Doublet Group distance statistics: 52034

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.019, 0.033, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.033 std_dev=0.013
N6	A	0, 0.015, 0.030, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.024, 0.040, 0.056, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.040 std_dev=0.016
N3	A	0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N7	A	0, 0.025, 0.044, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.044 std_dev=0.018
C2	A	0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.035 std_dev=0.019
C8	A	0, 0.029, 0.048, 0.067, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.048 std_dev=0.019
N9	A	0, 0.027, 0.048, 0.068, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.048 std_dev=0.021
C1'	A	0, 0.024, 0.048, 0.071, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.048 std_dev=0.023
O4'	A	0, 0.041, 0.113, 0.185, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.113 std_dev=0.072
C2'	A	0, 0.067, 0.162, 0.256, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.162 std_dev=0.095
O2'	A	0, 0.048, 0.158, 0.268, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.158 std_dev=0.110
C3'	A	0, 0.086, 0.253, 0.420, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.253 std_dev=0.167
C4'	A	0, 0.026, 0.200, 0.375, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.200 std_dev=0.174
O3'	A	0, 0.229, 0.452, 0.675, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.452 std_dev=0.223
C1'	B	0, 0.266, 0.515, 0.765, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.515 std_dev=0.249
O4'	B	0, 0.239, 0.494, 0.749, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.494 std_dev=0.255
N9	B	0, 0.291, 0.556, 0.822, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.556 std_dev=0.266
C8	B	0, 0.309, 0.591, 0.872, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.591 std_dev=0.281
O5'	B	0, 0.367, 0.650, 0.932, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.650 std_dev=0.282
C4	B	0, 0.327, 0.611, 0.895, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.611 std_dev=0.284
C4'	B	0, 0.265, 0.551, 0.837, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.551 std_dev=0.286
N3	B	0, 0.350, 0.642, 0.935, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.642 std_dev=0.292
P	B	0, 0.383, 0.675, 0.968, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.675 std_dev=0.293
OP2	B	0, 0.417, 0.710, 1.003, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.710 std_dev=0.293
N7	B	0, 0.339, 0.646, 0.953, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.646 std_dev=0.307
C5	B	0, 0.355, 0.666, 0.978, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.666 std_dev=0.312
C5'	B	0, 0.369, 0.690, 1.012, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.690 std_dev=0.322
C2	B	0, 0.400, 0.723, 1.046, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.723 std_dev=0.323
O2'	B	0, 0.340, 0.667, 0.995, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.667 std_dev=0.327
C2'	B	0, 0.305, 0.635, 0.965, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.635 std_dev=0.330
