ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52047

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 9, 27, 34, 59, 42, 27, 23, 20, 10, 19, 11, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.022, 0.051, 0.079, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.051 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.021, 0.091, 0.162, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.091 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.034, 0.156, 0.278, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.156 std_dev=0.122
O4' A 0, -0.001, 0.123, 0.246, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.123 std_dev=0.123
N3 B 0, 0.277, 0.476, 0.675, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.476 std_dev=0.199
C4' A 0, 0.178, 0.378, 0.578, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.378 std_dev=0.200
C2 B 0, 0.290, 0.495, 0.700, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.495 std_dev=0.205
N2 B 0, 0.366, 0.576, 0.785, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.576 std_dev=0.209
O2' A 0, 0.117, 0.334, 0.552, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.334 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.380, 0.615, 0.850, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.615 std_dev=0.235
C3' A 0, 0.102, 0.342, 0.583, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.342 std_dev=0.241
N9 B 0, 0.414, 0.688, 0.962, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.688 std_dev=0.274
O3' B 0, 0.882, 1.159, 1.435, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.159 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.318, 0.610, 0.902, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.610 std_dev=0.292
C5' A 0, 0.489, 0.796, 1.103, 2.792 max_d=2.792 avg_d=0.796 std_dev=0.307
N1 B 0, 0.293, 0.642, 0.991, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.642 std_dev=0.349
C3' B 0, 0.587, 0.967, 1.348, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.967 std_dev=0.380
O3' A 0, 0.200, 0.595, 0.990, 3.235 max_d=3.235 avg_d=0.595 std_dev=0.395
C8 B 0, 0.478, 0.947, 1.416, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.947 std_dev=0.469
C5 B 0, 0.331, 0.820, 1.308, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.820 std_dev=0.489
C2' B 0, 0.777, 1.267, 1.757, 2.592 max_d=2.592 avg_d=1.267 std_dev=0.490
P A 0, 1.164, 1.679, 2.195, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.679 std_dev=0.515
C6 B 0, 0.318, 0.847, 1.376, 2.463 max_d=2.463 avg_d=0.847 std_dev=0.529
O5' A 0, 1.163, 1.694, 2.224, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.694 std_dev=0.531
N7 B 0, 0.434, 1.046, 1.658, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.046 std_dev=0.612
O4' B 0, 0.122, 0.761, 1.401, 3.024 max_d=3.024 avg_d=0.761 std_dev=0.640
OP2 A 0, 1.688, 2.364, 3.039, 3.469 max_d=3.469 avg_d=2.364 std_dev=0.676
O6 B 0, 0.388, 1.082, 1.775, 3.285 max_d=3.285 avg_d=1.082 std_dev=0.693
C4' B 0, 0.066, 0.800, 1.535, 2.867 max_d=2.867 avg_d=0.800 std_dev=0.734
OP1 A 0, 1.524, 2.323, 3.123, 3.953 max_d=3.953 avg_d=2.323 std_dev=0.800
O2' B 0, 1.102, 2.008, 2.915, 4.235 max_d=4.235 avg_d=2.008 std_dev=0.907
C5' B 0, 0.248, 1.510, 2.771, 4.896 max_d=4.896 avg_d=1.510 std_dev=1.261
O5' B 0, 0.632, 2.166, 3.700, 6.107 max_d=6.107 avg_d=2.166 std_dev=1.534
OP1 B 0, 0.820, 3.000, 5.180, 8.686 max_d=8.686 avg_d=3.000 std_dev=2.180
P B 0, 0.472, 2.739, 5.007, 8.709 max_d=8.709 avg_d=2.739 std_dev=2.267
OP2 B 0, 0.021, 2.941, 5.861, 10.334 max_d=10.334 avg_d=2.941 std_dev=2.920

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.17 0.20 0.21 0.22
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.02 0.03 0.27 0.27 0.42 0.33
