ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52029

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 3, 5, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.010, 0.041, 0.071, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.041 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.010, 0.047, 0.084, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.047 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.011, 0.056, 0.101, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.056 std_dev=0.045
N9 B 0, 0.187, 0.419, 0.651, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.419 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.207, 0.443, 0.678, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.443 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.273, 0.525, 0.776, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.525 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.173, 0.425, 0.677, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.425 std_dev=0.252
N3 B 0, 0.344, 0.601, 0.859, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.601 std_dev=0.258
C8 B 0, 0.201, 0.459, 0.718, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.459 std_dev=0.258
N7 B 0, 0.230, 0.489, 0.747, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.489 std_dev=0.259
C6 B 0, 0.217, 0.497, 0.777, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.497 std_dev=0.280
C2 B 0, 0.374, 0.675, 0.975, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.675 std_dev=0.300
C2' B 0, 0.301, 0.606, 0.912, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.606 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.293, 0.600, 0.907, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.600 std_dev=0.307
O6 B 0, 0.250, 0.562, 0.874, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.562 std_dev=0.312
O4' B 0, 0.284, 0.629, 0.975, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.629 std_dev=0.346
C4' B 0, 0.372, 0.737, 1.101, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.737 std_dev=0.365
N2 B 0, 0.510, 0.883, 1.255, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.883 std_dev=0.373
C3' B 0, 0.390, 0.807, 1.225, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.807 std_dev=0.417
O4' A 0, -0.090, 0.330, 0.750, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.330 std_dev=0.420
O2' B 0, 0.471, 0.926, 1.382, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.926 std_dev=0.455
C2' A 0, -0.066, 0.411, 0.888, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.411 std_dev=0.477
C3' A 0, 0.194, 0.726, 1.257, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.726 std_dev=0.532
C4' A 0, 0.087, 0.648, 1.208, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.648 std_dev=0.560
C5' B 0, 0.385, 0.950, 1.516, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.950 std_dev=0.565
O5' B 0, 0.385, 0.963, 1.540, 2.159 max_d=2.159 avg_d=0.963 std_dev=0.577
O3' A 0, 0.430, 1.048, 1.666, 2.628 max_d=2.628 avg_d=1.048 std_dev=0.618
