ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52023

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 2, 5, 4, 6, 3, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.018, 0.031, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.018, 0.032, 0.045, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.022, 0.041, 0.060, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.041 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.024, 0.045, 0.066, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.045 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.019, 0.054, 0.089, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.054 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.019, 0.054, 0.089, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.054 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.033, 0.072, 0.111, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.072 std_dev=0.039
C4 B 0, 0.183, 0.395, 0.606, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.395 std_dev=0.211
C5 B 0, 0.259, 0.473, 0.688, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.473 std_dev=0.214
N9 B 0, 0.260, 0.487, 0.713, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.487 std_dev=0.227
O4' A 0, 0.111, 0.347, 0.583, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.347 std_dev=0.236
N7 B 0, 0.337, 0.573, 0.809, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.573 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.339, 0.579, 0.820, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.579 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.176, 0.434, 0.693, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.434 std_dev=0.259
C8 B 0, 0.280, 0.555, 0.830, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.555 std_dev=0.275
O2' A 0, 0.299, 0.596, 0.893, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.596 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.433, 0.747, 1.060, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.747 std_dev=0.313
C4' A 0, 0.150, 0.497, 0.843, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.497 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.322, 0.677, 1.033, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.677 std_dev=0.356
C2 B 0, 0.354, 0.713, 1.073, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.713 std_dev=0.360
C3' A 0, 0.212, 0.611, 1.009, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.611 std_dev=0.398
N1 B 0, 0.334, 0.752, 1.170, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.752 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.452, 0.906, 1.361, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.906 std_dev=0.455
C2' B 0, 0.390, 0.891, 1.392, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.891 std_dev=0.501
O6 B 0, 0.372, 0.882, 1.392, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.882 std_dev=0.510
O3' A 0, 0.360, 0.883, 1.406, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.883 std_dev=0.523
N2 B 0, 0.422, 0.950, 1.479, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.950 std_dev=0.529
O5' B 0, 0.511, 1.119, 1.728, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.119 std_dev=0.609
C4' B 0, 0.539, 1.194, 1.850, 2.322 max_d=2.322 avg_d=1.194 std_dev=0.656
C5' A 0, 0.286, 0.945, 1.603, 2.203 max_d=2.203 avg_d=0.945 std_dev=0.658
O2' B 0, 0.523, 1.183, 1.843, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.183 std_dev=0.660
P B 0, 0.487, 1.148, 1.809, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.148 std_dev=0.661
O5' A 0, 0.329, 1.018, 1.707, 2.420 max_d=2.420 avg_d=1.018 std_dev=0.689
C5' B 0, 0.622, 1.312, 2.003, 2.369 max_d=2.369 avg_d=1.312 std_dev=0.690
OP2 B 0, 0.488, 1.212, 1.935, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.212 std_dev=0.723
C3' B 0, 0.495, 1.253, 2.010, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.253 std_dev=0.757
OP1 B 0, 0.642, 1.430, 2.217, 3.057 max_d=3.057 avg_d=1.430 std_dev=0.787
