Doublet Group distance statistics: 51990

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N6	A	0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C8	A	0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.038 std_dev=0.025
O2'	A	0, 0.047, 0.165, 0.283, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.165 std_dev=0.118
C2'	A	0, 0.052, 0.200, 0.347, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.200 std_dev=0.148
O4'	A	0, 0.071, 0.247, 0.423, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.247 std_dev=0.176
C3'	A	0, 0.156, 0.448, 0.741, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.448 std_dev=0.292
C4'	A	0, 0.153, 0.476, 0.799, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.476 std_dev=0.323
C5	B	0, 0.322, 0.674, 1.027, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.674 std_dev=0.352
N3	B	0, 0.393, 0.756, 1.119, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.756 std_dev=0.363
C4	B	0, 0.336, 0.699, 1.062, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.699 std_dev=0.363
N7	B	0, 0.292, 0.664, 1.036, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.664 std_dev=0.372
C6	B	0, 0.384, 0.763, 1.142, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.763 std_dev=0.379
C2	B	0, 0.443, 0.823, 1.203, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.823 std_dev=0.380
O3'	A	0, 0.218, 0.609, 0.999, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.609 std_dev=0.391
N1	B	0, 0.463, 0.862, 1.261, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.862 std_dev=0.399
N6	B	0, 0.412, 0.830, 1.247, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.830 std_dev=0.418
C8	B	0, 0.295, 0.725, 1.155, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.725 std_dev=0.430
N9	B	0, 0.289, 0.731, 1.174, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.731 std_dev=0.442
C5'	B	0, 0.167, 0.685, 1.202, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.685 std_dev=0.517
O4'	B	0, 0.210, 0.743, 1.275, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.743 std_dev=0.532
C1'	B	0, 0.284, 0.820, 1.356, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.820 std_dev=0.536
O5'	B	0, 0.265, 0.819, 1.372, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.819 std_dev=0.554
C5'	A	0, 0.224, 0.779, 1.334, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.779 std_dev=0.555
P	B	0, 0.308, 0.866, 1.423, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.866 std_dev=0.558
C4'	B	0, 0.187, 0.775, 1.362, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.775 std_dev=0.587
OP1	B	0, 0.362, 1.016, 1.670, 2.021 max_d=2.021 avg_d=1.016 std_dev=0.654
OP2	B	0, 0.385, 1.052, 1.719, 2.295 max_d=2.295 avg_d=1.052 std_dev=0.667
C2'	B	0, 0.323, 1.010, 1.698, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.010 std_dev=0.688
C3'	B	0, 0.264, 0.966, 1.667, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.966 std_dev=0.701
O2'	B	0, 0.343, 1.125, 1.907, 2.336 max_d=2.336 avg_d=1.125 std_dev=0.782
O5'	A	0, 0.199, 1.012, 1.824, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.012 std_dev=0.813
O3'	B	0, 0.253, 1.118, 1.984, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.118 std_dev=0.866
P	A	0, 0.326, 1.761, 3.196, 5.426 max_d=5.426 avg_d=1.761 std_dev=1.435
OP1	A	0, 0.443, 1.969, 3.494, 6.080 max_d=6.080 avg_d=1.969 std_dev=1.525
OP2	A	0, 0.583, 2.253, 3.923, 6.454 max_d=6.454 avg_d=2.253 std_dev=1.670

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.16	0.28	0.15	0.16
C2	0.02	0.00	0.10	0.18	0.01	0.08	0.01	0.17	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.20	0.02	0.45	0.38	0.73	0.57
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.02	0.05	0.05	0.08	0.10	0.05	0.04	0.02	0.00	0.01	0.01	0.21	0.26	0.18	0.11
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.12	0.00	0.11	0.02	0.15	0.05	0.18	0.16	0.14	0.07	0.06	0.02	0.01	0.02	0.26	0.17	0.19	0.12
