ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52031

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 3, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.016, 0.039, 0.063, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.016, 0.039, 0.063, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.023, 0.068, 0.113, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.068 std_dev=0.045
C8 B 0, 0.205, 0.350, 0.494, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.350 std_dev=0.145
N9 B 0, 0.140, 0.292, 0.444, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.292 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.209, 0.381, 0.554, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.381 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.189, 0.371, 0.552, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.371 std_dev=0.181
N7 B 0, 0.245, 0.429, 0.613, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.429 std_dev=0.184
C5 B 0, 0.245, 0.430, 0.616, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.430 std_dev=0.185
O4' A 0, -0.042, 0.190, 0.423, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.190 std_dev=0.233
C2' A 0, -0.076, 0.164, 0.404, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.164 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.274, 0.532, 0.789, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.532 std_dev=0.258
C6 B 0, 0.276, 0.584, 0.892, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.584 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.314, 0.663, 1.012, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.663 std_dev=0.349
N1 B 0, 0.294, 0.668, 1.042, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.668 std_dev=0.374
C4' A 0, -0.080, 0.328, 0.736, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.328 std_dev=0.408
O6 B 0, 0.296, 0.713, 1.131, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.713 std_dev=0.417
O2' B 0, 0.208, 0.630, 1.051, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.630 std_dev=0.421
C2' B 0, 0.097, 0.533, 0.968, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.533 std_dev=0.435
C5' A 0, -0.004, 0.463, 0.930, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.463 std_dev=0.467
C3' A 0, -0.142, 0.326, 0.795, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.326 std_dev=0.469
N2 B 0, 0.363, 0.838, 1.313, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.838 std_dev=0.475
O4' B 0, 0.093, 0.574, 1.055, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.574 std_dev=0.481
O2' A 0, -0.228, 0.298, 0.824, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.298 std_dev=0.526
C3' B 0, -0.083, 0.734, 1.550, 3.119 max_d=3.119 avg_d=0.734 std_dev=0.816
O3' A 0, -0.326, 0.499, 1.325, 2.936 max_d=2.936 avg_d=0.499 std_dev=0.826
C4' B 0, -0.082, 0.747, 1.575, 3.175 max_d=3.175 avg_d=0.747 std_dev=0.828
O3' B 0, -0.079, 0.979, 2.037, 4.000 max_d=4.000 avg_d=0.979 std_dev=1.058
O5' A 0, 0.260, 1.383, 2.505, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.383 std_dev=1.123
C5' B 0, -0.273, 0.863, 2.000, 4.219 max_d=4.219 avg_d=0.863 std_dev=1.136
OP1 A 0, 0.649, 2.015, 3.381, 4.158 max_d=4.158 avg_d=2.015 std_dev=1.366
P A 0, 0.448, 1.871, 3.293, 3.823 max_d=3.823 avg_d=1.871 std_dev=1.422
O5' B 0, -0.693, 0.972, 2.637, 5.938 max_d=5.938 avg_d=0.972 std_dev=1.665
P B 0, -1.211, 1.160, 3.531, 8.253 max_d=8.253 avg_d=1.160 std_dev=2.371
OP2 A 0, 0.178, 2.689, 5.200, 6.363 max_d=6.363 avg_d=2.689 std_dev=2.511
OP1 B 0, -1.276, 1.397, 4.071, 9.386 max_d=9.386 avg_d=1.397 std_dev=2.673
OP2 B 0, -1.533, 1.465, 4.463, 10.432 max_d=10.432 avg_d=1.465 std_dev=2.998

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.26 0.00 0.38 0.12 0.60 0.34
C2 0.03 0.00 0.16 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.36 0.14 0.67 0.17 1.29 0.72
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.16 0.09 0.06 0.13 0.15 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.23 0.17 0.37 0.23
