ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51979

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 6, 5, 5, 0, 2, 4, 4, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.037 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.016, 0.040, 0.063, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.018, 0.051, 0.083, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.051 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.011, 0.044, 0.076, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.044 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.117, 0.262, 0.407, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.262 std_dev=0.145
C2' A 0, 0.118, 0.275, 0.432, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.275 std_dev=0.157
C3' A 0, 0.212, 0.433, 0.655, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.433 std_dev=0.222
C4' A 0, 0.418, 0.649, 0.879, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.649 std_dev=0.230
O2' A 0, 0.211, 0.446, 0.682, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.446 std_dev=0.236
N6 B 0, 0.387, 0.635, 0.883, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.635 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.285, 0.534, 0.782, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.534 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.218, 0.480, 0.741, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.480 std_dev=0.262
N7 B 0, 0.284, 0.562, 0.840, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.562 std_dev=0.278
N1 B 0, 0.312, 0.604, 0.895, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.604 std_dev=0.292
C4 B 0, 0.196, 0.500, 0.803, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.500 std_dev=0.303
N3 B 0, 0.222, 0.539, 0.856, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.539 std_dev=0.317
C2 B 0, 0.255, 0.577, 0.898, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.577 std_dev=0.322
C8 B 0, 0.314, 0.652, 0.990, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.652 std_dev=0.338
N9 B 0, 0.257, 0.613, 0.970, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.613 std_dev=0.356
O3' A 0, 0.297, 0.657, 1.016, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.657 std_dev=0.359
O5' B 0, 0.509, 0.947, 1.384, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.947 std_dev=0.437
O4' B 0, 0.427, 0.869, 1.312, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.869 std_dev=0.443
C1' B 0, 0.317, 0.771, 1.224, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.771 std_dev=0.453
C5' A 0, 1.098, 1.556, 2.014, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.556 std_dev=0.458
P B 0, 0.409, 0.871, 1.333, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.871 std_dev=0.462
OP2 B 0, 0.453, 0.966, 1.480, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.966 std_dev=0.513
C5' B 0, 0.542, 1.066, 1.591, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.066 std_dev=0.524
C2' B 0, 0.315, 0.851, 1.388, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.851 std_dev=0.537
C3' B 0, 0.374, 0.912, 1.451, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.912 std_dev=0.539
C4' B 0, 0.417, 0.960, 1.503, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.960 std_dev=0.543
O3' B 0, 0.429, 1.046, 1.662, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.046 std_dev=0.617
O5' A 0, 0.915, 1.540, 2.165, 3.401 max_d=3.401 avg_d=1.540 std_dev=0.625
OP1 B 0, 0.541, 1.182, 1.823, 3.147 max_d=3.147 avg_d=1.182 std_dev=0.641
O2' B 0, 0.322, 1.006, 1.690, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.006 std_dev=0.684
P A 0, 1.402, 2.493, 3.584, 4.506 max_d=4.506 avg_d=2.493 std_dev=1.091
OP2 A 0, 1.561, 2.741, 3.922, 4.653 max_d=4.653 avg_d=2.741 std_dev=1.181
