ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52038

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.003, 0.025, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.034 std_dev=0.025
N1 B 0, 0.216, 0.545, 0.874, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.545 std_dev=0.329
O3' A 0, 0.340, 0.688, 1.035, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.688 std_dev=0.348
C6 B 0, 0.350, 0.744, 1.139, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.744 std_dev=0.395
C2 B 0, 0.337, 0.736, 1.136, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.736 std_dev=0.400
O6 B 0, 0.403, 0.821, 1.239, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.821 std_dev=0.418
N2 B 0, 0.387, 0.815, 1.242, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.815 std_dev=0.428
C5 B 0, 0.476, 0.976, 1.475, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.976 std_dev=0.499
O4' A 0, 0.479, 0.978, 1.477, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.978 std_dev=0.499
N3 B 0, 0.472, 0.973, 1.475, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.973 std_dev=0.501
C3' A 0, 0.498, 1.011, 1.524, 1.400 max_d=1.400 avg_d=1.011 std_dev=0.513
C4 B 0, 0.503, 1.029, 1.555, 1.493 max_d=1.493 avg_d=1.029 std_dev=0.526
C2' A 0, 0.513, 1.042, 1.572, 1.435 max_d=1.435 avg_d=1.042 std_dev=0.530
C4' A 0, 0.567, 1.159, 1.752, 1.651 max_d=1.651 avg_d=1.159 std_dev=0.593
N7 B 0, 0.623, 1.251, 1.879, 1.672 max_d=1.672 avg_d=1.251 std_dev=0.628
N9 B 0, 0.637, 1.282, 1.926, 1.729 max_d=1.729 avg_d=1.282 std_dev=0.645
C8 B 0, 0.689, 1.381, 2.073, 1.817 max_d=1.817 avg_d=1.381 std_dev=0.692
C1' B 0, 0.730, 1.465, 2.200, 1.901 max_d=1.901 avg_d=1.465 std_dev=0.735
O2' A 0, 0.850, 1.732, 2.613, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.732 std_dev=0.882
C5' A 0, 1.067, 2.169, 3.270, 2.984 max_d=2.984 avg_d=2.169 std_dev=1.101
O2' B 0, 1.148, 2.312, 3.475, 3.076 max_d=3.076 avg_d=2.312 std_dev=1.163
O5' A 0, 1.205, 2.450, 3.695, 3.340 max_d=3.340 avg_d=2.450 std_dev=1.245
C2' B 0, 1.370, 2.742, 4.115, 3.502 max_d=3.502 avg_d=2.742 std_dev=1.372
O4' B 0, 1.654, 3.316, 4.979, 4.293 max_d=4.293 avg_d=3.316 std_dev=1.662
OP1 A 0, 1.700, 3.425, 5.150, 4.451 max_d=4.451 avg_d=3.425 std_dev=1.725
P A 0, 1.741, 3.514, 5.286, 4.594 max_d=4.594 avg_d=3.514 std_dev=1.772
C4' B 0, 2.234, 4.473, 6.711, 5.712 max_d=5.712 avg_d=4.473 std_dev=2.239
C3' B 0, 2.268, 4.536, 6.805, 5.730 max_d=5.730 avg_d=4.536 std_dev=2.269
O3' B 0, 2.874, 5.748, 8.622, 7.257 max_d=7.257 avg_d=5.748 std_dev=2.874
OP2 A 0, 2.870, 5.761, 8.652, 7.423 max_d=7.423 avg_d=5.761 std_dev=2.891
C5' B 0, 3.376, 6.757, 10.139, 8.592 max_d=8.592 avg_d=6.757 std_dev=3.381
O5' B 0, 3.626, 7.268, 10.910, 9.278 max_d=9.278 avg_d=7.268 std_dev=3.642
P B 0, 4.450, 8.906, 13.361, 11.269 max_d=11.269 avg_d=8.906 std_dev=4.455
OP1 B 0, 4.795, 9.594, 14.393, 12.131 max_d=12.131 avg_d=9.594 std_dev=4.799
OP2 B 0, 5.116, 10.238, 15.359, 12.954 max_d=12.954 avg_d=10.238 std_dev=5.122

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.15 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.09 0.08 0.04 0.30 0.06 0.05
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.05 0.07 0.08 0.12 0.16 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.17 0.17 0.11
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.10 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.11 0.04
C4 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.06 0.04 0.07 0.31 0.09 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.11 0.41 0.14 0.14