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.13 0.00 0.21 0.01 0.19 0.28 0.12 0.04 0.24 0.29 0.15 0.02 0.01 0.01 0.27 0.21 0.27 0.24
C4 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.20 0.07 0.72 0.24 1.32 0.76
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.05 0.19 0.04 0.10 0.10 0.18 0.07 0.21 0.01 0.00 0.01 0.18 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.21 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.08 0.04 0.91 0.47 1.74 1.02
C5' 0.06 0.09 0.16 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.12 0.20 0.07 0.10 0.17 0.21 0.06 0.06 0.15 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.12 0.06 0.92 0.49 1.84 1.06
C8 0.03 0.01 0.06 0.28 0.01 0.19 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.27 0.12 0.11 0.97 0.53 1.64 1.03
N1 0.03 0.00 0.13 0.12 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.26 0.11 0.80 0.32 1.61 0.90
N3 0.03 0.00 0.15 0.04 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.38 0.14 0.59 0.12 1.09 0.61
N6 0.03 0.02 0.07 0.24 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.26 0.05 0.06 1.02 0.66 2.11 1.22
N7 0.03 0.01 0.03 0.29 0.01 0.18 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.29 0.11 0.08 1.05 0.66 1.97 1.20
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.16 0.11 0.01 0.70 0.22 1.18 0.70
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.13 0.21 0.22 0.06 0.21 0.27 0.14 0.06 0.26 0.29 0.16 0.00 0.03 0.14 0.17 0.19 0.12 0.13
O3' 0.26 0.36 0.03 0.01 0.20 0.01 0.08 0.15 0.12 0.12 0.26 0.38 0.05 0.11 0.11 0.03 0.00 0.16 0.41 0.35 0.50 0.38
O4' 0.00 0.14 0.02 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.11 0.11 0.14 0.06 0.08 0.01 0.14 0.16 0.00 0.33 0.25 0.44 0.24
O5' 0.38 0.67 0.23 0.27 0.72 0.01 0.91 0.01 0.92 0.97 0.80 0.59 1.02 1.05 0.70 0.17 0.41 0.33 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.17 0.17 0.21 0.24 0.18 0.47 0.11 0.49 0.53 0.32 0.12 0.66 0.66 0.22 0.19 0.35 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.60 1.29 0.37 0.27 1.32 0.04 1.74 0.11 1.84 1.64 1.61 1.09 2.11 1.97 1.18 0.12 0.50 0.44 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.72 0.23 0.24 0.76 0.03 1.02 0.01 1.06 1.03 0.90 0.61 1.22 1.20 0.70 0.13 0.38 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.24 0.38 0.22 0.18 0.20 0.24 0.34 0.28 0.17 0.25 0.26 0.22 0.27 0.13 0.34 0.22 0.17 0.20 0.34 0.12 0.52 0.26
C2 0.15 0.30 0.25 0.51 0.18 0.71 0.21 0.93 0.25 0.20 0.29 0.37 0.25 0.22 0.15 0.41 0.72 0.51 0.77 0.27 1.67 0.78 1.02
C2' 0.28 0.20 0.27 0.17 0.15 0.34 0.22 0.26 0.26 0.19 0.21 0.23 0.20 0.30 0.12 0.32 0.23 0.42 0.60 0.34 0.62 0.95 0.82
C3' 0.45 0.35 0.23 0.31 0.36 0.45 0.37 0.33 0.37 0.39 0.35 0.36 0.37 0.41 0.39 0.32 0.40 0.59 0.74 0.40 0.93 1.33 1.13
C4 0.14 0.27 0.25 0.27 0.18 0.40 0.23 0.60 0.28 0.17 0.28 0.30 0.23 0.25 0.10 0.32 0.41 0.28 0.29 0.31 0.81 0.11 0.27
C4' 0.37 0.26 0.26 0.21 0.27 0.28 0.29 0.13 0.30 0.31 0.27 0.26 0.27 0.34 0.30 0.32 0.26 0.43 0.53 0.36 0.71 1.24 0.92
C5 0.11 0.27 0.16 0.16 0.16 0.34 0.23 0.47 0.29 0.13 0.30 0.29 0.21 0.21 0.07 0.28 0.36 0.28 0.22 0.32 0.72 0.32 0.13
C5' 0.44 0.33 0.32 0.34 0.35 0.38 0.36 0.27 0.36 0.40 0.33 0.32 0.35 0.40 0.40 0.37 0.39 0.50 0.76 0.41 1.01 1.72 1.23
C6 0.09 0.29 0.14 0.24 0.15 0.47 0.20 0.60 0.28 0.12 0.31 0.33 0.21 0.17 0.08 0.31 0.50 0.40 0.30 0.29 1.10 0.11 0.41
C8 0.21 0.23 0.20 0.08 0.16 0.12 0.24 0.16 0.31 0.10 0.28 0.23 0.18 0.24 0.11 0.27 0.12 0.18 0.48 0.38 0.10 1.01 0.57
N1 0.13 0.30 0.17 0.41 0.16 0.64 0.20 0.80 0.25 0.17 0.31 0.37 0.23 0.19 0.13 0.38 0.67 0.51 0.59 0.27 1.53 0.55 0.83
N3 0.15 0.29 0.31 0.46 0.19 0.61 0.22 0.88 0.26 0.21 0.28 0.34 0.25 0.25 0.14 0.38 0.59 0.40 0.66 0.28 1.33 0.53 0.79
N6 0.09 0.29 0.14 0.16 0.12 0.41 0.18 0.51 0.28 0.09 0.33 0.33 0.17 0.14 0.06 0.29 0.46 0.38 0.22 0.30 1.02 0.14 0.30
