ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52048

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 7, 9, 20, 6, 7, 11, 5, 10, 11, 5, 5, 1, 7,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.022, 0.048, 0.073, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.048 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.018, 0.069, 0.120, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.069 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.210, 0.360, 0.510, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.360 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.218, 0.376, 0.534, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.376 std_dev=0.158
C4' A 0, 0.309, 0.556, 0.802, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.556 std_dev=0.247
N2 B 0, 0.251, 0.524, 0.798, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.524 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.541, 0.818, 1.094, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.818 std_dev=0.277
C2 B 0, 0.408, 0.703, 0.998, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.703 std_dev=0.295
O2' A 0, 0.195, 0.495, 0.796, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.495 std_dev=0.301
C3' A 0, 0.317, 0.629, 0.940, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.629 std_dev=0.312
O3' B 0, 0.590, 0.949, 1.308, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.949 std_dev=0.359
C5' A 0, 0.557, 0.944, 1.330, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.944 std_dev=0.386
C1' B 0, 0.897, 1.294, 1.691, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.294 std_dev=0.397
C4 B 0, 0.828, 1.234, 1.640, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.234 std_dev=0.406
N1 B 0, 0.560, 0.995, 1.431, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.995 std_dev=0.435
O5' A 0, 0.693, 1.146, 1.600, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.146 std_dev=0.454
N9 B 0, 1.010, 1.467, 1.924, 2.793 max_d=2.793 avg_d=1.467 std_dev=0.457
P A 0, 0.775, 1.277, 1.779, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.277 std_dev=0.502
O2' B 0, 1.668, 2.211, 2.754, 3.829 max_d=3.829 avg_d=2.211 std_dev=0.543
C5 B 0, 1.021, 1.590, 2.159, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.590 std_dev=0.569
O3' A 0, 0.297, 0.883, 1.469, 3.006 max_d=3.006 avg_d=0.883 std_dev=0.586
C6 B 0, 0.879, 1.482, 2.086, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.482 std_dev=0.603
O4' B 0, 2.127, 2.737, 3.347, 4.325 max_d=4.325 avg_d=2.737 std_dev=0.610
C2' B 0, 1.102, 1.713, 2.324, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.713 std_dev=0.611
C8 B 0, 1.326, 1.957, 2.588, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.957 std_dev=0.631
C3' B 0, 1.050, 1.742, 2.434, 3.647 max_d=3.647 avg_d=1.742 std_dev=0.692
N7 B 0, 1.344, 2.054, 2.765, 3.553 max_d=3.553 avg_d=2.054 std_dev=0.710
O6 B 0, 1.042, 1.806, 2.571, 3.333 max_d=3.333 avg_d=1.806 std_dev=0.765
C4' B 0, 2.153, 2.966, 3.779, 4.874 max_d=4.874 avg_d=2.966 std_dev=0.813
OP1 A 0, 1.129, 2.009, 2.889, 3.715 max_d=3.715 avg_d=2.009 std_dev=0.880
OP2 A 0, 1.123, 2.035, 2.947, 3.535 max_d=3.535 avg_d=2.035 std_dev=0.912
C5' B 0, 3.398, 4.588, 5.777, 7.004 max_d=7.004 avg_d=4.588 std_dev=1.189
O5' B 0, 4.915, 6.448, 7.981, 9.332 max_d=9.332 avg_d=6.448 std_dev=1.533
P B 0, 6.478, 8.673, 10.869, 11.972 max_d=11.972 avg_d=8.673 std_dev=2.196
OP1 B 0, 7.003, 9.415, 11.827, 13.705 max_d=13.705 avg_d=9.415 std_dev=2.412
OP2 B 0, 7.076, 9.885, 12.693, 13.187 max_d=13.187 avg_d=9.885 std_dev=2.808

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.17 0.02 0.01 0.17 0.21 0.36 0.23
