Doublet Group distance statistics: 52002

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C2	A	0, 0.002, 0.024, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N3	A	0, 0.012, 0.041, 0.069, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.041 std_dev=0.029
C1'	A	0, 0.009, 0.040, 0.070, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.040 std_dev=0.031
N1	A	0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.045 std_dev=0.032
C5	A	0, 0.013, 0.049, 0.085, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.049 std_dev=0.036
C4	A	0, 0.018, 0.061, 0.104, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.061 std_dev=0.043
N9	A	0, 0.021, 0.072, 0.123, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.072 std_dev=0.051
N6	A	0, 0.024, 0.082, 0.140, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.082 std_dev=0.058
O4'	A	0, -0.006, 0.068, 0.141, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.068 std_dev=0.073
N7	A	0, 0.029, 0.102, 0.176, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.102 std_dev=0.074
C8	A	0, 0.037, 0.126, 0.215, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.126 std_dev=0.089
C4	B	0, 0.046, 0.241, 0.436, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.241 std_dev=0.195
C2'	A	0, 0.094, 0.323, 0.553, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.323 std_dev=0.229
N1	B	0, 0.101, 0.344, 0.587, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.344 std_dev=0.243
C2	B	0, 0.091, 0.339, 0.588, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.339 std_dev=0.248
C5	B	0, 0.100, 0.356, 0.611, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.356 std_dev=0.255
N3	B	0, 0.110, 0.393, 0.676, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.393 std_dev=0.283
N9	B	0, 0.118, 0.419, 0.720, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.419 std_dev=0.301
C4'	A	0, 0.108, 0.422, 0.736, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.422 std_dev=0.314
C6	B	0, 0.125, 0.447, 0.768, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.447 std_dev=0.322
C5'	A	0, 0.153, 0.537, 0.921, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.537 std_dev=0.384
C8	B	0, 0.150, 0.535, 0.920, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.535 std_dev=0.385
C2'	B	0, 0.176, 0.610, 1.044, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.610 std_dev=0.434
N7	B	0, 0.137, 0.579, 1.022, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.579 std_dev=0.442
C1'	B	0, 0.185, 0.631, 1.077, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.631 std_dev=0.446
O2'	A	0, 0.153, 0.620, 1.088, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.620 std_dev=0.468
C3'	B	0, 0.125, 0.605, 1.086, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.605 std_dev=0.481
C3'	A	0, 0.181, 0.685, 1.190, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.685 std_dev=0.505
O3'	B	0, 0.127, 0.691, 1.254, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.691 std_dev=0.563
