Doublet Group distance statistics: 52020

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 8, 6, 4, 12, 10, 6, 4, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.043, 0.054, 0.066, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.054 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.029, 0.040, 0.052, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.040 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.026, 0.039, 0.051, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.039 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.043, 0.056, 0.069, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.056 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.046, 0.060, 0.074, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.060 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.023, 0.038, 0.054, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.038 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.025, 0.043, 0.061, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.043 std_dev=0.018
N6	A	0, 0.045, 0.068, 0.092, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.068 std_dev=0.024
N7	A	0, 0.034, 0.061, 0.088, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.061 std_dev=0.027
C8	A	0, 0.022, 0.059, 0.096, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.059 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.098, 0.296, 0.494, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.296 std_dev=0.198
C5	B	0, 0.350, 0.567, 0.785, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.567 std_dev=0.217
C2'	A	0, 0.017, 0.237, 0.458, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.237 std_dev=0.221
N7	B	0, 0.423, 0.647, 0.871, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.647 std_dev=0.224
C6	B	0, 0.404, 0.635, 0.867, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.635 std_dev=0.232
C4	B	0, 0.284, 0.542, 0.800, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.542 std_dev=0.258
C8	B	0, 0.325, 0.588, 0.852, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.588 std_dev=0.264
O6	B	0, 0.510, 0.775, 1.039, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.775 std_dev=0.264
N1	B	0, 0.362, 0.628, 0.894, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.628 std_dev=0.266
N3	B	0, 0.371, 0.644, 0.917, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.644 std_dev=0.273
C4'	A	0, 0.240, 0.516, 0.792, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.516 std_dev=0.276
C3'	A	0, 0.175, 0.451, 0.728, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.451 std_dev=0.276
C2	B	0, 0.377, 0.659, 0.941, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.659 std_dev=0.282
N9	B	0, 0.240, 0.543, 0.846, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.543 std_dev=0.303
O2'	A	0, 0.038, 0.381, 0.724, 2.609 max_d=2.609 avg_d=0.381 std_dev=0.343
N2	B	0, 0.479, 0.822, 1.166, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.822 std_dev=0.343
O3'	A	0, 0.275, 0.641, 1.007, 2.261 max_d=2.261 avg_d=0.641 std_dev=0.366
C1'	B	0, 0.290, 0.672, 1.055, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.672 std_dev=0.383
