Doublet Group distance statistics: 51976

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 3, 8, 10, 12, 9, 10, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2	A	0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1	A	0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3	A	0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C4	A	0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N9	A	0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N7	A	0, 0.016, 0.042, 0.068, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.042 std_dev=0.026
C8	A	0, 0.020, 0.050, 0.080, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.050 std_dev=0.030
N6	A	0, 0.015, 0.048, 0.081, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.048 std_dev=0.033
C4	B	0, 0.264, 0.452, 0.640, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.452 std_dev=0.188
N9	B	0, 0.271, 0.464, 0.657, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.464 std_dev=0.193
C5	B	0, 0.236, 0.432, 0.628, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.432 std_dev=0.196
N7	B	0, 0.258, 0.465, 0.672, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.465 std_dev=0.207
O4'	B	0, 0.319, 0.527, 0.736, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.527 std_dev=0.208
C8	B	0, 0.266, 0.476, 0.687, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.476 std_dev=0.210
C1'	B	0, 0.328, 0.539, 0.750, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.539 std_dev=0.211
N3	B	0, 0.332, 0.545, 0.757, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.545 std_dev=0.213
C6	B	0, 0.260, 0.477, 0.694, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.477 std_dev=0.217
O4'	A	0, -0.065, 0.161, 0.386, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.161 std_dev=0.226
C2'	A	0, -0.048, 0.185, 0.419, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.185 std_dev=0.233
C2	B	0, 0.349, 0.587, 0.826, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.587 std_dev=0.239
N1	B	0, 0.308, 0.550, 0.792, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.550 std_dev=0.242
N6	B	0, 0.281, 0.526, 0.771, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.526 std_dev=0.245
C4'	B	0, 0.309, 0.568, 0.826, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.568 std_dev=0.258
C5'	B	0, 0.311, 0.575, 0.839, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.575 std_dev=0.264
O5'	B	0, 0.304, 0.581, 0.858, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.581 std_dev=0.277
C3'	A	0, -0.010, 0.276, 0.563, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.276 std_dev=0.286
C3'	B	0, 0.320, 0.623, 0.927, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.623 std_dev=0.304
C2'	B	0, 0.302, 0.621, 0.940, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.621 std_dev=0.319
C4'	A	0, -0.039, 0.280, 0.599, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.280 std_dev=0.319
O3'	A	0, 0.086, 0.415, 0.743, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.415 std_dev=0.329
