ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51987

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 4, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.036 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.005, 0.038, 0.072, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.038 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.006, 0.047, 0.087, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.047 std_dev=0.041
C4 B 0, 0.154, 0.392, 0.630, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.392 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.169, 0.429, 0.690, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.429 std_dev=0.260
O2' A 0, 0.081, 0.367, 0.654, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.367 std_dev=0.286
C2 B 0, 0.183, 0.489, 0.794, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.489 std_dev=0.305
C5 B 0, 0.185, 0.504, 0.823, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.504 std_dev=0.319
C2' A 0, 0.063, 0.393, 0.723, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.393 std_dev=0.330
N9 B 0, 0.128, 0.479, 0.831, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.479 std_dev=0.352
O4' A 0, 0.035, 0.408, 0.781, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.408 std_dev=0.373
C8 B 0, 0.164, 0.559, 0.954, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.559 std_dev=0.395
N1 B 0, 0.203, 0.606, 1.008, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.606 std_dev=0.403
N7 B 0, 0.206, 0.616, 1.026, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.616 std_dev=0.410
C6 B 0, 0.215, 0.634, 1.054, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.634 std_dev=0.419
C1' B 0, 0.133, 0.690, 1.247, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.690 std_dev=0.557
C4' A 0, 0.088, 0.675, 1.261, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.675 std_dev=0.586
C3' B 0, 0.334, 0.930, 1.526, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.930 std_dev=0.596
C3' A 0, 0.090, 0.689, 1.289, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.689 std_dev=0.599
N6 B 0, 0.260, 0.870, 1.480, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.870 std_dev=0.610
C4' B 0, 0.397, 1.011, 1.626, 1.860 max_d=1.860 avg_d=1.011 std_dev=0.615
O4' B 0, 0.221, 0.853, 1.486, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.853 std_dev=0.632
C2' B 0, 0.205, 0.885, 1.566, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.885 std_dev=0.680
C5' B 0, 0.562, 1.311, 2.060, 2.546 max_d=2.546 avg_d=1.311 std_dev=0.749
O3' B 0, 0.301, 1.114, 1.927, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.114 std_dev=0.813
O3' A 0, 0.160, 1.021, 1.882, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.021 std_dev=0.861
O2' B 0, 0.360, 1.278, 2.195, 2.830 max_d=2.830 avg_d=1.278 std_dev=0.917
O5' A 0, 0.440, 1.366, 2.291, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.366 std_dev=0.926
C5' A 0, 0.138, 1.080, 2.022, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.080 std_dev=0.942
OP1 B 0, 0.359, 1.686, 3.013, 4.170 max_d=4.170 avg_d=1.686 std_dev=1.327
O5' B 0, 0.244, 1.722, 3.200, 3.620 max_d=3.620 avg_d=1.722 std_dev=1.478
P A 0, 1.087, 2.925, 4.764, 4.872 max_d=4.872 avg_d=2.925 std_dev=1.838
P B 0, 0.159, 2.085, 4.012, 5.145 max_d=5.145 avg_d=2.085 std_dev=1.926
OP1 A 0, 1.237, 3.365, 5.494, 5.769 max_d=5.769 avg_d=3.365 std_dev=2.129
OP2 A 0, 1.535, 3.880, 6.225, 6.275 max_d=6.275 avg_d=3.880 std_dev=2.345
OP2 B 0, 0.333, 3.146, 5.959, 7.637 max_d=7.637 avg_d=3.146 std_dev=2.813

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.28 0.34 0.44 0.14
C2 0.02 0.00 0.33 0.39 0.00 0.14 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.47 0.10 0.54 0.46 1.06 0.55
