Doublet Group distance statistics: 51986

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 6, 4, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.015, 0.028, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N9	A	0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N7	A	0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N6	A	0, 0.013, 0.036, 0.058, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C8	A	0, 0.023, 0.046, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.046 std_dev=0.023
N1	B	0, 0.299, 0.477, 0.655, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.477 std_dev=0.178
C6	B	0, 0.280, 0.460, 0.640, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.460 std_dev=0.180
C2	B	0, 0.297, 0.483, 0.669, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.483 std_dev=0.186
N3	B	0, 0.276, 0.465, 0.653, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.465 std_dev=0.189
C5	B	0, 0.272, 0.469, 0.666, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.469 std_dev=0.197
C4	B	0, 0.245, 0.451, 0.656, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.451 std_dev=0.205
N6	B	0, 0.272, 0.489, 0.705, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.489 std_dev=0.217
N9	B	0, 0.253, 0.495, 0.737, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.495 std_dev=0.242
O4'	B	0, 0.274, 0.519, 0.765, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.519 std_dev=0.245
C1'	B	0, 0.257, 0.512, 0.767, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.512 std_dev=0.255
C4'	B	0, 0.280, 0.540, 0.799, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.540 std_dev=0.260
N7	B	0, 0.260, 0.538, 0.817, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.538 std_dev=0.278
C3'	B	0, 0.299, 0.579, 0.859, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.579 std_dev=0.280
C8	B	0, 0.254, 0.554, 0.854, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.554 std_dev=0.300
C2'	B	0, 0.268, 0.575, 0.881, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.575 std_dev=0.306
C2'	A	0, -0.085, 0.225, 0.535, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.225 std_dev=0.310
O4'	A	0, -0.136, 0.175, 0.486, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.175 std_dev=0.311
O3'	B	0, 0.353, 0.670, 0.988, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.670 std_dev=0.318
O2'	B	0, 0.275, 0.618, 0.962, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.618 std_dev=0.344
C5'	B	0, 0.199, 0.557, 0.914, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.557 std_dev=0.357
C3'	A	0, -0.119, 0.320, 0.759, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.320 std_dev=0.439
O2'	A	0, -0.115, 0.364, 0.844, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.364 std_dev=0.479
C4'	A	0, -0.205, 0.282, 0.769, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.282 std_dev=0.487
