Doublet Group distance statistics: 51994

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C4	A	0, 0.010, 0.029, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C2	A	0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C1'	A	0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N7	A	0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N9	A	0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.036 std_dev=0.026
N3	A	0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.028
C8	A	0, 0.013, 0.046, 0.079, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.046 std_dev=0.033
N6	A	0, 0.002, 0.038, 0.074, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.038 std_dev=0.036
C4	B	0, 0.139, 0.296, 0.453, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.296 std_dev=0.157
N3	B	0, 0.173, 0.338, 0.504, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.338 std_dev=0.165
C5	B	0, 0.193, 0.363, 0.534, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.363 std_dev=0.170
C6	B	0, 0.204, 0.378, 0.552, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.378 std_dev=0.174
N9	B	0, 0.199, 0.414, 0.628, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.414 std_dev=0.214
N6	B	0, 0.238, 0.460, 0.681, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.460 std_dev=0.221
N1	B	0, 0.209, 0.447, 0.684, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.447 std_dev=0.237
C1'	B	0, 0.218, 0.457, 0.695, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.457 std_dev=0.238
C2	B	0, 0.195, 0.444, 0.693, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.444 std_dev=0.249
N7	B	0, 0.184, 0.507, 0.831, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.507 std_dev=0.323
O2'	B	0, 0.292, 0.646, 1.000, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.646 std_dev=0.354
C8	B	0, 0.175, 0.539, 0.903, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.539 std_dev=0.364
C2'	B	0, 0.242, 0.705, 1.167, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.705 std_dev=0.463
O4'	A	0, -0.075, 0.508, 1.091, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.508 std_dev=0.583
C2'	A	0, -0.067, 0.518, 1.104, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.518 std_dev=0.585
O5'	A	0, 0.224, 0.894, 1.565, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.894 std_dev=0.670
O4'	B	0, 0.078, 0.861, 1.643, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.861 std_dev=0.783
C4'	A	0, -0.010, 0.798, 1.605, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.798 std_dev=0.807
C3'	A	0, -0.108, 0.750, 1.607, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.750 std_dev=0.857
O2'	A	0, -0.070, 0.789, 1.647, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.789 std_dev=0.858
C3'	B	0, 0.098, 1.105, 2.112, 2.536 max_d=2.536 avg_d=1.105 std_dev=1.007
C5'	A	0, 0.053, 1.109, 2.165, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.109 std_dev=1.056