C5' 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.05 0.03 0.07 0.09 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.16 0.11 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.06 0.04 0.09 0.42 0.11 0.12
C8 0.00 0.00 0.08 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.04 0.18 0.41 0.23 0.21
N1 0.01 0.00 0.12 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.08 0.06 0.05 0.37 0.06 0.08
N3 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.09 0.07 0.04 0.25 0.07 0.05
N6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.03 0.10 0.48 0.14 0.15
N7 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.16 0.48 0.22 0.21
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.28 0.13 0.12
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.13 0.02 0.07 0.04 0.12 0.08 0.20 0.26 0.09 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.10 0.22 0.23 0.14
O3' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.08 0.09 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.09 0.03
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.12 0.03
O5' 0.08 0.04 0.09 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.09 0.18 0.05 0.04 0.10 0.16 0.11 0.10 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.30 0.17 0.02 0.31 0.09 0.41 0.16 0.42 0.41 0.37 0.25 0.48 0.48 0.28 0.22 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.06 0.17 0.11 0.09 0.08 0.14 0.11 0.11 0.23 0.06 0.07 0.14 0.22 0.13 0.23 0.09 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.05 0.11 0.04 0.09 0.01 0.14 0.01 0.12 0.21 0.08 0.05 0.15 0.21 0.12 0.14 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.45 0.71 0.13 0.41 0.17 0.55 0.17 0.19 0.12 0.12 0.06 0.21 0.14 0.26 0.86 0.13 0.41 0.19 0.40 0.10 0.30
C2 0.11 0.17 0.12 0.21 0.08 0.06 0.02 0.11 0.03 0.04 0.09 0.22 0.16 0.07 0.07 0.07 0.28 0.15 0.13 0.11 0.49 0.56 0.34
C2' 0.13 0.20 0.39 0.74 0.22 0.51 0.27 0.75 0.29 0.24 0.26 0.13 0.17 0.28 0.20 0.12 0.84 0.25 0.64 0.31 0.61 0.27 0.53
C3' 0.19 0.22 0.50 0.88 0.24 0.63 0.27 0.88 0.28 0.26 0.25 0.19 0.21 0.28 0.24 0.25 1.04 0.30 0.77 0.29 0.76 0.45 0.66
C4 0.03 0.09 0.28 0.40 0.02 0.14 0.12 0.20 0.12 0.13 0.03 0.18 0.09 0.17 0.04 0.16 0.49 0.11 0.07 0.17 0.28 0.44 0.22
C4' 0.27 0.19 0.66 0.99 0.26 0.66 0.26 0.84 0.23 0.29 0.20 0.15 0.22 0.28 0.28 0.47 1.22 0.30 0.70 0.23 0.75 0.34 0.59
C5 0.09 0.13 0.22 0.24 0.03 0.07 0.10 0.11 0.11 0.11 0.05 0.19 0.15 0.17 0.01 0.15 0.32 0.24 0.23 0.17 0.45 0.70 0.42
C5' 0.36 0.27 0.76 1.11 0.32 0.76 0.31 0.92 0.28 0.35 0.26 0.23 0.31 0.33 0.35 0.57 1.38 0.38 0.80 0.27 0.94 0.45 0.72
C6 0.17 0.18 0.08 0.04 0.12 0.21 0.04 0.28 0.08 0.02 0.10 0.22 0.20 0.09 0.11 0.07 0.10 0.34 0.44 0.15 0.71 0.91 0.64
C8 0.05 0.07 0.44 0.53 0.09 0.16 0.17 0.19 0.15 0.21 0.07 0.15 0.06 0.23 0.12 0.30 0.64 0.11 0.08 0.18 0.28 0.42 0.22
N1 0.17 0.20 0.05 0.06 0.14 0.15 0.05 0.18 0.06 0.05 0.13 0.23 0.20 0.04 0.12 0.05 0.11 0.27 0.35 0.12 0.71 0.81 0.57
N3 0.04 0.11 0.23 0.38 0.02 0.17 0.08 0.26 0.09 0.08 0.01 0.19 0.10 0.12 0.02 0.11 0.46 0.09 0.11 0.15 0.29 0.38 0.18
N6 0.24 0.19 0.04 0.17 0.17 0.41 0.08 0.55 0.10 0.06 0.12 0.21 0.23 0.06 0.18 0.06 0.10 0.49 0.72 0.16 0.98 1.22 0.92
N7 0.06 0.09 0.32 0.30 0.04 0.08 0.14 0.14 0.13 0.18 0.05 0.17 0.11 0.22 0.06 0.24 0.40 0.26 0.23 0.18 0.36 0.69 0.39
N9 0.05 0.06 0.40 0.57 0.09 0.26 0.16 0.34 0.15 0.18 0.08 0.15 0.03 0.21 0.11 0.24 0.69 0.06 0.19 0.18 0.27 0.28 0.19
O2' 0.16 0.20 0.20 0.55 0.20 0.44 0.26 0.71 0.30 0.21 0.27 0.16 0.17 0.26 0.18 0.11 0.61 0.28 0.62 0.33 0.55 0.25 0.52
