ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51972

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2' B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O2 B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
O3' B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C3' B 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C2 B 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.224 std_dev=0.224
O2' B 0, 0.000, 0.230, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.000, 0.237, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.237 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.000, 0.309, 0.619, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.309 std_dev=0.309
O4' B 0, 0.000, 0.343, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C6 B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
C4 B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C4' B 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C5 B 0, 0.000, 0.429, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.429 std_dev=0.429
N4 B 0, 0.000, 0.479, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.479
C5' B 0, 0.000, 0.650, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.650 std_dev=0.650
OP2 B 0, 0.000, 0.703, 1.406, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.703 std_dev=0.703
P B 0, 0.000, 0.769, 1.539, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.769 std_dev=0.769
O5' B 0, 0.000, 0.775, 1.551, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.775 std_dev=0.775
C2' A 0, 0.000, 1.345, 2.689, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.345 std_dev=1.345
O4' A 0, 0.000, 1.356, 2.712, 2.712 max_d=2.712 avg_d=1.356 std_dev=1.356
OP1 B 0, 0.000, 1.549, 3.098, 3.098 max_d=3.098 avg_d=1.549 std_dev=1.549
O3' A 0, 0.000, 1.626, 3.252, 3.252 max_d=3.252 avg_d=1.626 std_dev=1.626
C3' A 0, 0.000, 1.716, 3.432, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.716 std_dev=1.716
C4' A 0, 0.000, 1.817, 3.633, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.817 std_dev=1.817
O2' A 0, 0.000, 1.955, 3.911, 3.911 max_d=3.911 avg_d=1.955 std_dev=1.955
C5' A 0, 0.000, 3.240, 6.479, 6.479 max_d=6.479 avg_d=3.240 std_dev=3.240
O5' A 0, 0.000, 3.856, 7.713, 7.713 max_d=7.713 avg_d=3.856 std_dev=3.856
P A 0, 0.000, 5.320, 10.640, 10.640 max_d=10.640 avg_d=5.320 std_dev=5.320
OP2 A 0, 0.000, 5.669, 11.339, 11.339 max_d=11.339 avg_d=5.669 std_dev=5.669
OP1 A 0, 0.000, 5.950, 11.900, 11.900 max_d=11.900 avg_d=5.950 std_dev=5.950

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.00 0.12 0.21 0.20 0.13
C2 0.02 0.00 0.46 0.46 0.00 0.41 0.00 0.82 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.50 0.09 0.59 1.04 0.29 0.61
C2' 0.00 0.46 0.00 0.00 0.23 0.01 0.09 0.17 0.19 0.23 0.35 0.47 0.12 0.13 0.00 0.00 0.04 0.02 0.13 0.30 0.32 0.17
C3' 0.00 0.46 0.00 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.05 0.47 0.28 0.45 0.05 0.37 0.13 0.02 0.01 0.00 0.31 0.56 0.42 0.32
C4 0.01 0.00 0.23 0.12 0.00 0.17 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.27 0.05 0.10 0.24 0.22 0.03
C4' 0.00 0.41 0.01 0.00 0.17 0.00 0.06 0.00 0.16 0.23 0.31 0.39 0.10 0.14 0.03 0.18 0.06 0.00 0.00 0.18 0.08 0.05
C5 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.10 0.04 0.10 0.01 0.53 0.24
C5' 0.05 0.82 0.17 0.00 0.37 0.00 0.19 0.00 0.38 0.30 0.66 0.75 0.28 0.16 0.03 0.01 0.14 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.19 0.05 0.00 0.16 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.18 0.06 0.10 0.35 0.34 0.01
C8 0.01 0.00 0.23 0.47 0.00 0.23 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.17 0.02 0.62 0.76 1.00 0.79
N1 0.02 0.00 0.35 0.28 0.00 0.31 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.36 0.08 0.41 0.83 0.05 0.38
N3 0.02 0.00 0.47 0.45 0.00 0.39 0.00 0.75 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.50 0.08 0.51 0.81 0.23 0.50
N6 0.01 0.00 0.12 0.05 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.09 0.06 0.02 0.21 0.54 0.18
N7 0.00 0.00 0.13 0.37 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.13 0.01 0.50 0.57 1.00 0.71
N9 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.12 0.01 0.23 0.25 0.48 0.31
O2' 0.00 0.34 0.00 0.02 0.24 0.18 0.22 0.01 0.27 0.06 0.32 0.31 0.25 0.13 0.12 0.00 0.07 0.12 0.21 0.42 0.33 0.23
O3' 0.28 0.50 0.04 0.01 0.27 0.06 0.10 0.14 0.18 0.17 0.36 0.50 0.09 0.13 0.12 0.07 0.00 0.24 0.30 0.88 0.38 0.39
O4' 0.00 0.09 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.08 0.08 0.06 0.01 0.01 0.12 0.24 0.00 0.00 0.08 0.07 0.03
