ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51967

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 B 0, 0.024, 0.086, 0.148, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.086 std_dev=0.062
C4 B 0, 0.025, 0.095, 0.165, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.095 std_dev=0.070
O4' A 0, 0.026, 0.102, 0.177, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.102 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.020, 0.097, 0.173, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.097 std_dev=0.076
N4 B 0, 0.037, 0.128, 0.218, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.128 std_dev=0.091
P A 0, 0.031, 0.125, 0.219, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.125 std_dev=0.094
O3' A 0, 0.023, 0.120, 0.217, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.120 std_dev=0.097
C6 B 0, 0.041, 0.140, 0.239, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.140 std_dev=0.099
N1 B 0, 0.042, 0.142, 0.243, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.142 std_dev=0.101
C3' A 0, 0.028, 0.129, 0.229, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.129 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.028, 0.130, 0.232, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.130 std_dev=0.102
P B 0, 0.020, 0.137, 0.253, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.137 std_dev=0.117
C2 B 0, 0.037, 0.156, 0.276, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.156 std_dev=0.119
N3 B 0, 0.033, 0.152, 0.272, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.152 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.034, 0.155, 0.277, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.155 std_dev=0.121
O5' B 0, 0.018, 0.140, 0.263, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.140 std_dev=0.122
C5' B 0, 0.043, 0.168, 0.292, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.168 std_dev=0.124
OP1 B 0, 0.051, 0.178, 0.305, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.178 std_dev=0.127
O4' B 0, 0.054, 0.184, 0.315, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.184 std_dev=0.130
OP2 B 0, 0.044, 0.175, 0.306, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.175 std_dev=0.131
C3' B 0, 0.055, 0.187, 0.320, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.187 std_dev=0.133
C1' B 0, 0.055, 0.188, 0.321, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.188 std_dev=0.133
C4' B 0, 0.055, 0.190, 0.326, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.190 std_dev=0.135
C2' B 0, 0.063, 0.215, 0.367, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.215 std_dev=0.152
C5' A 0, 0.048, 0.202, 0.356, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.202 std_dev=0.154
O3' B 0, 0.062, 0.219, 0.377, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.219 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.039, 0.203, 0.366, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.203 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.057, 0.223, 0.388, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.223 std_dev=0.165
O2 B 0, 0.041, 0.213, 0.386, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.213 std_dev=0.172
OP2 A 0, 0.074, 0.258, 0.442, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.258 std_dev=0.184
O2' B 0, 0.084, 0.287, 0.489, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.287 std_dev=0.203

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.06 0.06 0.10 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.06 0.09 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.07 0.08 0.05
C5' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.08 0.08 0.05
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.08 0.03
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.07 0.09 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.10 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.09 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.09 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.12 0.05
O5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.04 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.10 0.05 0.05 0.09 0.07 0.08 0.03 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07 0.07 0.09 0.05 0.06 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03
C2 0.06 0.06 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.08 0.07 0.04 0.04 0.02 0.06 0.03 0.03
C2' 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.02 0.06 0.06 0.03 0.06 0.04 0.01 0.06 0.03
C3' 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.06 0.04
C4 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03
C4' 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03
C5 0.03 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.09 0.05 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02
C6 0.05 0.08 0.06 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.02 0.11 0.07 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04
C8 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03
N1 0.06 0.08 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.01 0.10 0.08 0.05 0.04 0.02 0.07 0.04 0.04
N3 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03
N6 0.05 0.10 0.07 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.02 0.14 0.09 0.06 0.05 0.04 0.08 0.05 0.05
N7 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.08 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03
N9 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03
O2' 0.09 0.07 0.08 0.07 0.05 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.05 0.02 0.07 0.09 0.06 0.10 0.07 0.03 0.10 0.06
O3' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04
O4' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04
O5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.07 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01
OP1 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02
OP2 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.05 0.10 0.07
P 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.05 0.05
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.04 0.04
N4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.05 0.05
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
O5' 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.06 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00