O3' 0.13 0.15 0.43 0.80 0.17 0.57 0.21 0.83 0.22 0.21 0.19 0.12 0.13 0.23 0.17 0.19 0.97 0.25 0.71 0.24 0.66 0.40 0.59
O4' 0.24 0.11 0.65 0.90 0.20 0.54 0.20 0.64 0.17 0.26 0.12 0.10 0.15 0.24 0.24 0.50 1.12 0.20 0.48 0.17 0.50 0.16 0.36
O5' 0.38 0.31 0.76 1.12 0.36 0.77 0.35 0.92 0.32 0.37 0.30 0.27 0.35 0.36 0.38 0.55 1.36 0.40 0.81 0.31 0.96 0.46 0.74
OP1 0.05 0.05 0.45 0.73 0.02 0.39 0.03 0.48 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.36 1.10 0.04 0.42 0.05 0.81 0.15 0.46
OP2 0.61 0.59 0.93 1.31 0.59 1.08 0.54 1.28 0.52 0.53 0.54 0.59 0.63 0.51 0.58 0.75 1.55 0.68 1.22 0.49 1.47 0.88 1.19
P 0.45 0.36 0.82 1.18 0.41 0.85 0.38 0.98 0.35 0.41 0.34 0.33 0.40 0.39 0.43 0.65 1.49 0.47 0.89 0.34 1.18 0.56 0.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.27 0.23 0.24
C2 0.01 0.00 0.07 0.33 0.00 0.35 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.32 0.23 0.47 0.00 0.25 0.25 0.38
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.05 0.10 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.03 0.30 0.18 0.22
C3' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.13 0.00 0.03 0.01 0.09 0.22 0.23 0.43 0.32 0.16 0.04 0.01 0.00 0.01 0.16 0.05 0.23 0.16 0.16
C4 0.01 0.00 0.03 0.13 0.00 0.15 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.12 0.11 0.00 0.21 0.16 0.18
C4' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.15 0.00 0.05 0.00 0.12 0.19 0.26 0.45 0.33 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.35 0.10 0.20
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.10 0.00 0.41 0.32 0.23
C5' 0.01 0.56 0.00 0.01 0.22 0.00 0.08 0.00 0.20 0.29 0.42 0.75 0.51 0.20 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.13 0.17 0.18 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.10 0.07 0.00 0.36 0.21 0.16
C8 0.01 0.00 0.07 0.22 0.00 0.19 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.21 0.11 0.47 0.00 0.62 0.61 0.50
N1 0.01 0.00 0.05 0.23 0.00 0.26 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.22 0.18 0.30 0.00 0.16 0.13 0.21
N2 0.02 0.00 0.10 0.43 0.00 0.45 0.00 0.75 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.44 0.27 0.67 0.00 0.43 0.46 0.56
N3 0.01 0.00 0.08 0.32 0.00 0.33 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.30 0.23 0.41 0.00 0.29 0.19 0.37
N7 0.00 0.00 0.05 0.16 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.05 0.39 0.00 0.70 0.59 0.49
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.28 0.32 0.23
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.05 0.09 0.13 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.47 0.20 0.32
O3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.11 0.01 0.02 0.03 0.08 0.21 0.22 0.44 0.30 0.17 0.04 0.02 0.00 0.01 0.15 0.04 0.32 0.09 0.15
O4' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.11 0.18 0.27 0.23 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.28 0.20 0.24
O5' 0.07 0.47 0.12 0.16 0.11 0.01 0.10 0.00 0.07 0.47 0.30 0.67 0.41 0.39 0.15 0.04 0.15 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.08 0.06 0.00 0.50 0.30 0.23
OP1 0.27 0.25 0.30 0.23 0.21 0.35 0.41 0.17 0.36 0.62 0.16 0.43 0.29 0.70 0.28 0.47 0.32 0.28 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.25 0.18 0.16 0.16 0.10 0.32 0.18 0.21 0.61 0.13 0.46 0.19 0.59 0.32 0.20 0.09 0.20 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.38 0.22 0.16 0.18 0.20 0.23 0.00 0.16 0.50 0.21 0.56 0.37 0.49 0.23 0.32 0.15 0.24 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00