C2 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.02 0.05 0.26 0.24 0.65 0.34
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.12 0.11 0.03 0.08 0.18 0.00 0.02 0.07 0.01 0.30 0.29 0.41 0.32
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.22 0.01 0.21 0.02 0.18 0.13 0.20 0.16 0.02 0.01 0.24 0.01 0.18 0.22 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.14 0.00 0.03 0.32 0.32 0.88 0.43
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.08 0.06 0.18 0.02 0.12 0.00 0.02 0.14 0.19 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.17 0.01 0.05 0.31 0.31 0.82 0.41
C5' 0.06 0.13 0.12 0.02 0.21 0.01 0.22 0.00 0.19 0.13 0.17 0.11 0.07 0.13 0.22 0.02 0.01 0.21 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.13 0.01 0.06 0.26 0.26 0.64 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.07 0.02 0.01 0.23 0.23 0.55 0.30
N3 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.11 0.02 0.04 0.30 0.28 0.80 0.40
O2 0.04 0.01 0.18 0.16 0.02 0.06 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.20 0.03 0.08 0.25 0.23 0.59 0.32
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.21 0.18 0.20 0.07 0.17 0.12 0.18 0.13 0.00 0.04 0.22 0.13 0.21 0.21 0.42 0.26
O3' 0.17 0.11 0.02 0.01 0.14 0.02 0.17 0.13 0.13 0.07 0.11 0.20 0.04 0.00 0.18 0.12 0.23 0.30 0.36 0.23
O4 0.02 0.02 0.07 0.24 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.02 0.02 0.03 0.22 0.18 0.00 0.04 0.34 0.35 0.96 0.47
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.08 0.13 0.12 0.04 0.00 0.14 0.28 0.24 0.20
O5' 0.17 0.26 0.30 0.18 0.32 0.02 0.31 0.01 0.26 0.23 0.30 0.25 0.21 0.23 0.34 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.24 0.29 0.22 0.32 0.14 0.31 0.21 0.26 0.23 0.28 0.23 0.21 0.30 0.35 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.65 0.41 0.20 0.88 0.19 0.82 0.28 0.64 0.55 0.80 0.59 0.42 0.36 0.96 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.34 0.32 0.16 0.43 0.06 0.41 0.02 0.34 0.30 0.40 0.32 0.26 0.23 0.47 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.15 0.31 0.48 0.17 0.55 0.19 0.69 0.18 0.23 0.16 0.17 0.15 0.22 0.21 0.33 0.50 0.42 1.01 0.19 2.14 1.46 1.69
C2 0.20 0.15 0.21 0.38 0.17 0.53 0.20 0.64 0.20 0.22 0.18 0.15 0.13 0.22 0.19 0.35 0.47 0.45 0.80 0.22 1.80 1.22 1.45
C2' 0.24 0.18 0.29 0.37 0.20 0.42 0.21 0.53 0.20 0.24 0.19 0.18 0.19 0.23 0.22 0.40 0.39 0.36 0.86 0.21 2.02 1.24 1.50
C3' 0.19 0.21 0.18 0.24 0.19 0.29 0.20 0.36 0.20 0.20 0.21 0.22 0.20 0.20 0.19 0.27 0.22 0.31 0.73 0.21 1.77 0.97 1.24
C4 0.21 0.13 0.22 0.29 0.18 0.44 0.18 0.49 0.18 0.21 0.16 0.13 0.14 0.20 0.20 0.42 0.44 0.42 0.48 0.18 1.19 0.74 0.95
C4' 0.19 0.18 0.30 0.39 0.17 0.35 0.17 0.46 0.17 0.19 0.18 0.20 0.18 0.18 0.18 0.33 0.35 0.28 0.88 0.17 1.92 1.17 1.40
C5 0.20 0.14 0.20 0.29 0.14 0.42 0.15 0.46 0.14 0.19 0.14 0.17 0.12 0.17 0.17 0.37 0.44 0.41 0.46 0.15 1.13 0.64 0.88
C5' 0.26 0.30 0.34 0.35 0.27 0.28 0.26 0.33 0.28 0.25 0.29 0.32 0.29 0.25 0.26 0.42 0.30 0.30 0.67 0.27 1.49 0.82 1.01
C6 0.20 0.15 0.22 0.36 0.16 0.47 0.17 0.52 0.16 0.20 0.15 0.18 0.15 0.19 0.18 0.33 0.48 0.41 0.63 0.17 1.45 0.85 1.14
N1 0.21 0.14 0.24 0.41 0.16 0.52 0.18 0.62 0.18 0.21 0.16 0.16 0.14 0.21 0.19 0.33 0.49 0.43 0.81 0.19 1.80 1.17 1.43
N3 0.20 0.16 0.20 0.32 0.18 0.49 0.21 0.58 0.21 0.22 0.19 0.15 0.15 0.22 0.20 0.39 0.45 0.44 0.64 0.23 1.51 0.99 1.22
O2 0.21 0.16 0.22 0.40 0.18 0.56 0.22 0.70 0.23 0.23 0.20 0.16 0.14 0.24 0.20 0.35 0.48 0.46 0.90 0.25 2.01 1.42 1.62
O2' 0.25 0.28 0.32 0.42 0.25 0.49 0.26 0.66 0.27 0.26 0.28 0.30 0.26 0.26 0.25 0.43 0.40 0.38 1.08 0.28 2.37 1.62 1.82
O3' 0.21 0.20 0.22 0.23 0.20 0.27 0.21 0.33 0.21 0.22 0.21 0.21 0.20 0.21 0.21 0.31 0.20 0.30 0.76 0.21 1.82 1.01 1.26