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.19 0.01 0.12 0.01 0.19 0.10 0.27 0.32 0.16 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.35 0.51 0.41 0.21
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.23 0.01 0.19 0.02 0.27 0.15 0.35 0.35 0.25 0.13 0.09 0.02 0.01 0.01 0.42 0.55 0.42 0.23
C4 0.01 0.00 0.19 0.23 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.26 0.05 0.56 0.49 1.05 0.57
C4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.09 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.54 0.24 0.29
C5 0.01 0.00 0.12 0.19 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.23 0.03 0.67 0.74 1.39 0.85
C5' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.19 0.12 0.20 0.16 0.20 0.15 0.09 0.05 0.06 0.03 0.01 0.28 0.36 0.02
C6 0.01 0.00 0.19 0.27 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.33 0.05 0.69 0.77 1.48 0.90
C8 0.01 0.01 0.10 0.15 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.06 0.67 0.74 1.28 0.81
N1 0.02 0.00 0.27 0.35 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.43 0.08 0.63 0.62 1.31 0.76
N3 0.02 0.00 0.32 0.35 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.41 0.09 0.48 0.39 0.89 0.42
N6 0.02 0.01 0.16 0.25 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.32 0.04 0.74 0.95 1.68 1.07
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.03 0.73 0.92 1.56 1.01
N9 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.52 0.44 0.91 0.49
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.12 0.05 0.08 0.05 0.14 0.07 0.21 0.23 0.12 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.11 0.86 0.21 0.48
O3' 0.02 0.47 0.02 0.01 0.26 0.02 0.23 0.06 0.33 0.17 0.43 0.41 0.32 0.16 0.09 0.06 0.00 0.02 0.28 0.89 0.32 0.35
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.08 0.09 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.35 0.28 0.17
O5' 0.28 0.54 0.35 0.42 0.56 0.02 0.67 0.01 0.69 0.67 0.63 0.48 0.74 0.73 0.52 0.11 0.28 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.34 0.46 0.51 0.55 0.49 0.54 0.74 0.28 0.77 0.74 0.62 0.39 0.95 0.92 0.44 0.86 0.89 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 1.06 0.41 0.42 1.05 0.24 1.39 0.36 1.48 1.28 1.31 0.89 1.68 1.56 0.91 0.21 0.32 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.55 0.21 0.23 0.57 0.29 0.85 0.02 0.90 0.81 0.76 0.42 1.07 1.01 0.49 0.48 0.35 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 0.17 0.55 0.62 0.11 0.78 0.22 0.80 0.38 0.16 0.31 0.15 0.56 0.24 0.27 0.66 0.68 0.74 1.40 0.96 2.02 1.55
C2 0.57 0.16 0.56 0.56 0.17 0.65 0.13 0.59 0.24 0.24 0.22 0.22 0.34 0.18 0.34 0.66 0.60 0.65 1.11 0.87 1.63 1.15
C2' 0.76 0.16 0.78 0.83 0.23 1.01 0.17 0.98 0.29 0.21 0.19 0.30 0.51 0.26 0.42 0.91 0.90 0.98 1.52 0.91 1.87 1.53
C3' 1.07 0.37 1.12 1.22 0.54 1.37 0.26 1.40 0.14 0.63 0.17 0.56 0.30 0.26 0.78 1.19 1.28 1.28 2.07 1.30 2.63 2.23
C4 0.57 0.18 0.51 0.54 0.14 0.68 0.16 0.65 0.34 0.26 0.30 0.17 0.50 0.16 0.34 0.60 0.56 0.71 1.27 0.85 1.92 1.35
C4' 0.92 0.27 0.99 1.12 0.45 1.25 0.26 1.33 0.19 0.61 0.18 0.44 0.33 0.31 0.68 1.03 1.21 1.13 2.00 1.46 2.76 2.29
C5 0.53 0.20 0.45 0.46 0.20 0.60 0.13 0.58 0.32 0.36 0.32 0.19 0.48 0.17 0.39 0.52 0.47 0.65 1.23 0.76 2.01 1.34
C5' 1.09 0.45 1.17 1.31 0.66 1.40 0.50 1.50 0.34 0.88 0.34 0.62 0.31 0.61 0.89 1.18 1.39 1.28 2.24 1.75 3.28 2.61
C6 0.50 0.20 0.43 0.43 0.24 0.53 0.14 0.51 0.23 0.36 0.28 0.22 0.35 0.22 0.39 0.49 0.43 0.58 1.11 0.71 1.85 1.19
C8 0.52 0.22 0.45 0.49 0.16 0.65 0.17 0.68 0.38 0.33 0.36 0.17 0.59 0.15 0.35 0.52 0.50 0.69 1.38 0.82 2.27 1.55
N1 0.51 0.18 0.48 0.47 0.22 0.55 0.10 0.50 0.19 0.28 0.22 0.24 0.28 0.15 0.36 0.56 0.49 0.57 1.04 0.76 1.65 1.09
