ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52030

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.024, 0.045, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.045 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.026, 0.050, 0.075, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.050 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.027, 0.062, 0.096, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.012, 0.058, 0.105, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.058 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.052, 0.113, 0.174, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.113 std_dev=0.061
C4 B 0, 0.119, 0.244, 0.368, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.124
C4' A 0, -0.002, 0.129, 0.260, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.129 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.085, 0.220, 0.355, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.220 std_dev=0.135
N9 B 0, 0.143, 0.290, 0.437, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.290 std_dev=0.147
C1' B 0, 0.181, 0.330, 0.478, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.330 std_dev=0.149
C3' A 0, -0.001, 0.158, 0.317, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.158 std_dev=0.159
C2' B 0, 0.186, 0.360, 0.535, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.360 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.150, 0.328, 0.505, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.328 std_dev=0.178
N1 B 0, 0.208, 0.398, 0.589, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.398 std_dev=0.191
C5' A 0, 0.002, 0.195, 0.388, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.195 std_dev=0.193
O4' B 0, 0.212, 0.414, 0.616, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.414 std_dev=0.202
N3 B 0, 0.247, 0.450, 0.653, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.450 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.120, 0.332, 0.544, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.332 std_dev=0.212
O2' B 0, 0.265, 0.483, 0.701, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.483 std_dev=0.218
C3' B 0, 0.196, 0.427, 0.657, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.427 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.289, 0.527, 0.765, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.527 std_dev=0.238
C4' B 0, 0.137, 0.397, 0.657, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.397 std_dev=0.260
O5' A 0, 0.034, 0.294, 0.554, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.294 std_dev=0.260
C8 B 0, 0.251, 0.513, 0.776, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.513 std_dev=0.263
N7 B 0, 0.319, 0.583, 0.846, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.583 std_dev=0.264
O3' A 0, -0.015, 0.250, 0.515, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.250 std_dev=0.265
P A 0, 0.202, 0.468, 0.735, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.468 std_dev=0.266
O3' B 0, 0.260, 0.546, 0.832, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.546 std_dev=0.286
O6 B 0, 0.200, 0.492, 0.784, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.492 std_dev=0.292
C5' B 0, 0.192, 0.491, 0.790, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.491 std_dev=0.299
O5' B 0, 0.137, 0.445, 0.754, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.445 std_dev=0.309
N2 B 0, 0.447, 0.816, 1.185, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.816 std_dev=0.369
P B 0, 0.026, 0.422, 0.818, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.422 std_dev=0.396
OP2 B 0, 0.067, 0.531, 0.996, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.531 std_dev=0.465
OP1 B 0, 0.074, 0.610, 1.146, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.610 std_dev=0.536