P A 0, 0.382, 1.488, 2.594, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.488 std_dev=1.106
O3' B 0, 0.493, 1.690, 2.886, 4.210 max_d=4.210 avg_d=1.690 std_dev=1.196
OP1 A 0, 0.254, 1.671, 3.089, 4.842 max_d=4.842 avg_d=1.671 std_dev=1.418
OP2 A 0, -0.021, 1.829, 3.678, 6.199 max_d=6.199 avg_d=1.829 std_dev=1.850

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.18 0.29 0.33 0.21
C2 0.03 0.00 0.20 0.26 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.33 0.04 0.46 0.89 0.70 0.58
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.10 0.15 0.21 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.26 0.31 0.13 0.18
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.14 0.01 0.10 0.02 0.14 0.15 0.21 0.24 0.12 0.11 0.05 0.03 0.01 0.01 0.35 0.44 0.16 0.23
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.16 0.02 0.45 0.80 0.75 0.58
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.17 0.40 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.55 1.02 1.08 0.77
C5' 0.03 0.16 0.02 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.17 0.14 0.17 0.13 0.18 0.16 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.34 0.39 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.02 0.57 1.13 1.14 0.81
C8 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.17 0.04 0.51 0.80 1.04 0.71
N1 0.02 0.00 0.15 0.21 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.27 0.03 0.53 1.06 0.94 0.72
N3 0.03 0.00 0.21 0.24 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.30 0.04 0.40 0.74 0.57 0.48
N6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.16 0.03 0.62 1.27 1.35 0.93
N7 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.14 0.03 0.58 1.05 1.28 0.86
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.39 0.62 0.67 0.49
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.14 0.17 0.08 0.05 0.03 0.00 0.05 0.04 0.10 0.17 0.42 0.11
O3' 0.02 0.33 0.02 0.01 0.16 0.02 0.12 0.03 0.18 0.17 0.27 0.30 0.16 0.14 0.05 0.05 0.00 0.02 0.31 0.56 0.49 0.23
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.19 0.40 0.15
O5' 0.18 0.46 0.26 0.35 0.45 0.02 0.55 0.01 0.57 0.51 0.53 0.40 0.62 0.58 0.39 0.10 0.31 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.29 0.89 0.31 0.44 0.80 0.17 1.02 0.34 1.13 0.80 1.06 0.74 1.27 1.05 0.62 0.17 0.56 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.70 0.13 0.16 0.75 0.40 1.08 0.39 1.14 1.04 0.94 0.57 1.35 1.28 0.67 0.42 0.49 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.58 0.18 0.23 0.58 0.07 0.77 0.01 0.81 0.71 0.72 0.48 0.93 0.86 0.49 0.11 0.23 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.25 0.26 0.22 0.17 0.27 0.21 0.36 0.26 0.21 0.23 0.32 0.26 0.31 0.15 0.38 0.25 0.28 0.24 0.35 0.06 0.10 0.06
C2 0.35 0.32 0.35 0.36 0.16 0.45 0.17 0.53 0.22 0.34 0.29 0.41 0.26 0.29 0.25 0.45 0.53 0.43 0.56 0.25 0.46 0.37 0.42
C2' 0.23 0.21 0.25 0.23 0.17 0.25 0.26 0.39 0.29 0.28 0.23 0.24 0.21 0.37 0.15 0.32 0.25 0.25 0.27 0.37 0.12 0.11 0.12
C3' 0.22 0.28 0.32 0.15 0.29 0.16 0.41 0.22 0.45 0.38 0.37 0.26 0.25 0.50 0.25 0.26 0.17 0.26 0.10 0.54 0.02 0.08 0.01
C4 0.25 0.28 0.20 0.16 0.17 0.21 0.18 0.31 0.23 0.20 0.25 0.34 0.27 0.26 0.15 0.31 0.22 0.20 0.33 0.28 0.21 0.20 0.20
C4' 0.22 0.27 0.29 0.15 0.26 0.17 0.40 0.24 0.46 0.36 0.37 0.26 0.24 0.50 0.22 0.25 0.17 0.25 0.08 0.57 0.11 0.19 0.08
C5 0.28 0.29 0.23 0.24 0.21 0.22 0.16 0.28 0.23 0.16 0.27 0.33 0.28 0.16 0.20 0.29 0.20 0.24 0.31 0.27 0.17 0.22 0.18
C5' 0.30 0.45 0.40 0.21 0.43 0.20 0.57 0.19 0.65 0.48 0.56 0.43 0.39 0.64 0.37 0.34 0.21 0.31 0.13 0.77 0.22 0.34 0.19
C6 0.27 0.32 0.25 0.25 0.21 0.22 0.15 0.29 0.22 0.19 0.28 0.37 0.30 0.18 0.21 0.31 0.26 0.22 0.39 0.25 0.26 0.26 0.25
C8 0.37 0.26 0.31 0.36 0.22 0.38 0.19 0.39 0.27 0.17 0.27 0.30 0.27 0.17 0.25 0.37 0.32 0.41 0.28 0.36 0.22 0.32 0.23
N1 0.33 0.32 0.34 0.30 0.19 0.34 0.15 0.40 0.23 0.25 0.30 0.39 0.29 0.22 0.23 0.41 0.44 0.34 0.50 0.27 0.39 0.33 0.36
N3 0.25 0.30 0.25 0.27 0.15 0.37 0.19 0.50 0.21 0.34 0.25 0.38 0.26 0.33 0.19 0.38 0.41 0.32 0.49 0.25 0.39 0.31 0.36