OP1 A 0, 1.617, 3.072, 4.526, 6.048 max_d=6.048 avg_d=3.072 std_dev=1.455

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.24 0.59 0.32 0.27
C2 0.04 0.00 0.13 0.16 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.20 0.05 0.43 0.83 0.83 0.53
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.02 0.06 0.06 0.08 0.08 0.11 0.13 0.08 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.29 0.44 0.36 0.21
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.08 0.02 0.01 0.03 0.34 0.40 0.40 0.23
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.03 0.43 0.84 0.80 0.54
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.14 0.08 0.05 0.13 0.14 0.07 0.11 0.04 0.01 0.02 0.43 0.22 0.22
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.14 0.04 0.50 1.03 1.05 0.72
C5' 0.07 0.18 0.06 0.03 0.19 0.01 0.26 0.00 0.26 0.28 0.23 0.15 0.30 0.30 0.18 0.07 0.09 0.03 0.01 0.25 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.04 0.51 1.06 1.13 0.76
C8 0.01 0.02 0.08 0.15 0.01 0.14 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.07 0.16 0.07 0.48 1.01 0.92 0.69
N1 0.03 0.01 0.11 0.16 0.01 0.08 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.04 0.48 0.96 1.01 0.66
N3 0.04 0.00 0.13 0.15 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.18 0.05 0.38 0.76 0.69 0.45
N6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.13 0.02 0.30 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.16 0.18 0.06 0.55 1.18 1.29 0.87
N7 0.01 0.02 0.07 0.15 0.01 0.14 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.17 0.06 0.53 1.16 1.16 0.84
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.39 0.77 0.66 0.47
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.13 0.11 0.13 0.07 0.16 0.07 0.20 0.19 0.16 0.09 0.07 0.00 0.06 0.07 0.10 0.63 0.20 0.30
O3' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.12 0.04 0.14 0.09 0.17 0.16 0.19 0.18 0.18 0.17 0.08 0.06 0.00 0.03 0.34 0.71 0.40 0.33
O4' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.00 0.23 0.61 0.26 0.32
O5' 0.24 0.43 0.29 0.34 0.43 0.02 0.50 0.01 0.51 0.48 0.48 0.38 0.55 0.53 0.39 0.10 0.34 0.23 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.59 0.83 0.44 0.40 0.84 0.43 1.03 0.25 1.06 1.01 0.96 0.76 1.18 1.16 0.77 0.63 0.71 0.61 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.83 0.36 0.40 0.80 0.22 1.05 0.33 1.13 0.92 1.01 0.69 1.29 1.16 0.66 0.20 0.40 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.53 0.21 0.23 0.54 0.22 0.72 0.02 0.76 0.69 0.66 0.45 0.87 0.84 0.47 0.30 0.33 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.36 0.16 0.13 0.23 0.17 0.25 0.24 0.32 0.16 0.37 0.30 0.34 0.19 0.15 0.26 0.19 0.18 0.24 0.15 0.21 0.07
C2 0.38 0.31 0.42 0.36 0.16 0.35 0.16 0.32 0.21 0.34 0.29 0.22 0.23 0.26 0.29 0.49 0.45 0.34 0.29 0.29 0.37 0.24
C2' 0.18 0.30 0.13 0.14 0.23 0.15 0.25 0.24 0.29 0.19 0.31 0.26 0.30 0.22 0.18 0.21 0.15 0.16 0.27 0.14 0.22 0.13
C3' 0.18 0.28 0.13 0.19 0.24 0.14 0.26 0.21 0.29 0.21 0.30 0.25 0.31 0.25 0.20 0.16 0.20 0.19 0.09 0.13 0.18 0.02
C4 0.23 0.36 0.22 0.18 0.16 0.21 0.18 0.23 0.29 0.24 0.37 0.27 0.31 0.19 0.15 0.30 0.25 0.22 0.23 0.26 0.31 0.14
C4' 0.17 0.31 0.10 0.17 0.23 0.13 0.26 0.23 0.32 0.20 0.33 0.26 0.35 0.25 0.17 0.16 0.18 0.16 0.09 0.18 0.24 0.09
C5 0.23 0.34 0.22 0.20 0.12 0.22 0.14 0.23 0.27 0.28 0.37 0.23 0.31 0.24 0.18 0.28 0.24 0.23 0.27 0.33 0.38 0.19
C5' 0.23 0.38 0.18 0.23 0.32 0.15 0.37 0.22 0.42 0.31 0.42 0.33 0.46 0.37 0.27 0.19 0.24 0.20 0.12 0.35 0.41 0.22
C6 0.30 0.28 0.31 0.29 0.14 0.27 0.18 0.26 0.21 0.36 0.31 0.17 0.27 0.32 0.27 0.36 0.33 0.28 0.29 0.35 0.41 0.23
C8 0.18 0.37 0.14 0.17 0.21 0.18 0.23 0.23 0.36 0.16 0.40 0.28 0.40 0.17 0.13 0.21 0.20 0.20 0.29 0.34 0.37 0.19
