ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51970

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2' A 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C2' A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O4' A 0, 0.000, 0.177, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C3' A 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
N1 B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C4' A 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C2 B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C6 B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C4 B 0, 0.000, 0.391, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.391 std_dev=0.391
C5 B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
N3 B 0, 0.000, 0.407, 0.813, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.407 std_dev=0.407
O3' A 0, 0.000, 0.419, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.419 std_dev=0.419
OP1 A 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
P A 0, 0.000, 0.576, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.576 std_dev=0.576
C5' A 0, 0.000, 0.627, 1.254, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.627 std_dev=0.627
OP1 B 0, 0.000, 0.658, 1.316, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.658 std_dev=0.658
OP2 A 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
C1' B 0, 0.000, 0.723, 1.447, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.723 std_dev=0.723
N4 B 0, 0.000, 0.731, 1.462, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.731 std_dev=0.731
O2 B 0, 0.000, 0.731, 1.463, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.731 std_dev=0.731
C3' B 0, 0.000, 0.762, 1.523, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.762 std_dev=0.762
O5' A 0, 0.000, 0.791, 1.581, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.791 std_dev=0.791
P B 0, 0.000, 0.812, 1.624, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.812 std_dev=0.812
O2' B 0, 0.000, 0.829, 1.659, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.829 std_dev=0.829
C2' B 0, 0.000, 0.858, 1.716, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.858 std_dev=0.858
O4' B 0, 0.000, 0.937, 1.874, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.937 std_dev=0.937
C4' B 0, 0.000, 1.002, 2.003, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.002 std_dev=1.002
O5' B 0, 0.000, 1.005, 2.010, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.005 std_dev=1.005
C5' B 0, 0.000, 1.116, 2.233, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.116 std_dev=1.116
O3' B 0, 0.000, 1.171, 2.341, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.171 std_dev=1.171
OP2 B 0, 0.000, 1.381, 2.762, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.381 std_dev=1.381

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.22 0.38 0.04
C2 0.02 0.00 0.09 0.18 0.00 0.09 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.02 0.40 0.21 0.17 0.21
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.43 0.10
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.15 0.03 0.18 0.16 0.15 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.39 0.17
C4 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.02 0.39 0.23 0.23 0.20
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.07 0.11 0.08 0.12 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.29 0.05
C5 0.02 0.01 0.03 0.12 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.03 0.48 0.26 0.14 0.28
C5' 0.03 0.18 0.01 0.00 0.16 0.00 0.20 0.00 0.22 0.16 0.21 0.15 0.24 0.20 0.12 0.01 0.03 0.01 0.01 0.29 0.12 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.15 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.03 0.50 0.24 0.08 0.31
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.43 0.29 0.27 0.24
N1 0.02 0.00 0.08 0.18 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.03 0.46 0.23 0.10 0.27
N3 0.02 0.00 0.09 0.16 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.02 0.35 0.21 0.23 0.17
N6 0.02 0.00 0.05 0.15 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.03 0.53 0.25 0.00 0.35
N7 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.49 0.28 0.14 0.31
N9 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.34 0.24 0.31 0.15
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.09 0.40 0.09
O3' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.12 0.01 0.11 0.03 0.15 0.02 0.19 0.16 0.15 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.23 0.16 0.36 0.26
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.16 0.31 0.36 0.04