O3'	A	0, -0.099, 0.457, 1.012, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.457 std_dev=0.555
O5'	B	0, -0.040, 0.604, 1.247, 3.140 max_d=3.140 avg_d=0.604 std_dev=0.644
O5'	A	0, -0.100, 0.592, 1.285, 3.210 max_d=3.210 avg_d=0.592 std_dev=0.692
C5'	A	0, -0.242, 0.482, 1.206, 3.419 max_d=3.419 avg_d=0.482 std_dev=0.724
P	B	0, -0.208, 0.571, 1.350, 3.790 max_d=3.790 avg_d=0.571 std_dev=0.779
P	A	0, 0.098, 0.895, 1.693, 3.958 max_d=3.958 avg_d=0.895 std_dev=0.798
OP2	A	0, 0.048, 0.849, 1.651, 3.932 max_d=3.932 avg_d=0.849 std_dev=0.801
OP2	B	0, -0.255, 0.641, 1.537, 4.338 max_d=4.338 avg_d=0.641 std_dev=0.896
OP1	A	0, 0.321, 1.340, 2.359, 4.964 max_d=4.964 avg_d=1.340 std_dev=1.019
OP1	B	0, -0.353, 0.742, 1.837, 5.222 max_d=5.222 avg_d=0.742 std_dev=1.095

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.16	0.00	0.12	0.16	0.34	0.09
C2	0.03	0.00	0.19	0.13	0.01	0.10	0.00	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.16	0.19	0.17	0.22	0.14	0.42	0.18
C2'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.10	0.01	0.05	0.08	0.09	0.11	0.15	0.19	0.07	0.06	0.02	0.01	0.03	0.01	0.23	0.42	0.42	0.27
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.13	0.01	0.18	0.02	0.18	0.20	0.15	0.11	0.20	0.21	0.12	0.02	0.01	0.01	0.19	0.35	0.31	0.19
C4	0.02	0.01	0.10	0.13	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.10	0.09	0.24	0.12	0.41	0.20
C4'	0.00	0.10	0.01	0.01	0.03	0.00	0.06	0.00	0.04	0.16	0.06	0.10	0.07	0.14	0.06	0.15	0.02	0.00	0.01	0.18	0.29	0.07
C5	0.01	0.00	0.05	0.18	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.13	0.09	0.04	0.31	0.25	0.50	0.32
C5'	0.02	0.10	0.08	0.02	0.05	0.00	0.11	0.00	0.09	0.20	0.08	0.10	0.13	0.20	0.07	0.07	0.11	0.01	0.01	0.17	0.20	0.01
C6	0.02	0.01	0.09	0.18	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.10	0.08	0.31	0.29	0.52	0.34
C8	0.01	0.01	0.11	0.20	0.01	0.16	0.01	0.20	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.23	0.14	0.10	0.35	0.24	0.45	0.33
N1	0.03	0.00	0.15	0.15	0.01	0.06	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.11	0.13	0.14	0.27	0.21	0.48	0.27
N3	0.03	0.00	0.19	0.11	0.00	0.10	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.16	0.20	0.16	0.20	0.11	0.39	0.14
N6	0.02	0.01	0.07	0.20	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.13	0.13	0.06	0.35	0.39	0.59	0.42
N7	0.01	0.00	0.06	0.21	0.01	0.14	0.00	0.20	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.22	0.15	0.06	0.38	0.35	0.54	0.41
N9	0.01	0.01	0.02	0.12	0.00	0.06	0.01	0.07	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.07	0.01	0.23	0.08	0.38	0.18
O2'	0.01	0.16	0.01	0.02	0.07	0.15	0.13	0.07	0.11	0.23	0.11	0.16	0.13	0.22	0.10	0.00	0.06	0.11	0.14	0.42	0.46	0.26
O3'	0.16	0.19	0.03	0.01	0.10	0.02	0.09	0.11	0.10	0.14	0.13	0.20	0.13	0.15	0.07	0.06	0.00	0.10	0.26	0.33	0.31	0.23
O4'	0.00	0.17	0.01	0.01	0.09	0.00	0.04	0.01	0.08	0.10	0.14	0.16	0.06	0.06	0.01	0.11	0.10	0.00	0.14	0.16	0.37	0.19