N3 0.59 0.15 0.58 0.60 0.13 0.72 0.18 0.67 0.30 0.22 0.26 0.18 0.44 0.23 0.31 0.68 0.65 0.72 1.22 0.94 1.74 1.27
N6 0.45 0.23 0.38 0.38 0.29 0.47 0.25 0.48 0.22 0.40 0.29 0.24 0.29 0.33 0.39 0.42 0.37 0.52 1.07 0.65 1.89 1.17
N7 0.51 0.23 0.42 0.45 0.20 0.60 0.16 0.62 0.35 0.40 0.36 0.18 0.55 0.22 0.38 0.48 0.45 0.65 1.31 0.76 2.24 1.47
N9 0.55 0.19 0.50 0.55 0.13 0.71 0.19 0.71 0.38 0.24 0.33 0.16 0.56 0.18 0.32 0.59 0.58 0.72 1.37 0.87 2.08 1.50
O2' 0.56 0.15 0.64 0.71 0.15 0.86 0.29 0.85 0.38 0.19 0.27 0.20 0.57 0.41 0.23 0.81 0.83 0.73 1.24 1.00 1.56 1.30
O3' 1.17 0.49 1.30 1.44 0.63 1.56 0.34 1.64 0.18 0.65 0.27 0.69 0.23 0.30 0.85 1.37 1.55 1.37 2.23 1.56 2.60 2.46
O4' 0.67 0.15 0.70 0.82 0.22 0.96 0.15 1.03 0.27 0.39 0.25 0.21 0.45 0.20 0.44 0.76 0.89 0.88 1.69 1.22 2.46 1.95
O5' 0.72 0.81 0.79 0.90 0.69 0.98 0.81 1.10 0.98 0.72 0.96 0.68 1.17 0.78 0.68 0.76 0.94 0.88 1.84 1.43 2.92 2.21
OP1 1.04 0.81 1.05 1.19 0.73 1.47 0.83 1.62 1.04 0.83 1.01 0.70 1.33 0.82 0.82 1.17 1.31 1.32 2.36 2.22 3.28 2.73
OP2 0.76 1.62 0.92 1.00 1.24 0.92 1.50 1.11 1.88 1.02 1.90 1.31 2.20 1.33 0.96 0.77 1.02 0.78 1.90 1.67 3.19 2.34
P 0.80 1.04 0.87 0.99 0.84 1.13 1.04 1.28 1.30 0.85 1.28 0.83 1.59 1.00 0.77 0.87 1.06 1.01 2.10 1.79 3.19 2.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.36 0.27 0.70 0.35
C2 0.03 0.00 0.09 0.15 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.15 0.03 0.51 0.31 1.20 0.53
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.28 0.25 0.48 0.22
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.01 0.12 0.04 0.14 0.12 0.15 0.13 0.15 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.36 0.30 0.46 0.29
C4 0.02 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.09 0.02 0.56 0.33 1.23 0.57
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.11 0.09 0.06 0.13 0.12 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.11 0.26 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.02 0.68 0.37 1.53 0.72
C5' 0.04 0.19 0.03 0.04 0.19 0.01 0.25 0.00 0.27 0.22 0.24 0.15 0.30 0.27 0.15 0.05 0.07 0.02 0.01 0.10 0.31 0.02
C6 0.02 0.00 0.06 0.14 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.02 0.68 0.37 1.59 0.73
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.03 0.73 0.39 1.48 0.74
N1 0.03 0.00 0.07 0.15 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.15 0.02 0.60 0.34 1.42 0.64
N3 0.03 0.00 0.09 0.13 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.13 0.03 0.47 0.30 1.05 0.47
N6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.13 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.17 0.02 0.73 0.40 1.77 0.81
N7 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.12 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.14 0.03 0.77 0.41 1.71 0.82
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.56 0.33 1.13 0.55
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.11 0.04 0.10 0.05 0.13 0.05 0.16 0.16 0.13 0.07 0.05 0.00 0.07 0.07 0.09 0.18 0.23 0.08
O3' 0.02 0.15 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.07 0.14 0.13 0.15 0.13 0.17 0.14 0.06 0.07 0.00 0.02 0.45 0.40 0.65 0.46
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.37 0.29 0.63 0.37
O5' 0.36 0.51 0.28 0.36 0.56 0.02 0.68 0.01 0.68 0.73 0.60 0.47 0.73 0.77 0.56 0.09 0.45 0.37 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.31 0.25 0.30 0.33 0.11 0.37 0.10 0.37 0.39 0.34 0.30 0.40 0.41 0.33 0.18 0.40 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 1.20 0.48 0.46 1.23 0.26 1.53 0.31 1.59 1.48 1.42 1.05 1.77 1.71 1.13 0.23 0.65 0.63 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.53 0.22 0.29 0.57 0.03 0.72 0.02 0.73 0.74 0.64 0.47 0.81 0.82 0.55 0.08 0.46 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00