C4	0.01	0.01	0.05	0.12	0.00	0.07	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.12	0.01	0.43	0.34	0.65	0.54
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.07	0.00	0.09	0.00	0.10	0.08	0.10	0.06	0.12	0.10	0.05	0.05	0.01	0.00	0.01	0.27	0.24	0.12
C5	0.01	0.01	0.04	0.11	0.00	0.09	0.00	0.21	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.12	0.01	0.52	0.51	0.89	0.74
C5'	0.03	0.17	0.02	0.02	0.16	0.00	0.21	0.00	0.23	0.18	0.21	0.14	0.26	0.22	0.13	0.06	0.02	0.01	0.01	0.10	0.22	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.15	0.01	0.10	0.01	0.23	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.16	0.01	0.56	0.56	1.00	0.80
C8	0.01	0.01	0.05	0.05	0.00	0.08	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.07	0.03	0.45	0.46	0.71	0.64
N1	0.02	0.00	0.08	0.18	0.01	0.10	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.20	0.02	0.53	0.48	0.91	0.71
N3	0.02	0.01	0.10	0.16	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.17	0.03	0.38	0.32	0.58	0.45
N6	0.02	0.01	0.05	0.14	0.01	0.12	0.01	0.26	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.16	0.02	0.61	0.69	1.15	0.92
N7	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.10	0.00	0.22	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.08	0.03	0.54	0.61	0.94	0.81
N9	0.00	0.01	0.02	0.06	0.00	0.05	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.05	0.01	0.35	0.28	0.49	0.43
O2'	0.01	0.07	0.00	0.02	0.05	0.05	0.05	0.06	0.06	0.03	0.07	0.07	0.06	0.04	0.03	0.00	0.04	0.05	0.09	0.48	0.26	0.17
O3'	0.01	0.20	0.01	0.01	0.12	0.01	0.12	0.02	0.16	0.07	0.20	0.17	0.16	0.08	0.05	0.04	0.00	0.01	0.23	0.30	0.34	0.13
O4'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.08	0.30	0.09	0.11
O5'	0.16	0.45	0.21	0.26	0.43	0.01	0.52	0.01	0.56	0.45	0.53	0.38	0.61	0.54	0.35	0.09	0.23	0.08	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.28	0.38	0.26	0.17	0.34	0.27	0.51	0.10	0.56	0.46	0.48	0.32	0.69	0.61	0.28	0.48	0.30	0.30	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.15	0.73	0.18	0.19	0.65	0.24	0.89	0.22	1.00	0.71	0.91	0.58	1.15	0.94	0.49	0.26	0.34	0.09	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.16	0.57	0.11	0.12	0.54	0.12	0.74	0.01	0.80	0.64	0.71	0.45	0.92	0.81	0.43	0.17	0.13	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.28	0.32	0.24	0.16	0.26	0.16	0.20	0.11	0.22	0.19	0.27	0.32	0.18	0.17	0.24	0.29	0.14	0.24	0.15	0.05	0.08	0.05
C2	0.28	0.32	0.30	0.26	0.19	0.26	0.12	0.30	0.18	0.27	0.28	0.28	0.16	0.19	0.23	0.35	0.28	0.26	0.33	0.28	0.35	0.29
C2'	0.25	0.25	0.20	0.14	0.21	0.14	0.17	0.10	0.18	0.17	0.21	0.26	0.16	0.16	0.21	0.25	0.12	0.24	0.15	0.08	0.08	0.07
C3'	0.20	0.19	0.13	0.08	0.19	0.11	0.21	0.05	0.22	0.23	0.19	0.19	0.25	0.25	0.19	0.18	0.08	0.22	0.06	0.01	0.04	0.01
C4	0.24	0.33	0.23	0.15	0.25	0.14	0.20	0.17	0.23	0.19	0.29	0.32	0.18	0.16	0.22	0.28	0.15	0.17	0.20	0.15	0.23	0.16
C4'	0.23	0.21	0.15	0.08	0.20	0.12	0.21	0.05	0.21	0.23	0.20	0.22	0.25	0.26	0.20	0.21	0.08	0.23	0.05	0.05	0.08	0.03
C5	0.22	0.33	0.22	0.15	0.26	0.13	0.23	0.15	0.26	0.18	0.31	0.31	0.22	0.17	0.21	0.25	0.16	0.16	0.19	0.15	0.26	0.17
C5'	0.23	0.27	0.15	0.10	0.27	0.12	0.34	0.07	0.36	0.32	0.32	0.25	0.44	0.39	0.25	0.19	0.11	0.23	0.05	0.12	0.16	0.09
C6	0.21	0.33	0.22	0.17	0.22	0.16	0.19	0.20	0.24	0.18	0.32	0.29	0.21	0.16	0.19	0.26	0.17	0.17	0.24	0.22	0.32	0.23
C8	0.28	0.33	0.25	0.21	0.29	0.17	0.27	0.13	0.28	0.23	0.31	0.33	0.25	0.23	0.27	0.27	0.21	0.24	0.17	0.10	0.18	0.11
N1	0.25	0.32	0.27	0.23	0.19	0.23	0.13	0.27	0.19	0.24	0.30	0.27	0.18	0.18	0.21	0.32	0.24	0.23	0.31	0.28	0.37	0.28
N3	0.26	0.33	0.27	0.21	0.22	0.21	0.15	0.26	0.19	0.24	0.28	0.30	0.15	0.17	0.21	0.32	0.22	0.21	0.29	0.23	0.28	0.23
N6	0.20	0.32	0.21	0.16	0.22	0.15	0.20	0.18	0.27	0.17	0.33	0.27	0.26	0.18	0.18	0.25	0.17	0.16	0.22	0.22	0.33	0.23
