ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52037

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, -0.001, 0.012, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.001, 0.024, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.023
C1' A 0, -0.003, 0.026, 0.054, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.026 std_dev=0.029
N3 A 0, -0.002, 0.029, 0.060, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.029 std_dev=0.031
C5 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.017, 0.049, 0.082, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.009, 0.049, 0.088, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.049 std_dev=0.040
C4 A 0, -0.003, 0.044, 0.092, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.044 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.003, 0.073, 0.142, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.073 std_dev=0.069
N9 A 0, -0.010, 0.063, 0.136, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.063 std_dev=0.073
C5 B 0, 0.232, 0.578, 0.923, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.578 std_dev=0.346
C6 B 0, 0.230, 0.579, 0.929, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.579 std_dev=0.350
N7 B 0, 0.247, 0.602, 0.958, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.602 std_dev=0.356
O6 B 0, 0.249, 0.614, 0.978, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.614 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.211, 0.579, 0.946, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.579 std_dev=0.368
C4 B 0, 0.231, 0.608, 0.984, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.608 std_dev=0.376
C2 B 0, 0.211, 0.593, 0.974, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.593 std_dev=0.382
N3 B 0, 0.232, 0.624, 1.016, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.624 std_dev=0.392
N2 B 0, 0.206, 0.606, 1.005, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.606 std_dev=0.400
C8 B 0, 0.241, 0.643, 1.045, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.643 std_dev=0.402
N9 B 0, 0.232, 0.654, 1.077, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.654 std_dev=0.423
C1' B 0, 0.203, 0.759, 1.315, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.759 std_dev=0.556
O4' B 0, 0.217, 0.797, 1.378, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.797 std_dev=0.580
C2' B 0, 0.188, 0.857, 1.527, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.857 std_dev=0.669
C3' B 0, 0.219, 0.921, 1.623, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.921 std_dev=0.702
C4' B 0, 0.192, 0.898, 1.603, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.898 std_dev=0.706
C5' B 0, 0.190, 0.922, 1.654, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.922 std_dev=0.732
O2' B 0, 0.125, 0.892, 1.660, 2.253 max_d=2.253 avg_d=0.892 std_dev=0.767
O3' A 0, 0.147, 0.953, 1.760, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.953 std_dev=0.806
O3' B 0, 0.191, 0.999, 1.807, 2.426 max_d=2.426 avg_d=0.999 std_dev=0.808
O5' B 0, 0.025, 0.995, 1.965, 2.787 max_d=2.787 avg_d=0.995 std_dev=0.970