P	B	0, 0.214, 0.588, 0.963, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.588 std_dev=0.375
O2'	A	0, -0.103, 0.282, 0.668, 2.961 max_d=2.961 avg_d=0.282 std_dev=0.386
O3'	B	0, 0.367, 0.783, 1.199, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.783 std_dev=0.416
OP2	B	0, 0.231, 0.679, 1.126, 3.106 max_d=3.106 avg_d=0.679 std_dev=0.448
O2'	B	0, 0.291, 0.742, 1.193, 2.894 max_d=2.894 avg_d=0.742 std_dev=0.451
OP1	B	0, 0.280, 0.783, 1.286, 3.464 max_d=3.464 avg_d=0.783 std_dev=0.503
C5'	A	0, 0.014, 0.553, 1.092, 3.702 max_d=3.702 avg_d=0.553 std_dev=0.539
O5'	A	0, 0.138, 0.775, 1.411, 3.743 max_d=3.743 avg_d=0.775 std_dev=0.636
P	A	0, 0.338, 1.239, 2.140, 4.833 max_d=4.833 avg_d=1.239 std_dev=0.901
OP2	A	0, 0.669, 1.743, 2.816, 5.055 max_d=5.055 avg_d=1.743 std_dev=1.074
OP1	A	0, 0.699, 1.834, 2.969, 5.487 max_d=5.487 avg_d=1.834 std_dev=1.135

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.02	0.10	0.01	0.17	0.47	0.38	0.23
C2	0.04	0.00	0.16	0.14	0.01	0.07	0.01	0.16	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.17	0.16	0.11	0.40	0.76	0.77	0.50
C2'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.08	0.02	0.05	0.07	0.08	0.10	0.13	0.16	0.07	0.07	0.02	0.00	0.03	0.01	0.26	0.39	0.35	0.24
C3'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.10	0.01	0.12	0.03	0.13	0.13	0.14	0.13	0.14	0.14	0.08	0.02	0.01	0.03	0.27	0.40	0.31	0.23
C4	0.02	0.01	0.08	0.10	0.00	0.04	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.09	0.05	0.40	0.76	0.73	0.49
C4'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.04	0.00	0.07	0.01	0.07	0.13	0.05	0.07	0.09	0.12	0.05	0.12	0.02	0.01	0.02	0.24	0.25	0.08
C5	0.01	0.01	0.05	0.12	0.01	0.07	0.00	0.23	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.12	0.09	0.03	0.49	0.93	0.92	0.64
C5'	0.05	0.16	0.07	0.03	0.16	0.01	0.23	0.00	0.24	0.27	0.19	0.13	0.28	0.29	0.16	0.09	0.08	0.02	0.01	0.18	0.33	0.02
C6	0.02	0.01	0.08	0.13	0.01	0.07	0.01	0.24	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.12	0.11	0.05	0.51	0.97	0.99	0.68
C8	0.02	0.02	0.10	0.13	0.01	0.13	0.01	0.27	0.02	0.00	0.01	0.02	0.03	0.00	0.01	0.19	0.12	0.09	0.48	0.89	0.80	0.59
N1	0.03	0.01	0.13	0.14	0.01	0.05	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.14	0.13	0.08	0.47	0.88	0.92	0.61
N3	0.04	0.01	0.16	0.13	0.01	0.07	0.01	0.13	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.17	0.15	0.11	0.34	0.68	0.66	0.42
N6	0.02	0.01	0.07	0.14	0.01	0.09	0.02	0.28	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.04	0.02	0.14	0.12	0.05	0.57	1.08	1.11	0.77
N7	0.01	0.02	0.07	0.14	0.01	0.12	0.01	0.29	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.01	0.18	0.12	0.07	0.54	1.02	0.99	0.71
N9	0.01	0.02	0.02	0.08	0.01	0.05	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.08	0.06	0.02	0.35	0.69	0.61	0.42
O2'	0.02	0.17	0.00	0.02	0.09	0.12	0.12	0.09	0.12	0.19	0.14	0.17	0.14	0.18	0.08	0.00	0.05	0.08	0.16	0.39	0.30	0.18