O3' B 0, 0.640, 1.293, 1.946, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.293 std_dev=0.653
O2' A 0, -0.101, 0.633, 1.368, 2.488 max_d=2.488 avg_d=0.633 std_dev=0.735
C5' A 0, 0.251, 1.069, 1.887, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.069 std_dev=0.818
P B 0, 0.426, 1.304, 2.182, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.304 std_dev=0.878
OP1 B 0, 0.579, 1.581, 2.583, 3.623 max_d=3.623 avg_d=1.581 std_dev=1.002
OP1 A 0, 1.154, 2.385, 3.615, 4.763 max_d=4.763 avg_d=2.385 std_dev=1.230
O5' A 0, 0.637, 1.891, 3.145, 3.733 max_d=3.733 avg_d=1.891 std_dev=1.254
OP2 B 0, 0.583, 1.967, 3.352, 4.294 max_d=4.294 avg_d=1.967 std_dev=1.385
P A 0, 1.320, 2.735, 4.150, 4.608 max_d=4.608 avg_d=2.735 std_dev=1.415
OP2 A 0, 2.016, 3.675, 5.335, 5.696 max_d=5.696 avg_d=3.675 std_dev=1.659

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.24 0.00 0.33 0.32 0.30 0.23
C2 0.03 0.00 0.32 0.24 0.03 0.13 0.03 0.21 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.26 0.22 0.22 0.39 0.37 0.30 0.37
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.16 0.01 0.07 0.17 0.13 0.18 0.24 0.32 0.10 0.12 0.03 0.00 0.04 0.02 0.67 0.64 0.93 0.66
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.18 0.01 0.19 0.02 0.22 0.14 0.24 0.22 0.22 0.16 0.11 0.02 0.01 0.01 0.43 0.41 0.65 0.36
C4 0.01 0.03 0.16 0.18 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.12 0.39 0.34 0.32 0.33
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.16 0.10 0.12 0.11 0.14 0.06 0.20 0.03 0.00 0.02 0.30 0.26 0.22
C5 0.01 0.03 0.07 0.19 0.01 0.09 0.00 0.25 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.10 0.06 0.41 0.35 0.40 0.38
C5' 0.08 0.21 0.17 0.02 0.19 0.01 0.25 0.00 0.26 0.30 0.23 0.18 0.30 0.31 0.17 0.05 0.16 0.02 0.01 0.21 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.22 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.13 0.11 0.43 0.36 0.38 0.39
C8 0.02 0.05 0.18 0.14 0.02 0.16 0.02 0.30 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.30 0.09 0.12 0.39 0.36 0.55 0.43
N1 0.02 0.01 0.24 0.24 0.01 0.10 0.02 0.23 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.19 0.19 0.18 0.42 0.37 0.34 0.38
N3 0.03 0.00 0.32 0.22 0.01 0.12 0.01 0.18 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.26 0.22 0.21 0.37 0.36 0.27 0.34
N6 0.02 0.01 0.10 0.22 0.01 0.11 0.01 0.30 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.20 0.11 0.09 0.44 0.39 0.42 0.42
N7 0.01 0.03 0.12 0.16 0.01 0.14 0.01 0.31 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.29 0.05 0.06 0.41 0.38 0.52 0.44
N9 0.01 0.04 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.14 0.13 0.01 0.38 0.33 0.37 0.32
O2' 0.03 0.26 0.00 0.02 0.13 0.20 0.18 0.05 0.17 0.30 0.19 0.26 0.20 0.29 0.14 0.00 0.07 0.14 0.59 0.58 1.10 0.63
O3' 0.24 0.22 0.04 0.01 0.15 0.03 0.10 0.16 0.13 0.09 0.19 0.22 0.11 0.05 0.13 0.07 0.00 0.17 0.24 0.23 0.51 0.18
O4' 0.00 0.22 0.02 0.01 0.12 0.00 0.06 0.02 0.11 0.12 0.18 0.21 0.09 0.06 0.01 0.14 0.17 0.00 0.24 0.34 0.31 0.32
