Doublet Group distance statistics: 52022

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 4, 6, 9, 4, 3, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1'	A	0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N9	A	0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N7	A	0, 0.012, 0.036, 0.061, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.025
N6	A	0, 0.013, 0.041, 0.069, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.041 std_dev=0.028
C8	A	0, 0.011, 0.046, 0.080, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.046 std_dev=0.034
O4'	A	0, 0.064, 0.192, 0.320, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.192 std_dev=0.128
C4	B	0, 0.391, 0.555, 0.720, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.555 std_dev=0.164
C2'	A	0, 0.082, 0.249, 0.415, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.249 std_dev=0.167
C5	B	0, 0.277, 0.447, 0.616, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.447 std_dev=0.169
C4'	A	0, 0.107, 0.290, 0.473, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.290 std_dev=0.183
C6	B	0, 0.310, 0.514, 0.718, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.514 std_dev=0.204
O2'	A	0, 0.128, 0.352, 0.576, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.352 std_dev=0.224
C3'	A	0, 0.133, 0.364, 0.595, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.364 std_dev=0.231
N1	B	0, 0.477, 0.736, 0.995, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.736 std_dev=0.259
N9	B	0, 0.271, 0.543, 0.815, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.543 std_dev=0.272
N3	B	0, 0.554, 0.835, 1.116, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.835 std_dev=0.281
O6	B	0, 0.313, 0.605, 0.896, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.605 std_dev=0.291
N7	B	0, 0.272, 0.576, 0.881, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.576 std_dev=0.305
C2'	B	0, 0.401, 0.734, 1.066, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.734 std_dev=0.333
C2	B	0, 0.587, 0.921, 1.255, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.921 std_dev=0.334
C5'	A	0, 0.178, 0.528, 0.878, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.528 std_dev=0.350
C1'	B	0, 0.353, 0.709, 1.066, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.709 std_dev=0.357
O3'	A	0, 0.185, 0.543, 0.901, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.543 std_dev=0.358
C3'	B	0, 0.362, 0.727, 1.093, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.727 std_dev=0.366
C8	B	0, 0.188, 0.567, 0.946, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.567 std_dev=0.379
O2'	B	0, 0.512, 0.912, 1.311, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.912 std_dev=0.399
C4'	B	0, 0.316, 0.782, 1.248, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.782 std_dev=0.466
O5'	A	0, 0.192, 0.679, 1.165, 2.269 max_d=2.269 avg_d=0.679 std_dev=0.486
O4'	B	0, 0.293, 0.784, 1.274, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.784 std_dev=0.490
O5'	B	0, 0.242, 0.735, 1.227, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.735 std_dev=0.492