N7 0.17 0.24 0.15 0.08 0.15 0.16 0.24 0.23 0.32 0.10 0.30 0.25 0.18 0.21 0.09 0.24 0.18 0.18 0.41 0.37 0.26 0.85 0.39
N9 0.20 0.24 0.28 0.16 0.17 0.22 0.24 0.36 0.29 0.15 0.27 0.26 0.22 0.26 0.11 0.32 0.23 0.17 0.24 0.35 0.29 0.56 0.22
O2' 0.46 0.57 0.80 0.46 0.60 0.22 0.68 0.23 0.67 0.71 0.62 0.55 0.55 0.74 0.58 0.65 0.35 0.20 0.30 0.71 0.51 0.55 0.56
O3' 0.29 0.22 0.25 0.18 0.24 0.32 0.32 0.25 0.34 0.35 0.27 0.21 0.23 0.41 0.26 0.29 0.31 0.43 0.54 0.41 1.04 1.12 1.08
O4' 0.27 0.22 0.32 0.15 0.17 0.17 0.22 0.21 0.27 0.17 0.24 0.25 0.21 0.25 0.17 0.33 0.14 0.25 0.23 0.35 0.14 0.81 0.45
O5' 0.98 1.22 0.83 0.81 1.18 0.69 1.27 0.49 1.31 1.17 1.28 1.21 1.16 1.27 1.11 0.82 0.79 0.86 1.02 1.35 1.09 1.95 1.37
OP1 1.06 1.29 1.04 1.14 1.28 0.93 1.41 0.80 1.47 1.32 1.39 1.25 1.22 1.46 1.22 0.95 1.19 0.97 1.32 1.58 1.49 2.44 1.69
OP2 1.54 2.38 1.43 1.24 2.14 0.96 2.36 0.63 2.59 1.87 2.56 2.40 2.17 2.23 1.85 1.35 1.14 1.20 1.23 2.75 1.26 2.21 1.52
P 1.13 1.52 1.02 0.99 1.44 0.81 1.57 0.59 1.67 1.37 1.63 1.51 1.42 1.56 1.31 0.97 0.97 0.96 1.15 1.76 1.21 2.17 1.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.22 0.00 0.26 0.01 0.23 0.31 0.18
C2 0.04 0.00 0.31 0.22 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.20 0.19 0.41 0.02 0.36 0.65 0.29
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.17 0.01 0.10 0.12 0.16 0.12 0.25 0.37 0.30 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.13 0.25 0.10 0.05
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.22 0.01 0.29 0.01 0.31 0.28 0.27 0.21 0.19 0.32 0.19 0.02 0.01 0.02 0.08 0.34 0.23 0.14 0.10
C4 0.01 0.01 0.17 0.22 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.10 0.55 0.01 0.14 0.84 0.49
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.09 0.24 0.04 0.16 0.11 0.22 0.09 0.21 0.01 0.00 0.01 0.13 0.34 0.13 0.13
C5 0.01 0.01 0.10 0.29 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.11 0.04 0.77 0.01 0.32 1.27 0.81
C5' 0.04 0.09 0.12 0.01 0.09 0.00 0.19 0.00 0.17 0.31 0.09 0.15 0.10 0.32 0.12 0.09 0.15 0.01 0.01 0.23 0.08 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.31 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.07 0.76 0.00 0.30 1.31 0.80
C8 0.02 0.02 0.12 0.28 0.01 0.24 0.01 0.31 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.33 0.17 0.14 0.90 0.02 0.53 1.33 0.96
N1 0.03 0.00 0.25 0.27 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.14 0.59 0.02 0.20 1.00 0.54
N2 0.04 0.00 0.37 0.21 0.01 0.16 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.28 0.24 0.27 0.03 0.57 0.43 0.11
N3 0.04 0.01 0.30 0.19 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.22 0.19 0.34 0.02 0.39 0.51 0.21
N7 0.01 0.01 0.05 0.32 0.00 0.22 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.19 0.09 0.96 0.03 0.63 1.58 1.09
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.06 0.01 0.57 0.01 0.12 0.81 0.53
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.08 0.21 0.19 0.09 0.16 0.33 0.12 0.31 0.20 0.32 0.15 0.00 0.03 0.15 0.10 0.21 0.15 0.07 0.07
O3' 0.22 0.20 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.15 0.13 0.17 0.14 0.28 0.22 0.19 0.06 0.03 0.00 0.13 0.10 0.17 0.27 0.27 0.15
O4' 0.00 0.19 0.02 0.02 0.10 0.00 0.04 0.01 0.07 0.14 0.14 0.24 0.19 0.09 0.01 0.15 0.13 0.00 0.26 0.05 0.29 0.31 0.20
O5' 0.26 0.41 0.07 0.08 0.55 0.01 0.77 0.01 0.76 0.90 0.59 0.27 0.34 0.96 0.57 0.10 0.10 0.26 0.00 0.87 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.13 0.34 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.21 0.17 0.05 0.87 0.00 0.47 1.56 0.98
OP1 0.23 0.36 0.25 0.23 0.14 0.34 0.32 0.08 0.30 0.53 0.20 0.57 0.39 0.63 0.12 0.15 0.27 0.29 0.02 0.47 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.65 0.10 0.14 0.84 0.13 1.27 0.01 1.31 1.33 1.00 0.43 0.51 1.58 0.81 0.07 0.27 0.31 0.02 1.56 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.29 0.05 0.10 0.49 0.13 0.81 0.02 0.80 0.96 0.54 0.11 0.21 1.09 0.53 0.07 0.15 0.20 0.00 0.98 0.00 0.00 0.00