ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52039

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, -0.002, 0.006, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, -0.003, 0.014, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.003, 0.014, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.017
N1 A 0, -0.001, 0.018, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C5 A 0, -0.003, 0.022, 0.047, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.025
C4 A 0, -0.006, 0.024, 0.055, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.024 std_dev=0.031
N9 A 0, -0.004, 0.028, 0.060, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.028 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.045 std_dev=0.046
N7 A 0, -0.005, 0.047, 0.098, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.047 std_dev=0.051
C8 A 0, -0.007, 0.052, 0.111, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.052 std_dev=0.059
C5 B 0, 0.168, 0.415, 0.663, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.415 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.134, 0.445, 0.756, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.445 std_dev=0.311
N7 B 0, 0.264, 0.640, 1.015, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.640 std_dev=0.376
O6 B 0, 0.212, 0.650, 1.089, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.650 std_dev=0.439
C4 B 0, 0.308, 0.764, 1.220, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.764 std_dev=0.456
N1 B 0, 0.328, 0.806, 1.285, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.806 std_dev=0.479
C8 B 0, 0.379, 0.939, 1.499, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.939 std_dev=0.560
C2 B 0, 0.442, 1.050, 1.658, 1.442 max_d=1.442 avg_d=1.050 std_dev=0.608
N9 B 0, 0.411, 1.021, 1.630, 1.513 max_d=1.513 avg_d=1.021 std_dev=0.609
N3 B 0, 0.447, 1.065, 1.684, 1.502 max_d=1.502 avg_d=1.065 std_dev=0.619
N2 B 0, 0.620, 1.472, 2.323, 2.047 max_d=2.047 avg_d=1.472 std_dev=0.852
C1' B 0, 0.625, 1.509, 2.393, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.509 std_dev=0.884
O4' B 0, 0.733, 1.760, 2.787, 2.519 max_d=2.519 avg_d=1.760 std_dev=1.027
O4' A 0, 0.757, 1.793, 2.828, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.793 std_dev=1.036
C2' A 0, 0.815, 1.930, 3.046, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.930 std_dev=1.116
C2' B 0, 0.933, 2.239, 3.544, 3.184 max_d=3.184 avg_d=2.239 std_dev=1.305
O2' A 0, 0.970, 2.303, 3.636, 3.173 max_d=3.173 avg_d=2.303 std_dev=1.333
C4' A 0, 1.067, 2.525, 3.983, 3.371 max_d=3.371 avg_d=2.525 std_dev=1.458
C4' B 0, 1.057, 2.533, 4.009, 3.620 max_d=3.620 avg_d=2.533 std_dev=1.476
C3' B 0, 1.110, 2.670, 4.230, 3.846 max_d=3.846 avg_d=2.670 std_dev=1.560
O2' B 0, 1.167, 2.780, 4.394, 3.894 max_d=3.894 avg_d=2.780 std_dev=1.614
C3' A 0, 1.245, 2.946, 4.648, 3.981 max_d=3.981 avg_d=2.946 std_dev=1.701
C5' B 0, 1.226, 2.939, 4.652, 4.221 max_d=4.221 avg_d=2.939 std_dev=1.713
O5' B 0, 1.271, 3.034, 4.798, 4.342 max_d=4.342 avg_d=3.034 std_dev=1.764
O3' B 0, 1.445, 3.468, 5.491, 4.965 max_d=4.965 avg_d=3.468 std_dev=2.023
O3' A 0, 1.767, 4.185, 6.602, 5.663 max_d=5.663 avg_d=4.185 std_dev=2.417
C5' A 0, 1.884, 4.458, 7.032, 5.964 max_d=5.964 avg_d=4.458 std_dev=2.574
P B 0, 2.051, 4.868, 7.685, 6.766 max_d=6.766 avg_d=4.868 std_dev=2.817
O5' A 0, 2.195, 5.193, 8.192, 6.941 max_d=6.941 avg_d=5.193 std_dev=2.998
OP2 B 0, 2.291, 5.429, 8.567, 7.473 max_d=7.473 avg_d=5.429 std_dev=3.138
OP1 B 0, 2.371, 5.631, 8.891, 7.829 max_d=7.829 avg_d=5.631 std_dev=3.260
P A 0, 2.888, 6.833, 10.778, 9.191 max_d=9.191 avg_d=6.833 std_dev=3.945
OP2 A 0, 3.126, 7.398, 11.670, 9.939 max_d=9.939 avg_d=7.398 std_dev=4.272
OP1 A 0, 3.341, 7.907, 12.473, 10.688 max_d=10.688 avg_d=7.907 std_dev=4.566

