Doublet Group distance statistics: 51985

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 0, 8, 6, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N6	A	0, 0.014, 0.036, 0.057, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N9	A	0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C8	A	0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.034 std_dev=0.025
O4'	A	0, 0.013, 0.094, 0.176, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.094 std_dev=0.082
C2'	A	0, 0.020, 0.114, 0.207, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.114 std_dev=0.093
O2'	A	0, 0.049, 0.182, 0.314, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.182 std_dev=0.132
C4'	A	0, 0.028, 0.162, 0.296, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.162 std_dev=0.134
C3'	A	0, 0.033, 0.174, 0.316, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.174 std_dev=0.141
N9	B	0, 0.176, 0.378, 0.580, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.378 std_dev=0.202
O4'	B	0, 0.228, 0.439, 0.651, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.439 std_dev=0.211
C4	B	0, 0.167, 0.380, 0.592, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.380 std_dev=0.213
O3'	A	0, 0.069, 0.283, 0.497, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.283 std_dev=0.214
C1'	B	0, 0.245, 0.468, 0.691, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.468 std_dev=0.223
C5	B	0, 0.137, 0.368, 0.598, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.368 std_dev=0.230
N3	B	0, 0.236, 0.472, 0.707, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.472 std_dev=0.236
C6	B	0, 0.158, 0.400, 0.643, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.400 std_dev=0.243
C5'	A	0, 0.043, 0.293, 0.543, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.293 std_dev=0.250
C2	B	0, 0.235, 0.493, 0.750, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.493 std_dev=0.257
N1	B	0, 0.186, 0.444, 0.703, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.444 std_dev=0.259
C8	B	0, 0.103, 0.363, 0.622, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.363 std_dev=0.259
N7	B	0, 0.140, 0.402, 0.664, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.402 std_dev=0.262
C5'	B	0, 0.192, 0.455, 0.717, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.455 std_dev=0.263
O5'	B	0, 0.180, 0.445, 0.710, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.445 std_dev=0.265
N6	B	0, 0.185, 0.456, 0.728, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.456 std_dev=0.271
P	B	0, 0.156, 0.433, 0.711, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.433 std_dev=0.278
C4'	B	0, 0.236, 0.526, 0.817, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.526 std_dev=0.291
OP2	B	0, 0.165, 0.488, 0.811, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.488 std_dev=0.323
C2'	B	0, 0.261, 0.587, 0.914, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.587 std_dev=0.327
OP1	B	0, 0.201, 0.568, 0.935, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.568 std_dev=0.367
C3'	B	0, 0.245, 0.619, 0.994, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.619 std_dev=0.375
O2'	B	0, 0.261, 0.718, 1.175, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.718 std_dev=0.457
O3'	B	0, 0.288, 0.854, 1.421, 2.100 max_d=2.100 avg_d=0.854 std_dev=0.566
O5'	A	0, -0.104, 0.637, 1.377, 2.554 max_d=2.554 avg_d=0.637 std_dev=0.740
P	A	0, -0.053, 0.882, 1.816, 3.337 max_d=3.337 avg_d=0.882 std_dev=0.934
OP2	A	0, -0.069, 1.005, 2.078, 4.263 max_d=4.263 avg_d=1.005 std_dev=1.073
OP1	A	0, -0.103, 1.039, 2.181, 4.527 max_d=4.527 avg_d=1.039 std_dev=1.142

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.04	0.04	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.19	0.18	0.13	0.12
C2	0.04	0.00	0.08	0.11	0.01	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.13	0.03	0.44	0.40	0.46	0.40