C4'	B	0, 0.025, 1.123, 2.221, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.123 std_dev=1.098
O3'	A	0, -0.117, 1.085, 2.287, 2.815 max_d=2.815 avg_d=1.085 std_dev=1.202
P	A	0, -0.277, 1.034, 2.346, 3.911 max_d=3.911 avg_d=1.034 std_dev=1.312
O3'	B	0, 0.044, 1.420, 2.796, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.420 std_dev=1.376
O5'	B	0, -0.129, 1.424, 2.977, 3.729 max_d=3.729 avg_d=1.424 std_dev=1.553
OP1	A	0, 0.065, 1.726, 3.386, 4.867 max_d=4.867 avg_d=1.726 std_dev=1.661
C5'	B	0, -0.172, 1.536, 3.244, 4.171 max_d=4.171 avg_d=1.536 std_dev=1.708
OP2	A	0, -0.105, 1.604, 3.313, 5.020 max_d=5.020 avg_d=1.604 std_dev=1.709
OP2	B	0, -0.332, 1.771, 3.875, 4.802 max_d=4.802 avg_d=1.771 std_dev=2.104
P	B	0, -0.364, 1.905, 4.175, 5.215 max_d=5.215 avg_d=1.905 std_dev=2.269
OP1	B	0, -0.453, 2.401, 5.256, 6.548 max_d=6.548 avg_d=2.401 std_dev=2.854

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.12	0.03	0.01	0.05	0.06	0.03	0.00	0.01	0.02	0.30	0.00	0.35	0.44	0.52	0.32
C2	0.06	0.00	0.28	0.30	0.03	0.06	0.01	0.18	0.02	0.04	0.01	0.01	0.03	0.02	0.05	0.05	0.07	0.24	0.56	0.80	0.61	0.74
C2'	0.00	0.28	0.00	0.00	0.13	0.01	0.02	0.21	0.08	0.22	0.19	0.30	0.02	0.15	0.03	0.00	0.04	0.01	0.39	0.14	1.15	0.63
C3'	0.01	0.30	0.00	0.00	0.27	0.00	0.29	0.04	0.32	0.17	0.33	0.27	0.32	0.24	0.19	0.01	0.01	0.01	0.26	0.09	1.04	0.51
C4	0.02	0.03	0.13	0.27	0.00	0.02	0.01	0.20	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.14	0.05	0.13	0.52	0.66	0.53	0.64
C4'	0.00	0.06	0.01	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.04	0.12	0.03	0.07	0.05	0.12	0.06	0.31	0.01	0.00	0.02	0.39	0.43	0.05
C5	0.02	0.01	0.02	0.29	0.01	0.05	0.00	0.24	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.28	0.05	0.06	0.56	0.70	0.59	0.73
C5'	0.12	0.18	0.21	0.04	0.20	0.01	0.24	0.00	0.23	0.29	0.20	0.17	0.25	0.29	0.21	0.11	0.26	0.00	0.01	0.37	0.16	0.01
C6	0.03	0.02	0.08	0.32	0.01	0.04	0.01	0.23	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.03	0.02	0.26	0.07	0.11	0.59	0.79	0.66	0.81
C8	0.01	0.04	0.22	0.17	0.01	0.12	0.02	0.29	0.03	0.00	0.04	0.02	0.04	0.00	0.00	0.35	0.03	0.13	0.49	0.49	0.46	0.56
N1	0.05	0.01	0.19	0.33	0.03	0.03	0.03	0.20	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.04	0.04	0.16	0.04	0.19	0.59	0.83	0.65	0.81
N3	0.06	0.01	0.30	0.27	0.01	0.07	0.02	0.17	0.04	0.02	0.02	0.00	0.05	0.01	0.03	0.04	0.12	0.24	0.52	0.72	0.57	0.65
N6	0.03	0.03	0.02	0.32	0.01	0.05	0.01	0.25	0.00	0.04	0.02	0.05	0.00	0.04	0.02	0.33	0.11	0.08	0.60	0.82	0.74	0.85
N7	0.00	0.02	0.15	0.24	0.01	0.12	0.01	0.29	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.00	0.01	0.37	0.09	0.07	0.53	0.60	0.57	0.68
N9	0.01	0.05	0.03	0.19	0.02	0.06	0.01	0.21	0.02	0.00	0.04	0.03	0.02	0.01	0.00	0.18	0.09	0.01	0.47	0.52	0.47	0.52
O2'	0.02	0.05	0.00	0.01	0.14	0.31	0.28	0.11	0.26	0.35	0.16	0.04	0.33	0.37	0.18	0.00	0.05	0.22	0.13	0.32	1.14	0.38
O3'	0.30	0.07	0.04	0.01	0.05	0.01	0.05	0.26	0.07	0.03	0.04	0.12	0.11	0.09	0.09	0.05	0.00	0.27	0.16	0.51	0.94	0.36
