ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52000

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.037, 0.128, 0.219, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.128 std_dev=0.091
C2' A 0, 0.037, 0.135, 0.232, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.135 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.044, 0.153, 0.261, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.153 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.048, 0.168, 0.289, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.168 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.051, 0.178, 0.304, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.178 std_dev=0.127
O2' A 0, 0.056, 0.206, 0.356, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.206 std_dev=0.150
C5' A 0, 0.091, 0.317, 0.543, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.317 std_dev=0.226
N1 B 0, 0.126, 0.432, 0.738, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.432 std_dev=0.306
N6 B 0, 0.127, 0.435, 0.743, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.435 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.129, 0.443, 0.757, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.443 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.131, 0.449, 0.766, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.449 std_dev=0.317
N3 B 0, 0.151, 0.517, 0.883, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.517 std_dev=0.366
O5' A 0, 0.152, 0.523, 0.894, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.523 std_dev=0.371
C5 B 0, 0.155, 0.531, 0.906, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.531 std_dev=0.375
OP2 B 0, 0.159, 0.544, 0.930, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.544 std_dev=0.385
C4 B 0, 0.168, 0.576, 0.984, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.576 std_dev=0.408
N7 B 0, 0.180, 0.615, 1.050, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.615 std_dev=0.435
P B 0, 0.185, 0.631, 1.077, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.631 std_dev=0.446
OP2 A 0, 0.184, 0.631, 1.079, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.631 std_dev=0.447
P A 0, 0.188, 0.651, 1.113, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.651 std_dev=0.462
OP1 B 0, 0.194, 0.668, 1.141, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.668 std_dev=0.474
N9 B 0, 0.207, 0.714, 1.221, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.714 std_dev=0.507
C8 B 0, 0.212, 0.731, 1.250, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.731 std_dev=0.519
C5' B 0, 0.221, 0.756, 1.291, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.756 std_dev=0.535
O5' B 0, 0.220, 0.758, 1.296, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.758 std_dev=0.538
O4' B 0, 0.241, 0.829, 1.416, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.829 std_dev=0.588
C1' B 0, 0.241, 0.833, 1.426, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.833 std_dev=0.593
C4' B 0, 0.252, 0.861, 1.470, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.861 std_dev=0.609
C3' B 0, 0.265, 0.905, 1.545, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.905 std_dev=0.640
OP1 A 0, 0.269, 0.930, 1.591, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.930 std_dev=0.661
C2' B 0, 0.278, 0.959, 1.639, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.959 std_dev=0.680
O3' B 0, 0.295, 1.007, 1.719, 1.533 max_d=1.533 avg_d=1.007 std_dev=0.712
O2' B 0, 0.321, 1.116, 1.911, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.116 std_dev=0.795

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.08 0.06
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.10 0.04
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.08 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.10 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.09 0.07
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
O5' 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.09 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.05 0.08 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.10 0.06 0.04 0.08 0.10 0.08 0.09 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.09 0.07 0.04 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.03 0.06 0.11 0.11 0.09
C2 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06 0.09 0.09 0.07 0.03 0.10 0.11 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.11 0.15 0.10
C2' 0.06 0.08 0.05 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04 0.10 0.09 0.04 0.06 0.09 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.12 0.12 0.11
C3' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.05 0.12 0.07 0.03 0.07 0.11 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.12 0.13 0.11
C4 0.02 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.10 0.13 0.09
C4' 0.07 0.05 0.06 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.12 0.06 0.02 0.07 0.11 0.07 0.08 0.05 0.05 0.07 0.11 0.13 0.10
C5 0.04 0.11 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.10 0.08 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.09 0.11 0.07
C5' 0.07 0.06 0.06 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.11 0.07 0.03 0.07 0.09 0.07 0.07 0.05 0.04 0.08 0.11 0.14 0.10
C6 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.09 0.12 0.08
C8 0.06 0.13 0.06 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.09 0.05 0.13 0.10 0.07 0.04 0.06 0.07 0.03 0.05 0.01 0.08 0.09 0.06
N1 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.08 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.10 0.14 0.09
N3 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.06 0.08 0.10 0.06 0.02 0.10 0.11 0.08 0.07 0.06 0.03 0.07 0.12 0.15 0.11
N6 0.05 0.09 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.08 0.02 0.02 0.04 0.08 0.03 0.07 0.02 0.09 0.12 0.07
N7 0.06 0.14 0.07 0.04 0.08 0.05 0.06 0.03 0.08 0.05 0.14 0.11 0.06 0.05 0.06 0.09 0.04 0.06 0.01 0.08 0.09 0.06
N9 0.04 0.09 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.10 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.02 0.04 0.10 0.11 0.08
O2' 0.06 0.09 0.05 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.10 0.09 0.05 0.05 0.09 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.12 0.12 0.11
O3' 0.07 0.06 0.06 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.12 0.07 0.03 0.07 0.11 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.12 0.12 0.11
O4' 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.10 0.06 0.02 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.04 0.05 0.10 0.11 0.08
O5' 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.01 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06
OP1 0.03 0.08 0.03 0.07 0.03 0.08 0.05 0.11 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.04 0.01 0.04 0.08 0.04 0.12 0.08 0.09 0.09
OP2 0.05 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05 0.08 0.10 0.08 0.03 0.10 0.10 0.06 0.06 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03
P 0.03 0.07 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.08 0.07 0.04 0.05 0.03 0.00 0.08 0.05 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02
C2 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.02 0.09 0.13 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.09 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.11 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.11 0.13 0.09
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.12 0.14 0.10
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.09 0.10 0.07
N1 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.11 0.14 0.09
N3 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.02 0.07 0.11 0.06
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.14 0.15 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.11 0.13 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.09 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08 0.04
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.10 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.09 0.07 0.07 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.09 0.11 0.07 0.14 0.11 0.06 0.06 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.13 0.09 0.09 0.11 0.04 0.13 0.02 0.14 0.10 0.14 0.11 0.15 0.13 0.09 0.08 0.10 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.04 0.05 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.06 0.11 0.09 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00