ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51978

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 7, 3, 5, 6, 6, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.019, 0.034, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.004, 0.014, 0.031, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.014 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.022, 0.045, 0.067, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.045 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.022, 0.047, 0.071, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.047 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.027, 0.054, 0.082, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.027
C5 B 0, 0.176, 0.389, 0.602, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.389 std_dev=0.213
C4 B 0, 0.173, 0.390, 0.606, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.390 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.209, 0.432, 0.656, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.432 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.227, 0.453, 0.679, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.453 std_dev=0.226
C2 B 0, 0.261, 0.493, 0.725, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.493 std_dev=0.232
C8 B 0, 0.184, 0.420, 0.656, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.420 std_dev=0.236
N9 B 0, 0.156, 0.397, 0.638, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.397 std_dev=0.241
N7 B 0, 0.205, 0.450, 0.695, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.450 std_dev=0.245
N3 B 0, 0.238, 0.485, 0.731, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.485 std_dev=0.246
O4' A 0, -0.037, 0.229, 0.496, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.229 std_dev=0.267
C2' A 0, 0.004, 0.272, 0.539, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.272 std_dev=0.267
O2' A 0, 0.040, 0.332, 0.623, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.332 std_dev=0.291
N6 B 0, 0.239, 0.533, 0.828, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.533 std_dev=0.294
C1' B 0, 0.156, 0.478, 0.800, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.478 std_dev=0.322
O4' B 0, 0.138, 0.466, 0.794, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.466 std_dev=0.328
C5' B 0, 0.273, 0.645, 1.018, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.645 std_dev=0.373
C4' A 0, -0.002, 0.390, 0.782, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.390 std_dev=0.392
C3' A 0, 0.005, 0.418, 0.830, 2.445 max_d=2.445 avg_d=0.418 std_dev=0.413
C4' B 0, 0.190, 0.611, 1.032, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.611 std_dev=0.421
C2' B 0, 0.225, 0.662, 1.100, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.662 std_dev=0.438
OP1 B 0, 0.208, 0.698, 1.189, 2.484 max_d=2.484 avg_d=0.698 std_dev=0.490
O5' B 0, 0.129, 0.635, 1.142, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.635 std_dev=0.507
P B 0, 0.118, 0.640, 1.162, 2.797 max_d=2.797 avg_d=0.640 std_dev=0.522
C3' B 0, 0.216, 0.764, 1.312, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.764 std_dev=0.548
O2' B 0, 0.302, 0.860, 1.417, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.860 std_dev=0.557
O3' A 0, 0.018, 0.603, 1.189, 3.478 max_d=3.478 avg_d=0.603 std_dev=0.585
C5' A 0, 0.078, 0.731, 1.385, 3.842 max_d=3.842 avg_d=0.731 std_dev=0.653
O5' A 0, 0.420, 1.132, 1.845, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.132 std_dev=0.712
OP2 B 0, -0.035, 0.746, 1.528, 4.709 max_d=4.709 avg_d=0.746 std_dev=0.782
O3' B 0, 0.245, 1.116, 1.987, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.116 std_dev=0.871
P A 0, 0.815, 2.395, 3.974, 5.026 max_d=5.026 avg_d=2.395 std_dev=1.580
OP2 A 0, 1.030, 2.691, 4.353, 5.130 max_d=5.130 avg_d=2.691 std_dev=1.662