O5' 0.33 0.39 0.67 0.43 0.39 0.02 0.41 0.01 0.43 0.39 0.42 0.37 0.44 0.41 0.38 0.59 0.24 0.24 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.32 0.37 0.64 0.41 0.34 0.30 0.35 0.21 0.36 0.36 0.37 0.36 0.39 0.38 0.33 0.58 0.23 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.30 0.93 0.65 0.32 0.26 0.40 0.28 0.38 0.55 0.34 0.27 0.42 0.52 0.37 1.10 0.51 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.37 0.66 0.36 0.33 0.22 0.38 0.01 0.39 0.43 0.38 0.34 0.42 0.44 0.32 0.63 0.18 0.32 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.18 0.17 0.41 0.12 0.37 0.17 0.51 0.22 0.24 0.21 0.22 0.13 0.25 0.15 0.17 0.34 0.29 0.52 0.28 0.90 0.84 0.80
C2 0.13 0.32 0.19 0.18 0.17 0.36 0.15 0.51 0.20 0.23 0.28 0.38 0.28 0.20 0.13 0.28 0.45 0.38 0.41 0.19 0.74 0.82 0.71
C2' 0.33 0.18 0.26 0.39 0.15 0.28 0.17 0.31 0.29 0.22 0.25 0.19 0.17 0.18 0.23 0.37 0.33 0.32 0.32 0.43 0.76 0.84 0.60
C3' 0.48 0.37 0.40 0.46 0.41 0.37 0.36 0.35 0.33 0.43 0.34 0.37 0.41 0.37 0.44 0.47 0.39 0.44 0.36 0.31 0.56 0.71 0.44
C4 0.14 0.23 0.11 0.26 0.11 0.32 0.14 0.43 0.18 0.26 0.23 0.29 0.17 0.24 0.14 0.14 0.25 0.32 0.38 0.19 0.71 0.68 0.67
C4' 0.27 0.26 0.23 0.39 0.24 0.27 0.23 0.33 0.27 0.26 0.28 0.27 0.24 0.23 0.25 0.28 0.27 0.26 0.35 0.31 0.54 0.65 0.48
C5 0.18 0.24 0.14 0.23 0.11 0.29 0.15 0.36 0.17 0.28 0.24 0.30 0.14 0.25 0.18 0.15 0.22 0.34 0.31 0.19 0.55 0.60 0.57
C5' 0.30 0.27 0.29 0.49 0.28 0.33 0.31 0.37 0.33 0.34 0.31 0.26 0.26 0.35 0.30 0.27 0.37 0.30 0.43 0.38 0.45 0.78 0.51
C6 0.22 0.30 0.20 0.18 0.10 0.31 0.14 0.37 0.19 0.26 0.28 0.39 0.18 0.21 0.18 0.18 0.36 0.39 0.29 0.20 0.50 0.58 0.54
C8 0.18 0.19 0.15 0.36 0.16 0.30 0.21 0.38 0.21 0.30 0.22 0.24 0.14 0.31 0.21 0.22 0.22 0.30 0.39 0.24 0.58 0.67 0.60
N1 0.19 0.34 0.23 0.17 0.15 0.36 0.14 0.45 0.20 0.24 0.30 0.43 0.27 0.19 0.16 0.26 0.49 0.42 0.33 0.20 0.58 0.67 0.60
N3 0.12 0.27 0.14 0.23 0.15 0.35 0.15 0.51 0.19 0.22 0.25 0.32 0.23 0.21 0.12 0.20 0.33 0.33 0.44 0.20 0.83 0.84 0.77
N6 0.28 0.30 0.27 0.21 0.12 0.32 0.16 0.33 0.22 0.26 0.31 0.42 0.15 0.22 0.22 0.23 0.40 0.41 0.27 0.25 0.41 0.56 0.49
N7 0.21 0.20 0.15 0.29 0.16 0.27 0.21 0.33 0.20 0.29 0.22 0.26 0.14 0.30 0.22 0.23 0.17 0.32 0.33 0.23 0.49 0.63 0.54
N9 0.15 0.20 0.14 0.35 0.12 0.33 0.17 0.44 0.20 0.27 0.22 0.24 0.13 0.27 0.16 0.16 0.25 0.30 0.42 0.23 0.73 0.71 0.69
O2' 0.31 0.52 0.46 0.60 0.49 0.47 0.66 0.63 0.73 0.53 0.64 0.49 0.44 0.73 0.42 0.42 0.65 0.36 0.70 0.85 1.32 1.28 1.05
O3' 0.38 0.32 0.33 0.34 0.33 0.34 0.31 0.36 0.30 0.34 0.31 0.32 0.33 0.31 0.35 0.39 0.29 0.39 0.37 0.31 0.59 0.61 0.38
O4' 0.17 0.22 0.16 0.38 0.10 0.35 0.11 0.48 0.22 0.17 0.26 0.27 0.15 0.10 0.13 0.17 0.28 0.29 0.45 0.29 0.73 0.69 0.68
O5' 0.42 0.57 0.48 0.36 0.51 0.45 0.57 0.53 0.65 0.47 0.63 0.58 0.52 0.54 0.46 0.62 0.38 0.45 0.44 0.74 0.92 0.51 0.35
OP1 0.36 0.63 0.44 0.36 0.50 0.36 0.56 0.43 0.70 0.40 0.71 0.66 0.53 0.49 0.41 0.61 0.34 0.35 0.39 0.81 0.72 0.50 0.23
OP2 0.82 1.21 1.00 0.90 1.07 0.86 1.22 0.98 1.42 0.97 1.38 1.20 1.07 1.14 0.93 1.12 0.96 0.76 0.99 1.65 1.20 0.97 0.74
