ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52007

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.000, 0.136, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O4' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C4' A 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O2' A 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C3' A 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
N1 B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C2 B 0, 0.000, 0.373, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.373 std_dev=0.373
C5' A 0, 0.000, 0.376, 0.752, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.376 std_dev=0.376
O5' A 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
C6 B 0, 0.000, 0.440, 0.880, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.440 std_dev=0.440
N6 B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
N3 B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C5 B 0, 0.000, 0.522, 1.044, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.522 std_dev=0.522
C4 B 0, 0.000, 0.536, 1.071, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.536 std_dev=0.536
N7 B 0, 0.000, 0.618, 1.235, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.618 std_dev=0.618
N9 B 0, 0.000, 0.650, 1.299, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.650 std_dev=0.650
P A 0, 0.000, 0.656, 1.313, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.656 std_dev=0.656
O2' B 0, 0.000, 0.678, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.678 std_dev=0.678
C8 B 0, 0.000, 0.682, 1.365, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.682 std_dev=0.682
C2' B 0, 0.000, 0.699, 1.398, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.699 std_dev=0.699
C1' B 0, 0.000, 0.743, 1.485, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.743 std_dev=0.743
OP2 A 0, 0.000, 0.772, 1.545, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.772 std_dev=0.772
OP2 B 0, 0.000, 0.822, 1.644, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.822 std_dev=0.822
OP1 A 0, 0.000, 0.825, 1.650, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.825 std_dev=0.825
C5' B 0, 0.000, 0.826, 1.653, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.826 std_dev=0.826
O4' B 0, 0.000, 0.836, 1.673, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.836 std_dev=0.836
P B 0, 0.000, 0.857, 1.713, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.857 std_dev=0.857
C3' B 0, 0.000, 0.870, 1.739, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.870 std_dev=0.870
C4' B 0, 0.000, 0.884, 1.768, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.884 std_dev=0.884
O5' B 0, 0.000, 0.925, 1.850, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.925 std_dev=0.925
OP1 B 0, 0.000, 0.993, 1.986, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.993 std_dev=0.993
O3' B 0, 0.000, 1.052, 2.104, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.052 std_dev=1.052

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02 0.16 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02
C4 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.07 0.17 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.12 0.13 0.24 0.16
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.05 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.12 0.24 0.15
C8 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.15 0.17 0.24 0.19
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.06 0.20 0.11
N3 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.13 0.05
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.13 0.16 0.29 0.19
N7 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.16 0.19 0.28 0.21
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.16 0.11
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.07 0.05
O5' 0.06 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.11 0.15 0.08 0.05 0.13 0.16 0.10 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.01 0.13 0.00 0.12 0.17 0.06 0.01 0.16 0.19 0.09 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.16 0.05 0.02 0.17 0.01 0.24 0.01 0.24 0.24 0.20 0.13 0.29 0.28 0.16 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.04 0.02 0.10 0.00 0.16 0.00 0.15 0.19 0.11 0.05 0.19 0.21 0.11 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.04 0.09 0.11 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.08 0.03 0.06 0.03 0.07 0.08 0.11 0.10 0.09 0.06 0.07 0.08 0.06
C2 0.06 0.11 0.07 0.07 0.06 0.08 0.02 0.11 0.01 0.00 0.07 0.11 0.04 0.02 0.04 0.05 0.07 0.06 0.11 0.12 0.13 0.12
C2' 0.06 0.02 0.07 0.10 0.04 0.07 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.09 0.09 0.07 0.06 0.09 0.10 0.08
C3' 0.06 0.01 0.07 0.10 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.09 0.09 0.06 0.04 0.09 0.10 0.07
C4 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.00 0.06 0.10 0.01 0.02 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.00 0.02 0.02 0.02
C4' 0.09 0.03 0.11 0.12 0.06 0.08 0.05 0.05 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.13 0.13 0.09 0.06 0.09 0.11 0.08
C5 0.16 0.06 0.14 0.14 0.15 0.12 0.17 0.07 0.13 0.19 0.08 0.10 0.13 0.19 0.17 0.15 0.14 0.15 0.06 0.00 0.00 0.01
C5' 0.07 0.00 0.09 0.11 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.12 0.12 0.07 0.03 0.05 0.09 0.04
C6 0.14 0.03 0.10 0.08 0.14 0.08 0.18 0.03 0.14 0.21 0.07 0.06 0.15 0.22 0.17 0.11 0.09 0.13 0.01 0.06 0.08 0.05
C8 0.20 0.12 0.20 0.22 0.17 0.19 0.16 0.16 0.13 0.19 0.10 0.15 0.11 0.18 0.19 0.20 0.22 0.21 0.15 0.12 0.14 0.12
N1 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.09 0.07 0.08 0.10 0.00 0.05 0.11 0.13 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.12 0.14 0.12
N3 0.03 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.08 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.08 0.08 0.09
N6 0.24 0.08 0.20 0.16 0.22 0.17 0.24 0.10 0.19 0.31 0.11 0.12 0.19 0.30 0.27 0.22 0.18 0.22 0.07 0.05 0.07 0.03
N7 0.24 0.13 0.24 0.24 0.21 0.22 0.21 0.18 0.16 0.25 0.12 0.18 0.15 0.23 0.24 0.24 0.25 0.25 0.16 0.09 0.11 0.11
N9 0.11 0.05 0.12 0.13 0.10 0.10 0.10 0.07 0.07 0.12 0.05 0.08 0.07 0.11 0.11 0.13 0.13 0.12 0.06 0.05 0.06 0.05
O2' 0.06 0.05 0.07 0.09 0.04 0.07 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.08 0.07 0.07 0.06 0.11 0.10 0.09
O3' 0.03 0.00 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.06 0.03 0.01 0.07 0.09 0.05
O4' 0.10 0.04 0.11 0.13 0.08 0.09 0.08 0.06 0.05 0.10 0.03 0.07 0.04 0.09 0.10 0.14 0.13 0.10 0.06 0.07 0.09 0.07
O5' 0.03 0.05 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.09 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02
OP1 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.07 0.07 0.02 0.07
OP2 0.08 0.14 0.07 0.04 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.07 0.14 0.12 0.11 0.08 0.08 0.04 0.01 0.07 0.09 0.07 0.05 0.09
P 0.00 0.08 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.00 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C5' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02
N6 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.03
O3' 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O5' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00