O4'	0.00	0.24	0.01	0.01	0.13	0.00	0.06	0.00	0.11	0.13	0.19	0.24	0.08	0.07	0.01	0.22	0.27	0.00	0.44	0.70	0.07	0.38
O5'	0.35	0.56	0.39	0.26	0.52	0.02	0.56	0.01	0.59	0.49	0.59	0.52	0.60	0.53	0.47	0.13	0.16	0.44	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.44	0.80	0.14	0.09	0.66	0.39	0.70	0.37	0.79	0.49	0.83	0.72	0.82	0.60	0.52	0.32	0.51	0.70	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.52	0.61	1.15	1.04	0.53	0.43	0.59	0.16	0.66	0.46	0.65	0.57	0.74	0.57	0.47	1.14	0.94	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.32	0.74	0.63	0.51	0.64	0.05	0.73	0.01	0.81	0.56	0.81	0.65	0.85	0.68	0.52	0.38	0.36	0.38	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.21	0.20	0.24	0.54	0.07	0.68	0.10	0.93	0.10	0.38	0.21	0.11	0.12	0.33	0.21	0.11	0.56	0.55	0.91	1.16	1.03	1.16
C2	0.34	0.11	0.14	0.43	0.20	0.73	0.25	0.91	0.15	0.47	0.10	0.08	0.17	0.40	0.35	0.06	0.37	0.77	0.78	0.86	0.65	0.88
C2'	0.25	0.17	0.16	0.24	0.17	0.19	0.10	0.38	0.08	0.14	0.08	0.22	0.18	0.17	0.20	0.28	0.27	0.12	0.46	0.75	0.81	0.75
C3'	0.57	0.78	0.48	0.26	0.71	0.20	0.72	0.09	0.75	0.56	0.77	0.75	0.70	0.62	0.63	0.57	0.20	0.34	0.12	0.38	0.30	0.33
C4	0.20	0.21	0.07	0.31	0.07	0.55	0.16	0.74	0.08	0.41	0.18	0.13	0.11	0.38	0.22	0.07	0.27	0.56	0.65	0.73	0.57	0.77
C4'	0.22	0.60	0.21	0.08	0.44	0.17	0.49	0.36	0.62	0.24	0.66	0.50	0.68	0.36	0.30	0.26	0.10	0.08	0.28	0.55	0.35	0.50
C5	0.14	0.25	0.10	0.09	0.05	0.36	0.18	0.49	0.10	0.35	0.19	0.16	0.16	0.36	0.18	0.16	0.04	0.46	0.38	0.36	0.24	0.44
C5'	0.32	0.68	0.37	0.26	0.54	0.15	0.60	0.17	0.74	0.36	0.76	0.58	0.85	0.48	0.41	0.36	0.26	0.15	0.19	0.12	0.16	0.13
C6	0.17	0.17	0.16	0.03	0.13	0.33	0.24	0.44	0.17	0.35	0.12	0.10	0.22	0.36	0.22	0.21	0.10	0.48	0.32	0.26	0.15	0.35
C8	0.09	0.32	0.07	0.13	0.05	0.34	0.06	0.47	0.14	0.27	0.31	0.21	0.13	0.28	0.10	0.12	0.10	0.37	0.39	0.41	0.29	0.48
N1	0.28	0.11	0.05	0.18	0.21	0.50	0.27	0.63	0.19	0.41	0.11	0.07	0.22	0.39	0.31	0.14	0.09	0.62	0.50	0.49	0.34	0.56
N3	0.28	0.15	0.18	0.50	0.12	0.75	0.18	0.99	0.09	0.47	0.12	0.09	0.11	0.39	0.29	0.06	0.47	0.72	0.89	1.03	0.83	1.04
N6	0.13	0.18	0.29	0.20	0.12	0.17	0.24	0.25	0.20	0.29	0.13	0.11	0.26	0.32	0.18	0.30	0.33	0.37	0.14	0.09	0.12	0.13
N7	0.09	0.33	0.15	0.05	0.04	0.25	0.10	0.35	0.11	0.26	0.29	0.22	0.13	0.29	0.11	0.18	0.10	0.35	0.25	0.19	0.10	0.29
N9	0.16	0.24	0.09	0.33	0.03	0.52	0.09	0.72	0.10	0.35	0.24	0.15	0.11	0.34	0.17	0.06	0.31	0.49	0.65	0.77	0.63	0.80
O2'	0.48	0.50	0.72	1.04	0.59	0.87	0.70	1.09	0.66	0.76	0.56	0.49	0.71	0.87	0.59	0.48	1.11	0.58	1.28	1.61	1.78	1.60
O3'	0.39	0.69	0.28	0.08	0.60	0.04	0.67	0.20	0.74	0.47	0.74	0.62	0.79	0.61	0.49	0.34	0.09	0.18	0.17	0.57	0.41	0.47
O4'	0.16	0.41	0.14	0.41	0.15	0.62	0.20	0.85	0.41	0.19	0.50	0.26	0.50	0.09	0.09	0.08	0.43	0.53	0.74	1.00	0.75	0.97
O5'	0.34	0.58	0.30	0.24	0.40	0.35	0.39	0.41	0.52	0.26	0.61	0.49	0.55	0.27	0.32	0.35	0.23	0.39	0.28	0.42	0.25	0.41
OP1	0.33	0.23	0.22	0.13	0.22	0.29	0.21	0.22	0.26	0.21	0.24	0.25	0.38	0.21	0.24	0.32	0.10	0.39	0.08	0.07	0.29	0.07