O5'	0.12	0.22	0.23	0.19	0.24	0.01	0.31	0.01	0.31	0.35	0.27	0.20	0.35	0.38	0.23	0.14	0.26	0.14	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.16	0.14	0.42	0.35	0.12	0.18	0.25	0.17	0.29	0.24	0.21	0.11	0.39	0.35	0.08	0.42	0.33	0.16	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.34	0.42	0.42	0.31	0.41	0.29	0.50	0.20	0.52	0.45	0.48	0.39	0.59	0.54	0.38	0.46	0.31	0.37	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.18	0.27	0.19	0.20	0.07	0.32	0.01	0.34	0.33	0.27	0.14	0.42	0.41	0.18	0.26	0.23	0.19	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.30	0.27	0.27	0.24	0.24	0.25	0.25	0.29	0.27	0.31	0.28	0.25	0.28	0.27	0.27	0.29	0.24	0.27	0.28	0.16	0.11	0.10
C2	0.22	0.28	0.24	0.19	0.18	0.21	0.17	0.23	0.19	0.25	0.26	0.24	0.21	0.24	0.21	0.26	0.20	0.22	0.39	0.14	0.34	0.16
C2'	0.30	0.26	0.24	0.18	0.25	0.23	0.26	0.30	0.27	0.27	0.27	0.25	0.29	0.26	0.26	0.29	0.18	0.26	0.38	0.06	0.13	0.12
C3'	0.32	0.22	0.24	0.13	0.24	0.18	0.29	0.13	0.30	0.33	0.26	0.21	0.36	0.33	0.28	0.29	0.12	0.31	0.16	0.11	0.07	0.02
C4	0.24	0.26	0.24	0.19	0.20	0.21	0.19	0.22	0.23	0.30	0.27	0.22	0.25	0.25	0.23	0.26	0.19	0.23	0.38	0.11	0.32	0.17
C4'	0.31	0.20	0.23	0.13	0.20	0.18	0.21	0.16	0.23	0.28	0.22	0.20	0.29	0.26	0.25	0.29	0.13	0.28	0.08	0.28	0.14	0.11
C5	0.24	0.27	0.24	0.21	0.20	0.22	0.19	0.21	0.22	0.31	0.28	0.23	0.24	0.27	0.24	0.26	0.21	0.24	0.44	0.19	0.44	0.26
C5'	0.32	0.20	0.25	0.17	0.21	0.23	0.24	0.17	0.25	0.32	0.23	0.19	0.33	0.30	0.27	0.31	0.17	0.33	0.17	0.40	0.27	0.23
C6	0.23	0.29	0.24	0.21	0.21	0.22	0.19	0.21	0.20	0.29	0.29	0.24	0.19	0.28	0.23	0.26	0.21	0.23	0.46	0.21	0.48	0.28
C8	0.27	0.26	0.26	0.24	0.21	0.24	0.22	0.24	0.26	0.31	0.28	0.22	0.29	0.27	0.25	0.26	0.24	0.27	0.40	0.20	0.36	0.25
N1	0.22	0.30	0.24	0.21	0.20	0.21	0.19	0.21	0.17	0.27	0.28	0.25	0.18	0.27	0.22	0.26	0.21	0.22	0.43	0.16	0.43	0.22
N3	0.23	0.27	0.24	0.18	0.19	0.20	0.19	0.23	0.22	0.27	0.26	0.23	0.23	0.24	0.22	0.27	0.19	0.21	0.36	0.15	0.27	0.13
N6	0.24	0.31	0.25	0.23	0.23	0.23	0.22	0.21	0.22	0.30	0.31	0.26	0.20	0.30	0.25	0.26	0.23	0.24	0.49	0.28	0.56	0.34
N7	0.26	0.27	0.26	0.23	0.21	0.23	0.20	0.22	0.24	0.32	0.29	0.22	0.27	0.27	0.25	0.26	0.23	0.26	0.45	0.27	0.47	0.32
N9	0.27	0.26	0.25	0.22	0.21	0.22	0.22	0.24	0.25	0.31	0.28	0.23	0.28	0.26	0.25	0.27	0.22	0.25	0.35	0.09	0.24	0.14
O2'	0.28	0.25	0.25	0.28	0.26	0.28	0.31	0.43	0.30	0.37	0.27	0.25	0.33	0.38	0.28	0.28	0.28	0.25	0.33	0.13	0.32	0.16
O3'	0.39	0.24	0.29	0.15	0.24	0.25	0.22	0.11	0.22	0.25	0.21	0.28	0.26	0.25	0.28	0.38	0.13	0.42	0.02	0.02	0.02	0.01
O4'	0.32	0.29	0.27	0.19	0.25	0.21	0.24	0.21	0.26	0.30	0.29	0.28	0.28	0.26	0.28	0.32	0.18	0.28	0.16	0.26	0.12	0.08
O5'	0.19	0.33	0.18	0.23	0.23	0.23	0.32	0.28	0.42	0.23	0.41	0.24	0.52	0.31	0.18	0.20	0.26	0.23	0.27	0.39	0.32	0.26
OP1	0.40	0.26	0.41	0.44	0.29	0.42	0.36	0.43	0.39	0.41	0.33	0.25	0.51	0.43	0.35	0.42	0.48	0.43	0.39	0.57	0.52	0.45
OP2	0.54	0.41	0.48	0.42	0.44	0.50	0.47	0.45	0.50	0.56	0.47	0.40	0.59	0.53	0.50	0.52	0.41	0.57	0.33	0.53	0.43	0.40
