Doublet Group distance statistics: 51996

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2	A	0, -0.002, 0.009, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N6	A	0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N7	A	0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N9	A	0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.021
C8	A	0, 0.004, 0.028, 0.051, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C2'	A	0, 0.023, 0.192, 0.361, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.192 std_dev=0.169
O4'	A	0, 0.078, 0.257, 0.437, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.257 std_dev=0.179
C2	B	0, 0.083, 0.291, 0.499, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.291 std_dev=0.208
N3	B	0, 0.057, 0.269, 0.481, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.269 std_dev=0.212
C3'	A	0, 0.035, 0.255, 0.475, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.255 std_dev=0.220
C4	B	0, 0.040, 0.274, 0.508, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.274 std_dev=0.234
N1	B	0, 0.086, 0.344, 0.602, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.344 std_dev=0.258
C5	B	0, 0.021, 0.300, 0.579, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.300 std_dev=0.279
O2'	A	0, 0.068, 0.356, 0.644, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.356 std_dev=0.288
N9	B	0, 0.030, 0.319, 0.609, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.319 std_dev=0.289
C6	B	0, 0.034, 0.338, 0.641, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.338 std_dev=0.303
C8	B	0, 0.019, 0.358, 0.697, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.358 std_dev=0.339
C1'	B	0, 0.038, 0.379, 0.719, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.379 std_dev=0.340
N7	B	0, -0.004, 0.344, 0.691, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.344 std_dev=0.348
C4'	A	0, 0.082, 0.458, 0.834, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.458 std_dev=0.376
O3'	A	0, -0.033, 0.343, 0.720, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.343 std_dev=0.377
C2'	B	0, 0.039, 0.423, 0.807, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.423 std_dev=0.384
O2'	B	0, 0.058, 0.444, 0.830, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.444 std_dev=0.386
N6	B	0, 0.002, 0.417, 0.832, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.417 std_dev=0.415
O4'	B	0, 0.031, 0.477, 0.922, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.477 std_dev=0.446
C3'	B	0, 0.027, 0.483, 0.939, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.483 std_dev=0.456
C4'	B	0, 0.006, 0.517, 1.028, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.517 std_dev=0.511
O3'	B	0, 0.026, 0.551, 1.076, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.551 std_dev=0.525
C5'	B	0, -0.029, 0.570, 1.170, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.570 std_dev=0.599
O5'	B	0, -0.030, 0.596, 1.222, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.596 std_dev=0.626
OP1	B	0, 0.051, 0.713, 1.376, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.713 std_dev=0.663
OP2	B	0, -0.073, 0.605, 1.283, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.605 std_dev=0.678
P	B	0, -0.045, 0.639, 1.323, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.639 std_dev=0.684
O5'	A	0, -0.107, 0.596, 1.299, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.596 std_dev=0.703
C5'	A	0, 0.121, 0.842, 1.562, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.842 std_dev=0.721
P	A	0, -0.297, 0.864, 2.026, 2.862 max_d=2.862 avg_d=0.864 std_dev=1.162
OP1	A	0, -0.316, 0.868, 2.052, 2.906 max_d=2.906 avg_d=0.868 std_dev=1.184
OP2	A	0, -0.400, 0.975, 2.349, 3.347 max_d=3.347 avg_d=0.975 std_dev=1.375

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.09	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.00	0.02	0.08	0.01	0.27	0.24	0.31	0.29
C2	0.02	0.00	0.07	0.08	0.01	0.09	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.15	0.23	0.07	0.26	0.26	0.44	0.33
