ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51983

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 5, 4, 6, 3, 2, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.023, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.017, 0.032, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.034, 0.048, 0.063, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.048 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.031, 0.047, 0.062, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.047 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.034, 0.054, 0.073, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.015, 0.038, 0.062, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.051, 0.075, 0.099, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.075 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.029, 0.054, 0.078, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.054 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.036, 0.070, 0.103, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.070 std_dev=0.033
N3 B 0, 0.266, 0.498, 0.731, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.498 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.210, 0.471, 0.732, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.471 std_dev=0.261
C2 B 0, 0.306, 0.577, 0.847, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.577 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.257, 0.572, 0.887, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.572 std_dev=0.315
N1 B 0, 0.244, 0.561, 0.878, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.561 std_dev=0.317
N9 B 0, 0.269, 0.610, 0.951, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.610 std_dev=0.341
O4' A 0, -0.098, 0.245, 0.587, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.245 std_dev=0.343
C2' A 0, -0.106, 0.244, 0.595, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.244 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.189, 0.540, 0.891, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.540 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.268, 0.675, 1.081, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.675 std_dev=0.406
N7 B 0, 0.438, 0.850, 1.263, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.850 std_dev=0.413
C8 B 0, 0.419, 0.856, 1.293, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.856 std_dev=0.437
N6 B 0, 0.257, 0.699, 1.141, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.699 std_dev=0.442
O4' B 0, 0.204, 0.656, 1.108, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.656 std_dev=0.452
C3' A 0, -0.124, 0.389, 0.902, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.389 std_dev=0.513
C4' A 0, -0.115, 0.403, 0.922, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.403 std_dev=0.518
O2' A 0, -0.155, 0.409, 0.974, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.409 std_dev=0.564
C4' B 0, 0.100, 0.669, 1.237, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.669 std_dev=0.568
C2' B 0, 0.330, 0.901, 1.472, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.901 std_dev=0.571
C5' B 0, 0.133, 0.719, 1.305, 2.654 max_d=2.654 avg_d=0.719 std_dev=0.586
C3' B 0, 0.137, 0.780, 1.422, 2.465 max_d=2.465 avg_d=0.780 std_dev=0.643
O2' B 0, 0.485, 1.173, 1.861, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.173 std_dev=0.688
C5' A 0, 0.007, 0.712, 1.416, 2.877 max_d=2.877 avg_d=0.712 std_dev=0.704
O3' A 0, -0.164, 0.544, 1.252, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.544 std_dev=0.708
O3' B 0, 0.179, 0.956, 1.733, 3.085 max_d=3.085 avg_d=0.956 std_dev=0.777
O5' B 0, -0.152, 0.712, 1.576, 3.743 max_d=3.743 avg_d=0.712 std_dev=0.864
P B 0, -0.204, 0.715, 1.635, 3.609 max_d=3.609 avg_d=0.715 std_dev=0.920
OP2 B 0, -0.160, 0.768, 1.696, 3.526 max_d=3.526 avg_d=0.768 std_dev=0.928
O5' A 0, 0.044, 1.111, 2.178, 4.782 max_d=4.782 avg_d=1.111 std_dev=1.067
OP1 B 0, -0.237, 0.958, 2.152, 4.634 max_d=4.634 avg_d=0.958 std_dev=1.195