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.07 0.02 0.06 0.12 0.00 0.04 0.06 0.01 0.21 0.28 0.20 0.20
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.15 0.00 0.15 0.04 0.13 0.09 0.14 0.13 0.02 0.01 0.17 0.01 0.24 0.33 0.17 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.01 0.03 0.29 0.33 0.57 0.39
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.09 0.06 0.11 0.02 0.13 0.00 0.02 0.15 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.13 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.15 0.01 0.04 0.26 0.32 0.53 0.38
C5' 0.06 0.18 0.07 0.04 0.28 0.01 0.29 0.00 0.25 0.17 0.23 0.14 0.07 0.07 0.30 0.02 0.01 0.23 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.12 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.12 0.01 0.04 0.24 0.27 0.40 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.02 0.23 0.24 0.35 0.30
N3 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.01 0.03 0.29 0.30 0.52 0.38
O2 0.04 0.01 0.12 0.13 0.02 0.06 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.15 0.02 0.04 0.27 0.27 0.39 0.32
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.12 0.11 0.10 0.07 0.08 0.07 0.12 0.14 0.00 0.06 0.13 0.08 0.13 0.22 0.20 0.13
O3' 0.07 0.11 0.04 0.01 0.15 0.02 0.15 0.07 0.12 0.07 0.13 0.15 0.06 0.00 0.17 0.06 0.24 0.40 0.32 0.20
O4 0.02 0.02 0.06 0.17 0.01 0.13 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.17 0.00 0.04 0.29 0.35 0.62 0.41
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04 0.00 0.14 0.21 0.18 0.21
O5' 0.17 0.27 0.21 0.24 0.29 0.02 0.26 0.01 0.24 0.23 0.29 0.27 0.13 0.24 0.29 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.27 0.28 0.33 0.33 0.15 0.32 0.23 0.27 0.24 0.30 0.27 0.22 0.40 0.35 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.42 0.20 0.17 0.57 0.21 0.53 0.28 0.40 0.35 0.52 0.39 0.20 0.32 0.62 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.33 0.20 0.17 0.39 0.04 0.38 0.02 0.33 0.30 0.38 0.32 0.13 0.20 0.41 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.16 0.52 0.32 0.15 0.57 0.15 0.69 0.16 0.21 0.17 0.20 0.13 0.18 0.19 1.01 0.52 0.52 0.87 0.17 1.66 1.31 1.46
C2 0.26 0.15 0.52 0.28 0.14 0.61 0.14 0.70 0.15 0.18 0.16 0.19 0.13 0.15 0.19 0.91 0.59 0.62 0.76 0.16 1.51 1.22 1.38
C2' 0.24 0.18 0.53 0.24 0.17 0.47 0.20 0.54 0.21 0.23 0.20 0.20 0.15 0.22 0.20 0.91 0.39 0.46 0.70 0.23 1.42 1.05 1.21
C3' 0.18 0.24 0.46 0.18 0.18 0.34 0.22 0.39 0.26 0.21 0.26 0.28 0.19 0.23 0.17 0.76 0.28 0.36 0.58 0.29 1.11 0.79 0.89
C4 0.27 0.15 0.47 0.23 0.15 0.57 0.14 0.62 0.15 0.17 0.17 0.19 0.15 0.15 0.19 0.73 0.62 0.64 0.56 0.16 1.14 0.91 1.06
C4' 0.15 0.23 0.42 0.20 0.17 0.38 0.19 0.48 0.22 0.18 0.24 0.27 0.19 0.19 0.15 0.83 0.25 0.35 0.74 0.23 1.31 1.00 1.08
C5 0.26 0.15 0.49 0.24 0.14 0.56 0.14 0.59 0.15 0.17 0.16 0.20 0.13 0.15 0.18 0.78 0.63 0.62 0.53 0.16 1.09 0.81 0.99
C5' 0.22 0.38 0.38 0.18 0.30 0.33 0.30 0.38 0.34 0.24 0.37 0.43 0.34 0.27 0.24 0.67 0.14 0.34 0.64 0.35 0.96 0.84 0.75
C6 0.25 0.16 0.53 0.28 0.14 0.57 0.15 0.63 0.15 0.19 0.17 0.20 0.13 0.16 0.18 0.94 0.62 0.58 0.65 0.16 1.28 0.96 1.15
N1 0.25 0.15 0.53 0.29 0.14 0.59 0.14 0.68 0.15 0.19 0.16 0.19 0.13 0.16 0.19 0.96 0.59 0.58 0.76 0.16 1.49 1.17 1.34
N3 0.27 0.15 0.50 0.25 0.15 0.60 0.14 0.67 0.15 0.18 0.17 0.19 0.15 0.15 0.19 0.82 0.62 0.65 0.67 0.17 1.35 1.10 1.25
O2 0.26 0.15 0.53 0.29 0.14 0.62 0.14 0.72 0.15 0.18 0.17 0.19 0.14 0.15 0.19 0.93 0.57 0.62 0.83 0.16 1.62 1.34 1.48
O2' 0.23 0.20 0.50 0.25 0.19 0.49 0.20 0.62 0.22 0.22 0.21 0.22 0.17 0.22 0.20 0.94 0.37 0.46 0.84 0.23 1.66 1.29 1.42
O3' 0.19 0.26 0.43 0.18 0.21 0.31 0.26 0.35 0.29 0.24 0.29 0.30 0.21 0.27 0.19 0.66 0.20 0.33 0.60 0.33 1.00 0.76 0.78
