ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52009

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N6 A 0, 0.000, 0.057, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.057 std_dev=0.057
N7 A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C8 A 0, 0.000, 0.077, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O5' A 0, 0.000, 0.141, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.141 std_dev=0.141
O2' A 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C4' A 0, 0.000, 0.189, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C5' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C3' A 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
P A 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C8 B 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
N7 B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O2' B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
N9 B 0, 0.000, 0.394, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.394 std_dev=0.394
C1' B 0, 0.000, 0.412, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C5 B 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
C4 B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
C6 B 0, 0.000, 0.465, 0.930, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.465 std_dev=0.465
O4' B 0, 0.000, 0.468, 0.935, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.468 std_dev=0.468
N6 B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
N3 B 0, 0.000, 0.490, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.490 std_dev=0.490
O3' A 0, 0.000, 0.513, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.513 std_dev=0.513
C2' B 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
N1 B 0, 0.000, 0.520, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.520 std_dev=0.520
C2 B 0, 0.000, 0.526, 1.053, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.526 std_dev=0.526
C4' B 0, 0.000, 0.693, 1.385, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.693 std_dev=0.693
C3' B 0, 0.000, 0.752, 1.505, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.752 std_dev=0.752
O5' B 0, 0.000, 0.792, 1.584, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.792 std_dev=0.792
C5' B 0, 0.000, 0.822, 1.644, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.822 std_dev=0.822
P B 0, 0.000, 0.830, 1.661, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.830 std_dev=0.830
OP2 B 0, 0.000, 0.917, 1.834, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.917 std_dev=0.917
OP1 A 0, 0.000, 0.919, 1.838, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.919 std_dev=0.919
O3' B 0, 0.000, 0.966, 1.931, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.966 std_dev=0.966
OP1 B 0, 0.000, 1.137, 2.274, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.137 std_dev=1.137
OP2 A 0, 0.000, 1.544, 3.088, 3.088 max_d=3.088 avg_d=1.544 std_dev=1.544

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.20 0.26 0.10
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.45 0.61 0.17
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.18 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.02 0.09 0.11 0.06 0.01 0.11 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.40 0.62 0.17
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.04 0.48 0.80 0.19
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.17 0.35 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.02 0.54 0.84 0.18
C8 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.07 0.37 0.74 0.18
N1 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.06 0.01 0.52 0.74 0.18
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.00 0.39 0.53 0.16
N6 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.05 0.03 0.59 0.93 0.18
N7 0.00 0.00 0.05 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.16 0.01 0.07 0.47 0.89 0.19
N9 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.33 0.54 0.15
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.00 0.07 0.07
O3' 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.05 0.11 0.14 0.06 0.02 0.15 0.16 0.05 0.07 0.00 0.01 0.10 0.25 0.06 0.05
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.14 0.09 0.11
O5' 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.04 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.20 0.45 0.09 0.05 0.40 0.05 0.48 0.17 0.54 0.37 0.52 0.39 0.59 0.47 0.33 0.00 0.25 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.61 0.18 0.06 0.62 0.13 0.80 0.35 0.84 0.74 0.74 0.53 0.93 0.89 0.54 0.07 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.17 0.06 0.04 0.17 0.04 0.19 0.00 0.18 0.18 0.18 0.16 0.18 0.19 0.15 0.07 0.05 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.19 0.10 0.15 0.16 0.15 0.19 0.18 0.21 0.13 0.21 0.16 0.22 0.17 0.12 0.00 0.16 0.11 0.18 0.06 0.08 0.04