P A 0, 0.174, 1.473, 2.771, 5.978 max_d=5.978 avg_d=1.473 std_dev=1.298
OP2 A 0, 0.357, 1.989, 3.621, 6.523 max_d=6.523 avg_d=1.989 std_dev=1.632
OP1 A 0, 0.315, 1.980, 3.644, 8.201 max_d=8.201 avg_d=1.980 std_dev=1.665

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.19 0.01 0.31 0.63 0.40 0.34
C2 0.05 0.00 0.21 0.13 0.01 0.11 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.15 0.20 0.20 0.52 0.98 0.84 0.64
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.11 0.10 0.12 0.16 0.21 0.08 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.35 0.51 0.45 0.34
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.15 0.01 0.22 0.02 0.22 0.25 0.17 0.11 0.26 0.28 0.15 0.02 0.01 0.02 0.34 0.42 0.41 0.29
C4 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.10 0.55 0.94 0.83 0.63
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.07 0.21 0.07 0.12 0.11 0.19 0.08 0.19 0.03 0.01 0.02 0.29 0.25 0.11
C5 0.01 0.02 0.07 0.22 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.11 0.05 0.70 1.09 1.10 0.79
C5' 0.04 0.15 0.11 0.02 0.12 0.01 0.19 0.00 0.18 0.28 0.14 0.14 0.23 0.29 0.13 0.09 0.14 0.02 0.01 0.24 0.36 0.01
C6 0.02 0.02 0.10 0.22 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.09 0.70 1.13 1.17 0.83
C8 0.03 0.02 0.12 0.25 0.01 0.21 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.28 0.18 0.14 0.77 1.04 1.02 0.79
N1 0.04 0.01 0.16 0.17 0.02 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.13 0.16 0.61 1.08 1.04 0.75
N3 0.05 0.01 0.21 0.11 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.22 0.20 0.46 0.89 0.71 0.56
N6 0.02 0.02 0.08 0.26 0.01 0.11 0.02 0.23 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.18 0.15 0.07 0.78 1.23 1.34 0.94
N7 0.02 0.02 0.08 0.28 0.01 0.19 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.27 0.20 0.09 0.82 1.17 1.25 0.91
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.08 0.01 0.54 0.86 0.73 0.57
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.19 0.16 0.09 0.13 0.28 0.10 0.15 0.18 0.27 0.13 0.00 0.05 0.14 0.24 0.49 0.37 0.23
O3' 0.19 0.20 0.02 0.01 0.11 0.03 0.11 0.14 0.10 0.18 0.13 0.22 0.15 0.20 0.08 0.05 0.00 0.12 0.33 0.56 0.57 0.36
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.16 0.20 0.07 0.09 0.01 0.14 0.12 0.00 0.21 0.58 0.31 0.30
O5' 0.31 0.52 0.35 0.34 0.55 0.02 0.70 0.01 0.70 0.77 0.61 0.46 0.78 0.82 0.54 0.24 0.33 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.63 0.98 0.51 0.42 0.94 0.29 1.09 0.24 1.13 1.04 1.08 0.89 1.23 1.17 0.86 0.49 0.56 0.58 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.84 0.45 0.41 0.83 0.25 1.10 0.36 1.17 1.02 1.04 0.71 1.34 1.25 0.73 0.37 0.57 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.64 0.34 0.29 0.63 0.11 0.79 0.01 0.83 0.79 0.75 0.56 0.94 0.91 0.57 0.23 0.36 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.25 0.24 0.22 0.19 0.22 0.22 0.24 0.25 0.33 0.26 0.22 0.30 0.32 0.24 0.31 0.22 0.26 0.20 0.19 0.19 0.17
C2 0.35 0.28 0.40 0.31 0.20 0.26 0.17 0.21 0.16 0.31 0.22 0.28 0.24 0.28 0.28 0.49 0.32 0.25 0.19 0.15 0.20 0.11
C2' 0.33 0.30 0.28 0.25 0.22 0.34 0.18 0.35 0.23 0.21 0.27 0.31 0.27 0.22 0.22 0.36 0.26 0.38 0.26 0.09 0.24 0.10
C3' 0.29 0.35 0.28 0.23 0.31 0.22 0.32 0.24 0.34 0.30 0.36 0.34 0.35 0.32 0.29 0.28 0.23 0.29 0.16 0.09 0.06 0.03
C4 0.32 0.27 0.30 0.25 0.19 0.22 0.14 0.20 0.17 0.32 0.24 0.26 0.23 0.28 0.26 0.37 0.23 0.26 0.22 0.10 0.22 0.12
C4' 0.22 0.27 0.19 0.13 0.21 0.13 0.23 0.19 0.27 0.24 0.29 0.24 0.32 0.26 0.19 0.24 0.16 0.21 0.09 0.13 0.19 0.09
C5 0.30 0.28 0.29 0.29 0.20 0.24 0.15 0.23 0.13 0.33 0.23 0.26 0.20 0.31 0.26 0.33 0.26 0.26 0.32 0.21 0.39 0.25
C5' 0.26 0.36 0.28 0.25 0.31 0.20 0.36 0.26 0.40 0.33 0.39 0.32 0.45 0.39 0.28 0.28 0.26 0.25 0.23 0.23 0.41 0.25
C6 0.30 0.28 0.32 0.31 0.23 0.23 0.22 0.22 0.15 0.34 0.21 0.27 0.26 0.35 0.28 0.36 0.29 0.24 0.33 0.21 0.41 0.25
C8 0.27 0.27 0.23 0.26 0.18 0.25 0.15 0.28 0.20 0.29 0.27 0.24 0.26 0.24 0.22 0.28 0.25 0.27 0.34 0.26 0.37 0.29
