ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52004

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O3' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O5' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.000, 0.048, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O2' B 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C5' A 0, 0.000, 0.081, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.081 std_dev=0.081
P A 0, 0.000, 0.087, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C2' B 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O3' B 0, 0.000, 0.094, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C1' B 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
OP2 A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C3' B 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
OP1 A 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C4' B 0, 0.000, 0.138, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C5' B 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O4' B 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
N9 B 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.000, 0.171, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O5' B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C4 B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C8 B 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C2 B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C5 B 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
P B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
N7 B 0, 0.000, 0.326, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.326 std_dev=0.326
OP2 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
N1 B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C6 B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.000, 0.406, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.406 std_dev=0.406
N6 B 0, 0.000, 0.460, 0.920, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.460 std_dev=0.460

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.05 0.08 0.03 0.00 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.10 0.05
C2 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.07 0.13 0.16 0.12
C2' 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01
C3' 0.05 0.06 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.07 0.04 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.08 0.03 0.04 0.04 0.02
C4 0.02 0.05 0.00 0.03 0.06 0.05 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.10 0.08 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.10 0.15 0.10
C4' 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.09 0.01 0.03 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.09 0.01 0.04 0.09 0.07 0.12 0.08 0.14 0.08 0.12 0.07 0.15 0.12 0.06 0.01 0.04 0.02 0.08 0.13 0.17 0.13
C5' 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.09 0.01 0.03 0.05 0.09 0.05 0.00 0.00 0.09 0.05 0.07 0.01 0.06
C6 0.02 0.12 0.03 0.06 0.08 0.09 0.12 0.10 0.15 0.04 0.15 0.08 0.16 0.09 0.03 0.01 0.06 0.07 0.10 0.17 0.19 0.15
C8 0.05 0.07 0.02 0.02 0.09 0.02 0.13 0.05 0.13 0.12 0.10 0.05 0.15 0.15 0.09 0.02 0.02 0.05 0.05 0.08 0.13 0.09
N1 0.03 0.10 0.03 0.06 0.04 0.09 0.05 0.09 0.10 0.02 0.12 0.07 0.10 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.09 0.16 0.18 0.14
N3 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.10 0.14 0.09
N6 0.03 0.14 0.04 0.07 0.09 0.10 0.15 0.11 0.20 0.04 0.19 0.10 0.22 0.12 0.03 0.02 0.06 0.08 0.12 0.21 0.22 0.19
N7 0.03 0.10 0.01 0.04 0.10 0.05 0.15 0.08 0.16 0.13 0.13 0.08 0.18 0.16 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.12 0.16 0.12
N9 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.09 0.05 0.09 0.09 0.06 0.03 0.10 0.10 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.12 0.08
O2' 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.00 0.02 0.09 0.03
O3' 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.03 0.01 0.06 0.04 0.04 0.03 0.08 0.02 0.02 0.06 0.00
O4' 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.06 0.09 0.03 0.00 0.08 0.10 0.06 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.03
O5' 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.08 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04 0.01 0.01 0.08 0.04 0.06 0.00 0.04
OP1 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.04
OP2 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.07 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03
P 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.02 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.04 0.01 0.08 0.10 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.02 0.08 0.07
C8 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.03 0.11 0.08
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.01 0.12 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.05
O5' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.09 0.09 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.02 0.08 0.09 0.06 0.01 0.11 0.12 0.03 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.02 0.08 0.08 0.03 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00