P	B	0, 0.230, 0.750, 1.269, 2.095 max_d=2.095 avg_d=0.750 std_dev=0.519
N2	B	0, 0.767, 1.289, 1.812, 2.167 max_d=2.167 avg_d=1.289 std_dev=0.522
O3'	B	0, 0.399, 0.934, 1.469, 2.949 max_d=2.949 avg_d=0.934 std_dev=0.535
C5'	B	0, 0.269, 0.810, 1.352, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.810 std_dev=0.541
OP2	B	0, 0.283, 0.831, 1.379, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.831 std_dev=0.548
OP1	B	0, 0.242, 0.976, 1.709, 2.817 max_d=2.817 avg_d=0.976 std_dev=0.734
P	A	0, 0.315, 1.102, 1.889, 3.096 max_d=3.096 avg_d=1.102 std_dev=0.787
OP2	A	0, 0.398, 1.290, 2.182, 3.514 max_d=3.514 avg_d=1.290 std_dev=0.892
OP1	A	0, 0.502, 1.451, 2.400, 3.760 max_d=3.760 avg_d=1.451 std_dev=0.949

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.10	0.20	0.16	0.13
C2	0.03	0.00	0.15	0.16	0.01	0.07	0.01	0.09	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.18	0.22	0.04	0.23	0.44	0.41	0.31
C2'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.08	0.01	0.05	0.02	0.07	0.08	0.12	0.16	0.06	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01	0.11	0.27	0.14	0.14
C3'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.09	0.01	0.08	0.02	0.10	0.14	0.13	0.16	0.10	0.12	0.06	0.02	0.01	0.01	0.16	0.30	0.15	0.16
C4	0.02	0.01	0.08	0.09	0.00	0.05	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.09	0.11	0.03	0.23	0.41	0.38	0.30
C4'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.01	0.07	0.09	0.06	0.06	0.08	0.08	0.04	0.05	0.02	0.01	0.02	0.14	0.14	0.03
C5	0.02	0.01	0.05	0.08	0.01	0.06	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.07	0.10	0.04	0.30	0.51	0.50	0.39
C5'	0.03	0.09	0.02	0.02	0.09	0.01	0.13	0.00	0.13	0.14	0.11	0.07	0.16	0.16	0.08	0.05	0.04	0.01	0.01	0.14	0.22	0.02
C6	0.03	0.01	0.07	0.10	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.09	0.12	0.04	0.32	0.56	0.54	0.42
C8	0.01	0.02	0.08	0.14	0.00	0.09	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.00	0.05	0.16	0.05	0.31	0.43	0.43	0.35
N1	0.03	0.01	0.12	0.13	0.01	0.06	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.14	0.17	0.04	0.28	0.51	0.49	0.37
N3	0.03	0.01	0.16	0.16	0.00	0.06	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.17	0.20	0.04	0.19	0.38	0.34	0.26
N6	0.03	0.02	0.06	0.10	0.02	0.08	0.02	0.16	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.03	0.08	0.12	0.06	0.37	0.64	0.62	0.49
N7	0.01	0.02	0.06	0.12	0.01	0.08	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.05	0.14	0.04	0.34	0.54	0.55	0.43
N9	0.01	0.02	0.02	0.06	0.01	0.04	0.01	0.08	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.06	0.02	0.21	0.33	0.31	0.25
O2'	0.03	0.18	0.00	0.02	0.09	0.05	0.07	0.05	0.09	0.05	0.14	0.17	0.08	0.05	0.03	0.00	0.05	0.04	0.06	0.22	0.12	0.08
O3'	0.02	0.22	0.02	0.01	0.11	0.02	0.10	0.04	0.12	0.16	0.17	0.20	0.12	0.14	0.06	0.05	0.00	0.02	0.15	0.35	0.25	0.17
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.04	0.05	0.04	0.04	0.06	0.04	0.02	0.04	0.02	0.00	0.08	0.12	0.13	0.12