OP1 A 0, 0.462, 1.346, 2.231, 2.748 max_d=2.748 avg_d=1.346 std_dev=0.884
OP2 A 0, 0.211, 1.357, 2.504, 3.124 max_d=3.124 avg_d=1.357 std_dev=1.146

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.65 0.22 0.18
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.07 0.01 0.12 0.78 0.68 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.37 0.18 0.15
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.02 0.11 0.12 0.08 0.05 0.13 0.13 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.24 0.11 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.14 0.81 0.62 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.04 0.03 0.07 0.08 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.19 0.16 0.08
C5 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.20 0.89 0.81 0.13
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.12 0.08 0.04 0.13 0.13 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.12 0.36 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.20 0.88 0.90 0.12
C8 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.13 0.02 0.22 0.94 0.67 0.14
N1 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.09 0.01 0.16 0.83 0.82 0.14
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.01 0.10 0.75 0.56 0.17
N6 0.01 0.00 0.05 0.13 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.03 0.24 0.90 1.02 0.10
N7 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.14 0.02 0.24 0.96 0.87 0.12
N9 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.13 0.81 0.49 0.17
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.02 0.12 0.12 0.08 0.03 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.29 0.08 0.11
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.11 0.13 0.09 0.06 0.14 0.14 0.07 0.04 0.00 0.01 0.06 0.47 0.18 0.12
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.64 0.10 0.19
O5' 0.05 0.12 0.04 0.05 0.14 0.01 0.20 0.01 0.20 0.22 0.16 0.10 0.24 0.24 0.13 0.04 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.65 0.78 0.37 0.24 0.81 0.19 0.89 0.12 0.88 0.94 0.83 0.75 0.90 0.96 0.81 0.29 0.47 0.64 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.68 0.18 0.11 0.62 0.16 0.81 0.36 0.90 0.67 0.82 0.56 1.02 0.87 0.49 0.08 0.18 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.16 0.15 0.10 0.16 0.08 0.13 0.01 0.12 0.14 0.14 0.17 0.10 0.12 0.17 0.11 0.12 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.21 0.13 0.14 0.14 0.10 0.15 0.11 0.18 0.18 0.22 0.24 0.17 0.16 0.13 0.13 0.12 0.10 0.15 0.19 0.07 0.11 0.03
C2 0.21 0.21 0.22 0.21 0.11 0.18 0.11 0.17 0.15 0.20 0.20 0.27 0.17 0.15 0.17 0.20 0.17 0.18 0.15 0.16 0.12 0.17 0.08
C2' 0.09 0.20 0.10 0.12 0.15 0.08 0.17 0.10 0.20 0.17 0.21 0.21 0.17 0.17 0.12 0.10 0.11 0.07 0.16 0.20 0.10 0.05 0.06
C3' 0.06 0.13 0.05 0.06 0.10 0.05 0.12 0.04 0.14 0.12 0.14 0.14 0.10 0.14 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.16 0.02 0.08 0.01
C4 0.18 0.20 0.18 0.19 0.11 0.13 0.09 0.11 0.13 0.23 0.19 0.25 0.16 0.16 0.16 0.17 0.16 0.14 0.15 0.15 0.06 0.22 0.09
C4' 0.06 0.16 0.06 0.07 0.11 0.04 0.13 0.04 0.16 0.14 0.17 0.18 0.12 0.15 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.18 0.05 0.12 0.03
C5 0.18 0.19 0.20 0.21 0.09 0.13 0.09 0.10 0.11 0.26 0.18 0.25 0.14 0.22 0.18 0.17 0.19 0.13 0.16 0.15 0.10 0.31 0.16
C5' 0.07 0.13 0.07 0.09 0.10 0.06 0.13 0.05 0.15 0.14 0.15 0.15 0.10 0.15 0.09 0.09 0.11 0.08 0.07 0.17 0.13 0.17 0.09
C6 0.19 0.17 0.22 0.22 0.10 0.14 0.14 0.11 0.15 0.25 0.17 0.26 0.12 0.23 0.19 0.19 0.20 0.13 0.16 0.20 0.10 0.31 0.15
C8 0.15 0.21 0.17 0.19 0.12 0.12 0.10 0.11 0.15 0.24 0.21 0.25 0.16 0.19 0.15 0.16 0.19 0.12 0.18 0.16 0.15 0.33 0.18
N1 0.20 0.19 0.22 0.21 0.11 0.15 0.13 0.13 0.16 0.22 0.20 0.27 0.13 0.19 0.18 0.20 0.18 0.15 0.14 0.19 0.09 0.24 0.10
