ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52028

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 0, 0, 3, 1, 1, 1, 2, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.013, 0.030, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.017, 0.039, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.039 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.018, 0.044, 0.071, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.023, 0.053, 0.083, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.053 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.027, 0.065, 0.102, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.065 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.034, 0.079, 0.124, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.079 std_dev=0.045
C4 B 0, 0.186, 0.405, 0.625, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.405 std_dev=0.220
N9 B 0, 0.183, 0.422, 0.661, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.422 std_dev=0.239
C5 B 0, 0.293, 0.544, 0.796, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.544 std_dev=0.251
C8 B 0, 0.270, 0.612, 0.954, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.612 std_dev=0.342
N7 B 0, 0.350, 0.694, 1.038, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.694 std_dev=0.344
C1' B 0, 0.336, 0.714, 1.092, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.714 std_dev=0.378
N3 B 0, 0.269, 0.678, 1.086, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.678 std_dev=0.408
C6 B 0, 0.359, 0.810, 1.260, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.810 std_dev=0.450
C2 B 0, 0.360, 0.898, 1.436, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.898 std_dev=0.538
N1 B 0, 0.373, 0.926, 1.480, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.926 std_dev=0.554
O6 B 0, 0.499, 1.091, 1.683, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.091 std_dev=0.592
C2' B 0, 0.664, 1.311, 1.957, 2.403 max_d=2.403 avg_d=1.311 std_dev=0.647
O4' A 0, 0.657, 1.340, 2.023, 1.890 max_d=1.890 avg_d=1.340 std_dev=0.683
C2' A 0, 0.675, 1.388, 2.101, 1.984 max_d=1.984 avg_d=1.388 std_dev=0.713
N2 B 0, 0.505, 1.256, 2.007, 2.524 max_d=2.524 avg_d=1.256 std_dev=0.751
O2' B 0, 0.738, 1.610, 2.482, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.610 std_dev=0.872
C3' A 0, 0.930, 1.898, 2.865, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.898 std_dev=0.967
C4' A 0, 0.942, 1.927, 2.911, 2.707 max_d=2.707 avg_d=1.927 std_dev=0.984
O2' A 0, 0.932, 1.931, 2.930, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.931 std_dev=0.999
O3' A 0, 1.099, 2.249, 3.400, 3.092 max_d=3.092 avg_d=2.249 std_dev=1.150
O4' B 0, 1.068, 2.237, 3.407, 3.538 max_d=3.538 avg_d=2.237 std_dev=1.169
C3' B 0, 1.153, 2.425, 3.696, 3.976 max_d=3.976 avg_d=2.425 std_dev=1.271
C5' A 0, 1.371, 2.822, 4.273, 4.088 max_d=4.088 avg_d=2.822 std_dev=1.451
O3' B 0, 1.057, 2.543, 4.030, 4.628 max_d=4.628 avg_d=2.543 std_dev=1.486