P	0.32	0.25	0.28	0.27	0.23	0.31	0.31	0.30	0.37	0.34	0.34	0.19	0.49	0.36	0.28	0.31	0.30	0.35	0.24	0.46	0.36	0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.17	0.08	0.23	0.13
C2	0.03	0.00	0.19	0.20	0.01	0.08	0.01	0.11	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.19	0.26	0.06	0.34	0.16	0.38	0.20
C2'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.09	0.01	0.04	0.02	0.08	0.10	0.14	0.19	0.06	0.07	0.02	0.00	0.02	0.01	0.20	0.20	0.15	0.09
C3'	0.01	0.20	0.00	0.00	0.10	0.00	0.07	0.02	0.09	0.17	0.16	0.19	0.08	0.14	0.05	0.02	0.01	0.01	0.25	0.36	0.09	0.15
C4	0.02	0.01	0.09	0.10	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.11	0.03	0.39	0.20	0.37	0.22
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.06	0.11	0.07	0.07	0.08	0.10	0.04	0.04	0.01	0.00	0.02	0.13	0.23	0.10
C5	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.06	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.07	0.08	0.03	0.52	0.35	0.52	0.37
C5'	0.02	0.11	0.02	0.02	0.09	0.01	0.13	0.00	0.14	0.15	0.12	0.10	0.16	0.17	0.08	0.05	0.03	0.01	0.01	0.27	0.27	0.02
C6	0.02	0.01	0.08	0.09	0.01	0.06	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.11	0.04	0.53	0.36	0.57	0.39
C8	0.01	0.02	0.10	0.17	0.01	0.11	0.01	0.15	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.00	0.07	0.19	0.04	0.58	0.38	0.45	0.37
N1	0.03	0.00	0.14	0.16	0.01	0.07	0.01	0.12	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.16	0.20	0.05	0.44	0.26	0.49	0.30
N3	0.03	0.00	0.19	0.19	0.01	0.07	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.18	0.24	0.06	0.28	0.11	0.31	0.15
N6	0.03	0.01	0.06	0.08	0.01	0.08	0.02	0.16	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.10	0.10	0.04	0.60	0.46	0.68	0.49
N7	0.01	0.01	0.07	0.14	0.01	0.10	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.05	0.16	0.03	0.63	0.46	0.59	0.47
N9	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.01	0.38	0.20	0.31	0.20
O2'	0.02	0.19	0.00	0.02	0.09	0.04	0.07	0.05	0.11	0.07	0.16	0.18	0.10	0.05	0.02	0.00	0.04	0.05	0.07	0.12	0.16	0.11
O3'	0.01	0.26	0.02	0.01	0.11	0.01	0.08	0.03	0.11	0.19	0.20	0.24	0.10	0.16	0.05	0.04	0.00	0.01	0.17	0.44	0.09	0.16
O4'	0.00	0.06	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.04	0.04	0.05	0.06	0.04	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.06	0.12	0.30	0.21
O5'	0.17	0.34	0.20	0.25	0.39	0.02	0.52	0.01	0.53	0.58	0.44	0.28	0.60	0.63	0.38	0.07	0.17	0.06	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.08	0.16	0.20	0.36	0.20	0.13	0.35	0.27	0.36	0.38	0.26	0.11	0.46	0.46	0.20	0.12	0.44	0.12	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.23	0.38	0.15	0.09	0.37	0.23	0.52	0.27	0.57	0.45	0.49	0.31	0.68	0.59	0.31	0.16	0.09	0.30	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.13	0.20	0.09	0.15	0.22	0.10	0.37	0.02	0.39	0.37	0.30	0.15	0.49	0.47	0.20	0.11	0.16	0.21	0.01	0.01	0.01	0.00