N1 0.37 0.27 0.41 0.36 0.20 0.33 0.21 0.31 0.20 0.38 0.27 0.19 0.25 0.32 0.32 0.46 0.43 0.33 0.29 0.33 0.40 0.25
N3 0.30 0.34 0.32 0.27 0.16 0.29 0.16 0.29 0.25 0.28 0.33 0.27 0.27 0.21 0.20 0.41 0.36 0.28 0.26 0.25 0.33 0.20
N6 0.30 0.22 0.32 0.31 0.19 0.28 0.24 0.27 0.19 0.38 0.24 0.15 0.29 0.38 0.29 0.36 0.34 0.28 0.31 0.40 0.45 0.26
N7 0.18 0.35 0.16 0.19 0.15 0.20 0.17 0.23 0.32 0.22 0.39 0.24 0.37 0.19 0.14 0.22 0.21 0.21 0.30 0.38 0.41 0.22
N9 0.19 0.37 0.15 0.13 0.21 0.17 0.23 0.21 0.33 0.17 0.39 0.29 0.36 0.18 0.13 0.24 0.18 0.18 0.23 0.24 0.28 0.10
O2' 0.34 0.37 0.31 0.29 0.33 0.28 0.31 0.34 0.33 0.29 0.36 0.36 0.33 0.28 0.31 0.38 0.30 0.31 0.42 0.24 0.25 0.23
O3' 0.19 0.25 0.16 0.25 0.23 0.18 0.26 0.25 0.28 0.23 0.27 0.23 0.29 0.26 0.21 0.18 0.29 0.20 0.02 0.04 0.03 0.01
O4' 0.18 0.36 0.12 0.12 0.24 0.13 0.27 0.22 0.35 0.17 0.38 0.29 0.39 0.23 0.16 0.22 0.14 0.16 0.15 0.16 0.25 0.04
O5' 0.54 0.68 0.55 0.55 0.64 0.46 0.68 0.44 0.71 0.61 0.71 0.64 0.73 0.67 0.59 0.51 0.54 0.49 0.47 0.49 0.70 0.46
OP1 0.62 1.05 0.64 0.58 0.85 0.57 0.96 0.65 1.13 0.69 1.15 0.90 1.25 0.86 0.69 0.65 0.64 0.56 0.67 1.10 0.93 0.83
OP2 0.90 1.31 0.98 0.91 1.21 0.70 1.35 0.63 1.46 1.14 1.43 1.20 1.58 1.33 1.07 0.89 0.90 0.73 0.75 0.69 1.12 0.70
P 0.56 0.94 0.59 0.52 0.83 0.39 0.95 0.35 1.07 0.75 1.04 0.83 1.17 0.92 0.70 0.54 0.51 0.45 0.44 0.58 0.81 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.11 0.12 0.30 0.10
C2 0.03 0.00 0.19 0.22 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.29 0.05 0.23 0.27 0.41 0.20
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.10 0.10 0.09 0.15 0.19 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.15 0.20 0.29 0.12
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.03 0.18 0.19 0.20 0.20 0.20 0.19 0.10 0.03 0.01 0.01 0.25 0.27 0.22 0.19
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.15 0.04 0.24 0.26 0.38 0.19
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.10 0.05 0.12 0.03 0.00 0.03 0.14 0.25 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.13 0.04 0.31 0.34 0.43 0.24
C5' 0.04 0.12 0.10 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.13 0.12 0.13 0.10 0.14 0.13 0.07 0.05 0.10 0.01 0.01 0.20 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.04 0.32 0.37 0.47 0.26
C8 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.16 0.06 0.32 0.30 0.37 0.21
N1 0.02 0.01 0.15 0.20 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.04 0.28 0.33 0.45 0.23
N3 0.03 0.01 0.19 0.20 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.27 0.05 0.20 0.23 0.37 0.17
N6 0.02 0.01 0.09 0.20 0.02 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.18 0.18 0.05 0.35 0.42 0.51 0.29
N7 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.16 0.06 0.35 0.38 0.44 0.26
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.03 0.23 0.22 0.34 0.16
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.14 0.12 0.15 0.05 0.18 0.11 0.19 0.18 0.18 0.14 0.08 0.00 0.05 0.09 0.10 0.18 0.29 0.08
O3' 0.14 0.29 0.03 0.01 0.15 0.03 0.13 0.10 0.18 0.16 0.24 0.27 0.18 0.16 0.08 0.05 0.00 0.11 0.28 0.39 0.33 0.28
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.09 0.11 0.00 0.11 0.12 0.33 0.15
O5' 0.11 0.23 0.15 0.25 0.24 0.03 0.31 0.01 0.32 0.32 0.28 0.20 0.35 0.35 0.23 0.10 0.28 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.27 0.20 0.27 0.26 0.14 0.34 0.20 0.37 0.30 0.33 0.23 0.42 0.38 0.22 0.18 0.39 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.41 0.29 0.22 0.38 0.25 0.43 0.27 0.47 0.37 0.45 0.37 0.51 0.44 0.34 0.29 0.33 0.33 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.12 0.19 0.19 0.04 0.24 0.02 0.26 0.21 0.23 0.17 0.29 0.26 0.16 0.08 0.28 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00