C4' B 0, 1.418, 2.997, 4.577, 4.719 max_d=4.719 avg_d=2.997 std_dev=1.580
O5' A 0, 1.572, 3.297, 5.023, 4.791 max_d=4.791 avg_d=3.297 std_dev=1.725
O5' B 0, 1.864, 3.910, 5.955, 5.792 max_d=5.792 avg_d=3.910 std_dev=2.045
P A 0, 1.896, 4.033, 6.170, 5.935 max_d=5.935 avg_d=4.033 std_dev=2.137
OP2 A 0, 1.951, 4.112, 6.272, 6.418 max_d=6.418 avg_d=4.112 std_dev=2.161
C5' B 0, 2.003, 4.215, 6.427, 6.174 max_d=6.174 avg_d=4.215 std_dev=2.212
OP1 A 0, 2.002, 4.294, 6.586, 7.148 max_d=7.148 avg_d=4.294 std_dev=2.292
P B 0, 2.271, 4.812, 7.352, 6.871 max_d=6.871 avg_d=4.812 std_dev=2.540
OP2 B 0, 2.339, 4.919, 7.499, 6.781 max_d=6.781 avg_d=4.919 std_dev=2.580
OP1 B 0, 2.569, 5.385, 8.200, 7.884 max_d=7.884 avg_d=5.385 std_dev=2.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.23 0.61 0.19 0.26
C2 0.02 0.00 0.34 0.24 0.01 0.16 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.30 0.12 0.31 0.29 0.84 0.42 0.34
C2' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.21 0.14 0.21 0.26 0.34 0.09 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.46 0.31 0.18
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.21 0.01 0.25 0.02 0.28 0.21 0.27 0.21 0.30 0.25 0.16 0.02 0.01 0.01 0.07 0.43 0.14 0.16
C4 0.01 0.01 0.17 0.21 0.00 0.08 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.17 0.39 0.87 0.42 0.42
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.07 0.13 0.12 0.16 0.07 0.10 0.04 0.23 0.02 0.00 0.03 0.26 0.18 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.06 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.13 0.07 0.53 1.02 0.57 0.58
C5' 0.13 0.37 0.21 0.02 0.28 0.01 0.25 0.00 0.29 0.14 0.35 0.35 0.27 0.18 0.19 0.06 0.19 0.02 0.01 0.30 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.07 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.13 0.52 1.04 0.60 0.57
C8 0.01 0.01 0.21 0.21 0.01 0.13 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.36 0.16 0.19 0.65 1.02 0.54 0.66
N1 0.02 0.00 0.26 0.27 0.01 0.12 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.12 0.24 0.40 0.95 0.52 0.45
N3 0.02 0.00 0.34 0.21 0.00 0.16 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.12 0.32 0.25 0.78 0.36 0.30
N6 0.02 0.01 0.09 0.30 0.00 0.07 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.19 0.09 0.60 1.13 0.71 0.67
N7 0.01 0.02 0.13 0.25 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.32 0.19 0.11 0.67 1.12 0.67 0.73
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.04 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.06 0.02 0.42 0.83 0.36 0.43
O2' 0.03 0.30 0.00 0.02 0.09 0.23 0.14 0.06 0.11 0.36 0.17 0.31 0.16 0.32 0.13 0.00 0.05 0.16 0.06 0.39 0.27 0.14
O3' 0.20 0.12 0.01 0.01 0.06 0.02 0.13 0.19 0.14 0.16 0.12 0.12 0.19 0.19 0.06 0.05 0.00 0.19 0.12 0.55 0.24 0.23
O4' 0.01 0.31 0.01 0.01 0.17 0.00 0.07 0.02 0.13 0.19 0.24 0.32 0.09 0.11 0.02 0.16 0.19 0.00 0.30 0.61 0.17 0.31
