ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52005

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.000, 0.073, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C2' B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
O2' B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.000, 0.157, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C1' B 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
N3 B 0, 0.000, 0.170, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C4 B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
O2' A 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C3' B 0, 0.000, 0.226, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C5' A 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O4' B 0, 0.000, 0.243, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.243 std_dev=0.243
C5 B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C4' B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
N1 B 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O3' B 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C5' B 0, 0.000, 0.266, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C8 B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O3' A 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
OP2 A 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C6 B 0, 0.000, 0.285, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.285 std_dev=0.285
P B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
O5' B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
OP1 A 0, 0.000, 0.303, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.303 std_dev=0.303
N7 B 0, 0.000, 0.307, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.307 std_dev=0.307
P A 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
O5' A 0, 0.000, 0.342, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.342 std_dev=0.342
N6 B 0, 0.000, 0.371, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.371 std_dev=0.371
OP2 B 0, 0.000, 0.448, 0.897, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.448 std_dev=0.448
OP1 B 0, 0.000, 0.563, 1.126, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.563 std_dev=0.563

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.02 0.13 0.14 0.12 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.04 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.03 0.01 0.06 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.13 0.13 0.10 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.17 0.16 0.14 0.14
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.08 0.05 0.11 0.12 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.17 0.17 0.15 0.15
C8 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.16 0.15 0.10 0.12
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.16 0.16 0.14 0.14
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.02 0.12 0.12 0.09 0.09
N6 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.18 0.18 0.17 0.17
N7 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.18 0.17 0.14 0.16
N9 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.12 0.07 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.08 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.13 0.06 0.05
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.01 0.02 0.07 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.15 0.11 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
O5' 0.05 0.13 0.01 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.17 0.16 0.16 0.12 0.18 0.18 0.12 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.08 0.14 0.10 0.11 0.13 0.08 0.16 0.06 0.17 0.15 0.16 0.12 0.18 0.17 0.12 0.13 0.15 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.12 0.04 0.07 0.10 0.01 0.14 0.01 0.15 0.10 0.14 0.09 0.17 0.14 0.07 0.06 0.11 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.11 0.03 0.04 0.10 0.00 0.14 0.00 0.15 0.12 0.14 0.09 0.17 0.16 0.07 0.05 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.15 0.05 0.09 0.07 0.12 0.10 0.13 0.15 0.03 0.17 0.10 0.16 0.03 0.00 0.07 0.10 0.12 0.03 0.12 0.30 0.08