P 0.48 0.83 0.59 0.48 0.67 0.48 0.77 0.55 0.95 0.55 0.95 0.86 0.70 0.68 0.55 0.74 0.50 0.45 0.50 1.11 0.84 0.62 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.13 0.02 0.19 0.34 0.22
C2 0.05 0.00 0.18 0.34 0.01 0.15 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.24 0.04 0.37 0.02 0.52 0.83 0.49
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.19 0.08 0.10 0.14 0.23 0.18 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.25 0.07 0.33 0.41 0.21
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.31 0.00 0.37 0.04 0.40 0.30 0.38 0.34 0.30 0.36 0.23 0.02 0.01 0.03 0.32 0.42 0.30 0.58 0.31
C4 0.02 0.01 0.09 0.31 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.15 0.02 0.31 0.02 0.44 0.69 0.42
C4' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.13 0.09 0.14 0.16 0.13 0.11 0.06 0.31 0.02 0.00 0.02 0.14 0.21 0.24 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.37 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.34 0.25 0.02 0.35 0.02 0.52 0.81 0.48
C5' 0.09 0.20 0.19 0.04 0.16 0.01 0.18 0.00 0.20 0.15 0.21 0.21 0.17 0.17 0.12 0.14 0.20 0.02 0.01 0.22 0.33 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.40 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.30 0.03 0.39 0.01 0.58 0.93 0.53
C8 0.01 0.01 0.10 0.30 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.20 0.03 0.23 0.03 0.46 0.58 0.40
N1 0.04 0.01 0.14 0.38 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.42 0.28 0.03 0.40 0.01 0.58 0.92 0.53
N2 0.06 0.01 0.23 0.34 0.01 0.16 0.02 0.21 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.28 0.05 0.38 0.03 0.55 0.84 0.50
N3 0.04 0.01 0.18 0.30 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.19 0.04 0.33 0.01 0.44 0.71 0.43
N7 0.01 0.01 0.08 0.36 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.27 0.28 0.03 0.31 0.03 0.55 0.76 0.46
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.07 0.01 0.23 0.02 0.35 0.52 0.34
O2' 0.02 0.41 0.01 0.02 0.32 0.31 0.34 0.14 0.39 0.19 0.42 0.41 0.36 0.27 0.19 0.00 0.06 0.22 0.28 0.40 0.21 0.48 0.26
O3' 0.24 0.24 0.01 0.01 0.15 0.02 0.25 0.20 0.30 0.20 0.28 0.28 0.19 0.28 0.07 0.06 0.00 0.20 0.41 0.36 0.69 0.73 0.49
O4' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.22 0.20 0.00 0.09 0.04 0.20 0.30 0.24
O5' 0.13 0.37 0.25 0.32 0.31 0.02 0.35 0.01 0.39 0.23 0.40 0.38 0.33 0.31 0.23 0.28 0.41 0.09 0.00 0.40 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.42 0.02 0.14 0.02 0.22 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.40 0.36 0.04 0.40 0.00 0.63 1.00 0.56
OP1 0.19 0.52 0.33 0.30 0.44 0.21 0.52 0.33 0.58 0.46 0.58 0.55 0.44 0.55 0.35 0.21 0.69 0.20 0.02 0.63 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.83 0.41 0.58 0.69 0.24 0.81 0.28 0.93 0.58 0.92 0.84 0.71 0.76 0.52 0.48 0.73 0.30 0.01 1.00 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.49 0.21 0.31 0.42 0.07 0.48 0.01 0.53 0.40 0.53 0.50 0.43 0.46 0.34 0.26 0.49 0.24 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00