N1 0.32 0.28 0.37 0.31 0.23 0.23 0.22 0.19 0.19 0.32 0.22 0.29 0.29 0.32 0.28 0.43 0.30 0.23 0.25 0.13 0.31 0.16
N3 0.36 0.27 0.37 0.29 0.19 0.26 0.15 0.22 0.17 0.32 0.23 0.27 0.23 0.28 0.28 0.47 0.29 0.27 0.18 0.17 0.16 0.13
N6 0.29 0.27 0.32 0.35 0.25 0.25 0.27 0.25 0.21 0.36 0.21 0.27 0.33 0.39 0.29 0.34 0.33 0.25 0.40 0.31 0.52 0.34
N7 0.28 0.27 0.26 0.30 0.19 0.26 0.14 0.29 0.15 0.32 0.25 0.24 0.20 0.28 0.25 0.29 0.29 0.27 0.40 0.33 0.48 0.35
N9 0.29 0.27 0.25 0.23 0.18 0.22 0.17 0.23 0.21 0.30 0.26 0.24 0.26 0.27 0.23 0.31 0.21 0.26 0.22 0.11 0.20 0.12
O2' 0.22 0.28 0.17 0.20 0.28 0.27 0.46 0.35 0.47 0.52 0.38 0.22 0.58 0.63 0.27 0.29 0.21 0.29 0.29 0.18 0.61 0.27
O3' 0.24 0.26 0.23 0.14 0.23 0.16 0.24 0.15 0.26 0.25 0.26 0.26 0.28 0.26 0.23 0.24 0.18 0.27 0.02 0.02 0.03 0.01
O4' 0.30 0.29 0.25 0.17 0.22 0.19 0.22 0.19 0.26 0.27 0.29 0.27 0.30 0.26 0.23 0.33 0.19 0.26 0.12 0.15 0.13 0.09
O5' 0.52 0.71 0.50 0.54 0.69 0.42 0.79 0.46 0.82 0.74 0.77 0.66 0.89 0.85 0.64 0.45 0.54 0.46 0.49 0.43 0.71 0.48
OP1 0.72 1.10 0.67 0.71 0.96 0.60 1.07 0.67 1.18 0.90 1.18 0.99 1.27 1.05 0.84 0.65 0.74 0.65 0.71 0.79 0.95 0.74
OP2 0.72 1.01 0.78 0.84 0.94 0.68 1.10 0.74 1.19 0.99 1.13 0.90 1.34 1.15 0.86 0.71 0.88 0.63 0.80 0.84 1.01 0.80
P 0.56 0.83 0.54 0.58 0.76 0.45 0.87 0.49 0.94 0.77 0.91 0.75 1.04 0.90 0.67 0.50 0.61 0.49 0.55 0.52 0.79 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.16 0.13 0.20 0.14
C2 0.06 0.00 0.23 0.23 0.02 0.08 0.02 0.11 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.19 0.29 0.12 0.28 0.23 0.33 0.24
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.11 0.12 0.12 0.19 0.23 0.09 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.27 0.31 0.31 0.27
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.16 0.01 0.17 0.03 0.20 0.16 0.22 0.20 0.20 0.17 0.11 0.02 0.01 0.02 0.20 0.26 0.14 0.16
C4 0.03 0.02 0.12 0.16 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.16 0.06 0.29 0.23 0.30 0.23
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.04 0.14 0.02 0.01 0.02 0.10 0.16 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.17 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.04 0.36 0.30 0.37 0.30
C5' 0.05 0.11 0.11 0.03 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.07 0.06 0.10 0.02 0.01 0.17 0.19 0.02
C6 0.04 0.02 0.12 0.20 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.20 0.07 0.37 0.32 0.41 0.32
C8 0.02 0.03 0.12 0.16 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.19 0.14 0.06 0.38 0.30 0.32 0.29
N1 0.06 0.01 0.19 0.22 0.03 0.07 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.18 0.26 0.10 0.33 0.28 0.38 0.29
N3 0.06 0.01 0.23 0.20 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.17 0.26 0.11 0.25 0.20 0.29 0.21
N6 0.03 0.03 0.09 0.20 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.19 0.21 0.06 0.41 0.37 0.46 0.36
N7 0.02 0.02 0.08 0.17 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.20 0.15 0.03 0.41 0.35 0.40 0.34
N9 0.01 0.03 0.03 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.08 0.02 0.27 0.21 0.25 0.21
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.11 0.14 0.16 0.06 0.17 0.19 0.18 0.17 0.19 0.20 0.09 0.00 0.04 0.11 0.19 0.24 0.34 0.23
O3' 0.13 0.29 0.02 0.01 0.16 0.02 0.15 0.10 0.20 0.14 0.26 0.26 0.21 0.15 0.08 0.04 0.00 0.10 0.20 0.34 0.22 0.22
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.06 0.10 0.11 0.06 0.03 0.02 0.11 0.10 0.00 0.09 0.13 0.21 0.16
O5' 0.16 0.28 0.27 0.20 0.29 0.02 0.36 0.01 0.37 0.38 0.33 0.25 0.41 0.41 0.27 0.19 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.23 0.31 0.26 0.23 0.10 0.30 0.17 0.32 0.30 0.28 0.20 0.37 0.35 0.21 0.24 0.34 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.33 0.31 0.14 0.30 0.16 0.37 0.19 0.41 0.32 0.38 0.29 0.46 0.40 0.25 0.34 0.22 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.24 0.27 0.16 0.23 0.06 0.30 0.02 0.32 0.29 0.29 0.21 0.36 0.34 0.21 0.23 0.22 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00