sequences=5
maxmove=0.1
pval=0.1
usescval=false
complexatt=true
cooling=1.0
currcool=1.0
attfactor=10.0
attvalpow=1
repfactor=10.0
repvalpow=1
dampening=1.0
minattract=1.0
cluster2d=false
blastpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/blastall -p blastp -M PAM70 -F F -e 10000 -b 500 -v 500
formatdbpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/formatdb
showinfo=true
zoom=1.0
dotsize=0
ovalsize=10
groupsize=4
usefoldchange=false
avgfoldchange=false
colorcutoffs=0.0;0.1;0.2;0.3;0.4;0.5;0.6;0.7;0.8;0.9;
colorarr=(230;230;230):(207;207;207):(184;184;184):(161;161;161):(138;138;138):(115;115;115):(92;92;92):(69;69;69):(46;46;46):(23;23;23):
1.0;0.0;0.0;
0.0;1.0;0.0;
0.0;0.0;1.0;
>1VQ4-01485-01484
X
>1KD1-A1485-A1484
X
>1Q82-A1485-A1484
X
>1QVG-01485-01484
X
>3CC4-0399-0363
X
0 1:0.248444876902
0 2:0.291232371004
0 3:0.274242270195
0 4:0.99998963806
1 2:0.0576763333628
1 3:0.101280651107
1 4:0.914383272385
2 3:0.0757795483822
2 4:0.891759266164
3 4:0.868348127211