ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52042

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.001, 0.029, 0.058, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.012, 0.042, 0.071, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.002, 0.032, 0.062, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.030
N3 A 0, -0.002, 0.034, 0.069, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.034 std_dev=0.035
N1 A 0, -0.003, 0.033, 0.069, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.033 std_dev=0.036
C2 A 0, -0.003, 0.036, 0.074, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.036 std_dev=0.039
N9 A 0, -0.005, 0.034, 0.072, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.034 std_dev=0.039
C1' A 0, -0.005, 0.041, 0.087, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.041 std_dev=0.046
N7 A 0, -0.003, 0.047, 0.096, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.047 std_dev=0.049
C8 A 0, -0.008, 0.047, 0.102, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.047 std_dev=0.055
N1 B 0, 0.139, 0.489, 0.838, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.489 std_dev=0.349
C2 B 0, 0.163, 0.557, 0.951, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.557 std_dev=0.394
N2 B 0, 0.186, 0.649, 1.112, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.649 std_dev=0.463
N3 B 0, 0.196, 0.673, 1.150, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.673 std_dev=0.477
C6 B 0, 0.160, 0.639, 1.117, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.639 std_dev=0.479
C4 B 0, 0.191, 0.710, 1.230, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.710 std_dev=0.520
C5 B 0, 0.183, 0.733, 1.284, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.733 std_dev=0.550
O6 B 0, 0.187, 0.760, 1.333, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.760 std_dev=0.573
N9 B 0, 0.223, 0.862, 1.501, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.862 std_dev=0.639
N7 B 0, 0.229, 0.932, 1.635, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.932 std_dev=0.703
C1' B 0, 0.270, 0.983, 1.695, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.983 std_dev=0.712
C8 B 0, 0.238, 0.967, 1.695, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.967 std_dev=0.728
O4' B 0, 0.285, 1.083, 1.882, 1.901 max_d=1.901 avg_d=1.083 std_dev=0.798
C3' B 0, 0.421, 1.499, 2.576, 2.487 max_d=2.487 avg_d=1.499 std_dev=1.078
C4' B 0, 0.414, 1.522, 2.630, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.522 std_dev=1.108
O3' B 0, 0.422, 1.531, 2.641, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.531 std_dev=1.110
O4' A 0, 0.476, 1.647, 2.817, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.647 std_dev=1.171
C2' A 0, 0.522, 1.784, 3.047, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.784 std_dev=1.263
C2' B 0, 0.561, 1.929, 3.298, 3.030 max_d=3.030 avg_d=1.929 std_dev=1.369
C3' A 0, 0.634, 2.228, 3.821, 3.637 max_d=3.637 avg_d=2.228 std_dev=1.594
O3' A 0, 0.619, 2.213, 3.807, 3.690 max_d=3.690 avg_d=2.213 std_dev=1.594