OP1 A 0, 1.014, 3.108, 5.202, 7.401 max_d=7.401 avg_d=3.108 std_dev=2.094

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.39 0.30 0.21
C2 0.04 0.00 0.19 0.20 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.27 0.09 0.51 0.73 0.84 0.61
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.03 0.05 0.02 0.09 0.10 0.15 0.19 0.07 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.30 0.43 0.36 0.24
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.03 0.12 0.13 0.17 0.20 0.11 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.39 0.39 0.50 0.29
C4 0.02 0.01 0.10 0.12 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.05 0.51 0.73 0.81 0.61
C4' 0.01 0.07 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.06 0.07 0.08 0.10 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.53 0.22 0.24
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.63 1.04 1.08 0.86
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.13 0.01 0.18 0.00 0.19 0.21 0.16 0.11 0.22 0.23 0.12 0.09 0.05 0.02 0.01 0.32 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.16 0.05 0.66 1.12 1.16 0.92
C8 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.14 0.05 0.60 0.99 0.95 0.79
N1 0.04 0.00 0.15 0.17 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.23 0.08 0.60 0.95 1.04 0.80
N3 0.04 0.01 0.19 0.20 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.09 0.44 0.59 0.69 0.48
N6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.15 0.04 0.71 1.33 1.33 1.08
N7 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03 0.69 1.23 1.20 0.99
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.45 0.64 0.67 0.50
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.08 0.08 0.05 0.09 0.08 0.07 0.13 0.16 0.07 0.06 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.74 0.17 0.36
O3' 0.02 0.27 0.03 0.01 0.14 0.02 0.12 0.05 0.16 0.14 0.23 0.25 0.15 0.13 0.06 0.05 0.00 0.02 0.32 0.66 0.56 0.24
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.39 0.23 0.24
O5' 0.21 0.51 0.30 0.39 0.51 0.02 0.63 0.01 0.66 0.60 0.60 0.44 0.71 0.69 0.45 0.09 0.32 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.73 0.43 0.39 0.73 0.53 1.04 0.32 1.12 0.99 0.95 0.59 1.33 1.23 0.64 0.74 0.66 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.84 0.36 0.50 0.81 0.22 1.08 0.39 1.16 0.95 1.04 0.69 1.33 1.20 0.67 0.17 0.56 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.61 0.24 0.29 0.61 0.24 0.86 0.02 0.92 0.79 0.80 0.48 1.08 0.99 0.50 0.36 0.24 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.20 0.25 0.25 0.17 0.28 0.19 0.26 0.23 0.15 0.23 0.19 0.28 0.19 0.17 0.26 0.34 0.27 0.39 0.20 0.56 0.39
C2 0.22 0.21 0.23 0.26 0.17 0.26 0.14 0.21 0.15 0.18 0.17 0.22 0.16 0.17 0.17 0.27 0.66 0.23 0.32 0.23 0.38 0.28
C2' 0.32 0.16 0.37 0.38 0.16 0.41 0.16 0.38 0.20 0.16 0.18 0.18 0.28 0.18 0.21 0.39 0.44 0.40 0.51 0.24 0.54 0.44
C3' 0.45 0.20 0.52 0.56 0.27 0.54 0.20 0.54 0.18 0.32 0.17 0.26 0.22 0.22 0.35 0.50 0.60 0.51 0.78 0.53 0.94 0.79
C4 0.19 0.21 0.19 0.18 0.15 0.21 0.14 0.17 0.18 0.13 0.21 0.20 0.21 0.14 0.13 0.22 0.41 0.21 0.37 0.18 0.50 0.32
C4' 0.34 0.20 0.41 0.45 0.23 0.42 0.22 0.44 0.22 0.29 0.21 0.21 0.26 0.25 0.28 0.36 0.49 0.38 0.70 0.57 1.01 0.79
C5 0.17 0.22 0.18 0.19 0.13 0.18 0.11 0.16 0.17 0.16 0.22 0.19 0.19 0.15 0.13 0.23 0.36 0.19 0.39 0.20 0.54 0.33
C5' 0.41 0.29 0.50 0.57 0.33 0.49 0.34 0.52 0.33 0.43 0.31 0.31 0.35 0.39 0.38 0.45 0.61 0.44 0.84 0.75 1.26 0.96
C6 0.15 0.21 0.16 0.16 0.09 0.15 0.10 0.14 0.13 0.16 0.18 0.18 0.16 0.17 0.11 0.22 0.43 0.15 0.35 0.19 0.48 0.28
C8 0.23 0.24 0.24 0.29 0.18 0.25 0.19 0.26 0.25 0.20 0.27 0.21 0.29 0.19 0.19 0.26 0.30 0.26 0.47 0.27 0.68 0.43
N1 0.17 0.21 0.19 0.19 0.14 0.19 0.13 0.16 0.14 0.17 0.17 0.20 0.16 0.16 0.14 0.23 0.58 0.17 0.32 0.20 0.40 0.26
N3 0.21 0.20 0.22 0.24 0.16 0.27 0.15 0.20 0.17 0.16 0.18 0.20 0.18 0.16 0.16 0.26 0.57 0.24 0.34 0.22 0.42 0.30