N3 0.20 0.21 0.20 0.20 0.12 0.17 0.10 0.17 0.14 0.21 0.20 0.25 0.17 0.14 0.17 0.19 0.16 0.18 0.17 0.15 0.13 0.15 0.08
N6 0.19 0.12 0.23 0.24 0.14 0.15 0.20 0.12 0.19 0.27 0.15 0.24 0.09 0.28 0.20 0.19 0.23 0.13 0.19 0.26 0.15 0.37 0.20
N7 0.17 0.19 0.19 0.22 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.27 0.18 0.25 0.15 0.24 0.17 0.17 0.21 0.13 0.19 0.14 0.17 0.38 0.21
N9 0.15 0.21 0.16 0.17 0.13 0.11 0.11 0.10 0.16 0.21 0.21 0.25 0.17 0.16 0.15 0.15 0.15 0.12 0.15 0.17 0.05 0.22 0.09
O2' 0.16 0.25 0.17 0.19 0.21 0.18 0.20 0.20 0.22 0.19 0.25 0.28 0.23 0.19 0.18 0.14 0.19 0.17 0.21 0.22 0.19 0.06 0.13
O3' 0.11 0.12 0.08 0.05 0.10 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.04 0.12 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01
O4' 0.10 0.21 0.10 0.12 0.14 0.07 0.15 0.07 0.19 0.17 0.22 0.24 0.17 0.16 0.12 0.11 0.10 0.08 0.11 0.21 0.03 0.13 0.02
O5' 0.09 0.12 0.11 0.15 0.10 0.09 0.13 0.09 0.14 0.14 0.14 0.12 0.10 0.15 0.11 0.12 0.19 0.10 0.11 0.16 0.13 0.18 0.09
OP1 0.41 0.71 0.43 0.53 0.55 0.41 0.54 0.45 0.64 0.39 0.72 0.78 0.63 0.41 0.44 0.42 0.65 0.36 0.57 0.63 0.80 0.88 0.70
OP2 0.67 0.97 0.68 0.62 0.89 0.45 0.98 0.33 1.06 0.79 1.04 0.97 0.90 0.94 0.78 0.67 0.63 0.51 0.39 1.12 0.43 0.42 0.31
P 0.20 0.30 0.24 0.29 0.26 0.19 0.27 0.17 0.29 0.23 0.31 0.31 0.27 0.25 0.23 0.23 0.35 0.17 0.22 0.30 0.23 0.32 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.15 0.08
C2 0.02 0.00 0.15 0.18 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.22 0.04 0.09 0.01 0.11 0.23 0.12
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.02 0.08 0.01 0.11 0.05 0.13 0.17 0.14 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.04 0.09 0.05
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.18 0.10 0.19 0.19 0.16 0.12 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.18 0.05 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.15 0.03 0.08 0.01 0.09 0.22 0.12
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.08 0.15 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.19 0.02 0.08 0.01 0.12 0.24 0.13
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.18 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.23 0.03 0.09 0.00 0.13 0.25 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.06 0.01 0.10 0.21 0.11
N1 0.01 0.00 0.13 0.19 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.24 0.04 0.09 0.01 0.13 0.24 0.13
N2 0.02 0.00 0.17 0.19 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.24 0.05 0.09 0.01 0.11 0.23 0.12
N3 0.02 0.00 0.14 0.16 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.18 0.04 0.08 0.01 0.09 0.21 0.11
N7 0.00 0.01 0.05 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.17 0.02 0.06 0.01 0.12 0.23 0.13
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.07 0.01 0.07 0.19 0.11
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.04 0.07 0.03 0.07 0.05 0.04 0.07 0.12 0.08 0.04 0.02 0.00 0.07 0.05 0.04 0.05 0.08 0.05 0.04
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.15 0.02 0.19 0.02 0.23 0.12 0.24 0.24 0.18 0.17 0.09 0.07 0.00 0.02 0.06 0.26 0.11 0.16 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.13 0.07
O5' 0.06 0.09 0.05 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.04 0.06 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.10 0.18 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.26 0.03 0.09 0.00 0.15 0.25 0.14
OP1 0.04 0.11 0.04 0.05 0.09 0.05 0.12 0.06 0.13 0.10 0.13 0.11 0.09 0.12 0.07 0.08 0.11 0.03 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.23 0.09 0.06 0.22 0.03 0.24 0.01 0.25 0.21 0.24 0.23 0.21 0.23 0.19 0.05 0.16 0.13 0.01 0.25 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.05 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.13 0.11 0.04 0.09 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00