N7	0.25	0.33	0.24	0.19	0.29	0.15	0.27	0.13	0.29	0.22	0.32	0.32	0.27	0.23	0.25	0.26	0.20	0.20	0.16	0.12	0.22	0.13
N9	0.27	0.33	0.24	0.16	0.28	0.15	0.23	0.12	0.24	0.20	0.29	0.33	0.20	0.18	0.25	0.28	0.15	0.22	0.16	0.06	0.14	0.08
O2'	0.30	0.33	0.27	0.20	0.26	0.21	0.20	0.15	0.21	0.16	0.28	0.34	0.18	0.15	0.24	0.32	0.18	0.28	0.17	0.12	0.07	0.09
O3'	0.17	0.20	0.11	0.08	0.20	0.11	0.24	0.08	0.26	0.24	0.22	0.19	0.30	0.28	0.18	0.15	0.11	0.20	0.01	0.01	0.01	0.00
O4'	0.26	0.29	0.20	0.12	0.24	0.13	0.20	0.07	0.21	0.20	0.25	0.29	0.20	0.20	0.23	0.26	0.10	0.24	0.10	0.03	0.07	0.01
O5'	0.51	0.66	0.49	0.46	0.64	0.37	0.70	0.32	0.73	0.64	0.71	0.62	0.77	0.72	0.59	0.46	0.44	0.45	0.40	0.32	0.54	0.39
OP1	0.34	0.61	0.31	0.30	0.53	0.33	0.68	0.35	0.79	0.51	0.75	0.50	0.94	0.69	0.43	0.30	0.31	0.35	0.34	0.49	0.62	0.41
OP2	0.62	1.08	0.59	0.49	0.95	0.40	1.10	0.37	1.23	0.85	1.20	0.95	1.35	1.07	0.80	0.53	0.44	0.48	0.41	0.43	0.51	0.37
P	0.49	0.86	0.44	0.36	0.76	0.26	0.90	0.20	1.00	0.72	0.97	0.75	1.12	0.90	0.64	0.39	0.31	0.37	0.29	0.24	0.51	0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.06	0.07	0.11	0.07
C2	0.04	0.00	0.11	0.14	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.11	0.16	0.05	0.21	0.28	0.38	0.26
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.06	0.01	0.03	0.02	0.05	0.05	0.08	0.11	0.04	0.04	0.02	0.00	0.02	0.00	0.07	0.14	0.12	0.08
C3'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.09	0.00	0.09	0.02	0.11	0.09	0.13	0.12	0.11	0.09	0.05	0.01	0.00	0.02	0.08	0.17	0.15	0.11
C4	0.01	0.01	0.06	0.09	0.00	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.06	0.09	0.02	0.20	0.24	0.33	0.24
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.07	0.09	0.06	0.05	0.09	0.09	0.04	0.05	0.02	0.00	0.02	0.07	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.09	0.01	0.07	0.00	0.17	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.09	0.02	0.26	0.33	0.43	0.32
C5'	0.02	0.10	0.02	0.02	0.11	0.01	0.17	0.00	0.17	0.17	0.14	0.08	0.21	0.20	0.10	0.05	0.04	0.01	0.01	0.05	0.02	0.02
C6	0.02	0.01	0.05	0.11	0.01	0.07	0.01	0.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.11	0.02	0.28	0.38	0.49	0.36
C8	0.02	0.02	0.05	0.09	0.01	0.09	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.03	0.11	0.06	0.22	0.26	0.31	0.26
N1	0.03	0.00	0.08	0.13	0.01	0.06	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.15	0.03	0.26	0.35	0.46	0.33
N3	0.04	0.00	0.11	0.12	0.01	0.05	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.11	0.14	0.06	0.18	0.21	0.31	0.21
N6	0.02	0.01	0.04	0.11	0.01	0.09	0.01	0.21	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.12	0.03	0.32	0.45	0.55	0.41
N7	0.02	0.01	0.04	0.09	0.01	0.09	0.00	0.20	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.10	0.05	0.28	0.35	0.43	0.34
N9	0.01	0.02	0.02	0.05	0.00	0.04	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.05	0.02	0.16	0.18	0.24	0.18
O2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.06	0.05	0.05	0.05	0.06	0.03	0.09	0.11	0.06	0.03	0.02	0.00	0.05	0.04	0.07	0.13	0.11	0.07
O3'	0.02	0.16	0.02	0.00	0.09	0.02	0.09	0.04	0.11	0.11	0.15	0.14	0.12	0.10	0.05	0.05	0.00	0.02	0.12	0.25	0.22	0.18
O4'	0.00	0.05	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.06	0.03	0.06	0.03	0.05	0.02	0.04	0.02	0.00	0.05	0.06	0.08	0.09
O5'	0.06	0.21	0.07	0.08	0.20	0.02	0.26	0.01	0.28	0.22	0.26	0.18	0.32	0.28	0.16	0.07	0.12	0.05	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.07	0.28	0.14	0.17	0.24	0.07	0.33	0.05	0.38	0.26	0.35	0.21	0.45	0.35	0.18	0.13	0.25	0.06	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.11	0.38	0.12	0.15	0.33	0.03	0.43	0.02	0.49	0.31	0.46	0.31	0.55	0.43	0.24	0.11	0.22	0.08	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.07	0.26	0.08	0.11	0.24	0.02	0.32	0.02	0.36	0.26	0.33	0.21	0.41	0.34	0.18	0.07	0.18	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00