ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52003

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.000, 0.046, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C4 B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C2 B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
N9 B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
N1 B 0, 0.000, 0.301, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O3' A 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.000, 0.313, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C8 B 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
O4' A 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.000, 0.332, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C6 B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
O4' B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
N7 B 0, 0.000, 0.387, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C4' B 0, 0.000, 0.408, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C4' A 0, 0.000, 0.414, 0.828, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C1' B 0, 0.000, 0.414, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C2' A 0, 0.000, 0.424, 0.848, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.424 std_dev=0.424
C3' A 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C3' B 0, 0.000, 0.485, 0.969, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.485 std_dev=0.485
N6 B 0, 0.000, 0.501, 1.002, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.501 std_dev=0.501
C2' B 0, 0.000, 0.609, 1.218, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.609 std_dev=0.609
O2' A 0, 0.000, 0.628, 1.256, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.628 std_dev=0.628
O3' B 0, 0.000, 0.629, 1.259, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.629 std_dev=0.629
C5' B 0, 0.000, 0.820, 1.641, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.820 std_dev=0.820
C5' A 0, 0.000, 0.834, 1.669, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.834 std_dev=0.834
O2' B 0, 0.000, 0.840, 1.680, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.840 std_dev=0.840
O5' A 0, 0.000, 1.293, 2.585, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.293 std_dev=1.293
OP2 A 0, 0.000, 1.459, 2.917, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.459 std_dev=1.459
P A 0, 0.000, 1.617, 3.233, 3.233 max_d=3.233 avg_d=1.617 std_dev=1.617
O5' B 0, 0.000, 1.895, 3.790, 3.790 max_d=3.790 avg_d=1.895 std_dev=1.895
OP1 A 0, 0.000, 2.458, 4.916, 4.916 max_d=4.916 avg_d=2.458 std_dev=2.458
P B 0, 0.000, 2.910, 5.820, 5.820 max_d=5.820 avg_d=2.910 std_dev=2.910
OP2 B 0, 0.000, 3.354, 6.707, 6.707 max_d=6.707 avg_d=3.354 std_dev=3.354
OP1 B 0, 0.000, 3.395, 6.789, 6.789 max_d=6.789 avg_d=3.395 std_dev=3.395

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.28 0.26 0.15 0.12
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.15 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.14 0.15 0.61 0.81 0.08 0.51
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.27 0.14 0.14 0.09
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.16 0.08 0.56 0.62 0.01 0.40
C4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.10 0.03 0.14 0.13 0.10 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.17 0.15 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.17 0.04 0.64 0.69 0.03 0.48
C5' 0.03 0.25 0.03 0.04 0.11 0.01 0.09 0.00 0.16 0.10 0.23 0.20 0.15 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.00 0.33 0.15 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.16 0.08 0.70 0.83 0.09 0.57
C8 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.17 0.07 0.50 0.39 0.12 0.27
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.14 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.15 0.12 0.68 0.88 0.11 0.58
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.15 0.15 0.53 0.68 0.02 0.42
N6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.17 0.07 0.74 0.87 0.12 0.62
N7 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.17 0.03 0.61 0.56 0.03 0.41
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.47 0.43 0.10 0.27
O2' 0.01 0.18 0.01 0.03 0.08 0.02 0.05 0.03 0.09 0.10 0.15 0.15 0.07 0.05 0.00 0.00 0.17 0.02 0.23 0.03 0.15 0.06
O3' 0.17 0.14 0.10 0.01 0.16 0.02 0.17 0.07 0.16 0.17 0.15 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.00 0.12 0.26 0.32 0.28 0.29
O4' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.03 0.08 0.07 0.12 0.15 0.07 0.03 0.00 0.02 0.12 0.00 0.17 0.30 0.16 0.07
O5' 0.28 0.61 0.27 0.01 0.56 0.02 0.64 0.00 0.70 0.50 0.68 0.53 0.74 0.61 0.47 0.23 0.26 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.26 0.81 0.14 0.02 0.62 0.17 0.69 0.33 0.83 0.39 0.88 0.68 0.87 0.56 0.43 0.03 0.32 0.30 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.08 0.14 0.17 0.01 0.15 0.03 0.15 0.09 0.12 0.11 0.02 0.12 0.03 0.10 0.15 0.28 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.51 0.09 0.08 0.40 0.04 0.48 0.01 0.57 0.27 0.58 0.42 0.62 0.41 0.27 0.06 0.29 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.11 0.07 0.07 0.06 0.26 0.18 0.38 0.26 0.03 0.20 0.04 0.36 0.19 0.03 0.16 0.09 0.23 0.02 0.35 0.42 0.37