O4 0.24 0.17 0.27 0.27 0.22 0.41 0.21 0.45 0.20 0.23 0.18 0.14 0.20 0.23 0.23 0.48 0.42 0.41 0.40 0.20 0.98 0.67 0.79
O4' 0.26 0.19 0.39 0.55 0.19 0.54 0.20 0.66 0.19 0.25 0.18 0.21 0.19 0.23 0.23 0.37 0.54 0.38 1.04 0.19 2.11 1.42 1.65
O5' 0.12 0.20 0.08 0.08 0.13 0.32 0.12 0.33 0.15 0.12 0.19 0.26 0.18 0.12 0.11 0.26 0.02 0.34 0.56 0.15 0.97 0.54 0.59
OP1 0.14 0.29 0.35 0.14 0.22 0.55 0.23 0.63 0.26 0.19 0.28 0.32 0.26 0.22 0.18 0.75 0.03 0.40 0.75 0.27 0.59 0.90 0.54
OP2 0.59 1.05 0.45 0.16 0.89 0.26 0.90 0.38 1.00 0.67 1.06 1.09 0.97 0.78 0.73 0.75 0.02 0.33 0.51 1.00 0.64 0.68 0.41
P 0.20 0.43 0.26 0.02 0.34 0.27 0.34 0.32 0.38 0.23 0.43 0.48 0.39 0.28 0.26 0.52 0.01 0.16 0.47 0.38 0.62 0.58 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.11 0.01 0.38 0.02 0.33 0.82 0.35
C2 0.04 0.00 0.13 0.10 0.01 0.20 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.26 0.22 0.37 0.02 0.29 0.84 0.42
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.16 0.13 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.46 0.08 0.44 1.00 0.43
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.09 0.06 0.14 0.09 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.36 0.05 0.53 0.57 0.27
C4 0.02 0.01 0.08 0.03 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.17 0.12 0.53 0.01 0.48 1.12 0.64
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.08 0.16 0.14 0.27 0.19 0.14 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.46 0.30 0.24
C5 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.06 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.06 0.72 0.01 0.83 1.49 0.99
C5' 0.06 0.22 0.08 0.03 0.15 0.01 0.21 0.00 0.20 0.32 0.19 0.29 0.20 0.31 0.16 0.07 0.04 0.03 0.01 0.23 0.34 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.03 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.17 0.10 0.69 0.00 0.80 1.43 0.94
C8 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.16 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.07 0.12 0.90 0.02 1.09 1.80 1.25
N1 0.03 0.01 0.11 0.06 0.01 0.14 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.22 0.17 0.52 0.01 0.48 1.11 0.65
N2 0.06 0.01 0.16 0.14 0.02 0.27 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.36 0.31 0.28 0.27 0.02 0.39 0.66 0.37
N3 0.04 0.01 0.13 0.09 0.00 0.19 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.28 0.24 0.22 0.33 0.02 0.28 0.78 0.36
N7 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.14 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.08 0.91 0.02 1.21 1.90 1.35
N9 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.11 0.02 0.61 0.02 0.58 1.23 0.74
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.15 0.02 0.10 0.07 0.15 0.16 0.23 0.36 0.28 0.12 0.05 0.00 0.07 0.02 0.47 0.13 0.49 1.09 0.46
O3' 0.11 0.26 0.04 0.01 0.17 0.03 0.13 0.04 0.17 0.07 0.22 0.31 0.24 0.08 0.11 0.07 0.00 0.09 0.31 0.15 0.79 0.37 0.41
O4' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.12 0.01 0.06 0.03 0.10 0.12 0.17 0.28 0.22 0.08 0.02 0.02 0.09 0.00 0.36 0.08 0.36 0.54 0.33
O5' 0.38 0.37 0.46 0.36 0.53 0.03 0.72 0.01 0.69 0.90 0.52 0.27 0.33 0.91 0.61 0.47 0.31 0.36 0.00 0.78 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.05 0.01 0.08 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.15 0.08 0.78 0.00 1.02 1.62 1.13
OP1 0.33 0.29 0.44 0.53 0.48 0.46 0.83 0.34 0.80 1.09 0.48 0.39 0.28 1.21 0.58 0.49 0.79 0.36 0.03 1.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.82 0.84 1.00 0.57 1.12 0.30 1.49 0.38 1.43 1.80 1.11 0.66 0.78 1.90 1.23 1.09 0.37 0.54 0.02 1.62 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.42 0.43 0.27 0.64 0.24 0.99 0.02 0.94 1.25 0.65 0.37 0.36 1.35 0.74 0.46 0.41 0.33 0.01 1.13 0.01 0.01 0.00