ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51971

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C6 B 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O3' A 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C5 B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
P A 0, 0.000, 0.230, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.230 std_dev=0.230
N1 B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
OP2 A 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4 B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
OP1 A 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
O2' B 0, 0.000, 0.308, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.308 std_dev=0.308
C4' B 0, 0.000, 0.314, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.314 std_dev=0.314
P B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C2' B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C3' B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O4' B 0, 0.000, 0.325, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C5' B 0, 0.000, 0.336, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.336 std_dev=0.336
O5' B 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
N4 B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
N3 B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
C2 B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
OP1 B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
O3' B 0, 0.000, 0.373, 0.746, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.373 std_dev=0.373
OP2 B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
O2 B 0, 0.000, 0.475, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.475 std_dev=0.475

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.08 0.12 0.13 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.11 0.11 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.11 0.13 0.09
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.12 0.14 0.10
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.10 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.09 0.13 0.14 0.10
N3 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.10 0.11 0.08
N6 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.12 0.13 0.10
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.12 0.13 0.10
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.09 0.09 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01
O5' 0.04 0.08 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.12 0.04 0.04 0.11 0.03 0.11 0.02 0.12 0.10 0.13 0.10 0.12 0.12 0.09 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.13 0.04 0.04 0.11 0.01 0.13 0.00 0.14 0.10 0.14 0.11 0.13 0.13 0.09 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.04 0.07 0.06 0.09 0.03 0.18 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.00 0.00 0.05 0.18 0.13 0.21 0.17
C2 0.04 0.17 0.02 0.04 0.13 0.13 0.09 0.20 0.07 0.11 0.17 0.13 0.19 0.06 0.03 0.10 0.16 0.17 0.14 0.15
C2' 0.01 0.05 0.04 0.06 0.10 0.06 0.07 0.15 0.02 0.03 0.09 0.13 0.04 0.00 0.00 0.01 0.17 0.10 0.20 0.16
C3' 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.05 0.04 0.12 0.00 0.02 0.09 0.14 0.05 0.02 0.01 0.00 0.14 0.08 0.19 0.14
C4 0.04 0.04 0.04 0.08 0.06 0.13 0.04 0.21 0.02 0.01 0.06 0.07 0.04 0.00 0.00 0.11 0.20 0.17 0.20 0.18
C4' 0.02 0.06 0.03 0.06 0.09 0.07 0.04 0.14 0.01 0.03 0.09 0.13 0.06 0.00 0.00 0.02 0.15 0.09 0.19 0.14
C5 0.07 0.03 0.06 0.09 0.09 0.15 0.06 0.21 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.01 0.02 0.15 0.20 0.18 0.20 0.18
C5' 0.02 0.06 0.03 0.06 0.08 0.07 0.02 0.14 0.00 0.03 0.09 0.11 0.07 0.01 0.01 0.03 0.15 0.09 0.19 0.14
C6 0.07 0.09 0.05 0.09 0.14 0.17 0.08 0.21 0.03 0.01 0.15 0.16 0.09 0.01 0.02 0.17 0.19 0.19 0.18 0.18
C8 0.08 0.06 0.07 0.10 0.01 0.14 0.01 0.21 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.03 0.03 0.12 0.21 0.16 0.22 0.19
N1 0.01 0.17 0.01 0.06 0.16 0.15 0.10 0.20 0.06 0.08 0.20 0.17 0.20 0.04 0.01 0.15 0.17 0.18 0.15 0.16
N3 0.02 0.10 0.00 0.05 0.08 0.11 0.06 0.20 0.05 0.06 0.10 0.07 0.11 0.04 0.03 0.07 0.17 0.16 0.17 0.16
N6 0.10 0.06 0.07 0.09 0.13 0.18 0.08 0.21 0.01 0.01 0.14 0.17 0.05 0.03 0.04 0.19 0.19 0.20 0.19 0.18
N7 0.09 0.04 0.08 0.10 0.05 0.16 0.04 0.22 0.01 0.05 0.01 0.09 0.05 0.03 0.03 0.15 0.21 0.18 0.22 0.19
N9 0.05 0.02 0.05 0.08 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.20 0.15 0.21 0.18
O2' 0.02 0.06 0.05 0.08 0.12 0.07 0.10 0.16 0.05 0.04 0.09 0.15 0.04 0.02 0.02 0.01 0.18 0.11 0.21 0.17
O3' 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.06 0.11 0.02 0.06 0.03 0.05 0.09 0.04 0.15 0.09
O4' 0.03 0.05 0.04 0.07 0.07 0.09 0.04 0.17 0.02 0.03 0.08 0.10 0.05 0.01 0.00 0.05 0.18 0.11 0.20 0.16
O5' 0.03 0.07 0.04 0.05 0.07 0.07 0.01 0.14 0.00 0.03 0.09 0.10 0.07 0.01 0.02 0.03 0.16 0.10 0.21 0.15
OP1 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.07 0.02 0.04 0.01 0.04 0.07 0.06 0.02 0.08 0.03 0.13 0.07
OP2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.09 0.07 0.03 0.00 0.06 0.03 0.07 0.07 0.01 0.10 0.06 0.14 0.09
P 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.12 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.13 0.08 0.17 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.09 0.09 0.07
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.12 0.13 0.18 0.13
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.09 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.16 0.08 0.09
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.17 0.17 0.24 0.18
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.18 0.17 0.24 0.19
C5' 0.03 0.08 0.01 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.14 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.17 0.16 0.21 0.17
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.12 0.13 0.17 0.13
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.03 0.14 0.15 0.21 0.16
N4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.03 0.18 0.17 0.25 0.19
O2 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.09 0.12 0.16 0.11
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.08 0.08 0.06 0.00 0.04 0.01 0.02 0.14 0.07 0.06
O3' 0.04 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.04 0.12 0.04 0.00 0.02 0.04 0.18 0.09 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
O5' 0.05 0.12 0.03 0.04 0.17 0.01 0.18 0.00 0.17 0.12 0.14 0.18 0.09 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.13 0.12 0.16 0.17 0.06 0.17 0.01 0.16 0.13 0.15 0.17 0.12 0.14 0.18 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.18 0.09 0.08 0.24 0.02 0.24 0.02 0.21 0.17 0.21 0.25 0.16 0.07 0.09 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.08 0.09 0.18 0.03 0.19 0.00 0.17 0.13 0.16 0.19 0.11 0.06 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00