C2'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.05	0.01	0.05	0.02	0.06	0.04	0.07	0.08	0.06	0.05	0.02	0.00	0.02	0.01	0.23	0.28	0.17	0.19
C3'	0.01	0.11	0.01	0.00	0.08	0.01	0.08	0.02	0.09	0.08	0.10	0.10	0.09	0.08	0.05	0.03	0.01	0.01	0.30	0.38	0.22	0.26
C4	0.02	0.01	0.05	0.08	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.09	0.02	0.44	0.38	0.39	0.38
C4'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.01	0.07	0.07	0.06	0.05	0.08	0.08	0.04	0.05	0.02	0.00	0.02	0.13	0.20	0.04
C5	0.02	0.01	0.05	0.08	0.00	0.06	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.09	0.02	0.54	0.49	0.53	0.49
C5'	0.03	0.10	0.02	0.02	0.09	0.01	0.13	0.00	0.14	0.13	0.12	0.08	0.17	0.16	0.08	0.06	0.03	0.02	0.01	0.21	0.33	0.02
C6	0.03	0.01	0.06	0.09	0.01	0.07	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.11	0.02	0.56	0.52	0.60	0.54
C8	0.01	0.01	0.04	0.08	0.01	0.07	0.01	0.13	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.09	0.04	0.51	0.43	0.39	0.43
N1	0.04	0.00	0.07	0.10	0.01	0.06	0.01	0.12	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.10	0.12	0.03	0.52	0.48	0.56	0.49
N3	0.04	0.01	0.08	0.10	0.00	0.05	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.12	0.04	0.39	0.34	0.36	0.33
N6	0.03	0.01	0.06	0.09	0.01	0.08	0.01	0.17	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.08	0.12	0.03	0.61	0.59	0.68	0.61
N7	0.01	0.01	0.05	0.08	0.01	0.08	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.10	0.04	0.58	0.53	0.55	0.54
N9	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.04	0.01	0.08	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.05	0.01	0.39	0.33	0.29	0.31
O2'	0.02	0.11	0.00	0.03	0.06	0.05	0.06	0.06	0.08	0.03	0.10	0.10	0.08	0.04	0.03	0.00	0.05	0.04	0.09	0.17	0.13	0.08
O3'	0.02	0.13	0.02	0.01	0.09	0.02	0.09	0.03	0.11	0.09	0.12	0.12	0.12	0.10	0.05	0.05	0.00	0.02	0.25	0.42	0.30	0.27
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.04	0.03	0.04	0.03	0.04	0.01	0.04	0.02	0.00	0.11	0.14	0.22	0.12
O5'	0.19	0.44	0.23	0.30	0.44	0.02	0.54	0.01	0.56	0.51	0.52	0.39	0.61	0.58	0.39	0.09	0.25	0.11	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.18	0.40	0.28	0.38	0.38	0.13	0.49	0.21	0.52	0.43	0.48	0.34	0.59	0.53	0.33	0.17	0.42	0.14	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.13	0.46	0.17	0.22	0.39	0.20	0.53	0.33	0.60	0.39	0.56	0.36	0.68	0.55	0.29	0.13	0.30	0.22	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.12	0.40	0.19	0.26	0.38	0.04	0.49	0.02	0.54	0.43	0.49	0.33	0.61	0.54	0.31	0.08	0.27	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.22	0.22	0.19	0.15	0.17	0.17	0.19	0.13	0.22	0.21	0.23	0.20	0.26	0.23	0.18	0.21	0.14	0.22	0.13	0.04	0.10	0.04
C2	0.31	0.29	0.31	0.26	0.21	0.26	0.17	0.21	0.20	0.25	0.25	0.29	0.24	0.24	0.24	0.36	0.27	0.27	0.21	0.17	0.26	0.18
C2'	0.18	0.17	0.16	0.13	0.15	0.15	0.19	0.12	0.21	0.20	0.19	0.15	0.25	0.23	0.15	0.17	0.13	0.20	0.14	0.07	0.09	0.07
C3'	0.18	0.19	0.14	0.10	0.17	0.14	0.19	0.10	0.21	0.17	0.20	0.17	0.24	0.20	0.16	0.15	0.10	0.20	0.05	0.03	0.06	0.02
C4	0.26	0.26	0.23	0.19	0.19	0.20	0.17	0.16	0.22	0.22	0.25	0.24	0.26	0.22	0.21	0.27	0.19	0.25	0.16	0.11	0.22	0.13
C4'	0.18	0.20	0.13	0.09	0.17	0.12	0.20	0.08	0.23	0.17	0.23	0.18	0.27	0.20	0.16	0.15	0.10	0.19	0.05	0.07	0.11	0.05
C5	0.25	0.26	0.23	0.20	0.19	0.20	0.17	0.16	0.21	0.24	0.25	0.24	0.26	0.23	0.22	0.26	0.20	0.24	0.17	0.15	0.25	0.16
C5'	0.21	0.28	0.17	0.13	0.24	0.14	0.27	0.10	0.31	0.22	0.31	0.25	0.34	0.26	0.22	0.17	0.13	0.21	0.08	0.15	0.20	0.12
C6	0.27	0.28	0.26	0.23	0.21	0.22	0.17	0.18	0.19	0.27	0.25	0.26	0.24	0.26	0.24	0.29	0.24	0.25	0.19	0.18	0.28	0.19
C8	0.23	0.25	0.20	0.17	0.19	0.17	0.20	0.13	0.24	0.22	0.26	0.22	0.28	0.22	0.20	0.22	0.18	0.23	0.15	0.13	0.21	0.13
N1	0.29	0.30	0.29	0.25	0.22	0.24	0.18	0.20	0.19	0.27	0.26	0.29	0.24	0.26	0.25	0.34	0.26	0.26	0.21	0.18	0.28	0.19
N3	0.29	0.27	0.28	0.23	0.19	0.24	0.17	0.20	0.21	0.22	0.24	0.26	0.25	0.22	0.22	0.33	0.24	0.27	0.19	0.14	0.23	0.15