O5'	0.10	0.23	0.11	0.16	0.23	0.02	0.30	0.01	0.32	0.31	0.28	0.19	0.37	0.34	0.21	0.06	0.15	0.08	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.20	0.44	0.27	0.30	0.41	0.14	0.51	0.14	0.56	0.43	0.51	0.38	0.64	0.54	0.33	0.22	0.35	0.12	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.16	0.41	0.14	0.15	0.38	0.14	0.50	0.22	0.54	0.43	0.49	0.34	0.62	0.55	0.31	0.12	0.25	0.13	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.13	0.31	0.14	0.16	0.30	0.03	0.39	0.02	0.42	0.35	0.37	0.26	0.49	0.43	0.25	0.08	0.17	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.27	0.28	0.24	0.16	0.18	0.20	0.23	0.23	0.27	0.25	0.25	0.35	0.28	0.35	0.14	0.33	0.33	0.23	0.19	0.36	0.06	0.10	0.06
C2	0.34	0.37	0.36	0.37	0.17	0.41	0.17	0.46	0.21	0.36	0.31	0.50	0.31	0.29	0.26	0.46	0.49	0.43	0.42	0.24	0.33	0.23	0.27
C2'	0.27	0.25	0.23	0.17	0.20	0.20	0.25	0.25	0.27	0.28	0.23	0.29	0.26	0.36	0.17	0.31	0.33	0.25	0.24	0.35	0.12	0.11	0.11
C3'	0.30	0.19	0.24	0.17	0.18	0.26	0.26	0.11	0.30	0.24	0.23	0.21	0.20	0.36	0.17	0.28	0.29	0.34	0.08	0.40	0.02	0.07	0.01
C4	0.25	0.30	0.24	0.20	0.16	0.23	0.19	0.28	0.23	0.28	0.26	0.38	0.28	0.31	0.15	0.35	0.34	0.22	0.27	0.29	0.16	0.18	0.14
C4'	0.29	0.21	0.23	0.17	0.18	0.25	0.28	0.11	0.33	0.24	0.26	0.24	0.21	0.37	0.17	0.28	0.29	0.32	0.09	0.44	0.08	0.19	0.09
C5	0.26	0.29	0.25	0.20	0.17	0.23	0.16	0.24	0.23	0.24	0.26	0.35	0.27	0.26	0.18	0.34	0.29	0.24	0.24	0.29	0.15	0.26	0.16
C5'	0.34	0.27	0.28	0.21	0.25	0.31	0.34	0.15	0.41	0.28	0.34	0.27	0.26	0.40	0.25	0.30	0.30	0.39	0.18	0.53	0.18	0.31	0.17
C6	0.30	0.33	0.30	0.27	0.20	0.29	0.16	0.30	0.21	0.28	0.29	0.40	0.29	0.25	0.24	0.40	0.34	0.30	0.29	0.26	0.19	0.27	0.18
C8	0.29	0.25	0.24	0.18	0.17	0.24	0.20	0.20	0.29	0.16	0.26	0.29	0.24	0.26	0.17	0.32	0.27	0.30	0.20	0.38	0.20	0.33	0.22
N1	0.36	0.37	0.37	0.35	0.20	0.38	0.17	0.40	0.22	0.32	0.32	0.48	0.31	0.26	0.28	0.47	0.44	0.39	0.37	0.26	0.27	0.24	0.23
N3	0.26	0.34	0.29	0.29	0.16	0.33	0.19	0.41	0.22	0.35	0.28	0.45	0.30	0.33	0.19	0.39	0.44	0.32	0.38	0.25	0.30	0.19	0.24
N6	0.30	0.33	0.30	0.26	0.23	0.28	0.18	0.28	0.22	0.26	0.30	0.40	0.31	0.25	0.26	0.39	0.30	0.29	0.27	0.29	0.20	0.32	0.20
N7	0.27	0.26	0.23	0.18	0.17	0.22	0.17	0.20	0.26	0.18	0.27	0.30	0.24	0.22	0.18	0.31	0.25	0.27	0.21	0.35	0.21	0.35	0.22
N9	0.26	0.27	0.23	0.15	0.17	0.20	0.21	0.21	0.27	0.23	0.25	0.33	0.27	0.32	0.14	0.32	0.30	0.23	0.19	0.35	0.08	0.18	0.10
O2'	0.31	0.31	0.30	0.25	0.25	0.28	0.27	0.37	0.28	0.31	0.27	0.37	0.32	0.36	0.24	0.38	0.38	0.30	0.29	0.34	0.17	0.10	0.14
O3'	0.29	0.18	0.23	0.19	0.17	0.29	0.26	0.12	0.30	0.23	0.23	0.19	0.18	0.34	0.17	0.25	0.28	0.34	0.02	0.39	0.02	0.02	0.01
O4'	0.28	0.24	0.22	0.15	0.17	0.22	0.26	0.16	0.32	0.25	0.25	0.29	0.24	0.37	0.15	0.31	0.31	0.27	0.11	0.43	0.04	0.14	0.04
O5'	0.47	0.46	0.42	0.34	0.43	0.40	0.49	0.27	0.55	0.43	0.51	0.46	0.44	0.51	0.42	0.42	0.38	0.51	0.31	0.64	0.23	0.33	0.24
OP1	0.69	0.79	0.68	0.63	0.75	0.58	0.82	0.47	0.88	0.73	0.85	0.79	0.75	0.81	0.71	0.65	0.64	0.67	0.53	0.95	0.47	0.56	0.45
OP2	0.55	0.72	0.54	0.48	0.62	0.52	0.71	0.46	0.84	0.54	0.81	0.73	0.64	0.66	0.55	0.52	0.50	0.59	0.50	0.96	0.45	0.51	0.42