O4'	B	0, 0.233, 0.799, 1.365, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.799 std_dev=0.566
N6	B	0, 0.199, 0.782, 1.365, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.782 std_dev=0.583
C4'	B	0, 0.259, 0.922, 1.586, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.922 std_dev=0.663
O2'	B	0, 0.288, 0.985, 1.681, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.985 std_dev=0.696
O3'	A	0, 0.267, 1.058, 1.850, 1.902 max_d=1.902 avg_d=1.058 std_dev=0.791
C5'	B	0, 0.346, 1.204, 2.061, 1.936 max_d=1.936 avg_d=1.204 std_dev=0.858
OP1	A	0, 0.500, 1.711, 2.923, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.711 std_dev=1.211
O5'	A	0, 0.547, 1.870, 3.193, 2.871 max_d=2.871 avg_d=1.870 std_dev=1.323
O5'	B	0, 0.733, 2.526, 4.320, 3.982 max_d=3.982 avg_d=2.526 std_dev=1.793
P	A	0, 0.782, 2.670, 4.558, 4.032 max_d=4.032 avg_d=2.670 std_dev=1.888
P	B	0, 1.088, 3.826, 6.565, 6.257 max_d=6.257 avg_d=3.826 std_dev=2.739
OP2	A	0, 1.215, 4.150, 7.084, 6.282 max_d=6.282 avg_d=4.150 std_dev=2.935
OP1	B	0, 1.125, 4.114, 7.103, 7.011 max_d=7.011 avg_d=4.114 std_dev=2.989
OP2	B	0, 1.126, 4.208, 7.291, 7.298 max_d=7.298 avg_d=4.208 std_dev=3.083

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.02	0.03	0.00	0.02	0.02	0.03	0.01	0.05	0.05	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.16	0.10	0.34	0.21
C2	0.05	0.00	0.06	0.07	0.00	0.04	0.02	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.23	0.07	0.06	0.36	0.24	0.79	0.50
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.04	0.03	0.05	0.02	0.06	0.05	0.06	0.06	0.07	0.06	0.03	0.00	0.03	0.01	0.22	0.17	0.34	0.18
C3'	0.02	0.07	0.00	0.00	0.10	0.01	0.17	0.04	0.17	0.19	0.12	0.04	0.20	0.21	0.11	0.03	0.01	0.02	0.24	0.24	0.29	0.16
C4	0.03	0.00	0.04	0.10	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.11	0.03	0.39	0.25	0.81	0.53
C4'	0.00	0.04	0.03	0.01	0.05	0.00	0.08	0.01	0.07	0.10	0.05	0.05	0.09	0.11	0.06	0.14	0.04	0.00	0.02	0.17	0.02	0.03
C5	0.02	0.02	0.05	0.17	0.00	0.08	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.20	0.00	0.50	0.35	1.05	0.69
C5'	0.02	0.07	0.02	0.04	0.08	0.01	0.11	0.00	0.11	0.13	0.09	0.06	0.14	0.14	0.08	0.14	0.10	0.01	0.01	0.16	0.01	0.02
C6	0.03	0.01	0.06	0.17	0.01	0.07	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.19	0.02	0.50	0.38	1.10	0.71
C8	0.01	0.01	0.05	0.19	0.01	0.10	0.01	0.13	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.21	0.03	0.53	0.33	0.98	0.68
N1	0.05	0.00	0.06	0.12	0.02	0.05	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.20	0.13	0.05	0.44	0.32	0.97	0.62
N3	0.05	0.00	0.06	0.04	0.00	0.05	0.01	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.21	0.04	0.06	0.31	0.20	0.68	0.43
N6	0.02	0.01	0.07	0.20	0.01	0.09	0.00	0.14	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.11	0.25	0.01	0.56	0.44	1.24	0.81
N7	0.00	0.02	0.06	0.21	0.00	0.11	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.25	0.02	0.57	0.41	1.18	0.79
N9	0.00	0.01	0.03	0.11	0.00	0.06	0.01	0.08	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.12	0.01	0.37	0.21	0.71	0.48