OP2	0.51	0.11	0.56	0.76	0.31	0.78	0.37	0.93	0.23	0.66	0.19	0.14	0.34	0.62	0.50	0.48	0.80	0.70	1.00	1.15	1.19	1.14
P	0.35	0.13	0.30	0.40	0.19	0.50	0.16	0.55	0.08	0.32	0.09	0.18	0.21	0.28	0.28	0.31	0.41	0.52	0.49	0.58	0.56	0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.10	0.17	0.18	0.11
C2	0.04	0.00	0.21	0.37	0.00	0.20	0.01	0.31	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.10	0.42	0.04	0.43	0.76	0.77	0.59
C2'	0.00	0.21	0.00	0.01	0.10	0.01	0.04	0.01	0.08	0.10	0.15	0.22	0.06	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.18	0.12	0.07
C3'	0.00	0.37	0.01	0.00	0.20	0.00	0.13	0.01	0.20	0.12	0.31	0.34	0.16	0.05	0.03	0.02	0.01	0.01	0.05	0.18	0.07	0.06
C4	0.02	0.00	0.10	0.20	0.00	0.12	0.00	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.20	0.02	0.33	0.52	0.55	0.41
C4'	0.01	0.20	0.01	0.00	0.12	0.00	0.10	0.00	0.14	0.06	0.18	0.18	0.12	0.05	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.09	0.04	0.02
C5	0.01	0.01	0.04	0.13	0.00	0.10	0.00	0.20	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.13	0.01	0.33	0.52	0.59	0.43
C5'	0.03	0.31	0.01	0.01	0.21	0.00	0.20	0.00	0.25	0.09	0.30	0.27	0.25	0.12	0.10	0.03	0.02	0.01	0.01	0.05	0.00	0.01
C6	0.02	0.01	0.08	0.20	0.00	0.14	0.00	0.25	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.22	0.01	0.39	0.67	0.73	0.54
C8	0.02	0.01	0.10	0.12	0.00	0.06	0.01	0.09	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.14	0.04	0.13	0.16	0.19	0.13
N1	0.03	0.00	0.15	0.31	0.00	0.18	0.01	0.30	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.08	0.35	0.02	0.43	0.77	0.80	0.61
N3	0.05	0.00	0.22	0.34	0.00	0.18	0.01	0.27	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.09	0.38	0.05	0.38	0.65	0.65	0.50
N6	0.01	0.02	0.06	0.16	0.00	0.12	0.00	0.25	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.18	0.02	0.38	0.66	0.73	0.55
N7	0.01	0.00	0.06	0.05	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.05	0.06	0.03	0.21	0.31	0.37	0.27
N9	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.20	0.29	0.31	0.22
O2'	0.00	0.10	0.00	0.02	0.04	0.02	0.04	0.03	0.06	0.05	0.08	0.09	0.05	0.05	0.02	0.00	0.02	0.04	0.02	0.14	0.10	0.05
O3'	0.01	0.42	0.01	0.01	0.20	0.01	0.13	0.02	0.22	0.14	0.35	0.38	0.18	0.06	0.02	0.02	0.00	0.01	0.11	0.17	0.07	0.07
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.02	0.05	0.02	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.08	0.08	0.09	0.05
O5'	0.10	0.43	0.02	0.05	0.33	0.01	0.33	0.01	0.39	0.13	0.43	0.38	0.38	0.21	0.20	0.02	0.11	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.17	0.76	0.18	0.18	0.52	0.09	0.52	0.05	0.67	0.16	0.77	0.65	0.66	0.31	0.29	0.14	0.17	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.18	0.77	0.12	0.07	0.55	0.04	0.59	0.00	0.73	0.19	0.80	0.65	0.73	0.37	0.31	0.10	0.07	0.09	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.11	0.59	0.07	0.06	0.41	0.02	0.43	0.01	0.54	0.13	0.61	0.50	0.55	0.27	0.22	0.05	0.07	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00