ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51997

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, -0.001, 0.014, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N1 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.016
C4 A 0, -0.006, 0.016, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.006, 0.031, 0.055, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N9 A 0, -0.004, 0.022, 0.048, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.022 std_dev=0.026
N7 A 0, -0.003, 0.033, 0.068, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.033 std_dev=0.036
C8 A 0, -0.007, 0.039, 0.085, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.039 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.032, 0.105, 0.178, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.105 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.060, 0.175, 0.291, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.175 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.070, 0.193, 0.316, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.193 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.066, 0.208, 0.350, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.208 std_dev=0.142
C2 B 0, 0.019, 0.172, 0.324, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.152
N3 B 0, 0.019, 0.176, 0.333, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.157
O4' B 0, 0.069, 0.230, 0.390, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.230 std_dev=0.160
N1 B 0, 0.031, 0.192, 0.353, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.192 std_dev=0.161
C4' B 0, 0.104, 0.276, 0.449, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.276 std_dev=0.173
C4 B 0, 0.023, 0.197, 0.371, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.197 std_dev=0.174
O2' A 0, 0.075, 0.254, 0.433, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.254 std_dev=0.179
C6 B 0, 0.029, 0.209, 0.389, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.209 std_dev=0.180
C3' B 0, 0.110, 0.295, 0.480, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.295 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.026, 0.212, 0.397, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.212 std_dev=0.186
N9 B 0, 0.043, 0.230, 0.416, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.230 std_dev=0.187
N6 B 0, 0.048, 0.241, 0.435, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.241 std_dev=0.194
C1' B 0, 0.057, 0.251, 0.445, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.251 std_dev=0.194
N7 B 0, 0.049, 0.251, 0.454, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.251 std_dev=0.202
C8 B 0, 0.057, 0.260, 0.464, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.260 std_dev=0.204
P A 0, 0.126, 0.334, 0.542, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.334 std_dev=0.208
OP2 A 0, 0.150, 0.372, 0.593, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.372 std_dev=0.222
C2' B 0, 0.092, 0.327, 0.562, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.327 std_dev=0.235
OP1 A 0, 0.126, 0.368, 0.610, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.368 std_dev=0.242
C5' B 0, 0.117, 0.384, 0.650, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.384 std_dev=0.267
O5' A 0, 0.176, 0.448, 0.720, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.448 std_dev=0.272
C4' A 0, 0.193, 0.493, 0.794, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.493 std_dev=0.301
O3' B 0, 0.093, 0.400, 0.706, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.400 std_dev=0.306
OP2 B 0, 0.093, 0.410, 0.726, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.410 std_dev=0.316
O5' B 0, 0.085, 0.420, 0.756, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.420 std_dev=0.336
P B 0, 0.063, 0.418, 0.773, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.418 std_dev=0.355
OP1 B 0, 0.085, 0.456, 0.827, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.456 std_dev=0.371
O2' B 0, 0.082, 0.469, 0.856, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.469 std_dev=0.387
C5' A 0, 0.526, 1.261, 1.996, 1.815 max_d=1.815 avg_d=1.261 std_dev=0.735

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.06 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.06 0.06 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.09 0.05 0.08 0.04 0.05 0.07 0.08 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.09 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.05 0.07 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05 0.06 0.07 0.04
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.02 0.07 0.07 0.06 0.03
C5' 0.05 0.08 0.09 0.02 0.11 0.00 0.15 0.00 0.15 0.19 0.12 0.07 0.17 0.19 0.12 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.07 0.07 0.06 0.04
C8 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.02 0.07 0.07 0.06 0.03
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.06 0.07 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.05 0.06 0.08 0.05
N6 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.10 0.02 0.08 0.08 0.06 0.04
N7 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.05 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.09 0.02 0.08 0.08 0.05 0.04
N9 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.05 0.06 0.07 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.09 0.10 0.04 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.09 0.07
O3' 0.08 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.09 0.08 0.02 0.00 0.07 0.06 0.05 0.04 0.02
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.09 0.14 0.09
O5' 0.05 0.06 0.08 0.10 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.08 0.06 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.10 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.03 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.09 0.04 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.02 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.10 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.05 0.07 0.06 0.07 0.04 0.06 0.07 0.21 0.08 0.01 0.07 0.12 0.03 0.06
C2 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.14 0.20 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05
C2' 0.04 0.04 0.07 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.21 0.12 0.09 0.06 0.07 0.10 0.05
C3' 0.06 0.05 0.08 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.23 0.07 0.07 0.04 0.08 0.07 0.03
C4 0.05 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.13 0.14 0.03 0.03 0.08 0.03 0.03
C4' 0.12 0.08 0.13 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.08 0.12 0.08 0.09 0.08 0.12 0.11 0.22 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12
C5 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.17 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03
C5' 0.29 0.23 0.29 0.26 0.28 0.26 0.30 0.26 0.27 0.33 0.24 0.24 0.28 0.32 0.30 0.32 0.23 0.29 0.28 0.28 0.23 0.26
C6 0.04 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.09 0.09 0.07 0.04 0.21 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06
C8 0.07 0.11 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.04 0.10 0.09 0.06 0.04 0.05 0.10 0.10 0.05 0.04 0.08 0.02 0.04
N1 0.05 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.07 0.23 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06
N3 0.08 0.07 0.11 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.19 0.16 0.05 0.05 0.10 0.05 0.06
N6 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.09 0.12 0.13 0.12 0.12 0.09 0.08 0.14 0.13 0.10 0.09 0.24 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10
N7 0.04 0.08 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.08 0.04 0.02 0.08 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.14 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03
N9 0.07 0.09 0.08 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.06 0.06 0.15 0.10 0.01 0.04 0.10 0.02 0.05
O2' 0.10 0.06 0.07 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.10 0.14 0.08 0.09 0.10 0.14 0.13 0.16 0.24 0.19 0.14 0.09 0.16 0.12
O3' 0.05 0.02 0.11 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.29 0.05 0.07 0.06 0.11 0.05 0.06
O4' 0.16 0.12 0.16 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.09 0.11 0.13 0.25 0.05 0.10 0.16 0.18 0.08 0.14
O5' 0.08 0.05 0.07 0.08 0.04 0.08 0.04 0.08 0.04 0.08 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.11 0.07 0.07 0.12 0.13 0.12 0.11
OP1 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.10 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05
OP2 0.07 0.09 0.08 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.11 0.15 0.14 0.12
P 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.09 0.10 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.19 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.19 0.06 0.16 0.14
C3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.04 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.12 0.04 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02
C5' 0.03 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.13 0.02 0.01 0.06 0.05 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02
C8 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.06 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.17 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.18 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.07 0.05 0.03 0.06 0.02 0.02
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.04 0.06 0.03 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.04 0.09 0.06 0.08 0.14 0.04 0.06 0.10 0.15 0.06 0.00 0.03 0.02 0.20 0.15 0.19 0.19
O3' 0.13 0.19 0.04 0.00 0.14 0.05 0.12 0.13 0.13 0.06 0.17 0.18 0.12 0.07 0.11 0.03 0.00 0.07 0.07 0.23 0.12 0.16
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.07 0.00 0.06 0.15 0.03 0.08
O5' 0.05 0.02 0.19 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.20 0.07 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.06 0.07 0.06 0.14 0.06 0.12 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.15 0.23 0.15 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.02 0.16 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.19 0.12 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.14 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.16 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00