ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51982

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 2, 2, 5, 4, 3, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.018, 0.045, 0.073, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.045 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.024, 0.056, 0.089, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.056 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.021, 0.055, 0.088, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.055 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.070, 0.237, 0.404, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.237 std_dev=0.167
C2' A 0, 0.082, 0.270, 0.457, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.270 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.286, 0.532, 0.777, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.532 std_dev=0.246
C4' A 0, 0.131, 0.379, 0.627, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.379 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.304, 0.561, 0.819, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.561 std_dev=0.258
C2 B 0, 0.334, 0.598, 0.862, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.598 std_dev=0.264
O2' A 0, 0.111, 0.380, 0.649, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.380 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.331, 0.618, 0.904, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.618 std_dev=0.286
N9 B 0, 0.301, 0.590, 0.879, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.590 std_dev=0.289
C3' A 0, 0.127, 0.418, 0.710, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.418 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.234, 0.545, 0.855, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.545 std_dev=0.311
C6 B 0, 0.254, 0.585, 0.915, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.585 std_dev=0.331
C1' B 0, 0.366, 0.705, 1.043, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.705 std_dev=0.339
C8 B 0, 0.271, 0.632, 0.993, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.632 std_dev=0.361
N7 B 0, 0.223, 0.615, 1.007, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.615 std_dev=0.392
C2' B 0, 0.421, 0.813, 1.206, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.813 std_dev=0.393
O2' B 0, 0.599, 1.006, 1.413, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.006 std_dev=0.407
O3' A 0, 0.195, 0.617, 1.038, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.617 std_dev=0.421
C5' A 0, 0.207, 0.635, 1.064, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.635 std_dev=0.429
O4' B 0, 0.322, 0.765, 1.208, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.765 std_dev=0.443
N6 B 0, 0.219, 0.672, 1.124, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.672 std_dev=0.453
C4' B 0, 0.343, 0.900, 1.457, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.900 std_dev=0.557
C3' B 0, 0.337, 0.924, 1.510, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.924 std_dev=0.587
O5' B 0, 0.256, 0.899, 1.542, 2.596 max_d=2.596 avg_d=0.899 std_dev=0.643
C5' B 0, 0.282, 0.930, 1.578, 2.618 max_d=2.618 avg_d=0.930 std_dev=0.648
P B 0, 0.194, 0.857, 1.520, 2.871 max_d=2.871 avg_d=0.857 std_dev=0.663
OP2 B 0, 0.236, 0.906, 1.577, 2.790 max_d=2.790 avg_d=0.906 std_dev=0.670
O5' A 0, 0.283, 0.980, 1.676, 2.462 max_d=2.462 avg_d=0.980 std_dev=0.696
O3' B 0, 0.343, 1.175, 2.007, 3.653 max_d=3.653 avg_d=1.175 std_dev=0.832
OP1 B 0, 0.222, 1.114, 2.006, 3.892 max_d=3.892 avg_d=1.114 std_dev=0.892
P A 0, 0.503, 1.516, 2.528, 4.060 max_d=4.060 avg_d=1.516 std_dev=1.013
OP2 A 0, 1.325, 2.342, 3.359, 3.809 max_d=3.809 avg_d=2.342 std_dev=1.017
OP1 A 0, 0.777, 2.060, 3.344, 5.195 max_d=5.195 avg_d=2.060 std_dev=1.283