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.45 0.24
C2 0.01 0.00 0.03 0.33 0.00 0.34 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.31 0.25 0.36 0.26 0.04 0.22
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.37 0.17
C3' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.09 0.21 0.22 0.33 0.02 0.15 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.27 0.12
C4 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.13 0.07 0.08 0.45 0.17
C4' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.14 0.00 0.03 0.00 0.10 0.23 0.24 0.34 0.04 0.17 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.17 0.06
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.16 0.32 0.74 0.41
C5' 0.02 0.51 0.01 0.01 0.17 0.00 0.05 0.00 0.13 0.40 0.35 0.49 0.07 0.32 0.09 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.10 0.06 0.21 0.59 0.27
C8 0.01 0.00 0.03 0.21 0.00 0.23 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.18 0.15 0.50 0.64 1.16 0.80
N1 0.01 0.00 0.01 0.22 0.00 0.24 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.21 0.19 0.21 0.07 0.23 0.03
N3 0.02 0.00 0.04 0.33 0.00 0.34 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.30 0.26 0.34 0.25 0.06 0.19
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.07 0.16 0.38 0.76 0.42
N7 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.17 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.15 0.09 0.44 0.65 1.16 0.77
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.18 0.26 0.68 0.40
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.05 0.08 0.10 0.14 0.04 0.06 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.24 0.07
O3' 0.01 0.31 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.08 0.18 0.21 0.30 0.02 0.15 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.13 0.03
O4' 0.00 0.25 0.00 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.10 0.15 0.19 0.26 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.06 0.33 0.18
O5' 0.08 0.36 0.03 0.02 0.07 0.00 0.16 0.00 0.06 0.50 0.21 0.34 0.16 0.44 0.18 0.04 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.26 0.07 0.07 0.08 0.02 0.32 0.04 0.21 0.64 0.07 0.25 0.38 0.65 0.26 0.07 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.45 0.04 0.37 0.27 0.45 0.17 0.74 0.06 0.59 1.16 0.23 0.06 0.76 1.16 0.68 0.24 0.13 0.33 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.24 0.22 0.17 0.12 0.17 0.06 0.41 0.01 0.27 0.80 0.03 0.19 0.42 0.77 0.40 0.07 0.03 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.23 0.11 0.07 0.08 0.04 0.03 0.06 0.04 0.17 0.15 0.32 0.22 0.15 0.02 0.19 0.07 0.02 0.41 0.03 0.61 0.72 0.66
C2 0.29 0.17 0.35 0.34 0.12 0.32 0.11 0.28 0.09 0.26 0.16 0.28 0.09 0.19 0.23 0.43 0.40 0.27 0.33 0.08 0.55 0.28 0.45
C2' 0.38 0.02 0.38 0.49 0.21 0.55 0.26 0.60 0.16 0.48 0.04 0.14 0.05 0.41 0.36 0.31 0.52 0.49 0.94 0.18 1.21 1.20 1.21
C3' 0.37 0.14 0.32 0.55 0.20 0.70 0.32 0.91 0.19 0.64 0.02 0.34 0.06 0.56 0.41 0.14 0.54 0.62 1.34 0.25 1.58 1.70 1.67
C4 0.11 0.20 0.12 0.12 0.04 0.13 0.06 0.12 0.04 0.21 0.14 0.28 0.16 0.17 0.11 0.13 0.14 0.11 0.27 0.02 0.43 0.31 0.39
C4' 0.05 0.38 0.20 0.06 0.08 0.17 0.10 0.43 0.03 0.37 0.21 0.57 0.35 0.36 0.08 0.43 0.08 0.18 0.92 0.12 1.16 1.49 1.31
C5 0.07 0.15 0.08 0.06 0.02 0.06 0.06 0.04 0.01 0.19 0.10 0.21 0.12 0.17 0.09 0.10 0.07 0.05 0.10 0.02 0.19 0.05 0.14
C5' 0.13 0.50 0.35 0.10 0.13 0.16 0.14 0.52 0.07 0.47 0.27 0.76 0.48 0.47 0.09 0.68 0.21 0.19 1.04 0.19 1.22 1.70 1.42
C6 0.17 0.09 0.21 0.16 0.09 0.14 0.10 0.09 0.03 0.21 0.08 0.15 0.03 0.17 0.17 0.26 0.19 0.12 0.09 0.04 0.18 0.08 0.10
C8 0.16 0.19 0.17 0.19 0.10 0.20 0.02 0.19 0.03 0.11 0.11 0.25 0.21 0.14 0.06 0.20 0.20 0.19 0.07 0.06 0.11 0.18 0.14