O5' 0.17 0.40 0.02 0.08 0.39 0.00 0.48 0.01 0.50 0.43 0.46 0.35 0.53 0.49 0.34 0.03 0.23 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.22 0.21 0.03 0.04 0.23 0.22 0.26 0.29 0.24 0.29 0.23 0.21 0.25 0.28 0.24 0.09 0.16 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.17 0.43 0.39 0.23 0.29 0.14 0.12 0.08 0.27 0.10 0.23 0.00 0.14 0.31 0.40 0.36 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.21 0.10 0.17 0.20 0.05 0.28 0.01 0.31 0.24 0.27 0.17 0.35 0.31 0.15 0.09 0.26 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.02 0.28 0.25 0.21 0.32 0.17 0.02 0.00 0.10 0.12 0.32 0.09 0.20 0.61 0.30 0.08 0.00 0.12 0.02
C2 0.03 0.15 0.02 0.08 0.10 0.04 0.07 0.05 0.10 0.00 0.20 0.13 0.21 0.13 0.27 0.07 0.20 0.23 0.66 0.35
C2' 0.27 0.01 0.28 0.25 0.26 0.33 0.26 0.04 0.09 0.05 0.15 0.36 0.09 0.18 0.57 0.30 0.04 0.02 0.16 0.04
C3' 0.22 0.11 0.24 0.20 0.45 0.37 0.46 0.01 0.24 0.05 0.29 0.57 0.02 0.14 0.45 0.30 0.11 0.01 0.04 0.01
C4 0.20 0.07 0.19 0.09 0.19 0.24 0.04 0.06 0.11 0.09 0.19 0.30 0.07 0.21 0.42 0.27 0.00 0.14 0.44 0.19
C4' 0.25 0.05 0.27 0.24 0.38 0.34 0.39 0.07 0.18 0.01 0.23 0.52 0.09 0.16 0.54 0.29 0.10 0.02 0.09 0.04
C5 0.21 0.09 0.20 0.07 0.20 0.28 0.03 0.16 0.18 0.10 0.23 0.35 0.12 0.24 0.36 0.32 0.09 0.15 0.43 0.18
C5' 0.22 0.13 0.24 0.21 0.52 0.37 0.51 0.01 0.25 0.06 0.35 0.70 0.01 0.14 0.46 0.30 0.17 0.02 0.22 0.10
C6 0.14 0.15 0.13 0.02 0.16 0.20 0.11 0.14 0.20 0.07 0.26 0.30 0.22 0.22 0.27 0.25 0.01 0.21 0.56 0.25
C8 0.30 0.03 0.30 0.20 0.23 0.40 0.06 0.20 0.14 0.14 0.19 0.39 0.02 0.27 0.49 0.40 0.24 0.04 0.13 0.00
N1 0.05 0.18 0.04 0.09 0.11 0.09 0.14 0.05 0.16 0.02 0.26 0.18 0.27 0.17 0.22 0.14 0.12 0.25 0.67 0.33
N3 0.11 0.08 0.10 0.01 0.14 0.10 0.03 0.07 0.06 0.04 0.15 0.20 0.08 0.15 0.39 0.13 0.17 0.19 0.56 0.29
N6 0.14 0.17 0.12 0.03 0.15 0.22 0.15 0.20 0.22 0.07 0.28 0.31 0.26 0.23 0.21 0.27 0.06 0.22 0.55 0.24
N7 0.27 0.07 0.27 0.14 0.22 0.37 0.00 0.24 0.18 0.13 0.22 0.39 0.08 0.28 0.41 0.39 0.22 0.10 0.26 0.07
N9 0.27 0.02 0.27 0.19 0.21 0.33 0.10 0.09 0.09 0.12 0.17 0.34 0.01 0.23 0.52 0.34 0.12 0.06 0.23 0.07
O2' 0.30 0.13 0.32 0.35 0.12 0.26 0.17 0.22 0.06 0.12 0.01 0.19 0.26 0.20 0.76 0.21 0.09 0.07 0.12 0.04
O3' 0.18 0.11 0.22 0.20 0.47 0.34 0.53 0.09 0.34 0.10 0.29 0.58 0.05 0.10 0.38 0.23 0.02 0.00 0.01 0.00
O4' 0.27 0.01 0.27 0.24 0.27 0.33 0.24 0.04 0.05 0.07 0.16 0.40 0.08 0.18 0.59 0.29 0.12 0.01 0.03 0.03
O5' 0.25 0.23 0.32 0.31 0.67 0.54 0.58 0.33 0.25 0.08 0.50 0.90 0.10 0.23 0.51 0.41 0.45 0.28 0.49 0.38
OP1 0.39 0.04 0.49 0.43 0.38 0.65 0.25 0.50 0.03 0.12 0.27 0.60 0.05 0.37 0.54 0.53 0.67 0.33 0.81 0.51
OP2 0.63 0.17 0.63 0.50 0.22 0.83 0.06 0.68 0.26 0.35 0.09 0.49 0.25 0.59 0.63 0.81 0.75 0.23 0.46 0.44
P 0.39 0.09 0.44 0.39 0.48 0.65 0.34 0.48 0.03 0.09 0.35 0.73 0.00 0.36 0.56 0.55 0.61 0.29 0.60 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.25 0.00 0.14 0.15 0.29 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.37 0.22 0.00 0.32 0.15 0.74 0.35
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.16 0.02 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.02 0.01 0.11 0.21 0.24 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.26 0.00 0.36 0.01 0.34 0.17 0.14 0.28 0.10 0.01 0.00 0.01 0.27 0.16 0.30 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.26 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.33 0.07 0.01 0.47 0.55 1.14 0.69
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 0.05 0.10 0.04 0.24 0.01 0.00 0.00 0.34 0.06 0.21
C5 0.01 0.01 0.01 0.36 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.21 0.21 0.02 0.50 0.64 1.16 0.75
C5' 0.05 0.02 0.16 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.09 0.01 0.01 0.08 0.08 0.06 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.34 0.00 0.12 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.17 0.02 0.44 0.44 0.88 0.56
N1 0.01 0.00 0.01 0.17 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.07 0.00 0.31 0.16 0.65 0.33
N3 0.02 0.00 0.05 0.14 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.40 0.11 0.00 0.40 0.34 0.96 0.53
N4 0.02 0.01 0.03 0.28 0.00 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.10 0.01 0.50 0.68 1.28 0.79
O2 0.02 0.01 0.10 0.10 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.44 0.45 0.01 0.23 0.05 0.58 0.19
O2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.33 0.24 0.21 0.06 0.12 0.18 0.40 0.36 0.44 0.00 0.00 0.17 0.23 0.10 0.30 0.08
O3' 0.25 0.22 0.02 0.00 0.07 0.01 0.21 0.16 0.17 0.07 0.11 0.10 0.45 0.00 0.00 0.17 0.29 0.12 0.24 0.01
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.17 0.00 0.03 0.20 0.07 0.09
O5' 0.14 0.32 0.11 0.27 0.47 0.00 0.50 0.01 0.44 0.31 0.40 0.50 0.23 0.23 0.29 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.15 0.15 0.21 0.16 0.55 0.34 0.64 0.06 0.44 0.16 0.34 0.68 0.05 0.10 0.12 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.29 0.74 0.24 0.30 1.14 0.06 1.16 0.02 0.88 0.65 0.96 1.28 0.58 0.30 0.24 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.35 0.02 0.05 0.69 0.21 0.75 0.01 0.56 0.33 0.53 0.79 0.19 0.08 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00