C2' A 0, -0.102, 0.928, 1.957, 2.381 max_d=2.381 avg_d=0.928 std_dev=1.030
O4' A 0, -0.143, 0.922, 1.987, 2.465 max_d=2.465 avg_d=0.922 std_dev=1.065
C3' A 0, -0.016, 1.069, 2.154, 2.435 max_d=2.435 avg_d=1.069 std_dev=1.085
P B 0, -0.039, 1.190, 2.419, 3.503 max_d=3.503 avg_d=1.190 std_dev=1.229
OP1 B 0, 0.080, 1.360, 2.639, 3.732 max_d=3.732 avg_d=1.360 std_dev=1.280
C4' A 0, -0.069, 1.283, 2.635, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.283 std_dev=1.352
OP2 B 0, -0.126, 1.379, 2.885, 4.269 max_d=4.269 avg_d=1.379 std_dev=1.505
O2' A 0, -0.127, 1.530, 3.187, 3.890 max_d=3.890 avg_d=1.530 std_dev=1.657
C5' A 0, -0.160, 2.246, 4.653, 5.735 max_d=5.735 avg_d=2.246 std_dev=2.406
O5' A 0, -0.061, 2.427, 4.915, 5.561 max_d=5.561 avg_d=2.427 std_dev=2.488
OP1 A 0, -0.170, 3.328, 6.825, 7.841 max_d=7.841 avg_d=3.328 std_dev=3.497
P A 0, -0.269, 3.327, 6.922, 8.144 max_d=8.144 avg_d=3.327 std_dev=3.595
OP2 A 0, -0.465, 4.106, 8.677, 10.343 max_d=10.343 avg_d=4.106 std_dev=4.571

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.35 0.01 0.09 0.15 0.27 0.07
C2 0.03 0.00 0.27 0.23 0.05 0.39 0.05 0.66 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.28 0.40 0.32 0.91 1.07 1.14 0.87
C2' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.13 0.01 0.07 0.18 0.12 0.13 0.21 0.27 0.09 0.09 0.02 0.00 0.03 0.04 0.46 0.70 0.46 0.46
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.03 0.01 0.19 0.03 0.11 0.47 0.08 0.24 0.20 0.42 0.18 0.02 0.01 0.02 0.36 0.47 0.17 0.27
C4 0.03 0.05 0.13 0.03 0.00 0.13 0.01 0.24 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.25 0.27 0.15 0.41 0.39 0.47 0.23
C4' 0.02 0.39 0.01 0.01 0.13 0.00 0.10 0.01 0.12 0.34 0.26 0.39 0.12 0.29 0.09 0.28 0.02 0.01 0.03 0.04 0.14 0.03
C5 0.01 0.05 0.07 0.19 0.01 0.10 0.00 0.24 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.39 0.17 0.06 0.31 0.21 0.20 0.24
C5' 0.05 0.66 0.18 0.03 0.24 0.01 0.24 0.00 0.25 0.56 0.44 0.65 0.28 0.53 0.16 0.10 0.19 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02
C6 0.03 0.00 0.12 0.11 0.02 0.12 0.02 0.25 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.38 0.21 0.13 0.45 0.43 0.31 0.29
C8 0.05 0.08 0.13 0.47 0.03 0.34 0.03 0.56 0.05 0.00 0.07 0.05 0.05 0.00 0.00 0.50 0.08 0.17 0.38 0.32 0.54 0.59
N1 0.03 0.01 0.21 0.08 0.02 0.26 0.04 0.44 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.32 0.32 0.23 0.70 0.81 0.78 0.57
N3 0.04 0.01 0.27 0.24 0.02 0.39 0.00 0.65 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.24 0.40 0.35 0.85 0.92 1.08 0.78
N6 0.01 0.01 0.09 0.20 0.02 0.12 0.01 0.28 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.46 0.16 0.09 0.41 0.36 0.17 0.35
N7 0.02 0.06 0.09 0.42 0.01 0.29 0.01 0.53 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.52 0.07 0.12 0.39 0.30 0.51 0.60
N9 0.00 0.06 0.02 0.18 0.02 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.26 0.19 0.01 0.13 0.08 0.24 0.14
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.25 0.28 0.39 0.10 0.38 0.50 0.32 0.24 0.46 0.52 0.26 0.00 0.04 0.19 0.31 0.63 0.26 0.34
O3' 0.35 0.40 0.03 0.01 0.27 0.02 0.17 0.19 0.21 0.08 0.32 0.40 0.16 0.07 0.19 0.04 0.00 0.19 0.18 0.26 0.20 0.14