O3'	0.10	0.16	0.03	0.01	0.09	0.02	0.09	0.08	0.11	0.12	0.13	0.15	0.12	0.12	0.06	0.05	0.00	0.07	0.26	0.60	0.43	0.29
O4'	0.01	0.11	0.01	0.03	0.05	0.01	0.03	0.02	0.05	0.09	0.08	0.11	0.05	0.07	0.02	0.08	0.07	0.00	0.11	0.45	0.35	0.24
O5'	0.17	0.40	0.26	0.27	0.40	0.02	0.49	0.01	0.51	0.48	0.47	0.34	0.57	0.54	0.35	0.16	0.26	0.11	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.47	0.76	0.39	0.40	0.76	0.24	0.93	0.18	0.97	0.89	0.88	0.68	1.08	1.02	0.69	0.39	0.60	0.45	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.38	0.77	0.35	0.31	0.73	0.25	0.92	0.33	0.99	0.80	0.92	0.66	1.11	0.99	0.61	0.30	0.43	0.35	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.23	0.50	0.24	0.23	0.49	0.08	0.64	0.02	0.68	0.59	0.61	0.42	0.77	0.71	0.42	0.18	0.29	0.24	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.22	0.26	0.20	0.20	0.19	0.22	0.19	0.23	0.22	0.20	0.25	0.25	0.26	0.22	0.18	0.24	0.20	0.23	0.24	0.13	0.14	0.13
C2	0.27	0.26	0.28	0.26	0.17	0.27	0.19	0.27	0.19	0.28	0.22	0.23	0.23	0.27	0.23	0.33	0.29	0.27	0.27	0.20	0.28	0.20
C2'	0.20	0.23	0.19	0.18	0.19	0.23	0.20	0.26	0.22	0.20	0.23	0.23	0.24	0.22	0.18	0.22	0.20	0.22	0.23	0.11	0.17	0.12
C3'	0.18	0.26	0.19	0.17	0.24	0.15	0.27	0.16	0.30	0.25	0.28	0.24	0.33	0.30	0.20	0.16	0.19	0.18	0.11	0.04	0.06	0.02
C4	0.21	0.28	0.19	0.18	0.17	0.21	0.15	0.21	0.20	0.22	0.25	0.26	0.23	0.22	0.16	0.24	0.19	0.22	0.22	0.12	0.23	0.13
C4'	0.14	0.24	0.13	0.12	0.19	0.13	0.25	0.15	0.29	0.21	0.27	0.21	0.36	0.29	0.15	0.15	0.15	0.16	0.08	0.10	0.18	0.07
C5	0.21	0.30	0.19	0.19	0.18	0.19	0.15	0.20	0.20	0.21	0.28	0.27	0.23	0.22	0.17	0.22	0.19	0.22	0.22	0.15	0.29	0.17
C5'	0.19	0.36	0.22	0.22	0.32	0.14	0.42	0.16	0.48	0.35	0.43	0.30	0.57	0.46	0.26	0.17	0.24	0.17	0.15	0.22	0.36	0.20
C6	0.22	0.29	0.21	0.20	0.16	0.21	0.15	0.20	0.16	0.23	0.25	0.25	0.22	0.25	0.19	0.25	0.21	0.22	0.23	0.17	0.32	0.19
C8	0.22	0.31	0.21	0.22	0.22	0.21	0.21	0.21	0.27	0.20	0.31	0.28	0.30	0.20	0.20	0.22	0.22	0.23	0.23	0.17	0.26	0.18
N1	0.25	0.26	0.26	0.24	0.16	0.24	0.18	0.24	0.18	0.26	0.21	0.23	0.24	0.27	0.22	0.30	0.26	0.25	0.25	0.19	0.31	0.20
N3	0.25	0.26	0.25	0.23	0.16	0.26	0.17	0.26	0.19	0.26	0.23	0.25	0.22	0.25	0.20	0.30	0.25	0.26	0.26	0.18	0.23	0.17
N6	0.21	0.31	0.21	0.21	0.18	0.20	0.17	0.20	0.17	0.23	0.26	0.26	0.24	0.25	0.19	0.25	0.22	0.22	0.23	0.21	0.37	0.22
N7	0.21	0.32	0.20	0.21	0.22	0.20	0.20	0.20	0.26	0.21	0.32	0.28	0.29	0.21	0.19	0.22	0.21	0.22	0.23	0.19	0.31	0.20
N9	0.21	0.28	0.19	0.18	0.20	0.20	0.18	0.21	0.23	0.19	0.27	0.26	0.26	0.21	0.17	0.22	0.18	0.22	0.22	0.10	0.18	0.11
O2'	0.27	0.26	0.26	0.27	0.25	0.30	0.28	0.33	0.29	0.32	0.27	0.26	0.33	0.35	0.26	0.31	0.29	0.29	0.33	0.19	0.32	0.21
O3'	0.17	0.20	0.17	0.13	0.19	0.13	0.23	0.13	0.24	0.22	0.22	0.19	0.28	0.26	0.18	0.15	0.17	0.19	0.02	0.03	0.03	0.01
O4'	0.21	0.27	0.18	0.15	0.20	0.18	0.21	0.18	0.26	0.18	0.27	0.25	0.32	0.23	0.16	0.23	0.16	0.22	0.16	0.10	0.12	0.06
O5'	0.47	0.65	0.52	0.52	0.61	0.41	0.68	0.39	0.73	0.60	0.70	0.60	0.78	0.69	0.55	0.48	0.53	0.41	0.45	0.34	0.56	0.40