C4' A 0, 0.627, 2.230, 3.834, 3.703 max_d=3.703 avg_d=2.230 std_dev=1.604
C5' B 0, 0.673, 2.350, 4.028, 3.804 max_d=3.804 avg_d=2.350 std_dev=1.677
O2' A 0, 0.765, 2.614, 4.464, 4.000 max_d=4.000 avg_d=2.614 std_dev=1.850
O2' B 0, 0.829, 2.829, 4.830, 4.272 max_d=4.272 avg_d=2.829 std_dev=2.001
O5' B 0, 0.915, 3.187, 5.459, 5.133 max_d=5.133 avg_d=3.187 std_dev=2.272
C5' A 0, 1.113, 3.898, 6.682, 6.329 max_d=6.329 avg_d=3.898 std_dev=2.784
O5' A 0, 1.192, 4.072, 6.951, 6.163 max_d=6.163 avg_d=4.072 std_dev=2.879
P B 0, 1.224, 4.215, 7.206, 6.630 max_d=6.630 avg_d=4.215 std_dev=2.991
OP2 B 0, 1.284, 4.436, 7.589, 7.039 max_d=7.039 avg_d=4.436 std_dev=3.153
OP1 B 0, 1.346, 4.620, 7.895, 7.206 max_d=7.206 avg_d=4.620 std_dev=3.275
OP2 A 0, 1.584, 5.411, 9.238, 8.210 max_d=8.210 avg_d=5.411 std_dev=3.827
P A 0, 1.685, 5.752, 9.820, 8.672 max_d=8.672 avg_d=5.752 std_dev=4.067
OP1 A 0, 1.971, 6.732, 11.493, 10.206 max_d=10.206 avg_d=6.732 std_dev=4.761

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02 0.08 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.21 0.07 0.31 0.20
C2 0.08 0.00 0.09 0.57 0.01 0.59 0.01 0.92 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.41 0.41 0.36 0.58 1.21 0.28 0.67
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.11 0.02 0.09 0.05 0.10 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.45 0.30 0.65 0.46
C3' 0.01 0.57 0.00 0.00 0.33 0.00 0.25 0.01 0.35 0.10 0.49 0.55 0.30 0.10 0.11 0.03 0.00 0.01 0.40 0.21 0.50 0.37
C4 0.04 0.01 0.03 0.33 0.00 0.29 0.01 0.40 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.28 0.18 0.18 0.22 0.49 0.26 0.14
C4' 0.01 0.59 0.01 0.00 0.29 0.00 0.18 0.00 0.31 0.22 0.49 0.56 0.25 0.13 0.05 0.18 0.02 0.00 0.01 0.21 0.20 0.01
C5 0.03 0.01 0.02 0.25 0.01 0.18 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.15 0.10 0.22 0.30 0.52 0.22
C5' 0.05 0.92 0.11 0.01 0.40 0.00 0.29 0.00 0.48 0.43 0.75 0.82 0.41 0.33 0.13 0.07 0.12 0.00 0.01 0.34 0.39 0.01
C6 0.05 0.01 0.02 0.35 0.02 0.31 0.01 0.48 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.25 0.18 0.15 0.60 0.35 0.06
C8 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.22 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.16 0.18 0.67 0.40 0.92 0.77
N1 0.08 0.01 0.05 0.49 0.03 0.49 0.01 0.75 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.39 0.36 0.29 0.38 1.03 0.06 0.42
N3 0.08 0.01 0.10 0.55 0.00 0.56 0.01 0.82 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.37 0.35 0.35 0.53 1.00 0.25 0.57
N6 0.03 0.02 0.02 0.30 0.02 0.25 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.31 0.23 0.13 0.15 0.47 0.52 0.15
N7 0.01 0.02 0.08 0.10 0.01 0.13 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.11 0.09 0.56 0.23 0.91 0.68
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.13 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.02 0.31 0.03 0.49 0.31
O2' 0.01 0.41 0.00 0.03 0.28 0.18 0.25 0.07 0.33 0.06 0.39 0.37 0.31 0.14 0.13 0.00 0.04 0.12 0.23 0.21 0.49 0.28
O3' 0.15 0.41 0.01 0.00 0.18 0.02 0.15 0.12 0.25 0.16 0.36 0.35 0.23 0.11 0.07 0.04 0.00 0.13 0.33 0.19 0.45 0.37