N6	0.26	0.28	0.27	0.25	0.22	0.22	0.19	0.19	0.18	0.27	0.25	0.26	0.22	0.27	0.25	0.29	0.26	0.25	0.21	0.21	0.30	0.20
N7	0.24	0.25	0.21	0.20	0.19	0.18	0.18	0.15	0.23	0.23	0.26	0.23	0.27	0.22	0.21	0.23	0.21	0.24	0.17	0.16	0.25	0.16
N9	0.24	0.24	0.20	0.15	0.19	0.18	0.19	0.13	0.23	0.21	0.25	0.22	0.27	0.22	0.19	0.23	0.15	0.24	0.13	0.08	0.17	0.09
O2'	0.21	0.20	0.21	0.20	0.20	0.20	0.24	0.18	0.24	0.26	0.22	0.19	0.27	0.27	0.22	0.18	0.19	0.22	0.21	0.13	0.09	0.11
O3'	0.14	0.16	0.10	0.08	0.15	0.11	0.19	0.08	0.20	0.17	0.18	0.14	0.23	0.21	0.14	0.12	0.10	0.16	0.02	0.02	0.03	0.01
O4'	0.20	0.22	0.17	0.12	0.17	0.15	0.19	0.11	0.23	0.18	0.23	0.20	0.27	0.20	0.17	0.19	0.12	0.21	0.08	0.05	0.11	0.03
O5'	0.44	0.63	0.44	0.43	0.60	0.34	0.67	0.31	0.72	0.60	0.69	0.58	0.78	0.69	0.54	0.39	0.42	0.37	0.41	0.36	0.59	0.41
OP1	0.50	0.69	0.57	0.61	0.65	0.47	0.74	0.49	0.80	0.67	0.76	0.63	0.87	0.76	0.60	0.51	0.66	0.43	0.59	0.64	0.82	0.64
OP2	0.56	0.82	0.61	0.62	0.75	0.49	0.84	0.46	0.91	0.70	0.90	0.75	0.99	0.82	0.67	0.56	0.64	0.48	0.53	0.57	0.74	0.55
P	0.46	0.69	0.49	0.50	0.63	0.38	0.72	0.36	0.78	0.62	0.75	0.62	0.85	0.72	0.57	0.44	0.52	0.39	0.46	0.47	0.69	0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.08	0.07	0.14	0.09
C2	0.03	0.00	0.13	0.14	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.15	0.18	0.05	0.14	0.17	0.28	0.18
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.08	0.01	0.07	0.01	0.09	0.07	0.12	0.13	0.08	0.06	0.03	0.00	0.02	0.01	0.06	0.10	0.09	0.06
C3'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.09	0.01	0.10	0.02	0.12	0.11	0.13	0.12	0.13	0.11	0.06	0.02	0.01	0.01	0.06	0.12	0.08	0.07
C4	0.02	0.01	0.08	0.09	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.08	0.11	0.03	0.14	0.16	0.26	0.18
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.08	0.05	0.04	0.07	0.08	0.04	0.06	0.02	0.00	0.02	0.07	0.03	0.01
C5	0.01	0.01	0.07	0.10	0.00	0.05	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.13	0.03	0.18	0.22	0.31	0.23
C5'	0.02	0.07	0.01	0.02	0.07	0.01	0.11	0.00	0.11	0.13	0.09	0.05	0.13	0.14	0.07	0.06	0.03	0.02	0.01	0.07	0.02	0.01
C6	0.02	0.01	0.09	0.12	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.16	0.05	0.18	0.24	0.34	0.24
C8	0.02	0.01	0.07	0.11	0.00	0.08	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.05	0.12	0.03	0.18	0.20	0.27	0.21
N1	0.03	0.00	0.12	0.13	0.01	0.05	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.13	0.18	0.05	0.17	0.21	0.32	0.22
N3	0.03	0.01	0.13	0.12	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.14	0.15	0.04	0.13	0.14	0.24	0.15
N6	0.02	0.01	0.08	0.13	0.01	0.07	0.01	0.13	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.09	0.17	0.05	0.20	0.27	0.37	0.27
N7	0.01	0.01	0.06	0.11	0.01	0.08	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.05	0.14	0.04	0.20	0.25	0.33	0.25
N9	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.07	0.02	0.13	0.14	0.22	0.15
O2'	0.02	0.15	0.00	0.02	0.08	0.06	0.07	0.06	0.10	0.05	0.13	0.14	0.09	0.05	0.03	0.00	0.04	0.05	0.06	0.11	0.07	0.06
O3'	0.02	0.18	0.02	0.01	0.11	0.02	0.13	0.03	0.16	0.12	0.18	0.15	0.17	0.14	0.07	0.04	0.00	0.02	0.09	0.17	0.13	0.11
O4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.02	0.05	0.03	0.05	0.04	0.05	0.04	0.02	0.05	0.02	0.00	0.06	0.06	0.11	0.08
O5'	0.08	0.14	0.06	0.06	0.14	0.02	0.18	0.01	0.18	0.18	0.17	0.13	0.20	0.20	0.13	0.06	0.09	0.06	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.07	0.17	0.10	0.12	0.16	0.07	0.22	0.07	0.24	0.20	0.21	0.14	0.27	0.25	0.14	0.11	0.17	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.14	0.28	0.09	0.08	0.26	0.03	0.31	0.02	0.34	0.27	0.32	0.24	0.37	0.33	0.22	0.07	0.13	0.11	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.09	0.18	0.06	0.07	0.18	0.01	0.23	0.01	0.24	0.21	0.22	0.15	0.27	0.25	0.15	0.06	0.11	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00