O4'	B	0, 0.259, 0.660, 1.061, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.660 std_dev=0.401
O5'	B	0, 0.354, 0.767, 1.181, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.767 std_dev=0.414
C5'	A	0, 0.472, 0.892, 1.312, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.892 std_dev=0.420
P	B	0, 0.324, 0.783, 1.241, 2.678 max_d=2.678 avg_d=0.783 std_dev=0.459
C2'	B	0, 0.433, 0.915, 1.397, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.915 std_dev=0.482
OP2	B	0, 0.317, 0.807, 1.298, 2.903 max_d=2.903 avg_d=0.807 std_dev=0.491
C4'	B	0, 0.331, 0.831, 1.331, 2.490 max_d=2.490 avg_d=0.831 std_dev=0.500
C5'	B	0, 0.311, 0.835, 1.359, 2.562 max_d=2.562 avg_d=0.835 std_dev=0.524
C3'	B	0, 0.435, 0.977, 1.519, 2.598 max_d=2.598 avg_d=0.977 std_dev=0.542
O2'	B	0, 0.575, 1.139, 1.704, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.139 std_dev=0.564
OP1	B	0, 0.386, 0.973, 1.560, 3.350 max_d=3.350 avg_d=0.973 std_dev=0.587
O5'	A	0, 1.251, 1.853, 2.455, 2.932 max_d=2.932 avg_d=1.853 std_dev=0.602
O3'	B	0, 0.572, 1.252, 1.931, 3.266 max_d=3.266 avg_d=1.252 std_dev=0.680
OP1	A	0, 1.606, 2.440, 3.275, 3.996 max_d=3.996 avg_d=2.440 std_dev=0.835
P	A	0, 1.718, 2.575, 3.432, 4.133 max_d=4.133 avg_d=2.575 std_dev=0.857
OP2	A	0, 3.114, 4.863, 6.613, 6.399 max_d=6.399 avg_d=4.863 std_dev=1.750

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.09	0.00	0.30	0.40	0.35	0.22
C2	0.02	0.00	0.17	0.21	0.01	0.08	0.01	0.19	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.23	0.06	0.47	0.52	0.80	0.49
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.09	0.02	0.05	0.08	0.08	0.10	0.13	0.18	0.06	0.08	0.02	0.00	0.02	0.01	0.30	0.38	0.35	0.29
C3'	0.01	0.21	0.00	0.00	0.14	0.01	0.15	0.04	0.17	0.16	0.19	0.19	0.17	0.16	0.09	0.02	0.01	0.02	0.30	0.36	0.28	0.27
C4	0.01	0.01	0.09	0.14	0.00	0.07	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.12	0.03	0.49	0.52	0.80	0.50
C4'	0.01	0.08	0.02	0.01	0.07	0.00	0.10	0.01	0.11	0.14	0.09	0.07	0.12	0.14	0.07	0.11	0.03	0.00	0.02	0.25	0.27	0.08
C5	0.01	0.01	0.05	0.15	0.00	0.10	0.00	0.24	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.13	0.12	0.02	0.58	0.62	1.06	0.65
C5'	0.06	0.19	0.08	0.04	0.18	0.01	0.24	0.00	0.26	0.25	0.23	0.16	0.29	0.28	0.16	0.05	0.10	0.02	0.01	0.19	0.36	0.02
C6	0.01	0.01	0.08	0.17	0.01	0.11	0.01	0.26	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.16	0.03	0.58	0.65	1.13	0.68
C8	0.01	0.01	0.10	0.16	0.00	0.14	0.00	0.25	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.15	0.15	0.06	0.59	0.59	0.98	0.63
N1	0.02	0.01	0.13	0.19	0.01	0.09	0.01	0.23	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.14	0.20	0.04	0.53	0.59	1.00	0.60
N3	0.02	0.00	0.18	0.19	0.00	0.07	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.21	0.06	0.42	0.48	0.67	0.41
N6	0.02	0.01	0.06	0.17	0.01	0.12	0.01	0.29	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.17	0.17	0.03	0.62	0.72	1.29	0.78
N7	0.01	0.01	0.08	0.16	0.00	0.14	0.00	0.28	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.17	0.15	0.05	0.63	0.68	1.19	0.74
N9	0.00	0.01	0.02	0.09	0.00	0.07	0.01	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.06	0.01	0.46	0.48	0.70	0.44
O2'	0.02	0.15	0.00	0.02	0.09	0.11	0.13	0.05	0.14	0.15	0.14	0.15	0.17	0.17	0.08	0.00	0.05	0.09	0.17	0.41	0.43	0.27