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.15 0.62 0.44 0.25
C2 0.04 0.00 0.15 0.15 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.21 0.21 0.06 0.36 0.91 0.88 0.51
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.08 0.10 0.11 0.15 0.08 0.09 0.04 0.01 0.05 0.02 0.24 0.39 0.40 0.18
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.17 0.13 0.15 0.13 0.16 0.07 0.05 0.01 0.01 0.32 0.30 0.37 0.20
C4 0.03 0.01 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.12 0.10 0.04 0.37 0.92 0.84 0.52
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.06 0.06 0.10 0.10 0.04 0.11 0.02 0.01 0.01 0.34 0.30 0.13
C5 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.12 0.04 0.46 1.09 1.07 0.69
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.14 0.16 0.11 0.06 0.18 0.18 0.08 0.10 0.03 0.02 0.01 0.25 0.39 0.02
C6 0.04 0.02 0.08 0.11 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.12 0.13 0.05 0.48 1.13 1.15 0.72
C8 0.02 0.03 0.10 0.17 0.02 0.11 0.02 0.16 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.19 0.05 0.46 1.06 0.94 0.67
N1 0.05 0.01 0.11 0.13 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.18 0.17 0.05 0.43 1.03 1.05 0.63
N3 0.05 0.00 0.15 0.15 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.20 0.19 0.06 0.31 0.83 0.75 0.43
N6 0.05 0.02 0.08 0.13 0.03 0.10 0.03 0.18 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.11 0.16 0.07 0.53 1.23 1.30 0.83
N7 0.02 0.03 0.09 0.16 0.01 0.10 0.01 0.18 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.07 0.18 0.04 0.51 1.19 1.16 0.79
N9 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.34 0.86 0.72 0.46
O2' 0.03 0.21 0.01 0.05 0.12 0.11 0.09 0.10 0.12 0.07 0.18 0.20 0.11 0.07 0.05 0.00 0.11 0.08 0.10 0.51 0.27 0.18
O3' 0.04 0.21 0.05 0.01 0.10 0.02 0.12 0.03 0.13 0.19 0.17 0.19 0.16 0.18 0.07 0.11 0.00 0.03 0.28 0.56 0.38 0.22
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.10 0.60 0.37 0.25
O5' 0.15 0.36 0.24 0.32 0.37 0.01 0.46 0.01 0.48 0.46 0.43 0.31 0.53 0.51 0.34 0.10 0.28 0.10 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.62 0.91 0.39 0.30 0.92 0.34 1.09 0.25 1.13 1.06 1.03 0.83 1.23 1.19 0.86 0.51 0.56 0.60 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.44 0.88 0.40 0.37 0.84 0.30 1.07 0.39 1.15 0.94 1.05 0.75 1.30 1.16 0.72 0.27 0.38 0.37 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.25 0.51 0.18 0.20 0.52 0.13 0.69 0.02 0.72 0.67 0.63 0.43 0.83 0.79 0.46 0.18 0.22 0.25 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.21 0.19 0.20 0.17 0.28 0.26 0.34 0.29 0.26 0.25 0.19 0.39 0.35 0.17 0.29 0.26 0.27 0.24 0.29 0.11 0.24
C2 0.38 0.24 0.38 0.40 0.20 0.45 0.21 0.46 0.22 0.33 0.24 0.22 0.27 0.29 0.30 0.42 0.56 0.44 0.41 0.37 0.37 0.25
C2' 0.36 0.23 0.31 0.32 0.21 0.45 0.27 0.47 0.31 0.25 0.25 0.25 0.42 0.36 0.23 0.43 0.36 0.46 0.29 0.35 0.12 0.26
C3' 0.53 0.22 0.51 0.55 0.27 0.66 0.21 0.70 0.23 0.32 0.20 0.29 0.35 0.25 0.38 0.59 0.58 0.64 0.55 0.78 0.42 0.72
C4 0.23 0.21 0.21 0.22 0.14 0.29 0.21 0.33 0.25 0.24 0.23 0.18 0.32 0.29 0.16 0.26 0.32 0.28 0.29 0.15 0.20 0.15
C4' 0.40 0.22 0.40 0.44 0.25 0.51 0.25 0.56 0.27 0.31 0.24 0.25 0.36 0.30 0.31 0.46 0.47 0.47 0.43 0.86 0.56 0.73
C5 0.22 0.19 0.20 0.21 0.10 0.26 0.15 0.30 0.22 0.21 0.21 0.16 0.31 0.23 0.16 0.24 0.28 0.27 0.32 0.19 0.24 0.22
C5' 0.49 0.29 0.52 0.59 0.35 0.62 0.35 0.68 0.34 0.45 0.30 0.33 0.39 0.41 0.43 0.54 0.62 0.56 0.62 1.11 0.90 0.97
C6 0.27 0.19 0.25 0.25 0.14 0.29 0.15 0.32 0.21 0.23 0.20 0.18 0.30 0.23 0.21 0.31 0.35 0.30 0.33 0.26 0.27 0.20
C8 0.23 0.19 0.20 0.27 0.12 0.31 0.18 0.37 0.25 0.21 0.23 0.16 0.35 0.24 0.17 0.23 0.28 0.30 0.39 0.37 0.33 0.41
N1 0.36 0.22 0.35 0.34 0.18 0.39 0.17 0.39 0.21 0.27 0.23 0.22 0.28 0.23 0.27 0.41 0.48 0.39 0.36 0.35 0.33 0.22