C2 0.29 0.02 0.31 0.26 0.06 0.24 0.07 0.26 0.16 0.06 0.13 0.09 0.22 0.06 0.15 0.35 0.30 0.23 0.15 0.32 0.19 0.00
C2' 0.06 0.26 0.20 0.20 0.24 0.06 0.35 0.21 0.39 0.24 0.33 0.21 0.49 0.38 0.17 0.10 0.20 0.04 0.02 0.50 0.42 0.42
C3' 0.01 0.20 0.13 0.16 0.19 0.11 0.31 0.19 0.35 0.22 0.28 0.15 0.46 0.36 0.12 0.02 0.15 0.11 0.13 0.43 0.15 0.24
C4 0.27 0.03 0.22 0.21 0.06 0.29 0.07 0.39 0.19 0.10 0.14 0.07 0.30 0.04 0.16 0.26 0.22 0.27 0.02 0.08 0.47 0.29
C4' 0.25 0.05 0.15 0.09 0.02 0.31 0.18 0.31 0.26 0.06 0.17 0.04 0.41 0.24 0.07 0.32 0.13 0.32 0.19 0.17 0.01 0.05
C5 0.26 0.03 0.22 0.23 0.11 0.29 0.01 0.40 0.12 0.13 0.09 0.12 0.25 0.03 0.19 0.25 0.23 0.26 0.09 0.12 0.60 0.38
C5' 0.32 0.01 0.22 0.13 0.02 0.36 0.19 0.33 0.29 0.05 0.17 0.10 0.49 0.25 0.11 0.42 0.18 0.39 0.20 0.12 0.04 0.00
C6 0.27 0.06 0.26 0.25 0.13 0.26 0.03 0.35 0.08 0.12 0.06 0.15 0.18 0.04 0.19 0.27 0.26 0.23 0.03 0.05 0.53 0.27
C8 0.23 0.01 0.15 0.17 0.07 0.30 0.02 0.45 0.14 0.12 0.11 0.07 0.30 0.01 0.15 0.19 0.16 0.27 0.18 0.42 0.74 0.57
N1 0.27 0.04 0.30 0.27 0.11 0.23 0.01 0.28 0.10 0.09 0.08 0.14 0.18 0.00 0.17 0.32 0.29 0.21 0.08 0.26 0.33 0.09
N3 0.29 0.05 0.26 0.24 0.03 0.28 0.12 0.32 0.20 0.05 0.16 0.05 0.27 0.09 0.15 0.32 0.26 0.27 0.11 0.16 0.24 0.08
N6 0.25 0.10 0.26 0.26 0.15 0.25 0.07 0.36 0.01 0.14 0.00 0.17 0.11 0.08 0.19 0.24 0.26 0.22 0.08 0.02 0.61 0.33
N7 0.25 0.03 0.18 0.20 0.11 0.30 0.03 0.44 0.09 0.14 0.07 0.11 0.24 0.05 0.18 0.20 0.19 0.26 0.18 0.32 0.76 0.53
N9 0.23 0.05 0.15 0.16 0.03 0.30 0.10 0.42 0.21 0.08 0.15 0.03 0.34 0.07 0.13 0.21 0.16 0.27 0.09 0.30 0.56 0.43
O2' 0.27 0.43 0.45 0.40 0.41 0.10 0.48 0.16 0.49 0.37 0.46 0.40 0.51 0.48 0.35 0.37 0.42 0.14 0.11 0.76 0.67 0.67
O3' 0.11 0.05 0.03 0.08 0.04 0.19 0.12 0.27 0.15 0.07 0.11 0.01 0.23 0.16 0.01 0.10 0.07 0.19 0.01 0.63 0.17 0.35
O4' 0.37 0.03 0.30 0.25 0.08 0.43 0.09 0.44 0.18 0.07 0.11 0.12 0.34 0.12 0.19 0.44 0.29 0.43 0.08 0.16 0.17 0.15
O5' 0.43 0.39 0.28 0.12 0.30 0.31 0.15 0.24 0.14 0.12 0.27 0.41 0.03 0.01 0.29 0.46 0.11 0.41 0.24 0.07 0.09 0.05
OP1 0.53 0.41 0.35 0.14 0.31 0.39 0.08 0.26 0.04 0.08 0.22 0.47 0.20 0.08 0.33 0.61 0.14 0.54 0.24 0.08 0.24 0.11
OP2 0.03 0.25 0.21 0.29 0.26 0.00 0.43 0.04 0.50 0.33 0.39 0.18 0.69 0.49 0.20 0.03 0.30 0.06 0.30 0.23 0.01 0.05
P 0.33 0.22 0.17 0.02 0.15 0.25 0.03 0.19 0.07 0.02 0.08 0.27 0.27 0.16 0.17 0.38 0.01 0.35 0.26 0.10 0.09 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.18 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.02 0.23 0.14 0.75 0.48
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.20 0.02 0.15 0.18
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.08 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.38 0.24 0.15 0.30
C4 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.23 0.19 0.65 0.47
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.12 0.07 0.03 0.11 0.12 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.26 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.10 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.34 0.45 0.91 0.69
C5' 0.06 0.21 0.02 0.01 0.22 0.00 0.30 0.00 0.31 0.30 0.26 0.17 0.34 0.34 0.20 0.02 0.05 0.01 0.00 0.12 0.33 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.00 0.38 0.50 1.04 0.76
C8 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.12 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.29 0.44 0.65 0.59
N1 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.32 0.34 0.95 0.65
N3 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.17 0.03 0.57 0.36
N6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.11 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.44 0.67 1.21 0.90
N7 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.12 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.38 0.61 0.93 0.78
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.16 0.14 0.45 0.36
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.09 0.03 0.09 0.07 0.09 0.06 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.23 0.11 0.03
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.05 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.44 0.28 0.02 0.26
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.30 0.34 0.28 0.22
O5' 0.04 0.23 0.20 0.38 0.23 0.01 0.34 0.00 0.38 0.29 0.32 0.17 0.44 0.38 0.16 0.07 0.44 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.18 0.14 0.02 0.24 0.19 0.08 0.45 0.12 0.50 0.44 0.34 0.03 0.67 0.61 0.14 0.23 0.28 0.34 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.75 0.15 0.15 0.65 0.26 0.91 0.33 1.04 0.65 0.95 0.57 1.21 0.93 0.45 0.11 0.02 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.48 0.18 0.30 0.47 0.06 0.69 0.00 0.76 0.59 0.65 0.36 0.90 0.78 0.36 0.03 0.26 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00