N6 0.27 0.36 0.27 0.30 0.24 0.22 0.20 0.29 0.24 0.23 0.31 0.41 0.33 0.25 0.23 0.30 0.25 0.22 0.37 0.28 0.26 0.28 0.25
N7 0.35 0.29 0.29 0.37 0.23 0.35 0.18 0.38 0.26 0.23 0.29 0.32 0.28 0.15 0.27 0.34 0.30 0.37 0.28 0.33 0.20 0.31 0.21
N9 0.30 0.26 0.25 0.22 0.18 0.26 0.19 0.30 0.25 0.15 0.24 0.31 0.26 0.25 0.18 0.34 0.22 0.30 0.24 0.33 0.08 0.16 0.10
O2' 0.29 0.28 0.33 0.37 0.22 0.39 0.25 0.59 0.26 0.30 0.24 0.35 0.30 0.35 0.20 0.48 0.40 0.29 0.34 0.32 0.20 0.11 0.17
O3' 0.22 0.32 0.37 0.23 0.34 0.15 0.46 0.23 0.49 0.44 0.41 0.29 0.28 0.54 0.30 0.24 0.25 0.24 0.02 0.58 0.02 0.03 0.01
O4' 0.25 0.24 0.25 0.16 0.19 0.22 0.30 0.29 0.35 0.26 0.28 0.28 0.23 0.39 0.16 0.31 0.18 0.27 0.15 0.47 0.06 0.16 0.04
O5' 0.64 0.81 0.50 0.62 0.76 0.56 0.86 0.48 0.93 0.73 0.89 0.80 0.75 0.87 0.70 0.52 0.67 0.66 0.51 1.02 0.39 0.65 0.47
OP1 1.03 1.58 0.93 0.97 1.41 0.83 1.60 0.75 1.80 1.24 1.75 1.59 1.42 1.52 1.20 0.92 1.02 0.92 0.80 1.97 0.85 1.07 0.82
OP2 0.64 1.10 0.49 0.45 0.95 0.46 1.12 0.49 1.29 0.85 1.25 1.10 0.95 1.07 0.79 0.52 0.51 0.62 0.34 1.45 0.64 0.53 0.42
P 0.65 1.04 0.50 0.55 0.92 0.50 1.06 0.43 1.21 0.82 1.16 1.04 0.91 1.02 0.78 0.50 0.61 0.64 0.40 1.35 0.32 0.58 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.27 0.01 0.30 0.02 0.31 0.26 0.24
C2 0.03 0.00 0.24 0.24 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.26 0.10 0.46 0.01 0.47 0.50 0.43
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.17 0.10 0.12 0.18 0.29 0.24 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.48 0.07 0.58 0.56 0.50
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.24 0.01 0.30 0.03 0.32 0.27 0.29 0.23 0.20 0.32 0.20 0.02 0.01 0.02 0.28 0.35 0.44 0.15 0.26
C4 0.02 0.01 0.12 0.24 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.06 0.47 0.01 0.46 0.43 0.42
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.14 0.17 0.09 0.07 0.05 0.18 0.09 0.26 0.03 0.00 0.02 0.17 0.16 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.30 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.13 0.03 0.57 0.01 0.55 0.56 0.54
C5' 0.08 0.15 0.17 0.03 0.17 0.01 0.25 0.00 0.26 0.26 0.20 0.12 0.12 0.30 0.16 0.09 0.19 0.02 0.01 0.30 0.24 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.16 0.04 0.59 0.00 0.60 0.64 0.58
C8 0.01 0.02 0.12 0.27 0.01 0.17 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.29 0.14 0.07 0.55 0.03 0.49 0.41 0.47
N1 0.02 0.00 0.18 0.29 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.19 0.07 0.54 0.01 0.55 0.59 0.52
N2 0.04 0.01 0.29 0.23 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.33 0.12 0.43 0.02 0.45 0.48 0.40
N3 0.03 0.01 0.24 0.20 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.27 0.10 0.42 0.01 0.42 0.41 0.37
N7 0.01 0.01 0.08 0.32 0.01 0.18 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.18 0.05 0.61 0.02 0.58 0.57 0.58
N9 0.00 0.02 0.02 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.10 0.02 0.44 0.02 0.40 0.33 0.36
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.22 0.26 0.31 0.09 0.33 0.29 0.27 0.21 0.17 0.34 0.19 0.00 0.04 0.18 0.28 0.37 0.39 0.59 0.37
O3' 0.27 0.26 0.02 0.01 0.15 0.03 0.13 0.19 0.16 0.14 0.19 0.33 0.27 0.18 0.10 0.04 0.00 0.18 0.24 0.19 0.44 0.28 0.29
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.07 0.12 0.10 0.05 0.02 0.18 0.18 0.00 0.16 0.04 0.18 0.24 0.16
O5' 0.30 0.46 0.48 0.28 0.47 0.02 0.57 0.01 0.59 0.55 0.54 0.43 0.42 0.61 0.44 0.28 0.24 0.16 0.00 0.64 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.35 0.01 0.17 0.01 0.30 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.37 0.19 0.04 0.64 0.00 0.67 0.73 0.66
OP1 0.31 0.47 0.58 0.44 0.46 0.16 0.55 0.24 0.60 0.49 0.55 0.45 0.42 0.58 0.40 0.39 0.44 0.18 0.02 0.67 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.50 0.56 0.15 0.43 0.23 0.56 0.34 0.64 0.41 0.59 0.48 0.41 0.57 0.33 0.59 0.28 0.24 0.02 0.73 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.43 0.50 0.26 0.42 0.04 0.54 0.02 0.58 0.47 0.52 0.40 0.37 0.58 0.36 0.37 0.29 0.16 0.00 0.66 0.01 0.01 0.00