 0.02 0.01 0.19 0.15 0.11 0.13
N6 0.07 0.05 0.06 0.04 0.19 0.07 0.22 0.03 0.14 0.02 0.06 0.23 0.20 0.10 0.04 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09
N7 0.20 0.22 0.19 0.18 0.03 0.19 0.07 0.14 0.04 0.17 0.16 0.07 0.28 0.20 0.18 0.21 0.02 0.01 0.03 0.01
N9 0.15 0.13 0.14 0.15 0.04 0.17 0.12 0.13 0.04 0.09 0.07 0.09 0.20 0.16 0.16 0.18 0.05 0.04 0.02 0.02
O2' 0.06 0.04 0.08 0.11 0.06 0.11 0.10 0.11 0.07 0.02 0.02 0.08 0.09 0.09 0.15 0.08 0.06 0.05 0.04 0.02
O3' 0.08 0.04 0.11 0.14 0.03 0.13 0.04 0.13 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.12 0.17 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00
O4' 0.14 0.13 0.15 0.16 0.03 0.16 0.04 0.14 0.04 0.11 0.09 0.04 0.18 0.15 0.18 0.17 0.02 0.01 0.06 0.01
O5' 0.58 0.64 0.61 0.58 0.70 0.50 0.74 0.44 0.68 0.64 0.66 0.68 0.62 0.59 0.55 0.49 0.59 0.35 0.45 0.44
OP1 0.33 0.77 0.32 0.15 1.06 0.06 0.83 0.26 0.55 0.55 0.99 1.31 0.74 0.25 0.05 0.07 0.06 0.57 0.13 0.32
OP2 1.37 1.74 1.37 1.14 1.90 0.97 1.65 0.69 1.44 1.53 1.88 2.04 1.75 1.35 1.04 1.10 0.78 0.15 0.34 0.35
P 0.81 1.12 0.81 0.65 1.31 0.50 1.16 0.31 0.96 0.97 1.26 1.44 1.10 0.77 0.57 0.60 0.46 0.04 0.23 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.07 0.06 0.03 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.06 0.03 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.04 0.03 0.03
C5' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.07 0.04 0.05
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.07 0.04 0.07
O2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.16 0.09 0.06 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.01
O5' 0.03 0.07 0.04 0.09 0.09 0.02 0.07 0.01 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.05 0.16 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.07 0.07 0.07 0.01 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.04 0.04 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00