N2	B	0, 0.426, 0.768, 1.110, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.768 std_dev=0.342
N1	B	0, 0.425, 0.770, 1.115, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.770 std_dev=0.345
C6	B	0, 0.404, 0.750, 1.096, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.750 std_dev=0.346
C3'	B	0, 0.295, 0.644, 0.994, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.644 std_dev=0.349
C5'	A	0, -0.045, 0.314, 0.674, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.314 std_dev=0.359
O6	B	0, 0.439, 0.824, 1.209, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.824 std_dev=0.385
OP1	B	0, 0.521, 0.908, 1.296, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.908 std_dev=0.388
O3'	B	0, 0.285, 0.683, 1.081, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.683 std_dev=0.398
O5'	A	0, -0.040, 0.383, 0.805, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.383 std_dev=0.422
P	A	0, 0.171, 0.683, 1.195, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.683 std_dev=0.512
OP2	A	0, 0.369, 0.920, 1.471, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.920 std_dev=0.551
OP1	A	0, 0.028, 0.859, 1.690, 2.724 max_d=2.724 avg_d=0.859 std_dev=0.831

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.03	0.03	0.01	0.05	0.03	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.10	0.07	0.15	0.07
C2	0.04	0.00	0.12	0.11	0.01	0.04	0.00	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.11	0.13	0.03	0.19	0.10	0.34	0.15
C2'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.06	0.01	0.05	0.02	0.08	0.04	0.11	0.11	0.07	0.04	0.02	0.00	0.01	0.01	0.08	0.08	0.14	0.06
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.07	0.01	0.07	0.02	0.09	0.03	0.12	0.10	0.09	0.05	0.04	0.02	0.01	0.02	0.05	0.10	0.10	0.05
C4	0.02	0.01	0.06	0.07	0.00	0.03	0.00	0.10	0.02	0.01	0.03	0.00	0.02	0.00	0.01	0.06	0.08	0.01	0.21	0.14	0.34	0.17
C4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.08	0.06	0.04	0.07	0.08	0.04	0.04	0.01	0.00	0.02	0.05	0.04	0.02
C5	0.02	0.00	0.05	0.07	0.00	0.06	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.06	0.08	0.02	0.27	0.23	0.44	0.25
C5'	0.03	0.06	0.02	0.02	0.10	0.01	0.15	0.00	0.14	0.19	0.10	0.05	0.17	0.20	0.11	0.04	0.03	0.02	0.01	0.06	0.02	0.01
C6	0.03	0.01	0.08	0.09	0.02	0.06	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.08	0.11	0.02	0.27	0.22	0.46	0.26
C8	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01	0.08	0.01	0.19	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.03	0.04	0.29	0.27	0.40	0.27
N1	0.05	0.00	0.11	0.12	0.03	0.06	0.01	0.10	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.11	0.13	0.03	0.23	0.15	0.41	0.20
N3	0.03	0.01	0.11	0.10	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.10	0.11	0.03	0.16	0.09	0.29	0.12
N6	0.03	0.01	0.07	0.09	0.02	0.07	0.01	0.17	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.08	0.11	0.03	0.29	0.29	0.52	0.31
N7	0.01	0.00	0.04	0.05	0.00	0.08	0.00	0.20	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.05	0.05	0.03	0.31	0.32	0.49	0.32
N9	0.00	0.02	0.02	0.04	0.01	0.04	0.02	0.11	0.03	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.03	0.01	0.20	0.14	0.29	0.16