O5' 0.23 0.29 0.07 0.07 0.39 0.03 0.53 0.01 0.52 0.65 0.40 0.25 0.60 0.67 0.42 0.06 0.12 0.30 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 0.84 0.46 0.43 0.87 0.26 1.02 0.30 1.04 1.02 0.95 0.78 1.13 1.12 0.83 0.39 0.55 0.61 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.42 0.31 0.14 0.42 0.18 0.57 0.36 0.60 0.54 0.52 0.36 0.71 0.67 0.36 0.27 0.24 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.34 0.18 0.16 0.42 0.07 0.58 0.02 0.57 0.66 0.45 0.30 0.67 0.73 0.43 0.14 0.23 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.25 0.44 0.30 0.21 0.37 0.26 0.32 0.30 0.28 0.26 0.29 0.25 0.35 0.23 0.49 0.24 0.53 0.21 0.39 0.08 0.62 0.14
C2 0.36 0.28 0.44 0.53 0.19 0.75 0.20 1.10 0.22 0.29 0.24 0.37 0.27 0.28 0.27 0.44 0.63 0.59 1.05 0.28 0.94 0.90 0.92
C2' 0.83 0.37 0.36 0.82 0.41 1.18 0.20 1.15 0.20 0.37 0.22 0.42 0.50 0.22 0.56 0.34 0.83 1.30 0.76 0.35 0.68 0.08 0.69
C3' 0.90 0.55 0.42 0.93 0.63 1.26 0.48 1.30 0.37 0.68 0.42 0.56 0.65 0.48 0.75 0.30 1.00 1.34 1.05 0.28 1.03 0.42 1.07
C4 0.32 0.27 0.36 0.32 0.21 0.31 0.19 0.47 0.21 0.27 0.23 0.32 0.27 0.28 0.24 0.37 0.30 0.30 0.51 0.26 0.36 0.52 0.37
C4' 0.55 0.27 0.21 0.54 0.32 0.78 0.26 0.76 0.23 0.42 0.23 0.28 0.33 0.31 0.43 0.25 0.62 0.89 0.50 0.27 0.71 0.11 0.60
C5 0.31 0.32 0.31 0.32 0.24 0.30 0.17 0.41 0.19 0.26 0.27 0.37 0.31 0.25 0.26 0.34 0.28 0.30 0.35 0.22 0.20 0.26 0.19
C5' 0.52 0.29 0.22 0.62 0.31 0.79 0.30 0.81 0.32 0.47 0.32 0.30 0.29 0.37 0.42 0.21 0.72 0.82 0.67 0.38 1.10 0.58 0.93
C6 0.33 0.34 0.33 0.34 0.25 0.47 0.17 0.65 0.13 0.26 0.23 0.42 0.34 0.26 0.27 0.37 0.40 0.44 0.53 0.21 0.38 0.33 0.34
C8 0.33 0.30 0.28 0.40 0.22 0.37 0.21 0.33 0.31 0.25 0.32 0.34 0.28 0.21 0.25 0.37 0.30 0.42 0.26 0.39 0.39 0.32 0.41
N1 0.36 0.29 0.39 0.45 0.22 0.70 0.19 0.97 0.21 0.26 0.21 0.38 0.31 0.27 0.27 0.43 0.58 0.62 0.84 0.30 0.73 0.62 0.68
N3 0.33 0.27 0.45 0.45 0.19 0.52 0.20 0.85 0.20 0.31 0.22 0.34 0.27 0.31 0.25 0.41 0.48 0.37 0.94 0.25 0.82 0.95 0.84
N6 0.33 0.42 0.31 0.34 0.28 0.46 0.20 0.60 0.14 0.26 0.30 0.53 0.40 0.27 0.27 0.37 0.38 0.47 0.44 0.22 0.29 0.26 0.25
N7 0.31 0.35 0.26 0.38 0.25 0.28 0.20 0.26 0.28 0.27 0.35 0.40 0.31 0.22 0.26 0.33 0.27 0.31 0.23 0.32 0.32 0.36 0.35
N9 0.33 0.27 0.35 0.31 0.21 0.30 0.22 0.27 0.27 0.25 0.26 0.30 0.26 0.28 0.24 0.40 0.24 0.41 0.22 0.35 0.08 0.34 0.10
O2' 0.53 0.28 0.31 0.55 0.26 1.08 0.49 1.13 0.58 0.43 0.40 0.30 0.29 0.70 0.26 0.49 0.57 1.13 0.56 0.79 0.51 0.35 0.47
O3' 0.77 0.44 0.31 0.87 0.51 1.27 0.38 1.42 0.30 0.54 0.34 0.45 0.53 0.38 0.61 0.23 1.02 1.28 1.12 0.24 1.17 0.30 1.18
O4' 0.28 0.27 0.47 0.29 0.21 0.28 0.21 0.27 0.26 0.23 0.27 0.31 0.25 0.24 0.21 0.50 0.24 0.43 0.22 0.31 0.04 0.58 0.13
O5' 0.98 0.80 0.56 1.01 0.90 1.15 0.89 1.12 0.80 1.01 0.77 0.76 0.85 0.97 0.96 0.41 1.08 1.23 1.03 0.76 1.24 0.96 1.19
OP1 1.34 1.28 1.02 1.44 1.31 1.53 1.31 1.54 1.28 1.36 1.27 1.27 1.30 1.33 1.34 0.85 1.55 1.56 1.51 1.26 1.84 1.58 1.71
OP2 0.94 0.74 0.69 1.15 0.87 1.12 0.90 1.11 0.83 1.03 0.75 0.68 0.79 1.02 0.94 0.53 1.22 1.09 1.13 0.83 1.48 1.34 1.37