O4 0.27 0.17 0.42 0.21 0.18 0.55 0.16 0.59 0.17 0.19 0.18 0.19 0.19 0.17 0.21 0.61 0.61 0.64 0.50 0.18 1.02 0.83 0.96
O4' 0.23 0.17 0.50 0.35 0.16 0.53 0.17 0.67 0.17 0.22 0.17 0.21 0.15 0.19 0.19 1.02 0.50 0.45 0.89 0.17 1.63 1.27 1.40
O5' 0.15 0.31 0.43 0.15 0.27 0.34 0.31 0.42 0.34 0.27 0.34 0.32 0.26 0.31 0.22 0.59 0.02 0.28 0.76 0.36 0.67 0.80 0.61
OP1 0.42 0.31 0.37 0.31 0.28 0.28 0.26 0.31 0.28 0.26 0.30 0.32 0.31 0.24 0.30 0.57 0.03 0.31 0.81 0.28 0.77 1.14 0.75
OP2 0.40 0.62 0.39 0.23 0.56 0.16 0.62 0.31 0.67 0.52 0.66 0.62 0.57 0.60 0.48 0.62 0.03 0.23 0.67 0.70 0.57 0.96 0.48
P 0.25 0.31 0.18 0.02 0.25 0.14 0.27 0.21 0.31 0.21 0.32 0.34 0.29 0.26 0.20 0.35 0.01 0.16 0.62 0.33 0.50 0.81 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.29 0.01 0.32 0.02 0.36 0.49 0.27
C2 0.04 0.00 0.30 0.17 0.01 0.20 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.35 0.32 0.37 0.02 0.39 0.63 0.42
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.16 0.01 0.07 0.17 0.13 0.17 0.23 0.36 0.30 0.10 0.02 0.01 0.04 0.03 0.37 0.10 0.40 0.74 0.36
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.19 0.01 0.24 0.03 0.25 0.24 0.22 0.16 0.15 0.27 0.16 0.02 0.01 0.01 0.38 0.28 0.37 0.63 0.25
C4 0.02 0.01 0.16 0.19 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.22 0.16 0.50 0.01 0.44 0.75 0.48
C4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.24 0.14 0.28 0.19 0.21 0.09 0.24 0.03 0.01 0.02 0.12 0.44 0.29 0.25
C5 0.02 0.01 0.07 0.24 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.07 0.68 0.01 0.67 1.08 0.75
C5' 0.06 0.26 0.17 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.24 0.34 0.23 0.34 0.24 0.34 0.16 0.08 0.16 0.02 0.01 0.28 0.35 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.25 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.18 0.13 0.65 0.01 0.65 1.08 0.73
C8 0.01 0.01 0.17 0.24 0.01 0.24 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.41 0.07 0.19 0.86 0.02 0.85 1.25 0.96
N1 0.03 0.01 0.23 0.22 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.26 0.24 0.50 0.01 0.47 0.84 0.53
N2 0.06 0.01 0.36 0.16 0.02 0.28 0.01 0.34 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.38 0.42 0.39 0.31 0.03 0.46 0.59 0.47
N3 0.04 0.01 0.30 0.15 0.01 0.19 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.27 0.35 0.31 0.33 0.02 0.38 0.55 0.37
N7 0.01 0.01 0.10 0.27 0.01 0.21 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.40 0.09 0.11 0.88 0.02 0.94 1.40 1.05
N9 0.00 0.02 0.02 0.16 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.18 0.16 0.02 0.56 0.02 0.48 0.78 0.53
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.15 0.24 0.25 0.08 0.23 0.41 0.20 0.38 0.27 0.40 0.18 0.00 0.06 0.18 0.42 0.28 0.40 0.91 0.43
O3' 0.29 0.35 0.04 0.01 0.22 0.03 0.14 0.16 0.18 0.07 0.26 0.42 0.35 0.09 0.16 0.06 0.00 0.20 0.35 0.15 0.41 0.49 0.18
O4' 0.01 0.32 0.03 0.01 0.16 0.01 0.07 0.02 0.13 0.19 0.24 0.39 0.31 0.11 0.02 0.18 0.20 0.00 0.34 0.10 0.45 0.39 0.37
O5' 0.32 0.37 0.37 0.38 0.50 0.02 0.68 0.01 0.65 0.86 0.50 0.31 0.33 0.88 0.56 0.42 0.35 0.34 0.00 0.74 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.28 0.01 0.12 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.28 0.15 0.10 0.74 0.00 0.81 1.27 0.88
OP1 0.36 0.39 0.40 0.37 0.44 0.44 0.67 0.35 0.65 0.85 0.47 0.46 0.38 0.94 0.48 0.40 0.41 0.45 0.02 0.81 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.63 0.74 0.63 0.75 0.29 1.08 0.35 1.08 1.25 0.84 0.59 0.55 1.40 0.78 0.91 0.49 0.39 0.03 1.27 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.42 0.36 0.25 0.48 0.25 0.75 0.02 0.73 0.96 0.53 0.47 0.37 1.05 0.53 0.43 0.18 0.37 0.01 0.88 0.01 0.01 0.00