C2 0.03 0.13 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.10 0.11 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.28 0.26 0.18
C2' 0.02 0.16 0.01 0.06 0.11 0.10 0.14 0.11 0.19 0.02 0.19 0.12 0.21 0.10 0.04 0.04 0.07 0.09 0.03 0.13 0.31 0.09
C3' 0.04 0.12 0.02 0.05 0.06 0.08 0.09 0.08 0.13 0.01 0.14 0.08 0.16 0.04 0.01 0.04 0.06 0.09 0.02 0.14 0.31 0.09
C4 0.06 0.15 0.04 0.07 0.05 0.10 0.04 0.10 0.10 0.10 0.15 0.11 0.08 0.07 0.04 0.05 0.07 0.11 0.00 0.24 0.28 0.14
C4' 0.04 0.13 0.03 0.06 0.06 0.09 0.08 0.09 0.13 0.01 0.15 0.09 0.15 0.03 0.01 0.05 0.07 0.09 0.01 0.09 0.31 0.08
C5 0.07 0.13 0.05 0.08 0.01 0.11 0.03 0.10 0.04 0.14 0.13 0.09 0.01 0.14 0.07 0.04 0.08 0.12 0.02 0.27 0.25 0.13
C5' 0.07 0.08 0.05 0.07 0.02 0.10 0.03 0.09 0.08 0.06 0.10 0.04 0.10 0.02 0.03 0.08 0.08 0.11 0.02 0.11 0.30 0.08
C6 0.07 0.11 0.04 0.07 0.02 0.09 0.08 0.08 0.03 0.14 0.08 0.07 0.07 0.15 0.08 0.03 0.06 0.10 0.01 0.30 0.23 0.15
C8 0.08 0.14 0.05 0.10 0.03 0.13 0.02 0.13 0.10 0.12 0.16 0.09 0.10 0.10 0.06 0.06 0.10 0.13 0.06 0.20 0.25 0.09
N1 0.05 0.11 0.02 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.01 0.10 0.06 0.08 0.04 0.11 0.06 0.02 0.04 0.07 0.02 0.31 0.23 0.17
N3 0.04 0.14 0.03 0.05 0.07 0.08 0.06 0.07 0.10 0.05 0.14 0.12 0.08 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.04 0.24 0.28 0.16
N6 0.07 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.13 0.09 0.10 0.16 0.01 0.03 0.15 0.18 0.10 0.02 0.06 0.10 0.02 0.31 0.20 0.14
N7 0.08 0.13 0.05 0.09 0.00 0.12 0.03 0.12 0.05 0.15 0.13 0.08 0.02 0.15 0.07 0.05 0.09 0.13 0.05 0.25 0.24 0.11
N9 0.07 0.15 0.05 0.09 0.05 0.12 0.06 0.12 0.12 0.09 0.16 0.10 0.13 0.04 0.03 0.06 0.09 0.13 0.03 0.19 0.28 0.11
O2' 0.08 0.22 0.08 0.03 0.19 0.01 0.22 0.03 0.24 0.16 0.24 0.20 0.25 0.21 0.15 0.04 0.01 0.01 0.06 0.10 0.35 0.12
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.08 0.03 0.11 0.02 0.14 0.04 0.14 0.09 0.16 0.08 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.13 0.29 0.10
O4' 0.06 0.14 0.05 0.08 0.07 0.12 0.08 0.13 0.14 0.04 0.17 0.10 0.16 0.02 0.01 0.08 0.10 0.12 0.02 0.09 0.30 0.07
O5' 0.12 0.03 0.09 0.11 0.04 0.14 0.03 0.12 0.03 0.11 0.05 0.01 0.06 0.08 0.09 0.12 0.11 0.17 0.04 0.17 0.30 0.10
OP1 0.18 0.03 0.16 0.19 0.10 0.21 0.10 0.19 0.05 0.18 0.02 0.07 0.04 0.16 0.15 0.17 0.19 0.22 0.14 0.04 0.14 0.03
OP2 0.18 0.04 0.16 0.19 0.12 0.20 0.13 0.18 0.08 0.21 0.03 0.08 0.08 0.20 0.17 0.16 0.19 0.21 0.13 0.12 0.16 0.01
P 0.14 0.00 0.12 0.14 0.07 0.16 0.08 0.14 0.03 0.15 0.01 0.04 0.02 0.13 0.12 0.13 0.14 0.18 0.08 0.13 0.22 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.29 0.10 0.16
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.46 0.21 0.25
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.30 0.01 0.13
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.22 0.08 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.44 0.22 0.26
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.10 0.50 0.30 0.30
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.10 0.52 0.31 0.31
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.43 0.29 0.30
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.50 0.26 0.29
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.42 0.18 0.23
N6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.11 0.54 0.35 0.33
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.12 0.49 0.37 0.33
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.40 0.20 0.24
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.01 0.09
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.17 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.17 0.07 0.10
O5' 0.05 0.08 0.02 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.12 0.09 0.07 0.11 0.12 0.09 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.29 0.46 0.30 0.22 0.44 0.08 0.50 0.04 0.52 0.43 0.50 0.42 0.54 0.49 0.40 0.22 0.08 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.21 0.01 0.08 0.22 0.03 0.30 0.03 0.31 0.29 0.26 0.18 0.35 0.37 0.20 0.01 0.17 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.25 0.13 0.07 0.26 0.04 0.30 0.00 0.31 0.30 0.29 0.23 0.33 0.33 0.24 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00