O4' 0.00 0.36 0.01 0.01 0.18 0.00 0.10 0.00 0.18 0.18 0.29 0.35 0.13 0.09 0.02 0.12 0.13 0.00 0.04 0.22 0.09 0.05
O5' 0.21 0.58 0.45 0.40 0.22 0.01 0.22 0.01 0.15 0.67 0.38 0.53 0.15 0.56 0.31 0.23 0.33 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 1.21 0.30 0.21 0.49 0.21 0.30 0.34 0.60 0.40 1.03 1.00 0.47 0.23 0.03 0.21 0.19 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.28 0.65 0.50 0.26 0.20 0.52 0.39 0.35 0.92 0.06 0.25 0.52 0.91 0.49 0.49 0.45 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.67 0.46 0.37 0.14 0.01 0.22 0.01 0.06 0.77 0.42 0.57 0.15 0.68 0.31 0.28 0.37 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.42 0.12 0.07 0.28 0.03 0.43 0.02 0.04 0.06 0.21 0.12 0.01 0.07 0.62 0.22 0.32 0.57 0.04 0.65 0.83 0.74
C2 0.22 0.13 0.25 0.24 0.15 0.45 0.12 0.61 0.09 0.14 0.11 0.15 0.14 0.12 0.17 0.31 0.39 0.45 0.64 0.06 0.75 0.93 0.78
C2' 0.23 0.27 0.19 0.29 0.22 0.52 0.22 0.61 0.24 0.19 0.27 0.29 0.25 0.20 0.21 0.25 0.57 0.54 0.68 0.24 0.72 0.86 0.78
C3' 0.20 0.26 0.48 0.21 0.28 0.14 0.36 0.21 0.40 0.32 0.36 0.19 0.22 0.37 0.27 0.53 0.23 0.16 0.25 0.45 0.30 0.38 0.34
C4 0.16 0.20 0.36 0.18 0.13 0.37 0.09 0.52 0.10 0.07 0.15 0.27 0.18 0.06 0.11 0.54 0.34 0.37 0.65 0.08 0.72 0.90 0.79
C4' 0.39 0.61 0.71 0.37 0.54 0.06 0.62 0.14 0.70 0.54 0.70 0.60 0.51 0.61 0.49 0.82 0.08 0.12 0.21 0.74 0.25 0.32 0.33
C5 0.19 0.23 0.38 0.20 0.17 0.39 0.14 0.53 0.13 0.12 0.17 0.27 0.23 0.11 0.15 0.62 0.39 0.34 0.72 0.11 0.77 0.94 0.84
C5' 0.55 0.92 0.84 0.49 0.85 0.20 1.04 0.20 1.19 0.88 1.16 0.83 0.75 1.02 0.75 0.89 0.13 0.27 0.21 1.31 0.17 0.20 0.24
C6 0.20 0.20 0.30 0.26 0.17 0.47 0.14 0.61 0.14 0.11 0.17 0.21 0.20 0.12 0.14 0.50 0.45 0.39 0.77 0.13 0.82 0.98 0.88
C8 0.22 0.23 0.50 0.17 0.19 0.29 0.14 0.43 0.13 0.14 0.17 0.30 0.24 0.12 0.18 0.79 0.30 0.26 0.66 0.10 0.71 0.88 0.80
N1 0.23 0.14 0.25 0.28 0.13 0.50 0.09 0.65 0.10 0.09 0.13 0.15 0.14 0.06 0.15 0.34 0.45 0.46 0.72 0.10 0.80 0.98 0.84
N3 0.18 0.16 0.29 0.20 0.13 0.40 0.12 0.55 0.12 0.11 0.14 0.20 0.14 0.11 0.13 0.39 0.34 0.41 0.61 0.10 0.71 0.89 0.77
N6 0.21 0.20 0.27 0.30 0.20 0.50 0.20 0.64 0.19 0.18 0.18 0.19 0.21 0.20 0.19 0.54 0.51 0.34 0.86 0.19 0.87 1.00 0.93
N7 0.24 0.25 0.47 0.18 0.21 0.32 0.17 0.46 0.15 0.17 0.18 0.29 0.26 0.15 0.20 0.79 0.36 0.26 0.71 0.12 0.75 0.91 0.84
N9 0.15 0.20 0.43 0.16 0.13 0.31 0.09 0.46 0.09 0.08 0.14 0.28 0.18 0.06 0.12 0.65 0.28 0.32 0.63 0.08 0.69 0.87 0.78
O2' 0.64 0.81 0.38 0.62 0.75 0.87 0.79 0.98 0.84 0.73 0.86 0.79 0.74 0.77 0.71 0.25 0.88 0.94 1.03 0.84 1.08 1.27 1.15
O3' 0.08 0.09 0.35 0.14 0.12 0.24 0.18 0.32 0.21 0.17 0.17 0.06 0.06 0.20 0.12 0.39 0.29 0.27 0.34 0.26 0.40 0.49 0.44
O4' 0.42 0.64 0.77 0.40 0.52 0.02 0.52 0.16 0.56 0.46 0.62 0.73 0.56 0.48 0.46 0.96 0.16 0.08 0.31 0.54 0.38 0.51 0.47
O5' 0.36 0.79 0.69 0.36 0.70 0.16 0.92 0.21 1.12 0.72 1.09 0.68 0.57 0.90 0.58 0.69 0.14 0.18 0.25 1.27 0.29 0.30 0.30
OP1 1.02 1.45 1.33 1.01 1.50 0.63 1.88 0.70 2.14 1.64 1.96 1.11 1.23 1.91 1.38 1.21 0.56 0.63 0.77 2.41 0.83 1.03 0.81
