ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52006

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
OP2 A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4' B 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
O3' B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C1' B 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C4' B 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
N9 B 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C3' B 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C4 B 0, 0.000, 0.089, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O3' A 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C5' B 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O5' A 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C5 B 0, 0.000, 0.111, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C2' B 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O5' B 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C6 B 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
P B 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
OP1 B 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C8 B 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.127
N1 B 0, 0.000, 0.128, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.128 std_dev=0.128
P A 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
N3 B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
OP2 B 0, 0.000, 0.144, 0.289, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C5' A 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.000, 0.151, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O2' B 0, 0.000, 0.155, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C2 B 0, 0.000, 0.157, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.157 std_dev=0.157
N7 B 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
N6 B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP1 A 0, 0.000, 0.243, 0.486, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.243 std_dev=0.243

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
O5' 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04
C2 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
C2' 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.09 0.05 0.12 0.09 0.06 0.00 0.01 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06
C3' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.06 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.06 0.13 0.10 0.07 0.01 0.01 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08
C4 0.03 0.07 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02
C4' 0.05 0.10 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.10 0.07 0.06 0.03 0.01 0.05 0.08 0.07 0.08 0.08
C5 0.04 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02
C5' 0.03 0.10 0.05 0.03 0.07 0.04 0.08 0.06 0.10 0.06 0.12 0.07 0.11 0.07 0.05 0.02 0.03 0.04 0.08 0.08 0.09 0.08
C6 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.04 0.10 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.07 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04
N1 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
N3 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01
N6 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00
N7 0.04 0.09 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03
N9 0.04 0.09 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03
O2' 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03 0.07 0.07 0.01 0.01 0.11 0.09 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01
O3' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.10 0.08 0.06 0.01 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06
O4' 0.05 0.11 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.10 0.09 0.05 0.04 0.05 0.06 0.00 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07
O5' 0.04 0.10 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.07 0.11 0.07 0.12 0.07 0.12 0.08 0.06 0.02 0.02 0.05 0.08 0.08 0.09 0.09
OP1 0.09 0.11 0.10 0.09 0.12 0.11 0.15 0.14 0.17 0.14 0.16 0.10 0.20 0.16 0.12 0.05 0.02 0.10 0.16 0.17 0.18 0.18
OP2 0.05 0.08 0.07 0.05 0.08 0.06 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.06 0.12 0.10 0.07 0.03 0.00 0.06 0.10 0.09 0.10 0.09
P 0.04 0.09 0.06 0.04 0.08 0.06 0.10 0.08 0.12 0.08 0.12 0.07 0.14 0.10 0.07 0.02 0.02 0.05 0.10 0.10 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.05
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.06
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
O5' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.05 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00