ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52041

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C8 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.009, 0.043, 0.077, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.043 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.009, 0.044, 0.079, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.044 std_dev=0.035
C3' A 0, 0.016, 0.056, 0.096, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.056 std_dev=0.040
C4' A 0, -0.011, 0.042, 0.095, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.042 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.010, 0.070, 0.130, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.070 std_dev=0.060
O3' A 0, 0.007, 0.072, 0.137, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.072 std_dev=0.065
C5' A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.086 std_dev=0.086
N7 B 0, 0.038, 0.155, 0.273, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.155 std_dev=0.117
C8 B 0, 0.029, 0.148, 0.267, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.148 std_dev=0.119
O5' A 0, 0.010, 0.134, 0.258, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.134 std_dev=0.124
C5 B 0, 0.042, 0.178, 0.313, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.178 std_dev=0.135
C4 B 0, 0.036, 0.183, 0.330, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.183 std_dev=0.147
N9 B 0, 0.025, 0.173, 0.321, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.173 std_dev=0.148
O5' B 0, 0.052, 0.206, 0.361, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.206 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.049, 0.205, 0.362, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.205 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.051, 0.219, 0.387, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.219 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.039, 0.208, 0.377, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.208 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.046, 0.216, 0.386, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.216 std_dev=0.170
O4' B 0, 0.026, 0.200, 0.374, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.200 std_dev=0.174
O6 B 0, 0.053, 0.230, 0.407, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.230 std_dev=0.177
N2 B 0, 0.049, 0.234, 0.420, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.234 std_dev=0.186
C1' B 0, 0.012, 0.203, 0.393, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.203 std_dev=0.191
P B 0, 0.078, 0.270, 0.461, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.270 std_dev=0.191
C5' B 0, 0.050, 0.241, 0.433, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.241 std_dev=0.192
P A 0, 0.032, 0.226, 0.419, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.226 std_dev=0.193
OP2 A 0, 0.035, 0.233, 0.432, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.233 std_dev=0.199
OP1 B 0, 0.074, 0.278, 0.482, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.278 std_dev=0.204
C4' B 0, 0.028, 0.244, 0.460, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.244 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.002, 0.232, 0.461, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.232 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.084, 0.323, 0.562, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.323 std_dev=0.239
OP1 A 0, 0.044, 0.297, 0.551, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.297 std_dev=0.253
C3' B 0, 0.014, 0.268, 0.523, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.268 std_dev=0.254
O2' B 0, -0.017, 0.266, 0.549, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.266 std_dev=0.283
O3' B 0, -0.009, 0.300, 0.609, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.300 std_dev=0.309

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.12 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.11 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.09 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.12 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.13 0.08
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.13 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.12 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.13 0.10
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.11 0.09
N6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.14 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06 0.13 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.11 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.12 0.07
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02
O5' 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.10 0.06 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.06 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.12 0.11 0.09 0.12 0.04 0.13 0.01 0.13 0.12 0.13 0.11 0.14 0.13 0.11 0.12 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.07 0.06 0.08 0.02 0.08 0.00 0.09 0.06 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.07 0.09 0.03 0.11 0.00 0.11 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.08 0.11 0.09
C2 0.12 0.08 0.13 0.14 0.08 0.14 0.05 0.12 0.05 0.06 0.05 0.09 0.10 0.05 0.09 0.13 0.13 0.13 0.09 0.06 0.07 0.08 0.09
C2' 0.08 0.03 0.08 0.11 0.03 0.13 0.01 0.14 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.07 0.10 0.11 0.10 0.06 0.10 0.15 0.12
C3' 0.08 0.02 0.08 0.12 0.02 0.14 0.02 0.15 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.11 0.11 0.11 0.08 0.11 0.17 0.13
C4 0.09 0.05 0.09 0.10 0.06 0.11 0.04 0.11 0.04 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.07 0.08 0.08 0.11 0.07 0.05 0.06 0.07 0.08
C4' 0.08 0.02 0.09 0.12 0.02 0.13 0.02 0.13 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.08 0.10 0.11 0.10 0.06 0.10 0.14 0.12
C5 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.08 0.03 0.08 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05
C5' 0.10 0.03 0.11 0.14 0.03 0.15 0.00 0.14 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.11 0.13 0.13 0.10 0.04 0.09 0.12 0.11
C6 0.07 0.05 0.07 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.05 0.04 0.04 0.07 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.03 0.03 0.05
C8 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05
N1 0.09 0.07 0.10 0.10 0.07 0.10 0.05 0.09 0.05 0.05 0.05 0.09 0.08 0.05 0.07 0.10 0.10 0.10 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07
N3 0.13 0.07 0.13 0.14 0.08 0.15 0.05 0.13 0.04 0.06 0.04 0.08 0.10 0.05 0.09 0.13 0.13 0.14 0.10 0.05 0.09 0.10 0.10
N6 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03
N7 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04
N9 0.07 0.04 0.07 0.08 0.04 0.10 0.01 0.10 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07
O2' 0.08 0.04 0.08 0.11 0.04 0.13 0.01 0.14 0.03 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01 0.05 0.06 0.09 0.11 0.10 0.06 0.11 0.17 0.13
O3' 0.06 0.02 0.06 0.10 0.00 0.12 0.04 0.14 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.19 0.14
O4' 0.08 0.02 0.08 0.09 0.03 0.10 0.00 0.10 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.07 0.10 0.08 0.05 0.08 0.10 0.09
O5' 0.06 0.02 0.07 0.11 0.00 0.12 0.03 0.12 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.12 0.08 0.06 0.06 0.06 0.10 0.09
OP1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.04 0.07 0.06 0.03 0.03
OP2 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.03 0.07 0.03 0.01 0.06 0.11 0.09 0.01 0.05 0.08 0.10 0.08 0.04 0.01 0.02 0.10 0.06
P 0.04 0.04 0.04 0.07 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05 0.00 0.05 0.09 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.11 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.15 0.07
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.11 0.05
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.09 0.04
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.08 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.19 0.09
O3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.11 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03
O5' 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03
OP1 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.08 0.15 0.11 0.08 0.05 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.09 0.09 0.04 0.08 0.19 0.11 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.09 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00