N6 0.14 0.21 0.17 0.19 0.10 0.14 0.15 0.14 0.16 0.20 0.19 0.16 0.21 0.22 0.13 0.25 0.39 0.14 0.36 0.21 0.49 0.29
N7 0.20 0.25 0.22 0.28 0.17 0.22 0.17 0.22 0.23 0.22 0.26 0.21 0.26 0.20 0.18 0.26 0.30 0.23 0.46 0.26 0.65 0.40
N9 0.22 0.22 0.23 0.23 0.17 0.24 0.18 0.22 0.23 0.15 0.23 0.20 0.27 0.16 0.16 0.24 0.33 0.25 0.41 0.20 0.58 0.38
O2' 0.26 0.18 0.31 0.34 0.18 0.38 0.23 0.36 0.26 0.20 0.22 0.18 0.33 0.27 0.18 0.38 0.41 0.31 0.31 0.16 0.29 0.24
O3' 0.52 0.24 0.63 0.68 0.31 0.66 0.22 0.68 0.18 0.36 0.18 0.32 0.20 0.24 0.40 0.61 0.75 0.58 0.89 0.70 1.00 0.94
O4' 0.23 0.21 0.26 0.28 0.18 0.28 0.21 0.28 0.25 0.21 0.24 0.19 0.30 0.22 0.19 0.23 0.32 0.26 0.51 0.37 0.81 0.58
O5' 0.78 0.91 0.86 0.75 0.88 0.68 0.92 0.63 0.94 0.88 0.94 0.87 0.95 0.93 0.84 0.82 0.76 0.71 0.92 0.70 1.23 0.93
OP1 0.77 1.38 0.85 0.62 1.16 0.62 1.35 0.72 1.56 0.99 1.54 1.19 1.74 1.27 0.95 0.89 0.67 0.63 0.95 1.17 1.39 1.14
OP2 1.15 1.54 1.30 1.15 1.43 0.97 1.55 0.88 1.66 1.35 1.64 1.43 1.76 1.52 1.30 1.23 1.16 0.98 1.20 1.06 1.57 1.20
P 0.93 1.32 1.06 0.81 1.21 0.70 1.35 0.63 1.45 1.15 1.42 1.21 1.55 1.34 1.09 1.03 0.80 0.76 0.97 0.80 1.38 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.17 0.12 0.23 0.14
C2 0.04 0.00 0.18 0.22 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.32 0.26 0.04 0.23 0.15 0.31 0.17
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.11 0.02 0.09 0.12 0.12 0.08 0.16 0.18 0.11 0.08 0.06 0.00 0.03 0.01 0.23 0.21 0.34 0.25
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.22 0.01 0.29 0.03 0.29 0.28 0.26 0.19 0.32 0.32 0.20 0.02 0.01 0.03 0.13 0.17 0.19 0.15
C4 0.03 0.01 0.11 0.22 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.16 0.03 0.23 0.15 0.31 0.17
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.12 0.10 0.09 0.11 0.13 0.07 0.25 0.04 0.01 0.02 0.10 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.09 0.29 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.16 0.03 0.27 0.20 0.37 0.20
C5' 0.04 0.08 0.12 0.03 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.14 0.10 0.06 0.15 0.16 0.07 0.13 0.18 0.02 0.01 0.10 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.29 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.18 0.03 0.27 0.22 0.38 0.22
C8 0.01 0.01 0.08 0.28 0.00 0.12 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.17 0.04 0.29 0.18 0.37 0.21
N1 0.04 0.00 0.16 0.26 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.21 0.03 0.25 0.19 0.35 0.19
N3 0.04 0.00 0.18 0.19 0.00 0.09 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.27 0.04 0.21 0.13 0.28 0.15
N6 0.02 0.01 0.11 0.32 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.35 0.21 0.03 0.29 0.26 0.42 0.24
N7 0.01 0.02 0.08 0.32 0.01 0.13 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.21 0.03 0.31 0.22 0.43 0.24
N9 0.01 0.01 0.06 0.20 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.11 0.02 0.23 0.13 0.29 0.16
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.27 0.25 0.30 0.13 0.34 0.19 0.35 0.29 0.35 0.26 0.18 0.00 0.05 0.16 0.11 0.11 0.32 0.13
O3' 0.24 0.26 0.03 0.01 0.16 0.04 0.16 0.18 0.18 0.17 0.21 0.27 0.21 0.21 0.11 0.05 0.00 0.17 0.29 0.46 0.41 0.35
O4' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.16 0.17 0.00 0.16 0.12 0.19 0.13
O5' 0.17 0.23 0.23 0.13 0.23 0.02 0.27 0.01 0.27 0.29 0.25 0.21 0.29 0.31 0.23 0.11 0.29 0.16 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.15 0.21 0.17 0.15 0.10 0.20 0.10 0.22 0.18 0.19 0.13 0.26 0.22 0.13 0.11 0.46 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.23 0.31 0.34 0.19 0.31 0.05 0.37 0.04 0.38 0.37 0.35 0.28 0.42 0.43 0.29 0.32 0.41 0.19 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.14 0.17 0.25 0.15 0.17 0.02 0.20 0.02 0.22 0.21 0.19 0.15 0.24 0.24 0.16 0.13 0.35 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00