O4' 0.01 0.32 0.04 0.02 0.15 0.01 0.06 0.02 0.13 0.17 0.23 0.35 0.09 0.12 0.01 0.19 0.19 0.00 0.19 0.17 0.20 0.16
O5' 0.09 0.91 0.46 0.36 0.41 0.03 0.31 0.01 0.45 0.38 0.70 0.85 0.41 0.39 0.13 0.31 0.18 0.19 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.15 1.07 0.70 0.47 0.39 0.04 0.21 0.02 0.43 0.32 0.81 0.92 0.36 0.30 0.08 0.63 0.26 0.17 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 1.14 0.46 0.17 0.47 0.14 0.20 0.10 0.31 0.54 0.78 1.08 0.17 0.51 0.24 0.26 0.20 0.20 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.87 0.46 0.27 0.23 0.03 0.24 0.02 0.29 0.59 0.57 0.78 0.35 0.60 0.14 0.34 0.14 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.47 0.14 0.17 0.28 0.23 0.30 0.23 0.43 0.08 0.49 0.51 0.37 0.15 0.06 0.22 0.19 0.23 0.28 0.43 0.25 0.26 0.26
C2 0.55 0.29 0.59 0.58 0.17 0.56 0.10 0.51 0.13 0.38 0.30 0.47 0.10 0.24 0.39 0.62 0.61 0.53 0.66 0.17 0.69 0.61 0.64
C2' 0.49 0.26 0.51 0.66 0.19 0.68 0.25 0.81 0.07 0.74 0.16 0.40 0.20 0.59 0.46 0.48 0.66 0.63 0.94 0.13 0.97 1.02 0.99
C3' 0.40 0.45 0.40 0.33 0.30 0.39 0.08 0.25 0.10 0.10 0.28 0.56 0.48 0.18 0.21 0.52 0.38 0.40 0.29 0.09 0.26 0.54 0.33
C4 0.41 0.39 0.38 0.40 0.08 0.42 0.04 0.39 0.24 0.36 0.41 0.50 0.21 0.21 0.30 0.39 0.41 0.42 0.58 0.26 0.57 0.54 0.56
C4' 1.10 0.99 1.12 1.11 0.95 1.12 0.72 0.97 0.66 0.68 0.81 1.03 1.07 0.54 0.94 1.14 1.14 1.13 0.93 0.48 0.86 0.87 0.83
C5 0.45 0.27 0.43 0.44 0.19 0.43 0.16 0.40 0.15 0.43 0.32 0.40 0.13 0.32 0.38 0.43 0.45 0.43 0.65 0.19 0.64 0.65 0.65
C5' 1.65 1.22 1.77 1.75 1.20 1.77 0.80 1.52 0.67 0.86 0.91 1.32 1.40 0.58 1.26 1.93 1.87 1.69 1.48 0.39 1.39 1.19 1.31
C6 0.54 0.14 0.55 0.55 0.31 0.51 0.27 0.46 0.13 0.46 0.20 0.29 0.19 0.37 0.45 0.56 0.57 0.50 0.73 0.15 0.74 0.74 0.73
C8 0.29 0.39 0.25 0.28 0.17 0.32 0.15 0.32 0.31 0.30 0.42 0.46 0.26 0.18 0.22 0.27 0.28 0.33 0.48 0.33 0.46 0.50 0.49
N1 0.57 0.15 0.62 0.61 0.29 0.57 0.22 0.51 0.09 0.43 0.20 0.35 0.18 0.32 0.45 0.64 0.64 0.53 0.73 0.13 0.76 0.72 0.72
N3 0.46 0.40 0.46 0.47 0.08 0.49 0.07 0.45 0.23 0.34 0.38 0.52 0.21 0.19 0.31 0.48 0.49 0.47 0.58 0.24 0.58 0.51 0.55
N6 0.54 0.17 0.57 0.57 0.38 0.52 0.36 0.46 0.25 0.48 0.18 0.14 0.29 0.42 0.48 0.57 0.60 0.50 0.76 0.22 0.79 0.80 0.78
N7 0.37 0.28 0.34 0.36 0.17 0.37 0.17 0.36 0.21 0.40 0.33 0.37 0.16 0.32 0.32 0.34 0.36 0.38 0.59 0.25 0.58 0.62 0.61
N9 0.27 0.45 0.24 0.27 0.17 0.31 0.16 0.31 0.34 0.26 0.46 0.51 0.31 0.10 0.16 0.27 0.28 0.32 0.46 0.35 0.44 0.44 0.45
O2' 1.13 0.14 1.19 1.43 0.43 1.56 0.30 1.71 0.15 1.01 0.18 0.28 0.28 0.63 0.88 1.21 1.48 1.43 1.68 0.32 1.66 1.38 1.62
O3' 0.59 0.72 0.58 0.51 0.62 0.53 0.51 0.42 0.52 0.41 0.64 0.78 0.72 0.38 0.55 0.58 0.52 0.57 0.37 0.43 0.29 0.44 0.27
O4' 0.94 1.08 0.93 0.90 1.05 0.83 0.89 0.73 0.86 0.75 0.96 1.08 1.12 0.71 0.97 0.85 0.88 0.86 0.60 0.72 0.58 0.59 0.54
O5' 1.61 1.45 1.73 1.66 1.33 1.62 0.96 1.37 0.88 0.89 1.14 1.57 1.58 0.70 1.31 1.91 1.79 1.54 1.35 0.63 1.31 1.09 1.22
OP1 1.73 1.72 1.97 1.87 1.49 1.72 1.08 1.43 1.02 0.96 1.34 1.94 1.85 0.77 1.41 2.24 2.06 1.56 1.36 0.73 1.40 1.05 1.23