OP2 0.07 0.50 0.33 0.03 0.42 0.42 0.75 0.37 1.02 0.48 0.92 0.33 0.23 0.74 0.26 0.27 0.40 0.46 0.31 1.28 0.27 0.16 0.29
P 0.36 0.90 0.70 0.35 0.84 0.07 1.17 0.08 1.45 0.91 1.34 0.70 0.64 1.17 0.69 0.64 0.07 0.07 0.10 1.71 0.18 0.30 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.19 0.00 0.16 0.01 0.09 0.15 0.11
C2 0.05 0.00 0.32 0.21 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.09 0.20 0.11 0.02 0.16 0.25 0.15
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.00 0.12 0.15 0.18 0.12 0.27 0.38 0.30 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.16 0.08 0.15 0.02
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.19 0.00 0.24 0.01 0.27 0.19 0.25 0.21 0.18 0.24 0.14 0.01 0.00 0.00 0.19 0.30 0.11 0.10 0.15
C4 0.01 0.01 0.17 0.19 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.12 0.19 0.01 0.15 0.18 0.15
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.13 0.04 0.12 0.08 0.11 0.04 0.17 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.14 0.02
C5 0.01 0.01 0.12 0.24 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.07 0.28 0.01 0.20 0.18 0.21
C5' 0.06 0.15 0.15 0.01 0.09 0.01 0.04 0.00 0.07 0.06 0.12 0.18 0.15 0.04 0.05 0.05 0.12 0.01 0.01 0.04 0.04 0.19 0.01
C6 0.01 0.02 0.18 0.27 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.10 0.23 0.00 0.18 0.16 0.17
C8 0.03 0.01 0.12 0.19 0.00 0.13 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.08 0.11 0.48 0.01 0.28 0.28 0.38
N1 0.04 0.01 0.27 0.25 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.06 0.17 0.14 0.01 0.15 0.19 0.13
N2 0.06 0.00 0.38 0.21 0.01 0.12 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.14 0.24 0.14 0.02 0.19 0.30 0.21
N3 0.04 0.01 0.30 0.18 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.12 0.20 0.12 0.01 0.16 0.25 0.15
N7 0.02 0.01 0.07 0.24 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.14 0.05 0.44 0.01 0.28 0.28 0.37
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.03 0.01 0.28 0.01 0.17 0.17 0.21
O2' 0.02 0.24 0.00 0.01 0.04 0.17 0.09 0.05 0.05 0.27 0.14 0.35 0.23 0.23 0.10 0.00 0.03 0.13 0.17 0.08 0.05 0.12 0.08
O3' 0.19 0.09 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.12 0.10 0.08 0.06 0.14 0.12 0.14 0.03 0.03 0.00 0.15 0.21 0.15 0.30 0.21 0.24
O4' 0.00 0.20 0.01 0.00 0.12 0.00 0.07 0.01 0.10 0.11 0.17 0.24 0.20 0.05 0.01 0.13 0.15 0.00 0.13 0.08 0.09 0.18 0.09
O5' 0.16 0.11 0.07 0.19 0.19 0.02 0.28 0.01 0.23 0.48 0.14 0.14 0.12 0.44 0.28 0.17 0.21 0.13 0.00 0.28 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.16 0.30 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.08 0.28 0.00 0.21 0.18 0.22
OP1 0.09 0.16 0.08 0.11 0.15 0.03 0.20 0.04 0.18 0.28 0.15 0.19 0.16 0.28 0.17 0.05 0.30 0.09 0.02 0.21 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.25 0.15 0.10 0.18 0.14 0.18 0.19 0.16 0.28 0.19 0.30 0.25 0.28 0.17 0.12 0.21 0.18 0.02 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.02 0.15 0.15 0.02 0.21 0.01 0.17 0.38 0.13 0.21 0.15 0.37 0.21 0.08 0.24 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00