O3'	0.09	0.23	0.02	0.01	0.12	0.03	0.12	0.10	0.16	0.15	0.20	0.21	0.17	0.15	0.06	0.05	0.00	0.06	0.29	0.43	0.38	0.28
O4'	0.00	0.06	0.01	0.02	0.03	0.00	0.02	0.02	0.03	0.06	0.04	0.06	0.03	0.05	0.01	0.09	0.06	0.00	0.27	0.44	0.31	0.20
O5'	0.30	0.47	0.30	0.30	0.49	0.02	0.58	0.01	0.58	0.59	0.53	0.42	0.62	0.63	0.46	0.17	0.29	0.27	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.40	0.52	0.38	0.36	0.52	0.25	0.62	0.19	0.65	0.59	0.59	0.48	0.72	0.68	0.48	0.41	0.43	0.44	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.35	0.80	0.35	0.28	0.80	0.27	1.06	0.36	1.13	0.98	1.00	0.67	1.29	1.19	0.70	0.43	0.38	0.31	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.22	0.49	0.29	0.27	0.50	0.08	0.65	0.02	0.68	0.63	0.60	0.41	0.78	0.74	0.44	0.27	0.28	0.20	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.21	0.24	0.21	0.19	0.19	0.22	0.23	0.26	0.26	0.25	0.25	0.27	0.22	0.28	0.18	0.27	0.20	0.21	0.22	0.31	0.12	0.12	0.11
C2	0.28	0.27	0.28	0.29	0.16	0.34	0.19	0.37	0.23	0.27	0.27	0.34	0.20	0.24	0.22	0.34	0.28	0.34	0.27	0.26	0.25	0.23	0.22
C2'	0.20	0.23	0.19	0.18	0.21	0.20	0.26	0.26	0.27	0.28	0.25	0.24	0.22	0.31	0.20	0.24	0.19	0.20	0.25	0.31	0.12	0.16	0.13
C3'	0.22	0.24	0.17	0.15	0.24	0.15	0.28	0.15	0.30	0.28	0.27	0.24	0.23	0.32	0.23	0.21	0.15	0.22	0.08	0.33	0.02	0.07	0.02
C4	0.17	0.24	0.17	0.16	0.13	0.19	0.19	0.23	0.24	0.23	0.25	0.28	0.19	0.24	0.13	0.24	0.16	0.18	0.18	0.27	0.13	0.17	0.13
C4'	0.20	0.25	0.16	0.14	0.24	0.13	0.30	0.16	0.33	0.29	0.29	0.25	0.22	0.36	0.22	0.19	0.15	0.19	0.07	0.39	0.11	0.23	0.12
C5	0.18	0.22	0.18	0.19	0.09	0.18	0.17	0.21	0.23	0.23	0.24	0.26	0.15	0.23	0.14	0.21	0.18	0.19	0.21	0.28	0.16	0.23	0.17
C5'	0.34	0.41	0.32	0.31	0.41	0.25	0.47	0.22	0.49	0.44	0.46	0.40	0.39	0.51	0.38	0.32	0.31	0.30	0.24	0.54	0.27	0.44	0.28
C6	0.25	0.22	0.25	0.25	0.14	0.24	0.19	0.25	0.24	0.26	0.26	0.28	0.16	0.25	0.21	0.26	0.24	0.25	0.25	0.29	0.20	0.26	0.20
C8	0.19	0.22	0.16	0.17	0.14	0.18	0.18	0.20	0.25	0.19	0.25	0.25	0.18	0.22	0.14	0.21	0.17	0.20	0.22	0.31	0.18	0.24	0.19
N1	0.29	0.26	0.30	0.29	0.16	0.31	0.20	0.32	0.25	0.26	0.28	0.33	0.18	0.24	0.23	0.33	0.28	0.31	0.27	0.28	0.23	0.25	0.22
N3	0.22	0.26	0.23	0.24	0.16	0.29	0.20	0.34	0.24	0.27	0.26	0.32	0.21	0.25	0.18	0.29	0.24	0.27	0.23	0.26	0.21	0.20	0.19
N6	0.27	0.23	0.29	0.30	0.21	0.26	0.24	0.25	0.28	0.28	0.27	0.28	0.21	0.28	0.25	0.28	0.29	0.25	0.28	0.34	0.23	0.31	0.24
N7	0.18	0.21	0.17	0.20	0.11	0.18	0.16	0.20	0.24	0.22	0.24	0.25	0.16	0.23	0.15	0.19	0.20	0.19	0.23	0.30	0.20	0.28	0.21
N9	0.18	0.23	0.16	0.14	0.15	0.16	0.20	0.19	0.25	0.21	0.25	0.26	0.19	0.25	0.13	0.23	0.14	0.17	0.17	0.30	0.09	0.14	0.09
O2'	0.35	0.39	0.39	0.42	0.39	0.37	0.43	0.41	0.43	0.46	0.41	0.39	0.38	0.48	0.39	0.37	0.41	0.33	0.40	0.46	0.20	0.31	0.24
O3'	0.19	0.22	0.18	0.19	0.22	0.15	0.28	0.18	0.29	0.28	0.26	0.21	0.20	0.32	0.21	0.16	0.20	0.20	0.02	0.33	0.02	0.02	0.01
O4'	0.18	0.24	0.15	0.13	0.19	0.15	0.27	0.20	0.32	0.25	0.28	0.25	0.20	0.33	0.17	0.22	0.13	0.18	0.11	0.39	0.08	0.19	0.07
O5'	0.57	0.74	0.54	0.46	0.68	0.42	0.72	0.36	0.76	0.61	0.77	0.75	0.70	0.69	0.62	0.51	0.43	0.50	0.37	0.78	0.31	0.36	0.30
OP1	0.61	0.87	0.66	0.65	0.78	0.53	0.85	0.53	0.94	0.71	0.93	0.88	0.79	0.83	0.69	0.60	0.68	0.53	0.58	1.01	0.65	0.85	0.63