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.11	0.03	0.05	0.05	0.06	0.03	0.03	0.01	0.00	0.04	0.03	0.45	0.44	0.51	0.50
C3'	0.02	0.08	0.00	0.00	0.03	0.01	0.01	0.04	0.02	0.08	0.05	0.09	0.01	0.07	0.02	0.01	0.01	0.00	0.29	0.28	0.29	0.31
C4	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.03	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.09	0.16	0.04	0.36	0.36	0.51	0.44
C4'	0.01	0.09	0.01	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.04	0.14	0.05	0.09	0.06	0.13	0.05	0.01	0.02	0.00	0.02	0.08	0.08	0.04
C5	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.06	0.00	0.28	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.10	0.13	0.02	0.46	0.50	0.66	0.58
C5'	0.09	0.12	0.11	0.04	0.18	0.01	0.28	0.00	0.25	0.37	0.18	0.10	0.30	0.38	0.22	0.10	0.03	0.02	0.01	0.10	0.17	0.02
C6	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.04	0.01	0.25	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.12	0.17	0.03	0.42	0.47	0.64	0.55
C8	0.01	0.00	0.05	0.08	0.00	0.14	0.01	0.37	0.02	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.10	0.06	0.05	0.58	0.59	0.72	0.69
N1	0.02	0.01	0.05	0.05	0.01	0.05	0.00	0.18	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.21	0.06	0.34	0.37	0.54	0.44
N3	0.02	0.00	0.06	0.09	0.00	0.09	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.14	0.22	0.07	0.24	0.23	0.40	0.30
N6	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.06	0.02	0.30	0.01	0.03	0.00	0.01	0.00	0.03	0.02	0.13	0.16	0.01	0.46	0.55	0.71	0.62
N7	0.01	0.00	0.03	0.07	0.01	0.13	0.00	0.38	0.02	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.00	0.09	0.08	0.04	0.58	0.64	0.80	0.74
N9	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.01	0.22	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.06	0.09	0.01	0.41	0.39	0.50	0.47
O2'	0.02	0.15	0.00	0.01	0.09	0.01	0.10	0.10	0.12	0.10	0.14	0.14	0.13	0.09	0.06	0.00	0.08	0.02	0.49	0.54	0.66	0.59
O3'	0.08	0.23	0.04	0.01	0.16	0.02	0.13	0.03	0.17	0.06	0.21	0.22	0.16	0.08	0.09	0.08	0.00	0.02	0.15	0.19	0.23	0.20
O4'	0.01	0.07	0.03	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.03	0.05	0.06	0.07	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.06	0.07	0.03
O5'	0.27	0.26	0.45	0.29	0.36	0.02	0.46	0.01	0.42	0.58	0.34	0.24	0.46	0.58	0.41	0.49	0.15	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.24	0.26	0.44	0.28	0.36	0.08	0.50	0.10	0.47	0.59	0.37	0.23	0.55	0.64	0.39	0.54	0.19	0.06	0.02	0.00	0.02	0.00
OP2	0.31	0.44	0.51	0.29	0.51	0.08	0.66	0.17	0.64	0.72	0.54	0.40	0.71	0.80	0.50	0.66	0.23	0.07	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.29	0.33	0.50	0.31	0.44	0.04	0.58	0.02	0.55	0.69	0.44	0.30	0.62	0.74	0.47	0.59	0.20	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.17	0.01	0.16	0.10	0.11	0.12	0.08	0.09	0.06	0.20	0.05	0.08	0.13	0.15	0.16	0.17	0.10	0.16	0.18	0.14	0.32	0.18
C2	0.06	0.13	0.05	0.16	0.14	0.19	0.20	0.30	0.19	0.18	0.17	0.11	0.22	0.22	0.13	0.02	0.14	0.17	0.49	0.39	0.53	0.43
C2'	0.21	0.05	0.21	0.15	0.16	0.17	0.14	0.13	0.08	0.27	0.06	0.12	0.12	0.24	0.21	0.21	0.14	0.20	0.09	0.10	0.26	0.11
C3'	0.12	0.05	0.10	0.04	0.10	0.04	0.10	0.05	0.07	0.15	0.05	0.09	0.09	0.14	0.12	0.11	0.05	0.09	0.22	0.22	0.38	0.24
C4	0.12	0.04	0.12	0.09	0.06	0.11	0.07	0.15	0.11	0.09	0.09	0.05	0.16	0.08	0.09	0.14	0.09	0.12	0.30	0.24	0.40	0.28
C4'	0.13	0.12	0.12	0.09	0.14	0.11	0.15	0.17	0.15	0.16	0.13	0.14	0.17	0.16	0.14	0.13	0.11	0.11	0.32	0.31	0.43	0.34
C5	0.14	0.03	0.14	0.12	0.07	0.15	0.05	0.17	0.07	0.09	0.06	0.07	0.11	0.06	0.10	0.17	0.13	0.15	0.27	0.24	0.37	0.26
C5'	0.30	0.42	0.31	0.16	0.40	0.15	0.43	0.10	0.46	0.35	0.45	0.40	0.50	0.40	0.35	0.32	0.14	0.21	0.19	0.23	0.34	0.24
C6	0.10	0.06	0.08	0.12	0.04	0.18	0.08	0.23	0.11	0.04	0.10	0.03	0.14	0.07	0.05	0.12	0.12	0.19	0.34	0.31	0.43	0.32
C8	0.21	0.09	0.23	0.18	0.20	0.18	0.20	0.14	0.12	0.26	0.06	0.16	0.11	0.25	0.22	0.23	0.18	0.19	0.15	0.13	0.25	0.14
N1	0.11	0.13	0.07	0.17	0.14	0.23	0.17	0.31	0.17	0.16	0.16	0.10	0.19	0.18	0.14	0.03	0.14	0.24	0.44	0.38	0.50	0.40