C2 0.08 0.29 0.06 0.13 0.20 0.19 0.23 0.21 0.29 0.14 0.32 0.22 0.30 0.19 0.13 0.03 0.17 0.16 0.13 0.08 0.17 0.00
C2' 0.03 0.11 0.07 0.13 0.09 0.10 0.11 0.16 0.12 0.08 0.12 0.09 0.13 0.11 0.07 0.05 0.14 0.04 0.21 0.11 0.03 0.10
C3' 0.08 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.11 0.02 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01
C4 0.07 0.24 0.07 0.10 0.19 0.14 0.23 0.15 0.28 0.14 0.28 0.19 0.29 0.20 0.13 0.02 0.12 0.12 0.09 0.00 0.20 0.05
C4' 0.03 0.07 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.04 0.06 0.01 0.00 0.08 0.04 0.02 0.06 0.07 0.12 0.04
C5 0.02 0.18 0.02 0.00 0.11 0.04 0.19 0.04 0.26 0.08 0.26 0.10 0.29 0.16 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.12 0.32 0.16
C5' 0.07 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.05 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.11 0.04 0.07 0.04 0.22 0.24 0.16
C6 0.04 0.17 0.06 0.04 0.08 0.03 0.16 0.03 0.25 0.05 0.26 0.07 0.29 0.13 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.12 0.33 0.17
C8 0.01 0.12 0.02 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.21 0.10 0.17 0.07 0.24 0.17 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.19 0.33 0.20
N1 0.01 0.24 0.01 0.03 0.13 0.10 0.19 0.12 0.27 0.09 0.29 0.14 0.30 0.15 0.07 0.02 0.07 0.09 0.04 0.02 0.26 0.09
N3 0.12 0.29 0.11 0.17 0.23 0.22 0.25 0.24 0.29 0.17 0.31 0.24 0.30 0.21 0.17 0.05 0.21 0.19 0.18 0.11 0.12 0.04
N6 0.11 0.04 0.14 0.12 0.02 0.05 0.08 0.04 0.18 0.01 0.18 0.06 0.25 0.07 0.06 0.12 0.11 0.04 0.12 0.20 0.41 0.24
N7 0.05 0.09 0.04 0.06 0.05 0.03 0.15 0.05 0.22 0.05 0.18 0.02 0.27 0.13 0.00 0.05 0.05 0.03 0.10 0.23 0.39 0.24
N9 0.06 0.19 0.07 0.10 0.17 0.11 0.21 0.12 0.24 0.14 0.23 0.15 0.25 0.19 0.12 0.01 0.11 0.09 0.09 0.04 0.20 0.06
O2' 0.10 0.18 0.14 0.23 0.15 0.21 0.14 0.31 0.16 0.10 0.18 0.16 0.15 0.12 0.12 0.01 0.24 0.13 0.32 0.25 0.13 0.21
O3' 0.14 0.11 0.09 0.05 0.14 0.11 0.17 0.08 0.15 0.20 0.13 0.11 0.17 0.20 0.16 0.17 0.04 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00
O4' 0.04 0.16 0.06 0.10 0.12 0.09 0.14 0.11 0.17 0.07 0.18 0.13 0.18 0.11 0.08 0.02 0.11 0.06 0.11 0.02 0.14 0.02
O5' 0.10 0.05 0.07 0.08 0.08 0.10 0.06 0.11 0.04 0.09 0.04 0.07 0.03 0.07 0.09 0.13 0.09 0.10 0.12 0.32 0.37 0.26
OP1 0.13 0.41 0.11 0.02 0.28 0.04 0.30 0.17 0.40 0.13 0.44 0.33 0.42 0.21 0.18 0.09 0.08 0.07 0.21 0.66 0.59 0.47
OP2 0.60 0.95 0.53 0.42 0.82 0.35 0.86 0.21 0.96 0.65 1.00 0.87 0.98 0.75 0.69 0.57 0.37 0.46 0.25 0.13 0.39 0.19
P 0.14 0.17 0.08 0.08 0.15 0.10 0.12 0.10 0.13 0.09 0.15 0.17 0.10 0.08 0.13 0.14 0.08 0.12 0.09 0.26 0.30 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.13 0.10
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.08 0.11 0.19 0.37 0.21
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.15 0.14 0.12 0.06 0.17 0.16 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.14 0.20 0.32 0.22
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.13 0.01 0.04 0.08 0.13 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.14 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.01 0.21 0.32 0.41 0.30
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.11 0.19 0.05 0.01 0.15 0.20 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.15 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.17 0.03 0.21 0.34 0.46 0.32
C8 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.06 0.25 0.31 0.31 0.29
N1 0.02 0.00 0.05 0.12 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.06 0.16 0.27 0.43 0.27
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.08 0.09 0.14 0.30 0.18
N6 0.00 0.01 0.05 0.17 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.21 0.01 0.26 0.42 0.52 0.37
N7 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.19 0.04 0.27 0.39 0.42 0.35
N9 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.13 0.17 0.24 0.19
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.00 0.03 0.06
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.16 0.00 0.17 0.15 0.13 0.05 0.21 0.19 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.09 0.05
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.09
O5' 0.04 0.11 0.00 0.01 0.14 0.00 0.21 0.00 0.21 0.25 0.16 0.09 0.26 0.27 0.13 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.19 0.03 0.05 0.20 0.03 0.32 0.03 0.34 0.31 0.27 0.14 0.42 0.39 0.17 0.00 0.09 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.37 0.00 0.04 0.32 0.02 0.41 0.00 0.46 0.31 0.43 0.30 0.52 0.42 0.24 0.03 0.09 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.21 0.01 0.02 0.22 0.02 0.30 0.00 0.32 0.29 0.27 0.18 0.37 0.35 0.19 0.06 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00