OP2 2.50 1.98 2.87 2.78 1.89 2.64 1.33 2.25 1.15 1.38 1.50 2.18 2.25 1.03 1.95 3.29 3.07 2.37 2.03 0.76 2.05 1.44 1.78
P 1.82 1.48 2.07 2.01 1.36 1.95 0.89 1.65 0.75 0.91 1.06 1.66 1.68 0.62 1.39 2.39 2.24 1.75 1.58 0.42 1.60 1.19 1.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.10 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.24 0.04 0.25 0.21 0.23
C2 0.08 0.00 0.22 0.27 0.00 0.14 0.03 0.10 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.34 0.04 0.56 0.04 0.68 0.72 0.64
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.11 0.02 0.06 0.01 0.10 0.08 0.17 0.28 0.22 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.26 0.09 0.31 0.32 0.28
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.15 0.00 0.09 0.01 0.13 0.08 0.21 0.33 0.26 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.29 0.10 0.34 0.32 0.32
C4 0.04 0.00 0.11 0.15 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.18 0.01 0.54 0.02 0.57 0.63 0.58
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.10 0.10 0.20 0.15 0.09 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.08 0.01
C5 0.02 0.03 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03 0.59 0.02 0.59 0.73 0.65
C5' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.13 0.06 0.16 0.12 0.14 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.22 0.01
C6 0.04 0.03 0.10 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.10 0.17 0.02 0.62 0.01 0.66 0.81 0.71
C8 0.03 0.01 0.08 0.08 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.06 0.51 0.02 0.41 0.53 0.52
N1 0.07 0.01 0.17 0.21 0.02 0.10 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.16 0.28 0.02 0.61 0.03 0.71 0.80 0.70
N2 0.10 0.01 0.28 0.33 0.01 0.20 0.03 0.16 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.27 0.44 0.07 0.56 0.06 0.72 0.73 0.65
N3 0.07 0.01 0.22 0.26 0.01 0.15 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.32 0.05 0.52 0.02 0.61 0.63 0.58
N7 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.57 0.02 0.50 0.68 0.62
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.47 0.02 0.44 0.49 0.47
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.08 0.07 0.06 0.07 0.10 0.06 0.16 0.27 0.18 0.04 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.10 0.16 0.14 0.09
O3' 0.02 0.34 0.03 0.00 0.18 0.01 0.11 0.01 0.17 0.08 0.28 0.44 0.32 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.16 0.14 0.28 0.29 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.03 0.12 0.08 0.08
O5' 0.24 0.56 0.26 0.29 0.54 0.01 0.59 0.01 0.62 0.51 0.61 0.56 0.52 0.57 0.47 0.07 0.16 0.10 0.00 0.64 0.02 0.02 0.00
O6 0.04 0.04 0.09 0.10 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.10 0.14 0.03 0.64 0.00 0.68 0.86 0.75
OP1 0.25 0.68 0.31 0.34 0.57 0.09 0.59 0.08 0.66 0.41 0.71 0.72 0.61 0.50 0.44 0.16 0.28 0.12 0.02 0.68 0.00 0.02 0.00
OP2 0.21 0.72 0.32 0.32 0.63 0.08 0.73 0.22 0.81 0.53 0.80 0.73 0.63 0.68 0.49 0.14 0.29 0.08 0.02 0.86 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.64 0.28 0.32 0.58 0.01 0.65 0.01 0.71 0.52 0.70 0.65 0.58 0.62 0.47 0.09 0.22 0.08 0.00 0.75 0.00 0.01 0.00