N3 0.30 0.23 0.30 0.33 0.18 0.39 0.24 0.42 0.25 0.34 0.24 0.21 0.30 0.33 0.25 0.34 0.48 0.38 0.38 0.26 0.31 0.20
N6 0.26 0.17 0.25 0.25 0.17 0.27 0.20 0.30 0.22 0.24 0.17 0.19 0.35 0.26 0.22 0.31 0.32 0.29 0.35 0.29 0.30 0.24
N7 0.21 0.18 0.19 0.26 0.10 0.28 0.13 0.34 0.20 0.23 0.21 0.14 0.32 0.24 0.17 0.21 0.27 0.28 0.39 0.30 0.34 0.37
N9 0.22 0.20 0.19 0.21 0.14 0.28 0.22 0.33 0.27 0.22 0.24 0.18 0.36 0.30 0.15 0.25 0.27 0.27 0.28 0.23 0.16 0.26
O2' 0.32 0.30 0.27 0.25 0.27 0.36 0.34 0.40 0.36 0.35 0.31 0.30 0.46 0.45 0.25 0.43 0.31 0.37 0.33 0.26 0.33 0.15
O3' 0.62 0.22 0.63 0.69 0.29 0.83 0.17 0.90 0.19 0.30 0.16 0.32 0.34 0.18 0.42 0.74 0.74 0.77 0.71 1.04 0.45 0.89
O4' 0.25 0.22 0.23 0.26 0.19 0.32 0.26 0.37 0.29 0.26 0.26 0.20 0.38 0.32 0.20 0.30 0.30 0.30 0.25 0.58 0.37 0.50
O5' 0.61 0.58 0.65 0.70 0.59 0.69 0.63 0.74 0.63 0.65 0.61 0.57 0.68 0.67 0.61 0.63 0.72 0.64 0.74 1.02 0.92 0.96
OP1 0.72 1.05 0.71 0.73 0.88 0.78 0.96 0.88 1.12 0.74 1.15 0.93 1.25 0.88 0.75 0.74 0.80 0.74 0.85 1.41 1.12 1.16
OP2 0.87 1.24 0.92 0.91 1.09 0.83 1.20 0.87 1.34 1.00 1.34 1.11 1.46 1.15 0.97 0.87 0.92 0.79 0.90 1.21 1.13 1.09
P 0.66 0.85 0.72 0.73 0.78 0.70 0.88 0.77 0.96 0.78 0.94 0.77 1.06 0.88 0.73 0.69 0.76 0.66 0.77 1.15 1.04 1.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.09 0.33 0.29 0.13
C2 0.03 0.00 0.16 0.18 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.24 0.26 0.07 0.20 0.46 0.34 0.19
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07 0.12 0.09 0.07 0.13 0.16 0.09 0.06 0.03 0.01 0.06 0.03 0.09 0.50 0.37 0.23
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.15 0.01 0.18 0.03 0.19 0.19 0.19 0.16 0.21 0.20 0.12 0.04 0.02 0.01 0.18 0.57 0.29 0.29
C4 0.02 0.01 0.09 0.15 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.05 0.20 0.39 0.31 0.17
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.05 0.05 0.08 0.09 0.05 0.17 0.04 0.01 0.02 0.28 0.20 0.09
C5 0.02 0.02 0.07 0.18 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.15 0.05 0.25 0.36 0.30 0.18
C5' 0.06 0.07 0.12 0.03 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.12 0.13 0.07 0.11 0.11 0.02 0.02 0.15 0.17 0.03
C6 0.02 0.02 0.09 0.19 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.19 0.05 0.26 0.39 0.31 0.20
C8 0.02 0.02 0.07 0.19 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.14 0.05 0.24 0.26 0.26 0.13
N1 0.02 0.01 0.13 0.19 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.23 0.23 0.06 0.23 0.44 0.33 0.20
N3 0.03 0.01 0.16 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.22 0.24 0.06 0.18 0.44 0.33 0.18
N6 0.03 0.03 0.09 0.21 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.21 0.20 0.06 0.28 0.36 0.30 0.21
N7 0.02 0.02 0.06 0.20 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.16 0.05 0.28 0.29 0.26 0.17
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.09 0.02 0.18 0.34 0.29 0.14
O2' 0.02 0.24 0.01 0.04 0.16 0.17 0.16 0.11 0.20 0.10 0.23 0.22 0.21 0.13 0.09 0.00 0.10 0.14 0.16 0.49 0.32 0.19
O3' 0.15 0.26 0.06 0.02 0.16 0.04 0.15 0.11 0.19 0.14 0.23 0.24 0.20 0.16 0.09 0.10 0.00 0.11 0.23 0.73 0.34 0.38
O4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.02 0.14 0.11 0.00 0.09 0.20 0.27 0.13
O5' 0.09 0.20 0.09 0.18 0.20 0.02 0.25 0.02 0.26 0.24 0.23 0.18 0.28 0.28 0.18 0.16 0.23 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.33 0.46 0.50 0.57 0.39 0.28 0.36 0.15 0.39 0.26 0.44 0.44 0.36 0.29 0.34 0.49 0.73 0.20 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.29 0.34 0.37 0.29 0.31 0.20 0.30 0.17 0.31 0.26 0.33 0.33 0.30 0.26 0.29 0.32 0.34 0.27 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.13 0.19 0.23 0.29 0.17 0.09 0.18 0.03 0.20 0.13 0.20 0.18 0.21 0.17 0.14 0.19 0.38 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00