ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51968

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.061, 0.225, 0.389, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.225 std_dev=0.164
C2' A 0, 0.068, 0.244, 0.421, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.244 std_dev=0.177
O2' A 0, 0.076, 0.271, 0.466, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.271 std_dev=0.195
C4' A 0, 0.098, 0.355, 0.613, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.355 std_dev=0.257
C3' A 0, 0.106, 0.387, 0.668, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.387 std_dev=0.281
N3 B 0, 0.030, 0.356, 0.682, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.356 std_dev=0.326
C4 B 0, 0.099, 0.429, 0.758, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.429 std_dev=0.329
C2 B 0, 0.021, 0.358, 0.695, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.358 std_dev=0.337
O2 B 0, 0.120, 0.466, 0.812, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.466 std_dev=0.346
O3' B 0, 0.056, 0.413, 0.770, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.413 std_dev=0.357
N1 B 0, 0.012, 0.370, 0.728, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.370 std_dev=0.358
N4 B 0, 0.149, 0.511, 0.873, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.511 std_dev=0.362
C1' B 0, 0.098, 0.466, 0.835, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.466 std_dev=0.369
C5 B 0, 0.131, 0.501, 0.870, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.501 std_dev=0.370
C6 B 0, 0.084, 0.454, 0.824, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.454 std_dev=0.370
C2' B 0, 0.082, 0.467, 0.852, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.467 std_dev=0.385
C3' B 0, 0.044, 0.434, 0.825, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.434 std_dev=0.391
O3' A 0, 0.152, 0.556, 0.960, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.556 std_dev=0.404
O2' B 0, 0.153, 0.560, 0.966, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.560 std_dev=0.407
O4' B 0, 0.149, 0.556, 0.962, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.556 std_dev=0.407
C4' B 0, 0.134, 0.546, 0.959, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.546 std_dev=0.412
C5' A 0, 0.159, 0.580, 1.000, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.580 std_dev=0.421
O5' B 0, 0.143, 0.574, 1.004, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.574 std_dev=0.431
O5' A 0, 0.132, 0.564, 0.995, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.564 std_dev=0.432
C5' B 0, 0.153, 0.593, 1.033, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.593 std_dev=0.440
P B 0, 0.178, 0.662, 1.147, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.662 std_dev=0.484
OP2 B 0, 0.188, 0.696, 1.204, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.696 std_dev=0.508
OP1 B 0, 0.232, 0.839, 1.446, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.839 std_dev=0.607
OP2 A 0, 0.243, 0.854, 1.465, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.854 std_dev=0.611
P A 0, 0.286, 1.000, 1.714, 1.621 max_d=1.621 avg_d=1.000 std_dev=0.714
OP1 A 0, 0.418, 1.429, 2.440, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.429 std_dev=1.011

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.08 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 0.05 0.01 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06
N6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.09 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05
O5' 0.04 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.07 0.11 0.09 0.12 0.13 0.15 0.10 0.08 0.03 0.07 0.17 0.12 0.16 0.11 0.13 0.03 0.01 0.02 0.02
C2 0.19 0.19 0.21 0.14 0.18 0.08 0.21 0.08 0.21 0.19 0.17 0.18 0.22 0.25 0.12 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10
C2' 0.11 0.07 0.11 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11 0.06 0.04 0.08 0.14 0.10 0.14 0.11 0.12 0.05 0.02 0.03 0.03
C3' 0.05 0.10 0.05 0.05 0.17 0.06 0.17 0.06 0.11 0.07 0.14 0.20 0.10 0.05 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
C4 0.12 0.08 0.13 0.07 0.12 0.06 0.17 0.02 0.15 0.10 0.06 0.14 0.14 0.17 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05
C4' 0.06 0.11 0.05 0.05 0.21 0.06 0.21 0.06 0.12 0.07 0.16 0.26 0.11 0.06 0.06 0.09 0.02 0.02 0.03 0.02
C5 0.09 0.09 0.10 0.06 0.14 0.05 0.18 0.02 0.15 0.09 0.08 0.15 0.13 0.12 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05
C5' 0.06 0.16 0.07 0.09 0.26 0.04 0.25 0.05 0.15 0.11 0.22 0.33 0.15 0.04 0.10 0.07 0.04 0.02 0.05 0.03
C6 0.11 0.17 0.13 0.09 0.20 0.03 0.22 0.04 0.19 0.16 0.18 0.21 0.17 0.13 0.08 0.03 0.08 0.07 0.08 0.07
C8 0.14 0.13 0.12 0.10 0.11 0.13 0.12 0.11 0.04 0.08 0.10 0.15 0.18 0.15 0.11 0.15 0.06 0.06 0.09 0.06
N1 0.16 0.21 0.19 0.13 0.21 0.07 0.23 0.08 0.22 0.20 0.21 0.21 0.23 0.20 0.11 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09
N3 0.16 0.13 0.18 0.11 0.14 0.06 0.19 0.04 0.18 0.15 0.11 0.14 0.17 0.23 0.11 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08
N6 0.08 0.18 0.11 0.09 0.24 0.02 0.23 0.03 0.20 0.15 0.23 0.26 0.16 0.09 0.08 0.02 0.09 0.07 0.10 0.07
N7 0.11 0.10 0.09 0.07 0.09 0.10 0.14 0.07 0.08 0.05 0.03 0.13 0.18 0.12 0.08 0.11 0.04 0.04 0.09 0.05
N9 0.12 0.06 0.11 0.08 0.10 0.11 0.15 0.07 0.09 0.04 0.04 0.14 0.13 0.15 0.09 0.12 0.03 0.01 0.05 0.03
O2' 0.13 0.07 0.14 0.13 0.11 0.16 0.12 0.14 0.05 0.05 0.06 0.15 0.11 0.19 0.16 0.14 0.07 0.04 0.03 0.04
O3' 0.03 0.08 0.03 0.04 0.15 0.02 0.15 0.02 0.09 0.05 0.12 0.18 0.07 0.02 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
O4' 0.09 0.09 0.07 0.05 0.18 0.10 0.20 0.08 0.10 0.04 0.13 0.24 0.12 0.12 0.06 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00
O5' 0.06 0.17 0.06 0.06 0.26 0.02 0.22 0.01 0.12 0.10 0.23 0.32 0.18 0.04 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07
OP1 0.17 0.26 0.26 0.29 0.36 0.18 0.33 0.19 0.25 0.22 0.32 0.43 0.24 0.22 0.34 0.10 0.21 0.18 0.23 0.19
OP2 0.06 0.17 0.10 0.11 0.27 0.03 0.19 0.04 0.10 0.10 0.24 0.37 0.18 0.08 0.15 0.04 0.06 0.03 0.04 0.04
P 0.06 0.17 0.11 0.14 0.29 0.05 0.24 0.06 0.14 0.11 0.25 0.38 0.17 0.07 0.17 0.04 0.09 0.06 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.11 0.15 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.11 0.14 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.08 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.09 0.13 0.10
N4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.13 0.17 0.14
O2 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.03 0.04 0.09 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.05
O5' 0.01 0.04 0.05 0.06 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.06 0.05 0.06 0.11 0.02 0.11 0.03 0.08 0.04 0.09 0.13 0.04 0.04 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.10 0.07 0.07 0.15 0.01 0.14 0.00 0.10 0.08 0.13 0.17 0.09 0.05 0.11 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.05 0.06 0.12 0.00 0.12 0.00 0.08 0.05 0.10 0.14 0.06 0.02 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00