O2'	0.02	0.11	0.00	0.02	0.06	0.04	0.06	0.04	0.08	0.04	0.11	0.10	0.08	0.05	0.03	0.00	0.03	0.04	0.06	0.06	0.11	0.05
O3'	0.01	0.13	0.01	0.01	0.08	0.01	0.08	0.03	0.11	0.03	0.13	0.11	0.11	0.05	0.03	0.03	0.00	0.01	0.03	0.13	0.08	0.05
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.05	0.11	0.06	0.07
O5'	0.10	0.19	0.08	0.05	0.21	0.02	0.27	0.01	0.27	0.29	0.23	0.16	0.29	0.31	0.20	0.06	0.03	0.05	0.00	0.02	0.03	0.01
OP1	0.07	0.10	0.08	0.10	0.14	0.05	0.23	0.06	0.22	0.27	0.15	0.09	0.29	0.32	0.14	0.06	0.13	0.11	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.34	0.14	0.10	0.34	0.04	0.44	0.02	0.46	0.40	0.41	0.29	0.52	0.49	0.29	0.11	0.08	0.06	0.03	0.01	0.00	0.01
P	0.07	0.15	0.06	0.05	0.17	0.02	0.25	0.01	0.26	0.27	0.20	0.12	0.31	0.32	0.16	0.05	0.05	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.20	0.22	0.16	0.09	0.19	0.11	0.16	0.12	0.16	0.13	0.19	0.23	0.22	0.14	0.17	0.20	0.09	0.15	0.05	0.16	0.03	0.08	0.03
C2	0.12	0.14	0.12	0.14	0.14	0.20	0.17	0.27	0.16	0.21	0.14	0.17	0.13	0.21	0.16	0.12	0.12	0.20	0.23	0.18	0.22	0.14	0.17
C2'	0.23	0.24	0.18	0.11	0.24	0.12	0.23	0.11	0.24	0.22	0.24	0.24	0.24	0.22	0.23	0.18	0.10	0.19	0.06	0.24	0.04	0.09	0.05
C3'	0.14	0.19	0.08	0.07	0.17	0.08	0.19	0.11	0.20	0.17	0.20	0.18	0.17	0.19	0.15	0.09	0.11	0.13	0.06	0.22	0.02	0.05	0.01
C4	0.06	0.16	0.06	0.06	0.10	0.11	0.11	0.20	0.12	0.13	0.13	0.20	0.16	0.15	0.07	0.12	0.05	0.09	0.16	0.14	0.13	0.10	0.11
C4'	0.15	0.17	0.09	0.08	0.15	0.09	0.16	0.11	0.17	0.14	0.17	0.18	0.17	0.17	0.13	0.11	0.11	0.14	0.06	0.19	0.02	0.06	0.03
C5	0.05	0.15	0.06	0.09	0.08	0.13	0.13	0.20	0.13	0.17	0.12	0.20	0.14	0.19	0.08	0.11	0.07	0.13	0.16	0.15	0.13	0.10	0.11
C5'	0.17	0.23	0.15	0.17	0.22	0.12	0.26	0.13	0.27	0.24	0.25	0.22	0.21	0.28	0.20	0.13	0.20	0.15	0.14	0.31	0.05	0.14	0.08
C6	0.12	0.13	0.10	0.14	0.14	0.19	0.20	0.24	0.19	0.24	0.14	0.17	0.10	0.25	0.17	0.10	0.12	0.20	0.21	0.21	0.17	0.12	0.15
C8	0.16	0.23	0.13	0.09	0.16	0.12	0.11	0.14	0.14	0.06	0.19	0.25	0.23	0.08	0.12	0.17	0.09	0.13	0.07	0.13	0.04	0.11	0.05
N1	0.16	0.14	0.14	0.17	0.17	0.22	0.21	0.28	0.20	0.25	0.16	0.16	0.13	0.25	0.20	0.13	0.15	0.24	0.24	0.22	0.22	0.14	0.18
N3	0.08	0.15	0.08	0.09	0.11	0.14	0.13	0.24	0.13	0.16	0.13	0.18	0.14	0.17	0.11	0.12	0.08	0.12	0.20	0.15	0.18	0.12	0.15
N6	0.16	0.13	0.14	0.17	0.20	0.20	0.26	0.24	0.25	0.27	0.18	0.15	0.12	0.29	0.21	0.11	0.15	0.22	0.21	0.27	0.17	0.12	0.15
N7	0.10	0.20	0.09	0.08	0.10	0.12	0.07	0.15	0.10	0.13	0.15	0.24	0.19	0.15	0.06	0.14	0.07	0.12	0.11	0.12	0.07	0.10	0.07
N9	0.14	0.20	0.12	0.06	0.15	0.09	0.12	0.15	0.13	0.08	0.17	0.23	0.20	0.11	0.11	0.16	0.07	0.10	0.09	0.13	0.06	0.09	0.05
O2'	0.32	0.29	0.30	0.24	0.29	0.25	0.27	0.15	0.26	0.27	0.28	0.30	0.30	0.25	0.30	0.31	0.22	0.31	0.12	0.25	0.08	0.07	0.07
O3'	0.13	0.18	0.06	0.05	0.17	0.06	0.20	0.07	0.21	0.18	0.20	0.17	0.16	0.21	0.15	0.06	0.11	0.14	0.02	0.24	0.01	0.03	0.01
O4'	0.16	0.19	0.12	0.08	0.15	0.10	0.12	0.12	0.14	0.10	0.16	0.21	0.19	0.11	0.13	0.16	0.09	0.14	0.06	0.14	0.02	0.07	0.03
O5'	0.28	0.34	0.29	0.28	0.34	0.21	0.37	0.18	0.37	0.36	0.36	0.33	0.33	0.39	0.32	0.26	0.29	0.25	0.19	0.39	0.05	0.11	0.07
