ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52001

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.004
N9 A 0, -0.001, 0.003, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, -0.001, 0.007, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C4' A 0, 0.005, 0.049, 0.092, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.049 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.005, 0.054, 0.102, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.054 std_dev=0.049
C2' A 0, -0.005, 0.048, 0.101, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.048 std_dev=0.053
O4' A 0, -0.014, 0.047, 0.108, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.047 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.005, 0.067, 0.129, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.067 std_dev=0.062
O2' A 0, -0.021, 0.077, 0.175, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.077 std_dev=0.098
C5' A 0, 0.005, 0.106, 0.206, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.106 std_dev=0.101
OP2 B 0, 0.022, 0.128, 0.235, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.128 std_dev=0.106
P B 0, -0.009, 0.112, 0.234, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.112 std_dev=0.121
C2 B 0, 0.054, 0.184, 0.314, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.184 std_dev=0.130
C4 B 0, 0.052, 0.184, 0.316, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.184 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.055, 0.188, 0.321, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.188 std_dev=0.133
N1 B 0, 0.053, 0.187, 0.322, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.187 std_dev=0.134
OP1 A 0, 0.055, 0.190, 0.325, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.190 std_dev=0.135
O5' A 0, -0.001, 0.137, 0.274, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.137 std_dev=0.137
P A 0, 0.048, 0.186, 0.324, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.186 std_dev=0.138
C5 B 0, 0.044, 0.184, 0.323, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.184 std_dev=0.140
C3' B 0, 0.056, 0.198, 0.340, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.198 std_dev=0.142
O5' B 0, -0.003, 0.140, 0.283, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.140 std_dev=0.143
N9 B 0, 0.054, 0.198, 0.341, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.198 std_dev=0.144
C6 B 0, 0.046, 0.191, 0.336, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.191 std_dev=0.145
C5' B 0, 0.035, 0.181, 0.326, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.181 std_dev=0.146
C4' B 0, 0.057, 0.207, 0.358, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.207 std_dev=0.150
C8 B 0, 0.045, 0.201, 0.358, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.201 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.063, 0.220, 0.377, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.220 std_dev=0.157
OP2 A 0, 0.066, 0.226, 0.385, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.226 std_dev=0.160
N7 B 0, 0.034, 0.196, 0.358, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.196 std_dev=0.162
O3' B 0, 0.045, 0.209, 0.374, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.209 std_dev=0.164
C2' B 0, 0.067, 0.232, 0.398, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.232 std_dev=0.165
OP1 B 0, 0.020, 0.186, 0.351, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.186 std_dev=0.166
O4' B 0, 0.066, 0.235, 0.404, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.235 std_dev=0.169
N6 B 0, 0.042, 0.218, 0.394, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.218 std_dev=0.176
O2' B 0, 0.082, 0.285, 0.487, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.285 std_dev=0.202

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.07 0.10 0.13 0.12
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.11 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.13 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.08 0.14 0.10
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.06 0.09 0.14 0.12
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.08 0.12 0.11
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.15 0.10
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.11 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.08 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04
O5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.13 0.03 0.03 0.11 0.01 0.13 0.02 0.14 0.09 0.14 0.12 0.15 0.11 0.08 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.10 0.04 0.12 0.11 0.10 0.06 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.01 0.09 0.03 0.09 0.05 0.11 0.05 0.04 0.06 0.03 0.08 0.03 0.03 0.02 0.02
C2 0.04 0.10 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.08 0.08 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.10 0.07 0.06 0.07
C2' 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.05 0.09 0.01 0.12 0.02 0.11 0.05 0.15 0.08 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.05 0.09 0.02 0.11 0.05 0.09 0.05 0.14 0.10 0.04 0.05 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
C4 0.03 0.08 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.08 0.04 0.10 0.05 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04
C4' 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.09 0.05 0.08 0.06 0.11 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.04 0.08 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.07 0.09 0.05 0.07 0.06 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.03 0.03
C5' 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.08 0.04 0.08 0.07 0.11 0.06 0.06 0.08 0.04 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.03 0.09 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.09 0.06 0.04 0.08 0.04 0.04 0.02 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04
C8 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.08 0.06 0.09 0.04 0.10 0.03 0.04 0.06 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01
N1 0.04 0.10 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.08 0.07 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.09 0.06 0.05 0.06
N3 0.02 0.09 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.07 0.02 0.09 0.07 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.09 0.06 0.05 0.06
N6 0.04 0.09 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.08 0.08 0.06 0.05 0.09 0.05 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04
N7 0.05 0.08 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.08 0.09 0.04 0.08 0.06 0.04 0.05 0.02 0.07 0.03 0.02 0.03 0.02
N9 0.05 0.08 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.09 0.04 0.10 0.05 0.11 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03
O2' 0.04 0.09 0.03 0.01 0.06 0.03 0.10 0.01 0.13 0.03 0.12 0.06 0.16 0.10 0.02 0.03 0.00 0.08 0.03 0.02 0.03 0.02
O3' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.05 0.11 0.03 0.12 0.09 0.10 0.05 0.14 0.12 0.05 0.04 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
O4' 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.02 0.08 0.05 0.08 0.07 0.09 0.05 0.06 0.09 0.05 0.08 0.02 0.02 0.02 0.02
O5' 0.07 0.08 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.02 0.09 0.04 0.09 0.07 0.11 0.06 0.05 0.07 0.03 0.09 0.01 0.01 0.03 0.01
OP1 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04 0.07 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03
OP2 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.07 0.08 0.05 0.09 0.04 0.07 0.05 0.05
P 0.09 0.04 0.07 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.01 0.06 0.09 0.04 0.10 0.01 0.03 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.01 0.06 0.07 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.09 0.09 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.13 0.14 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.03 0.10 0.11 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.14 0.14 0.16 0.14
C8 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.14 0.12 0.11 0.12
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.12 0.11 0.14 0.12
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.08 0.07 0.07 0.07
N6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.16 0.16 0.19 0.17
N7 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.16 0.15 0.15 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.08 0.06 0.07
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03
O5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.10 0.00 0.14 0.00 0.14 0.14 0.12 0.08 0.16 0.16 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.08 0.02 0.03 0.09 0.02 0.13 0.02 0.14 0.12 0.11 0.07 0.16 0.15 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.10 0.01 0.01 0.09 0.02 0.14 0.00 0.16 0.11 0.14 0.07 0.19 0.15 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.12 0.12 0.07 0.17 0.15 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00