O2'	0.01	0.23	0.00	0.03	0.12	0.14	0.09	0.14	0.13	0.02	0.20	0.21	0.11	0.02	0.04	0.00	0.05	0.09	0.17	0.29	0.17	0.13
O3'	0.02	0.07	0.03	0.01	0.11	0.04	0.20	0.10	0.19	0.21	0.13	0.04	0.25	0.25	0.12	0.05	0.00	0.03	0.18	0.37	0.22	0.18
O4'	0.01	0.06	0.01	0.02	0.03	0.00	0.00	0.01	0.02	0.03	0.05	0.06	0.01	0.02	0.01	0.09	0.03	0.00	0.05	0.11	0.13	0.08
O5'	0.16	0.36	0.22	0.24	0.39	0.02	0.50	0.01	0.50	0.53	0.44	0.31	0.56	0.57	0.37	0.17	0.18	0.05	0.00	0.06	0.02	0.01
OP1	0.10	0.24	0.17	0.24	0.25	0.17	0.35	0.16	0.38	0.33	0.32	0.20	0.44	0.41	0.21	0.29	0.37	0.11	0.06	0.00	0.01	0.01
OP2	0.34	0.79	0.34	0.29	0.81	0.02	1.05	0.01	1.10	0.98	0.97	0.68	1.24	1.18	0.71	0.17	0.22	0.13	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.21	0.50	0.18	0.16	0.53	0.03	0.69	0.02	0.71	0.68	0.62	0.43	0.81	0.79	0.48	0.13	0.18	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.08	0.20	0.10	0.05	0.09	0.18	0.07	0.18	0.25	0.05	0.13	0.30	0.32	0.07	0.35	0.16	0.09	0.49	0.81	0.93	0.81
C2	0.15	0.19	0.21	0.14	0.09	0.13	0.13	0.07	0.12	0.17	0.10	0.22	0.20	0.23	0.07	0.31	0.20	0.09	0.14	0.63	0.53	0.18
C2'	0.08	0.05	0.15	0.02	0.09	0.06	0.23	0.26	0.21	0.32	0.09	0.08	0.32	0.36	0.12	0.34	0.11	0.04	0.78	1.07	1.13	1.12
C3'	0.06	0.07	0.12	0.01	0.12	0.02	0.28	0.26	0.28	0.34	0.16	0.06	0.39	0.41	0.14	0.33	0.08	0.04	0.86	1.05	1.46	1.31
C4	0.22	0.12	0.23	0.15	0.05	0.15	0.16	0.05	0.16	0.20	0.03	0.18	0.28	0.30	0.06	0.34	0.19	0.15	0.19	0.46	0.67	0.27
C4'	0.11	0.04	0.16	0.05	0.06	0.06	0.22	0.15	0.23	0.27	0.10	0.08	0.36	0.35	0.07	0.34	0.11	0.06	0.70	0.98	1.38	1.19
C5	0.24	0.09	0.21	0.17	0.06	0.19	0.15	0.15	0.18	0.14	0.05	0.16	0.31	0.28	0.09	0.29	0.18	0.21	0.26	0.22	0.78	0.14
C5'	0.16	0.01	0.20	0.14	0.06	0.18	0.23	0.06	0.26	0.23	0.14	0.07	0.40	0.34	0.05	0.38	0.20	0.16	0.50	0.77	1.34	0.99
C6	0.18	0.09	0.16	0.12	0.05	0.14	0.15	0.12	0.18	0.10	0.07	0.14	0.31	0.24	0.06	0.23	0.14	0.15	0.31	0.31	0.81	0.21
C8	0.28	0.09	0.26	0.22	0.09	0.27	0.15	0.21	0.17	0.17	0.05	0.17	0.31	0.27	0.14	0.36	0.24	0.29	0.24	0.09	0.84	0.25
N1	0.14	0.16	0.16	0.11	0.08	0.10	0.14	0.05	0.15	0.13	0.10	0.19	0.24	0.22	0.06	0.25	0.15	0.09	0.20	0.46	0.68	0.07
N3	0.17	0.16	0.23	0.14	0.04	0.12	0.14	0.06	0.13	0.20	0.05	0.20	0.23	0.27	0.02	0.35	0.20	0.07	0.24	0.71	0.54	0.38
N6	0.15	0.02	0.11	0.11	0.03	0.15	0.14	0.17	0.22	0.03	0.12	0.08	0.36	0.18	0.07	0.17	0.11	0.16	0.44	0.36	0.98	0.43
N7	0.28	0.08	0.24	0.22	0.09	0.27	0.14	0.25	0.18	0.13	0.06	0.16	0.32	0.26	0.15	0.32	0.23	0.30	0.35	0.15	0.87	0.24
N9	0.23	0.10	0.24	0.17	0.06	0.18	0.17	0.07	0.17	0.22	0.04	0.16	0.30	0.31	0.08	0.36	0.20	0.20	0.26	0.45	0.78	0.44
O2'	0.14	0.21	0.18	0.03	0.18	0.15	0.23	0.40	0.22	0.32	0.17	0.22	0.29	0.34	0.19	0.38	0.07	0.16	0.95	1.49	1.24	1.37
O3'	0.07	0.10	0.03	0.15	0.19	0.18	0.34	0.50	0.32	0.42	0.20	0.07	0.43	0.47	0.22	0.27	0.05	0.17	1.18	1.50	1.84	1.79
O4'	0.19	0.08	0.22	0.13	0.05	0.14	0.16	0.03	0.17	0.21	0.05	0.14	0.30	0.28	0.07	0.36	0.18	0.15	0.46	0.74	1.06	0.86
O5'	0.28	0.47	0.27	0.36	0.52	0.26	0.72	0.43	0.76	0.72	0.62	0.39	0.91	0.85	0.50	0.05	0.29	0.28	0.86	0.98	1.72	1.25