N3	0.06	0.09	0.04	0.08	0.09	0.10	0.15	0.20	0.17	0.10	0.14	0.07	0.21	0.17	0.06	0.09	0.08	0.06	0.41	0.32	0.49	0.37
N6	0.15	0.04	0.11	0.14	0.05	0.20	0.05	0.24	0.08	0.06	0.08	0.06	0.11	0.05	0.09	0.14	0.13	0.22	0.31	0.31	0.41	0.30
N7	0.19	0.10	0.21	0.17	0.18	0.17	0.17	0.15	0.13	0.20	0.08	0.16	0.12	0.19	0.19	0.22	0.18	0.18	0.19	0.18	0.29	0.18
N9	0.18	0.03	0.18	0.13	0.13	0.14	0.11	0.12	0.06	0.21	0.04	0.10	0.11	0.17	0.18	0.19	0.13	0.16	0.19	0.16	0.31	0.19
O2'	0.19	0.12	0.18	0.17	0.08	0.22	0.08	0.23	0.18	0.22	0.19	0.06	0.28	0.14	0.16	0.18	0.16	0.23	0.18	0.18	0.26	0.18
O3'	0.09	0.16	0.14	0.23	0.12	0.17	0.14	0.22	0.18	0.08	0.18	0.13	0.21	0.11	0.10	0.13	0.26	0.10	0.39	0.36	0.52	0.40
O4'	0.16	0.04	0.15	0.11	0.12	0.14	0.10	0.14	0.08	0.18	0.05	0.10	0.13	0.15	0.15	0.17	0.11	0.15	0.25	0.22	0.36	0.25
O5'	0.64	0.78	0.69	0.57	0.77	0.48	0.82	0.36	0.85	0.72	0.81	0.77	0.86	0.79	0.71	0.68	0.57	0.51	0.26	0.24	0.16	0.23
OP1	0.73	1.01	0.82	0.69	0.92	0.56	0.98	0.43	1.08	0.81	1.07	0.95	1.16	0.91	0.82	0.81	0.70	0.58	0.34	0.29	0.25	0.28
OP2	1.03	1.33	1.16	1.04	1.24	0.87	1.32	0.73	1.44	1.11	1.42	1.27	1.53	1.21	1.12	1.14	1.07	0.85	0.64	0.59	0.54	0.58
P	0.81	1.10	0.90	0.77	1.02	0.63	1.08	0.49	1.18	0.89	1.17	1.04	1.26	1.00	0.90	0.89	0.78	0.64	0.40	0.35	0.30	0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.15	0.18	0.08
C2	0.00	0.00	0.10	0.07	0.01	0.02	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.14	0.10	0.02	0.10	0.22	0.27	0.15
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.04	0.02	0.01	0.01	0.04	0.06	0.07	0.10	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.19	0.15	0.08
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.01	0.00	0.05	0.01	0.03	0.13	0.03	0.07	0.05	0.11	0.05	0.01	0.00	0.01	0.05	0.20	0.14	0.08
C4	0.01	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.01	0.02	0.12	0.22	0.28	0.16
C4'	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.04	0.09	0.02	0.03	0.06	0.08	0.03	0.05	0.01	0.00	0.00	0.10	0.08	0.03
C5	0.02	0.00	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.05	0.03	0.18	0.28	0.36	0.23
C5'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.04	0.00	0.08	0.00	0.08	0.11	0.06	0.03	0.11	0.12	0.05	0.05	0.02	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.04	0.03	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.01	0.03	0.17	0.29	0.38	0.24
C8	0.02	0.00	0.06	0.13	0.01	0.09	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.14	0.03	0.24	0.29	0.37	0.25
N1	0.01	0.00	0.07	0.03	0.01	0.02	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.05	0.03	0.13	0.26	0.33	0.20
N3	0.01	0.00	0.10	0.07	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.09	0.01	0.08	0.18	0.23	0.12
N6	0.02	0.01	0.02	0.05	0.00	0.06	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.06	0.04	0.05	0.20	0.33	0.43	0.28
N7	0.02	0.00	0.04	0.11	0.01	0.08	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.13	0.04	0.24	0.32	0.43	0.28
N9	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.02	0.13	0.21	0.26	0.15
O2'	0.01	0.14	0.01	0.01	0.06	0.05	0.03	0.05	0.07	0.04	0.11	0.12	0.06	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.20	0.15	0.09
O3'	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01	0.14	0.05	0.09	0.04	0.13	0.04	0.01	0.00	0.01	0.08	0.23	0.14	0.09
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.03	0.01	0.05	0.04	0.02	0.04	0.01	0.00	0.08	0.08	0.12	0.05
O5'	0.07	0.10	0.03	0.05	0.12	0.00	0.18	0.01	0.17	0.24	0.13	0.08	0.20	0.24	0.13	0.01	0.08	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.15	0.22	0.19	0.20	0.22	0.10	0.28	0.04	0.29	0.29	0.26	0.18	0.33	0.32	0.21	0.20	0.23	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.18	0.27	0.15	0.14	0.28	0.08	0.36	0.02	0.38	0.37	0.33	0.23	0.43	0.43	0.26	0.15	0.14	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.15	0.08	0.08	0.16	0.03	0.23	0.01	0.24	0.25	0.20	0.12	0.28	0.28	0.15	0.09	0.09	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00