OP2	0.93	1.45	0.90	0.77	1.28	0.65	1.42	0.56	1.59	1.10	1.57	1.46	1.30	1.33	1.09	0.84	0.71	0.76	0.47	1.71	0.50	0.55	0.40
P	0.67	0.95	0.65	0.57	0.86	0.50	0.93	0.43	1.02	0.76	1.01	0.96	0.87	0.88	0.76	0.61	0.55	0.57	0.40	1.09	0.33	0.47	0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.11	0.01	0.11	0.15	0.11
C2	0.02	0.00	0.14	0.19	0.01	0.06	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.14	0.22	0.05	0.26	0.01	0.26	0.30	0.25
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.08	0.02	0.07	0.05	0.09	0.07	0.12	0.16	0.13	0.07	0.03	0.00	0.02	0.01	0.18	0.09	0.20	0.18	0.16
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.14	0.00	0.16	0.02	0.19	0.13	0.19	0.20	0.16	0.16	0.10	0.02	0.01	0.01	0.20	0.20	0.23	0.14	0.16
C4	0.01	0.01	0.08	0.14	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.10	0.15	0.03	0.26	0.01	0.25	0.27	0.24
C4'	0.01	0.06	0.02	0.00	0.06	0.00	0.08	0.01	0.08	0.08	0.07	0.07	0.05	0.09	0.05	0.09	0.03	0.00	0.02	0.09	0.08	0.16	0.03
C5	0.01	0.01	0.07	0.16	0.00	0.08	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.10	0.19	0.02	0.33	0.01	0.33	0.35	0.32
C5'	0.03	0.09	0.05	0.02	0.09	0.01	0.12	0.00	0.13	0.12	0.11	0.08	0.07	0.14	0.08	0.06	0.05	0.02	0.01	0.14	0.11	0.22	0.02
C6	0.02	0.00	0.09	0.19	0.01	0.08	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.23	0.03	0.35	0.00	0.36	0.40	0.35
C8	0.01	0.01	0.07	0.13	0.00	0.08	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.15	0.05	0.32	0.01	0.28	0.27	0.28
N1	0.02	0.00	0.12	0.19	0.01	0.07	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.14	0.24	0.04	0.31	0.01	0.32	0.37	0.31
N2	0.03	0.00	0.16	0.20	0.01	0.07	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.16	0.25	0.07	0.24	0.01	0.24	0.29	0.23
N3	0.02	0.01	0.13	0.16	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.13	0.18	0.05	0.22	0.01	0.21	0.25	0.21
N7	0.01	0.01	0.07	0.16	0.00	0.09	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.09	0.19	0.04	0.37	0.01	0.36	0.37	0.35
N9	0.00	0.01	0.03	0.10	0.00	0.05	0.01	0.08	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.06	0.09	0.01	0.23	0.01	0.21	0.21	0.20
O2'	0.02	0.14	0.00	0.02	0.10	0.09	0.10	0.06	0.12	0.07	0.14	0.16	0.13	0.09	0.06	0.00	0.05	0.07	0.08	0.13	0.12	0.17	0.09
O3'	0.02	0.22	0.02	0.01	0.15	0.03	0.19	0.05	0.23	0.15	0.24	0.25	0.18	0.19	0.09	0.05	0.00	0.02	0.20	0.25	0.27	0.21	0.19
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.02	0.03	0.05	0.04	0.07	0.05	0.04	0.01	0.07	0.02	0.00	0.08	0.03	0.09	0.20	0.11
O5'	0.11	0.26	0.18	0.20	0.26	0.02	0.33	0.01	0.35	0.32	0.31	0.24	0.22	0.37	0.23	0.08	0.20	0.08	0.00	0.39	0.02	0.02	0.01
O6	0.01	0.01	0.09	0.20	0.01	0.09	0.01	0.14	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.13	0.25	0.03	0.39	0.00	0.41	0.45	0.40
OP1	0.11	0.26	0.20	0.23	0.25	0.08	0.33	0.11	0.36	0.28	0.32	0.24	0.21	0.36	0.21	0.12	0.27	0.09	0.02	0.41	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.30	0.18	0.14	0.27	0.16	0.35	0.22	0.40	0.27	0.37	0.29	0.25	0.37	0.21	0.17	0.21	0.20	0.02	0.45	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.25	0.16	0.16	0.24	0.03	0.32	0.02	0.35	0.28	0.31	0.23	0.21	0.35	0.20	0.09	0.19	0.11	0.01	0.40	0.01	0.01	0.00