ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51988

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 2, 4, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.026, 0.055, 0.083, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.055 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.007, 0.037, 0.067, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.037 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.014, 0.049, 0.085, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.049 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.014, 0.056, 0.098, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.056 std_dev=0.042
C4 B 0, 0.270, 0.423, 0.576, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.423 std_dev=0.153
C5 B 0, 0.264, 0.430, 0.595, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.430 std_dev=0.166
N3 B 0, 0.333, 0.522, 0.710, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.522 std_dev=0.188
N7 B 0, 0.269, 0.477, 0.685, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.477 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.329, 0.586, 0.843, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.586 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.162, 0.419, 0.675, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.419 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.241, 0.502, 0.763, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.502 std_dev=0.261
C8 B 0, 0.197, 0.464, 0.730, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.464 std_dev=0.266
N1 B 0, 0.288, 0.586, 0.884, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.586 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.267, 0.570, 0.872, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.570 std_dev=0.303
O4' B 0, 0.282, 0.616, 0.950, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.616 std_dev=0.334
C2' B 0, 0.462, 0.821, 1.180, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.821 std_dev=0.359
N6 B 0, 0.249, 0.616, 0.983, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.616 std_dev=0.367
C3' B 0, 0.525, 0.952, 1.378, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.952 std_dev=0.427
O2' B 0, 0.465, 0.900, 1.335, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.900 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.405, 0.853, 1.301, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.853 std_dev=0.448
O4' A 0, -0.039, 0.413, 0.866, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.413 std_dev=0.453
C2' A 0, -0.001, 0.464, 0.930, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.464 std_dev=0.465
C5' B 0, 0.421, 0.964, 1.507, 2.464 max_d=2.464 avg_d=0.964 std_dev=0.543
O3' B 0, 0.650, 1.209, 1.768, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.209 std_dev=0.559
C3' A 0, 0.069, 0.665, 1.260, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.665 std_dev=0.596
C4' A 0, 0.016, 0.653, 1.290, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.653 std_dev=0.637
O3' A 0, 0.253, 0.966, 1.679, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.966 std_dev=0.713
O2' A 0, -0.072, 0.663, 1.398, 2.577 max_d=2.577 avg_d=0.663 std_dev=0.735
O5' B 0, 0.165, 1.096, 2.027, 3.480 max_d=3.480 avg_d=1.096 std_dev=0.931
C5' A 0, 0.134, 1.107, 2.079, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.107 std_dev=0.972
P B 0, 0.047, 1.080, 2.114, 3.779 max_d=3.779 avg_d=1.080 std_dev=1.033
OP2 B 0, 0.012, 1.207, 2.402, 4.175 max_d=4.175 avg_d=1.207 std_dev=1.195
O5' A 0, 0.285, 1.482, 2.679, 4.224 max_d=4.224 avg_d=1.482 std_dev=1.197
OP1 B 0, -0.087, 1.429, 2.946, 5.145 max_d=5.145 avg_d=1.429 std_dev=1.516
P A 0, 0.620, 2.228, 3.836, 6.145 max_d=6.145 avg_d=2.228 std_dev=1.608
OP2 A 0, 0.558, 2.368, 4.178, 6.232 max_d=6.232 avg_d=2.368 std_dev=1.810
OP1 A 0, 0.901, 2.984, 5.066, 8.497 max_d=8.497 avg_d=2.984 std_dev=2.083

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.17 0.25 0.37 0.23