OP1	0.68	0.98	0.80	0.81	0.86	0.67	0.97	0.71	1.08	0.81	1.07	0.87	1.19	0.94	0.77	0.77	0.89	0.58	0.77	1.00	1.03	0.86
OP2	0.75	1.12	0.86	0.83	1.01	0.62	1.13	0.58	1.24	0.93	1.22	1.01	1.34	1.09	0.89	0.81	0.87	0.60	0.69	0.66	0.86	0.65
P	0.55	0.85	0.65	0.63	0.77	0.46	0.88	0.44	0.97	0.74	0.94	0.76	1.07	0.89	0.68	0.59	0.66	0.44	0.54	0.50	0.74	0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.02	0.11	0.00	0.10	0.09	0.20	0.10
C2	0.04	0.00	0.16	0.17	0.02	0.06	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.15	0.23	0.07	0.17	0.18	0.34	0.21
C2'	0.00	0.16	0.00	0.01	0.09	0.02	0.07	0.07	0.10	0.08	0.14	0.16	0.09	0.07	0.03	0.01	0.03	0.01	0.15	0.17	0.25	0.17
C3'	0.02	0.17	0.01	0.00	0.13	0.01	0.15	0.02	0.17	0.15	0.18	0.15	0.18	0.16	0.10	0.02	0.01	0.02	0.09	0.14	0.16	0.10
C4	0.02	0.02	0.09	0.13	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.15	0.04	0.17	0.18	0.32	0.20
C4'	0.01	0.06	0.02	0.01	0.05	0.00	0.07	0.01	0.07	0.10	0.06	0.05	0.09	0.10	0.05	0.11	0.02	0.00	0.01	0.09	0.09	0.03
C5	0.01	0.01	0.07	0.15	0.00	0.07	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.13	0.16	0.03	0.22	0.25	0.38	0.26
C5'	0.03	0.08	0.07	0.02	0.09	0.01	0.13	0.00	0.13	0.15	0.11	0.07	0.16	0.17	0.09	0.07	0.08	0.01	0.01	0.11	0.04	0.02
C6	0.02	0.01	0.10	0.17	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.19	0.04	0.23	0.27	0.41	0.28
C8	0.01	0.02	0.08	0.15	0.01	0.10	0.01	0.15	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.13	0.14	0.06	0.22	0.22	0.32	0.23
N1	0.03	0.01	0.14	0.18	0.01	0.06	0.01	0.11	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.15	0.22	0.06	0.20	0.24	0.39	0.25
N3	0.04	0.01	0.16	0.15	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.14	0.21	0.07	0.15	0.15	0.30	0.17
N6	0.02	0.02	0.09	0.18	0.01	0.09	0.01	0.16	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.16	0.20	0.04	0.25	0.33	0.45	0.32
N7	0.01	0.02	0.07	0.16	0.01	0.10	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.14	0.16	0.05	0.25	0.28	0.39	0.29
N9	0.01	0.02	0.03	0.10	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.08	0.09	0.02	0.16	0.15	0.27	0.17
O2'	0.02	0.15	0.01	0.02	0.10	0.11	0.13	0.07	0.14	0.13	0.15	0.14	0.16	0.14	0.08	0.00	0.05	0.08	0.12	0.17	0.25	0.14
O3'	0.11	0.23	0.03	0.01	0.15	0.02	0.16	0.08	0.19	0.14	0.22	0.21	0.20	0.16	0.09	0.05	0.00	0.08	0.17	0.26	0.22	0.19
O4'	0.00	0.07	0.01	0.02	0.04	0.00	0.03	0.01	0.04	0.06	0.06	0.07	0.04	0.05	0.02	0.08	0.08	0.00	0.09	0.11	0.16	0.10
O5'	0.10	0.17	0.15	0.09	0.17	0.01	0.22	0.01	0.23	0.22	0.20	0.15	0.25	0.25	0.16	0.12	0.17	0.09	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.09	0.18	0.17	0.14	0.18	0.09	0.25	0.11	0.27	0.22	0.24	0.15	0.33	0.28	0.15	0.17	0.26	0.11	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.20	0.34	0.25	0.16	0.32	0.09	0.38	0.04	0.41	0.32	0.39	0.30	0.45	0.39	0.27	0.25	0.22	0.16	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.21	0.17	0.10	0.20	0.03	0.26	0.02	0.28	0.23	0.25	0.17	0.32	0.29	0.17	0.14	0.19	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00