O5' 0.12 0.59 0.13 0.31 0.10 0.00 0.10 0.00 0.10 0.62 0.41 0.51 0.02 0.50 0.23 0.21 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.21 1.04 0.30 0.56 0.24 0.18 0.01 0.07 0.35 0.76 0.83 0.81 0.21 0.57 0.25 0.42 0.88 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.29 0.32 0.42 0.22 0.08 0.53 0.01 0.34 1.00 0.05 0.23 0.54 1.00 0.48 0.33 0.38 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.61 0.17 0.32 0.03 0.05 0.24 0.00 0.01 0.79 0.38 0.50 0.18 0.71 0.31 0.23 0.39 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.01 0.10 0.10 0.12 0.22 0.01 0.30 0.08 0.08 0.10 0.24 0.00 0.13 0.10 0.21 0.27 1.06 0.27 0.49
C2 0.08 0.11 0.08 0.06 0.26 0.12 0.23 0.13 0.12 0.05 0.21 0.30 0.06 0.14 0.10 0.12 0.06 1.01 0.22 0.33
C2' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.16 0.00 0.08 0.09 0.01 0.02 0.14 0.25 0.07 0.03 0.00 0.06 0.05 0.53 0.07 0.10
C3' 0.24 0.10 0.25 0.35 0.12 0.36 0.30 0.37 0.33 0.22 0.04 0.04 0.04 0.22 0.37 0.35 0.51 0.04 0.65 0.42
C4 0.14 0.03 0.10 0.10 0.17 0.18 0.08 0.24 0.03 0.05 0.13 0.27 0.01 0.13 0.11 0.18 0.17 1.07 0.22 0.42
C4' 0.57 0.59 0.65 0.79 0.76 0.69 0.86 0.73 0.76 0.64 0.63 0.79 0.50 0.55 0.81 0.61 0.75 0.00 0.85 0.59
C5 0.13 0.02 0.10 0.10 0.13 0.16 0.04 0.22 0.04 0.06 0.11 0.20 0.01 0.12 0.10 0.16 0.14 1.06 0.17 0.39
C5' 1.22 1.10 1.32 1.56 1.28 1.50 1.55 1.63 1.49 1.27 1.08 1.19 0.96 1.17 1.59 1.36 1.67 0.90 1.82 1.53
C6 0.10 0.06 0.09 0.08 0.17 0.12 0.10 0.16 0.02 0.01 0.16 0.21 0.04 0.12 0.09 0.12 0.07 1.00 0.14 0.33
C8 0.15 0.04 0.10 0.12 0.03 0.20 0.06 0.29 0.11 0.10 0.03 0.12 0.02 0.11 0.10 0.19 0.22 1.08 0.19 0.45
N1 0.07 0.12 0.08 0.06 0.23 0.09 0.20 0.10 0.11 0.06 0.20 0.26 0.07 0.13 0.09 0.09 0.02 0.97 0.16 0.29
N3 0.12 0.07 0.09 0.08 0.24 0.17 0.18 0.20 0.04 0.00 0.18 0.31 0.04 0.14 0.10 0.16 0.14 1.05 0.26 0.40
N6 0.08 0.05 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07 0.13 0.02 0.00 0.12 0.15 0.03 0.09 0.08 0.08 0.03 0.95 0.09 0.29
N7 0.14 0.03 0.10 0.11 0.03 0.18 0.04 0.26 0.10 0.10 0.04 0.11 0.03 0.11 0.10 0.17 0.18 1.07 0.16 0.42
N9 0.15 0.00 0.10 0.10 0.11 0.20 0.01 0.28 0.08 0.08 0.09 0.22 0.00 0.12 0.10 0.19 0.22 1.07 0.22 0.46
O2' 0.25 0.26 0.29 0.40 0.43 0.42 0.48 0.61 0.39 0.30 0.32 0.50 0.19 0.20 0.42 0.29 0.49 1.00 0.58 0.68
O3' 0.22 0.11 0.23 0.29 0.12 0.28 0.25 0.25 0.27 0.20 0.07 0.05 0.07 0.21 0.30 0.29 0.37 0.14 0.52 0.28
O4' 0.31 0.52 0.41 0.49 0.78 0.32 0.71 0.31 0.52 0.45 0.66 0.96 0.45 0.30 0.50 0.26 0.27 0.62 0.29 0.03
O5' 1.21 1.10 1.36 1.68 1.37 1.58 1.68 1.78 1.56 1.30 1.10 1.31 0.91 1.16 1.73 1.37 1.77 0.92 2.05 1.65
OP1 1.95 1.48 2.15 2.64 1.50 2.63 2.02 2.96 2.16 1.87 1.28 1.19 1.30 1.97 2.76 2.28 3.02 2.28 3.54 3.00
OP2 1.16 0.95 1.40 1.89 1.27 1.76 1.62 2.09 1.54 1.23 0.95 1.22 0.72 1.13 2.01 1.41 2.06 1.19 2.62 2.01
P 1.41 1.16 1.60 2.06 1.39 1.98 1.79 2.29 1.76 1.45 1.10 1.27 0.94 1.38 2.16 1.67 2.30 1.50 2.78 2.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.74 0.07 0.17
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.79 0.15 0.20
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.61 0.16 0.12
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.45 0.27 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.79 0.18 0.22
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.48 0.10 0.11
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.11 0.77 0.15 0.23
C5' 0.04 0.14 0.02 0.01 0.18 0.00 0.19 0.00 0.16 0.12 0.16 0.19 0.11 0.02 0.03 0.01 0.00 0.24 0.28 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.79 0.12 0.22
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.79 0.12 0.20
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.80 0.18 0.21
N4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.13 0.77 0.20 0.22
O2 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.78 0.14 0.19
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.59 0.07 0.12
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.33 0.26 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.70 0.02 0.17
O5' 0.02 0.06 0.00 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.08 0.05 0.09 0.13 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.74 0.79 0.61 0.45 0.79 0.48 0.77 0.24 0.79 0.79 0.80 0.77 0.78 0.59 0.33 0.70 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.15 0.16 0.27 0.18 0.10 0.15 0.28 0.12 0.12 0.18 0.20 0.14 0.07 0.26 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.20 0.12 0.05 0.22 0.11 0.23 0.00 0.22 0.20 0.21 0.22 0.19 0.12 0.03 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00