C2 0.03 0.00 0.26 0.14 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.30 0.26 0.34 0.48 0.59 0.50
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.14 0.02 0.09 0.13 0.14 0.15 0.21 0.26 0.12 0.11 0.04 0.00 0.07 0.02 0.35 0.64 0.66 0.48
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.16 0.00 0.24 0.03 0.23 0.29 0.19 0.12 0.27 0.31 0.17 0.03 0.01 0.03 0.26 0.64 0.62 0.38
C4 0.02 0.01 0.14 0.16 0.00 0.06 0.00 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.14 0.18 0.13 0.33 0.39 0.58 0.48
C4' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.25 0.11 0.16 0.12 0.22 0.09 0.21 0.04 0.00 0.02 0.27 0.46 0.11
C5 0.02 0.01 0.09 0.24 0.00 0.10 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.16 0.06 0.44 0.57 0.78 0.66
C5' 0.07 0.24 0.13 0.03 0.19 0.01 0.27 0.00 0.27 0.39 0.24 0.23 0.31 0.39 0.19 0.10 0.17 0.02 0.01 0.27 0.36 0.01
C6 0.03 0.01 0.14 0.23 0.02 0.09 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.18 0.12 0.45 0.64 0.83 0.70
C8 0.01 0.01 0.15 0.29 0.00 0.25 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.22 0.15 0.50 0.53 0.72 0.64
N1 0.03 0.00 0.21 0.19 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.23 0.20 0.40 0.57 0.72 0.61
N3 0.03 0.00 0.26 0.12 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.28 0.31 0.26 0.30 0.40 0.50 0.41
N6 0.02 0.01 0.12 0.27 0.02 0.12 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.22 0.21 0.08 0.51 0.77 0.96 0.81
N7 0.01 0.01 0.11 0.31 0.00 0.22 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.23 0.09 0.54 0.69 0.89 0.77
N9 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.09 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.12 0.01 0.30 0.29 0.51 0.42
O2' 0.02 0.29 0.00 0.03 0.14 0.21 0.19 0.10 0.18 0.34 0.21 0.28 0.22 0.32 0.14 0.00 0.15 0.15 0.27 0.66 0.72 0.44
O3' 0.25 0.30 0.07 0.01 0.18 0.04 0.16 0.17 0.18 0.22 0.23 0.31 0.21 0.23 0.12 0.15 0.00 0.17 0.34 0.76 1.01 0.55
O4' 0.01 0.26 0.02 0.03 0.13 0.00 0.06 0.02 0.12 0.15 0.20 0.26 0.08 0.09 0.01 0.15 0.17 0.00 0.14 0.17 0.32 0.21
O5' 0.17 0.34 0.35 0.26 0.33 0.02 0.44 0.01 0.45 0.50 0.40 0.30 0.51 0.54 0.30 0.27 0.34 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.25 0.48 0.64 0.64 0.39 0.27 0.57 0.27 0.64 0.53 0.57 0.40 0.77 0.69 0.29 0.66 0.76 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.59 0.66 0.62 0.58 0.46 0.78 0.36 0.83 0.72 0.72 0.50 0.96 0.89 0.51 0.72 1.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.50 0.48 0.38 0.48 0.11 0.66 0.01 0.70 0.64 0.61 0.41 0.81 0.77 0.42 0.44 0.55 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.27 0.33 0.36 0.18 0.38 0.15 0.39 0.21 0.32 0.27 0.23 0.24 0.21 0.27 0.34 0.39 0.35 0.24 0.57 0.33 0.17
C2 0.27 0.23 0.28 0.25 0.18 0.26 0.24 0.28 0.23 0.31 0.21 0.21 0.33 0.33 0.25 0.32 0.26 0.26 0.20 0.48 0.47 0.13
C2' 0.23 0.52 0.20 0.20 0.39 0.27 0.36 0.34 0.44 0.17 0.51 0.46 0.42 0.23 0.26 0.22 0.23 0.20 0.38 0.47 0.32 0.16
C3' 0.17 0.51 0.16 0.14 0.43 0.10 0.55 0.17 0.63 0.38 0.60 0.42 0.70 0.53 0.31 0.11 0.14 0.13 0.17 0.29 0.31 0.02
C4 0.26 0.28 0.26 0.26 0.14 0.27 0.15 0.33 0.17 0.35 0.26 0.21 0.23 0.32 0.24 0.27 0.27 0.26 0.23 0.43 0.52 0.08
C4' 0.16 0.32 0.10 0.10 0.23 0.14 0.33 0.14 0.42 0.20 0.40 0.24 0.52 0.33 0.15 0.17 0.13 0.17 0.13 0.54 0.21 0.14
C5 0.24 0.33 0.25 0.26 0.16 0.27 0.15 0.38 0.13 0.34 0.30 0.25 0.20 0.34 0.24 0.25 0.26 0.24 0.32 0.38 0.66 0.21
C5' 0.13 0.43 0.13 0.17 0.33 0.10 0.47 0.17 0.58 0.33 0.54 0.33 0.71 0.49 0.23 0.11 0.18 0.13 0.20 0.41 0.45 0.24
C6 0.24 0.33 0.24 0.24 0.17 0.24 0.18 0.35 0.10 0.32 0.25 0.26 0.24 0.34 0.23 0.27 0.24 0.23 0.32 0.37 0.67 0.20
C8 0.27 0.32 0.28 0.32 0.18 0.34 0.15 0.45 0.23 0.36 0.33 0.24 0.27 0.29 0.25 0.27 0.34 0.28 0.38 0.43 0.68 0.30
N1 0.25 0.27 0.26 0.24 0.17 0.24 0.22 0.30 0.19 0.31 0.16 0.24 0.34 0.34 0.23 0.30 0.24 0.24 0.25 0.40 0.58 0.12
N3 0.27 0.24 0.27 0.26 0.16 0.27 0.20 0.29 0.21 0.33 0.23 0.19 0.27 0.31 0.25 0.30 0.27 0.27 0.18 0.51 0.43 0.13