OP1	0.11	0.33	0.07	0.11	0.34	0.08	0.54	0.11	0.61	0.47	0.49	0.24	0.79	0.64	0.28	0.16	0.03	0.14	0.46	1.04	1.58	1.02
OP2	0.71	1.10	0.70	0.75	1.12	0.57	1.40	0.68	1.49	1.30	1.33	0.97	1.72	1.54	1.03	0.42	0.63	0.63	1.00	1.09	2.01	1.35
P	0.32	0.64	0.29	0.35	0.66	0.21	0.90	0.34	0.97	0.83	0.83	0.52	1.17	1.02	0.59	0.06	0.24	0.27	0.74	0.92	1.73	1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.19	0.55	0.45	0.17
C2	0.03	0.00	0.03	0.07	0.01	0.04	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.11	0.08	0.03	0.44	0.63	1.00	0.55
C2'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.04	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.19	0.56	0.47	0.27
C3'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.11	0.08	0.10	0.05	0.13	0.11	0.06	0.02	0.00	0.01	0.19	0.47	0.42	0.30
C4	0.01	0.01	0.02	0.07	0.00	0.05	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.07	0.01	0.46	0.59	0.92	0.53
C4'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.08	0.08	0.06	0.03	0.09	0.09	0.05	0.05	0.01	0.01	0.01	0.46	0.08	0.11
C5	0.01	0.00	0.03	0.10	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.06	0.11	0.01	0.59	0.65	1.12	0.70
C5'	0.02	0.09	0.01	0.01	0.10	0.00	0.14	0.00	0.15	0.15	0.13	0.07	0.18	0.17	0.09	0.04	0.03	0.02	0.01	0.20	0.15	0.01
C6	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.08	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.13	0.01	0.61	0.70	1.21	0.76
C8	0.01	0.01	0.02	0.08	0.01	0.08	0.00	0.15	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.08	0.01	0.59	0.57	0.94	0.60
N1	0.02	0.00	0.04	0.10	0.01	0.06	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.10	0.11	0.02	0.54	0.67	1.15	0.68
N3	0.02	0.00	0.02	0.05	0.01	0.03	0.00	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.11	0.05	0.02	0.37	0.60	0.86	0.45
N6	0.00	0.00	0.04	0.13	0.01	0.09	0.02	0.18	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.16	0.01	0.67	0.77	1.31	0.85
N7	0.01	0.00	0.03	0.11	0.00	0.09	0.00	0.17	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.12	0.01	0.66	0.67	1.15	0.76
N9	0.01	0.02	0.01	0.06	0.01	0.05	0.00	0.09	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.04	0.05	0.01	0.42	0.53	0.77	0.43
O2'	0.00	0.11	0.01	0.02	0.07	0.05	0.06	0.04	0.07	0.02	0.10	0.11	0.06	0.04	0.04	0.00	0.02	0.05	0.07	0.76	0.28	0.26
O3'	0.02	0.08	0.02	0.00	0.07	0.01	0.11	0.03	0.13	0.08	0.11	0.05	0.16	0.12	0.05	0.02	0.00	0.01	0.12	0.44	0.37	0.25
O4'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.00	0.10	0.51	0.34	0.08
O5'	0.19	0.44	0.19	0.19	0.46	0.01	0.59	0.01	0.61	0.59	0.54	0.37	0.67	0.66	0.42	0.07	0.12	0.10	0.00	0.03	0.01	0.00
OP1	0.55	0.63	0.56	0.47	0.59	0.46	0.65	0.20	0.70	0.57	0.67	0.60	0.77	0.67	0.53	0.76	0.44	0.51	0.03	0.00	0.01	0.01
OP2	0.45	1.00	0.47	0.42	0.92	0.08	1.12	0.15	1.21	0.94	1.15	0.86	1.31	1.15	0.77	0.28	0.37	0.34	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.17	0.55	0.27	0.30	0.53	0.11	0.70	0.01	0.76	0.60	0.68	0.45	0.85	0.76	0.43	0.26	0.25	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00