P	0.58	0.62	0.55	0.47	0.58	0.51	0.64	0.41	0.71	0.57	0.68	0.62	0.58	0.64	0.56	0.53	0.50	0.61	0.45	0.81	0.31	0.42	0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.05	0.04	0.02	0.01	0.02	0.09	0.00	0.08	0.02	0.10	0.14	0.10
C2	0.04	0.00	0.12	0.15	0.01	0.07	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.22	0.18	0.04	0.23	0.02	0.24	0.39	0.24
C2'	0.01	0.12	0.00	0.01	0.07	0.02	0.06	0.05	0.08	0.07	0.10	0.14	0.12	0.07	0.03	0.00	0.02	0.01	0.09	0.08	0.15	0.15	0.08
C3'	0.01	0.15	0.01	0.00	0.13	0.01	0.18	0.02	0.18	0.21	0.17	0.16	0.13	0.22	0.12	0.02	0.01	0.02	0.17	0.20	0.19	0.22	0.13
C4	0.02	0.01	0.07	0.13	0.00	0.06	0.00	0.12	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.14	0.12	0.03	0.23	0.01	0.22	0.34	0.22
C4'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.06	0.00	0.09	0.01	0.09	0.13	0.08	0.08	0.06	0.13	0.06	0.12	0.02	0.01	0.02	0.11	0.15	0.07	0.12
C5	0.01	0.01	0.06	0.18	0.00	0.09	0.00	0.19	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.12	0.16	0.05	0.30	0.01	0.33	0.46	0.33
C5'	0.03	0.11	0.05	0.02	0.12	0.01	0.19	0.00	0.19	0.22	0.15	0.10	0.08	0.24	0.12	0.08	0.08	0.02	0.01	0.22	0.08	0.02	0.02
C6	0.02	0.01	0.08	0.18	0.01	0.09	0.01	0.19	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.16	0.18	0.04	0.32	0.00	0.37	0.52	0.38
C8	0.02	0.01	0.07	0.21	0.01	0.13	0.01	0.22	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.05	0.18	0.08	0.29	0.01	0.29	0.35	0.29
N1	0.03	0.00	0.10	0.17	0.02	0.08	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.20	0.18	0.04	0.28	0.01	0.32	0.48	0.32
N2	0.05	0.01	0.14	0.16	0.02	0.08	0.01	0.10	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.26	0.23	0.06	0.21	0.02	0.23	0.37	0.21
N3	0.04	0.01	0.12	0.13	0.01	0.06	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.21	0.16	0.04	0.19	0.01	0.19	0.31	0.18
N7	0.02	0.01	0.07	0.22	0.01	0.13	0.00	0.24	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.20	0.07	0.34	0.01	0.38	0.48	0.39
N9	0.01	0.02	0.03	0.12	0.01	0.06	0.01	0.12	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.06	0.08	0.03	0.19	0.01	0.17	0.26	0.17
O2'	0.02	0.22	0.00	0.02	0.14	0.12	0.12	0.08	0.16	0.05	0.20	0.26	0.21	0.07	0.06	0.00	0.05	0.10	0.13	0.15	0.16	0.14	0.07
O3'	0.09	0.18	0.02	0.01	0.12	0.02	0.16	0.08	0.18	0.18	0.18	0.23	0.16	0.20	0.08	0.05	0.00	0.06	0.21	0.21	0.28	0.29	0.20
O4'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.03	0.01	0.05	0.02	0.04	0.08	0.04	0.06	0.04	0.07	0.03	0.10	0.06	0.00	0.09	0.05	0.13	0.22	0.19
O5'	0.08	0.23	0.09	0.17	0.23	0.02	0.30	0.01	0.32	0.29	0.28	0.21	0.19	0.34	0.19	0.13	0.21	0.09	0.00	0.35	0.02	0.03	0.00
O6	0.02	0.02	0.08	0.20	0.01	0.11	0.01	0.22	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.15	0.21	0.05	0.35	0.00	0.44	0.60	0.45
OP1	0.10	0.24	0.15	0.19	0.22	0.15	0.33	0.08	0.37	0.29	0.32	0.23	0.19	0.38	0.17	0.16	0.28	0.13	0.02	0.44	0.00	0.02	0.01
OP2	0.14	0.39	0.15	0.22	0.34	0.07	0.46	0.02	0.52	0.35	0.48	0.37	0.31	0.48	0.26	0.14	0.29	0.22	0.03	0.60	0.02	0.00	0.01
P	0.10	0.24	0.08	0.13	0.22	0.12	0.33	0.02	0.38	0.29	0.32	0.21	0.18	0.39	0.17	0.07	0.20	0.19	0.00	0.45	0.01	0.01	0.00