ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51999

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.023, 0.080, 0.138, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.080 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.002, 0.060, 0.117, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.060 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.009, 0.087, 0.165, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.087 std_dev=0.078
C4' A 0, 0.036, 0.126, 0.217, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.126 std_dev=0.090
O2' A 0, -0.014, 0.113, 0.240, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.113 std_dev=0.127
O3' A 0, 0.053, 0.180, 0.307, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.180 std_dev=0.127
C5' A 0, 0.030, 0.193, 0.356, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.193 std_dev=0.163
O5' A 0, -0.021, 0.185, 0.391, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.185 std_dev=0.206
N7 B 0, 0.063, 0.287, 0.510, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.287 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.047, 0.275, 0.502, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.275 std_dev=0.227
C6 B 0, 0.039, 0.270, 0.501, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.270 std_dev=0.231
N6 B 0, 0.053, 0.288, 0.523, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.235
C8 B 0, 0.063, 0.301, 0.538, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.301 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.037, 0.276, 0.515, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.276 std_dev=0.239
N9 B 0, 0.049, 0.294, 0.538, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.294 std_dev=0.244
N1 B 0, 0.015, 0.263, 0.510, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.263 std_dev=0.248
O4' B 0, 0.061, 0.309, 0.557, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.309 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.016, 0.265, 0.514, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.265 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.004, 0.256, 0.507, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.256 std_dev=0.251
C1' B 0, 0.047, 0.308, 0.569, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.308 std_dev=0.261
P A 0, -0.014, 0.252, 0.518, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.252 std_dev=0.266
OP2 A 0, 0.008, 0.287, 0.566, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.287 std_dev=0.279
OP1 A 0, 0.031, 0.311, 0.591, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.311 std_dev=0.280
O3' B 0, 0.053, 0.345, 0.638, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.345 std_dev=0.292
C4' B 0, 0.073, 0.375, 0.678, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.375 std_dev=0.303
C2' B 0, 0.036, 0.358, 0.681, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.358 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.052, 0.380, 0.709, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.380 std_dev=0.329
O2' B 0, 0.019, 0.361, 0.704, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.361 std_dev=0.342
C5' B 0, 0.089, 0.439, 0.788, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.439 std_dev=0.349
O5' B 0, 0.103, 0.501, 0.900, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.501 std_dev=0.398
P B 0, 0.123, 0.570, 1.017, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.570 std_dev=0.447
OP1 B 0, 0.129, 0.596, 1.063, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.596 std_dev=0.467
OP2 B 0, 0.146, 0.622, 1.098, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.622 std_dev=0.476

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.09 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.11 0.03 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.09 0.06
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.15 0.10
C5' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.07 0.14 0.09
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.16 0.18 0.15
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.09 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.10 0.17 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.11 0.15 0.20 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.10 0.11 0.09
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.12 0.07 0.06
O3' 0.05 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.13 0.05 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.03 0.04
O5' 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.11 0.03 0.02 0.08 0.11 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.09 0.03 0.11 0.10 0.06 0.05 0.10 0.01 0.07 0.16 0.03 0.02 0.10 0.15 0.10 0.12 0.13 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.03 0.04 0.09 0.03 0.15 0.02 0.14 0.18 0.09 0.03 0.17 0.20 0.11 0.07 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.09 0.15 0.04 0.02 0.11 0.15 0.09 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.06 0.07 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06
C2 0.02 0.10 0.02 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.06 0.09 0.06 0.06
C2' 0.08 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07
C3' 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04
C4 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06 0.06
C4' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03
C5 0.07 0.03 0.07 0.08 0.06 0.08 0.05 0.09 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.08 0.12 0.08 0.09
C5' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03
C6 0.09 0.03 0.08 0.09 0.06 0.10 0.05 0.10 0.03 0.08 0.03 0.05 0.03 0.07 0.08 0.06 0.08 0.10 0.10 0.13 0.09 0.10
C8 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08
N1 0.06 0.07 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.09 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.01 0.06 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09
N3 0.05 0.10 0.05 0.04 0.08 0.03 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.10 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.02 0.03 0.07 0.04 0.04
N6 0.12 0.06 0.12 0.12 0.10 0.12 0.08 0.12 0.05 0.10 0.04 0.10 0.03 0.09 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.15 0.11 0.12
N7 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.05 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.13 0.09 0.10
N9 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06
O2' 0.13 0.07 0.13 0.13 0.11 0.13 0.11 0.14 0.08 0.14 0.05 0.09 0.06 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.15 0.14 0.15
O3' 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04
O4' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.04 0.03
O5' 0.07 0.09 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.02 0.04 0.04 0.03
OP1 0.09 0.13 0.08 0.06 0.12 0.05 0.13 0.03 0.14 0.10 0.14 0.12 0.15 0.11 0.10 0.09 0.06 0.07 0.02 0.04 0.06 0.03
OP2 0.09 0.14 0.07 0.07 0.10 0.05 0.10 0.04 0.11 0.06 0.13 0.12 0.11 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.04 0.09 0.08 0.06
P 0.08 0.11 0.07 0.05 0.09 0.05 0.09 0.02 0.10 0.06 0.11 0.10 0.10 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.02 0.05 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00