P 1.04 0.90 0.68 1.13 0.99 1.19 1.01 1.17 0.95 1.11 0.90 0.85 0.93 1.10 1.05 0.51 1.21 1.24 1.14 0.95 1.43 1.22 1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.30 0.00 0.18 0.02 0.35 0.25 0.19
C2 0.04 0.00 0.36 0.23 0.01 0.28 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.41 0.31 0.42 0.26 0.01 0.28 0.19 0.17
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.20 0.02 0.11 0.21 0.18 0.18 0.29 0.43 0.35 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.45 0.14 0.80 0.65 0.59
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.25 0.00 0.33 0.02 0.34 0.33 0.29 0.22 0.19 0.38 0.22 0.02 0.01 0.02 0.21 0.38 0.52 0.17 0.27
C4 0.02 0.01 0.20 0.25 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.17 0.21 0.14 0.01 0.18 0.21 0.14
C4' 0.01 0.28 0.02 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.09 0.30 0.18 0.39 0.27 0.24 0.09 0.29 0.03 0.00 0.03 0.10 0.19 0.12 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.33 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.14 0.09 0.16 0.01 0.17 0.35 0.27
C5' 0.08 0.39 0.21 0.02 0.17 0.01 0.15 0.00 0.17 0.34 0.28 0.51 0.36 0.30 0.10 0.09 0.20 0.02 0.01 0.18 0.08 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.34 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.18 0.18 0.16 0.00 0.19 0.38 0.26
C8 0.01 0.01 0.18 0.33 0.01 0.30 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.49 0.16 0.23 0.32 0.02 0.21 0.36 0.38
N1 0.03 0.00 0.29 0.29 0.01 0.18 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.23 0.32 0.18 0.01 0.17 0.27 0.16
N2 0.04 0.00 0.43 0.22 0.01 0.39 0.01 0.51 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.55 0.40 0.51 0.35 0.02 0.38 0.19 0.25
N3 0.03 0.00 0.35 0.19 0.00 0.27 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.39 0.32 0.42 0.27 0.01 0.32 0.19 0.19
N7 0.01 0.01 0.10 0.38 0.00 0.24 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.45 0.20 0.13 0.33 0.02 0.31 0.49 0.45
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.10 0.01 0.11 0.02 0.16 0.20 0.14
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.20 0.29 0.27 0.09 0.26 0.49 0.31 0.55 0.39 0.45 0.21 0.00 0.06 0.21 0.37 0.30 0.82 0.75 0.58
O3' 0.30 0.31 0.03 0.01 0.17 0.03 0.14 0.20 0.18 0.16 0.23 0.40 0.32 0.20 0.10 0.06 0.00 0.21 0.29 0.21 0.41 0.22 0.27
O4' 0.00 0.42 0.02 0.02 0.21 0.00 0.09 0.02 0.18 0.23 0.32 0.51 0.42 0.13 0.01 0.21 0.21 0.00 0.13 0.13 0.14 0.20 0.17
O5' 0.18 0.26 0.45 0.21 0.14 0.03 0.16 0.01 0.16 0.32 0.18 0.35 0.27 0.33 0.11 0.37 0.29 0.13 0.00 0.21 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.30 0.21 0.13 0.21 0.00 0.29 0.49 0.37
OP1 0.35 0.28 0.80 0.52 0.18 0.19 0.17 0.08 0.19 0.21 0.17 0.38 0.32 0.31 0.16 0.82 0.41 0.14 0.02 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.19 0.65 0.17 0.21 0.12 0.35 0.17 0.38 0.36 0.27 0.19 0.19 0.49 0.20 0.75 0.22 0.20 0.03 0.49 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.17 0.59 0.27 0.14 0.06 0.27 0.01 0.26 0.38 0.16 0.25 0.19 0.45 0.14 0.58 0.27 0.17 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00