OP1	0.40	0.51	0.47	0.51	0.51	0.35	0.60	0.32	0.63	0.56	0.58	0.49	0.48	0.65	0.48	0.40	0.55	0.33	0.40	0.70	0.21	0.43	0.30
OP2	0.50	0.65	0.53	0.47	0.62	0.37	0.67	0.26	0.70	0.57	0.68	0.64	0.62	0.66	0.56	0.50	0.47	0.41	0.27	0.72	0.09	0.10	0.10
P	0.34	0.46	0.37	0.37	0.44	0.27	0.50	0.22	0.53	0.46	0.50	0.44	0.43	0.53	0.41	0.33	0.39	0.28	0.26	0.57	0.07	0.18	0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.06	0.01	0.07	0.10	0.09
C2	0.02	0.00	0.05	0.06	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.09	0.03	0.12	0.02	0.14	0.21	0.16
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.04	0.03	0.05	0.05	0.04	0.03	0.01	0.00	0.03	0.01	0.02	0.05	0.06	0.03	0.02
C3'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.06	0.04	0.07	0.06	0.05	0.04	0.02	0.02	0.01	0.00	0.05	0.08	0.09	0.08	0.06
C4	0.01	0.01	0.03	0.04	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.05	0.01	0.12	0.01	0.14	0.19	0.16
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.05	0.05	0.03	0.02	0.01	0.06	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.06	0.05	0.02	0.01
C5	0.01	0.01	0.04	0.05	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.05	0.01	0.15	0.01	0.19	0.25	0.20
C5'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.05	0.00	0.08	0.00	0.09	0.09	0.07	0.03	0.03	0.10	0.05	0.04	0.03	0.01	0.01	0.12	0.06	0.01	0.01
C6	0.00	0.01	0.04	0.06	0.01	0.05	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.07	0.01	0.17	0.01	0.22	0.28	0.22
C8	0.02	0.00	0.03	0.04	0.01	0.05	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.04	0.04	0.15	0.02	0.18	0.20	0.18
N1	0.01	0.01	0.05	0.07	0.01	0.03	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.09	0.01	0.15	0.02	0.18	0.26	0.20
N2	0.02	0.00	0.05	0.06	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.06	0.10	0.04	0.10	0.03	0.12	0.20	0.15
N3	0.02	0.00	0.04	0.05	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.07	0.03	0.10	0.02	0.11	0.18	0.14
N7	0.02	0.01	0.03	0.04	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.04	0.04	0.17	0.02	0.22	0.26	0.22
N9	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.10	0.01	0.12	0.16	0.13
O2'	0.01	0.05	0.00	0.02	0.03	0.04	0.03	0.04	0.04	0.02	0.05	0.06	0.04	0.03	0.01	0.00	0.05	0.03	0.03	0.04	0.09	0.03	0.03
O3'	0.02	0.09	0.03	0.01	0.05	0.01	0.05	0.03	0.07	0.04	0.09	0.10	0.07	0.04	0.02	0.05	0.00	0.02	0.11	0.08	0.19	0.17	0.15
O4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.04	0.03	0.04	0.01	0.03	0.02	0.00	0.07	0.02	0.09	0.11	0.10
O5'	0.06	0.12	0.02	0.05	0.12	0.01	0.15	0.01	0.17	0.15	0.15	0.10	0.10	0.17	0.10	0.03	0.11	0.07	0.00	0.19	0.02	0.01	0.00
O6	0.01	0.02	0.05	0.08	0.01	0.06	0.01	0.12	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.04	0.08	0.02	0.19	0.00	0.26	0.32	0.26
OP1	0.07	0.14	0.06	0.09	0.14	0.05	0.19	0.06	0.22	0.18	0.18	0.12	0.11	0.22	0.12	0.09	0.19	0.09	0.02	0.26	0.00	0.01	0.00
OP2	0.10	0.21	0.03	0.08	0.19	0.02	0.25	0.01	0.28	0.20	0.26	0.20	0.18	0.26	0.16	0.03	0.17	0.11	0.01	0.32	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.16	0.02	0.06	0.16	0.01	0.20	0.01	0.22	0.18	0.20	0.15	0.14	0.22	0.13	0.03	0.15	0.10	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00