N1 0.27 0.10 0.34 0.30 0.14 0.26 0.12 0.21 0.07 0.24 0.11 0.18 0.06 0.18 0.23 0.41 0.35 0.22 0.20 0.07 0.36 0.07 0.25
N3 0.22 0.21 0.25 0.26 0.08 0.27 0.09 0.25 0.07 0.25 0.16 0.32 0.14 0.19 0.18 0.29 0.31 0.23 0.38 0.06 0.61 0.43 0.54
N6 0.15 0.09 0.20 0.14 0.14 0.10 0.13 0.06 0.09 0.17 0.09 0.10 0.11 0.16 0.16 0.25 0.16 0.08 0.08 0.08 0.03 0.30 0.10
N7 0.10 0.16 0.10 0.14 0.08 0.16 0.04 0.18 0.03 0.12 0.09 0.20 0.17 0.14 0.05 0.09 0.14 0.16 0.08 0.07 0.05 0.08 0.05
N9 0.06 0.21 0.09 0.08 0.07 0.06 0.02 0.04 0.03 0.17 0.13 0.29 0.20 0.16 0.02 0.13 0.07 0.04 0.27 0.02 0.40 0.43 0.42
O2' 0.33 0.04 0.37 0.44 0.19 0.46 0.21 0.47 0.14 0.37 0.06 0.06 0.09 0.31 0.30 0.34 0.51 0.37 0.83 0.15 1.19 1.17 1.16
O3' 0.53 0.03 0.54 0.83 0.32 0.97 0.43 1.24 0.29 0.76 0.08 0.24 0.07 0.67 0.54 0.33 0.86 0.80 1.67 0.34 2.11 2.15 2.15
O4' 0.33 0.49 0.46 0.34 0.28 0.23 0.11 0.06 0.15 0.09 0.34 0.63 0.50 0.11 0.17 0.64 0.39 0.18 0.42 0.07 0.62 0.88 0.74
O5' 0.35 0.53 0.67 0.47 0.22 0.24 0.11 0.17 0.07 0.34 0.28 0.77 0.55 0.41 0.10 1.04 0.66 0.11 0.67 0.21 0.80 1.35 1.03
OP1 0.52 0.53 0.99 0.84 0.24 0.55 0.14 0.18 0.14 0.31 0.20 0.79 0.59 0.47 0.16 1.45 1.18 0.27 0.35 0.37 0.34 1.00 0.63
OP2 0.21 0.07 0.19 0.06 0.38 0.30 0.75 0.66 0.67 1.05 0.28 0.39 0.07 1.14 0.55 0.65 0.25 0.50 1.10 0.87 1.07 1.56 1.31
P 0.30 0.45 0.72 0.52 0.10 0.24 0.26 0.14 0.21 0.49 0.14 0.72 0.48 0.60 0.03 1.15 0.79 0.02 0.61 0.42 0.64 1.19 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.14 0.02
C2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.13 0.01 0.18 0.00 0.08 0.47 0.21
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.08 0.14 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.04 0.04 0.23 0.06
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.14 0.07 0.14 0.10 0.12 0.05 0.02 0.01 0.01 0.21 0.05 0.04 0.26 0.13
C4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.20 0.00 0.13 0.46 0.24
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.08 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.15 0.02 0.09
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.27 0.00 0.28 0.62 0.38
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.10 0.04 0.06 0.04 0.10 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.28 0.00 0.30 0.68 0.41
C8 0.00 0.00 0.07 0.14 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.15 0.01 0.28 0.00 0.29 0.53 0.37
N1 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.08 0.01 0.23 0.00 0.20 0.60 0.32
N2 0.01 0.00 0.14 0.14 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.20 0.01 0.15 0.00 0.02 0.43 0.16
N3 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.12 0.01 0.15 0.00 0.03 0.39 0.15
N7 0.00 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.31 0.00 0.38 0.69 0.47
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.18 0.00 0.11 0.37 0.20
O2' 0.00 0.13 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.10 0.16 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.06 0.17 0.08 0.07
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.15 0.08 0.20 0.12 0.14 0.05 0.02 0.00 0.01 0.20 0.04 0.04 0.23 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.15 0.04 0.11
O5' 0.07 0.18 0.14 0.21 0.20 0.01 0.27 0.00 0.28 0.28 0.23 0.15 0.15 0.31 0.18 0.08 0.20 0.05 0.00 0.31 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.31 0.00 0.39 0.77 0.49
OP1 0.08 0.08 0.04 0.04 0.13 0.15 0.28 0.04 0.30 0.29 0.20 0.02 0.03 0.38 0.11 0.17 0.04 0.15 0.01 0.39 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.47 0.23 0.26 0.46 0.02 0.62 0.02 0.68 0.53 0.60 0.43 0.39 0.69 0.37 0.08 0.23 0.04 0.00 0.77 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.21 0.06 0.13 0.24 0.09 0.38 0.01 0.41 0.37 0.32 0.16 0.15 0.47 0.20 0.07 0.11 0.11 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00