N6 0.23 0.37 0.24 0.23 0.19 0.24 0.18 0.38 0.11 0.30 0.29 0.29 0.21 0.33 0.22 0.26 0.24 0.22 0.38 0.37 0.76 0.28
N7 0.25 0.34 0.26 0.30 0.18 0.31 0.16 0.44 0.20 0.36 0.35 0.26 0.23 0.32 0.24 0.25 0.31 0.26 0.41 0.42 0.76 0.33
N9 0.28 0.29 0.28 0.31 0.16 0.32 0.14 0.38 0.20 0.35 0.29 0.22 0.24 0.27 0.25 0.28 0.32 0.29 0.25 0.44 0.50 0.11
O2' 0.29 0.37 0.36 0.46 0.30 0.42 0.32 0.46 0.31 0.47 0.33 0.35 0.32 0.44 0.32 0.30 0.49 0.32 0.49 0.70 0.48 0.35
O3' 0.31 0.38 0.24 0.19 0.35 0.26 0.46 0.24 0.51 0.38 0.45 0.34 0.61 0.52 0.30 0.31 0.18 0.38 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.33 0.26 0.30 0.26 0.20 0.32 0.16 0.27 0.23 0.20 0.26 0.26 0.30 0.16 0.24 0.36 0.29 0.34 0.17 0.62 0.27 0.14
O5' 0.34 0.57 0.40 0.42 0.52 0.27 0.69 0.28 0.78 0.61 0.71 0.46 0.93 0.76 0.46 0.32 0.40 0.28 0.47 0.49 0.82 0.50
OP1 0.62 0.58 0.75 0.88 0.59 0.77 0.79 0.86 0.88 0.85 0.77 0.47 1.11 0.94 0.65 0.71 0.94 0.67 0.94 1.20 1.32 1.08
OP2 0.93 1.03 1.07 1.07 1.07 0.85 1.23 0.83 1.26 1.22 1.15 0.98 1.41 1.34 1.06 0.98 1.05 0.81 1.02 0.91 1.09 0.95
P 0.57 0.82 0.67 0.66 0.79 0.45 0.99 0.43 1.09 0.90 0.98 0.71 1.27 1.07 0.73 0.57 0.64 0.46 0.63 0.64 0.91 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.25 0.25 0.21 0.16
C2 0.03 0.00 0.15 0.12 0.01 0.08 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.10 0.43 0.43 0.65 0.37
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.02 0.07 0.04 0.10 0.04 0.13 0.14 0.09 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.28 0.29 0.18 0.19
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.11 0.08 0.12 0.10 0.10 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.30 0.41 0.13 0.23
C4 0.01 0.01 0.09 0.09 0.00 0.09 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.06 0.48 0.42 0.62 0.39
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.12 0.18 0.10 0.06 0.14 0.17 0.10 0.08 0.02 0.00 0.01 0.16 0.19 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.13 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.04 0.62 0.56 0.83 0.55
C5' 0.09 0.26 0.04 0.02 0.28 0.01 0.36 0.00 0.36 0.40 0.32 0.23 0.40 0.42 0.26 0.06 0.10 0.01 0.01 0.31 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.11 0.01 0.12 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.06 0.63 0.59 0.90 0.58
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.18 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.06 0.67 0.55 0.70 0.54
N1 0.03 0.00 0.13 0.12 0.01 0.10 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.09 0.54 0.52 0.80 0.49
N3 0.03 0.00 0.14 0.10 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.10 0.37 0.37 0.53 0.30
N6 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.14 0.01 0.40 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.06 0.71 0.70 1.03 0.69
N7 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.17 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.73 0.66 0.91 0.66
N9 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.10 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.47 0.37 0.49 0.34
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.04 0.13 0.14 0.09 0.04 0.03 0.00 0.08 0.04 0.14 0.20 0.08 0.13
O3' 0.04 0.15 0.03 0.01 0.10 0.02 0.11 0.10 0.13 0.08 0.15 0.13 0.14 0.10 0.06 0.08 0.00 0.07 0.19 0.47 0.19 0.21
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.16 0.29 0.16 0.18
O5' 0.25 0.43 0.28 0.30 0.48 0.01 0.62 0.01 0.63 0.67 0.54 0.37 0.71 0.73 0.47 0.14 0.19 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.25 0.43 0.29 0.41 0.42 0.16 0.56 0.31 0.59 0.55 0.52 0.37 0.70 0.66 0.37 0.20 0.47 0.29 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.65 0.18 0.13 0.62 0.19 0.83 0.36 0.90 0.70 0.80 0.53 1.03 0.91 0.49 0.08 0.19 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.37 0.19 0.23 0.39 0.06 0.55 0.02 0.58 0.54 0.49 0.30 0.69 0.66 0.34 0.13 0.21 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00