ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52049

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 3, 10, 5, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.032 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.028, 0.078, 0.129, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.078 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.036, 0.114, 0.192, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.114 std_dev=0.078
O4' A 0, 0.014, 0.097, 0.180, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.097 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.043, 0.145, 0.246, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.145 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.033, 0.144, 0.254, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.144 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.043, 0.161, 0.278, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.161 std_dev=0.118
C2 B 0, 0.178, 0.319, 0.460, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.319 std_dev=0.141
N3 B 0, 0.131, 0.278, 0.425, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.278 std_dev=0.147
O3' A 0, 0.095, 0.255, 0.415, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.255 std_dev=0.160
N1 B 0, 0.220, 0.383, 0.546, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.383 std_dev=0.163
N2 B 0, 0.164, 0.328, 0.492, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.328 std_dev=0.164
C6 B 0, 0.231, 0.396, 0.560, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.396 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.055, 0.219, 0.384, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.219 std_dev=0.165
C5 B 0, 0.186, 0.354, 0.523, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.354 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.136, 0.306, 0.476, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.306 std_dev=0.170
P A 0, 0.099, 0.277, 0.455, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.277 std_dev=0.178
O6 B 0, 0.263, 0.447, 0.632, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.447 std_dev=0.185
N7 B 0, 0.181, 0.379, 0.576, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.379 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.027, 0.225, 0.423, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.225 std_dev=0.198
N9 B 0, 0.116, 0.327, 0.538, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.327 std_dev=0.211
C8 B 0, 0.140, 0.364, 0.588, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.364 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.133, 0.361, 0.590, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.361 std_dev=0.228
O4' B 0, 0.150, 0.412, 0.673, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.412 std_dev=0.261
O2' B 0, 0.204, 0.470, 0.736, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.470 std_dev=0.266
OP1 A 0, 0.099, 0.377, 0.655, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.377 std_dev=0.278
C2' B 0, 0.161, 0.439, 0.717, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.439 std_dev=0.278
OP2 B 0, 0.213, 0.520, 0.828, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.520 std_dev=0.308
C4' B 0, 0.168, 0.486, 0.805, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.486 std_dev=0.318
C3' B 0, 0.171, 0.497, 0.823, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.497 std_dev=0.326
OP2 A 0, 0.058, 0.392, 0.725, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.392 std_dev=0.334
O5' B 0, 0.199, 0.534, 0.868, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.534 std_dev=0.334
O3' B 0, 0.159, 0.505, 0.851, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.505 std_dev=0.346
P B 0, 0.208, 0.555, 0.901, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.555 std_dev=0.346
C5' B 0, 0.193, 0.551, 0.910, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.551 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.237, 0.652, 1.068, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.652 std_dev=0.416

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.07 0.14 0.17 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.14 0.09 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.16 0.12 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.08 0.15 0.25 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.08 0.15 0.26 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.08 0.13 0.20 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.12 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.08 0.15 0.21 0.12
O2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.02 0.07 0.14 0.15 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03 0.13 0.10 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.08 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.21 0.19 0.09
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.09 0.17 0.27 0.14
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.09 0.07
O5' 0.05 0.07 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.03 0.04 0.09 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.14 0.14 0.16 0.15 0.08 0.15 0.06 0.13 0.12 0.15 0.14 0.13 0.21 0.17 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.17 0.09 0.12 0.25 0.07 0.26 0.06 0.20 0.15 0.21 0.15 0.10 0.19 0.27 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.05 0.06 0.13 0.02 0.13 0.01 0.11 0.09 0.12 0.09 0.04 0.09 0.14 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.08 0.10 0.09 0.07 0.10 0.07 0.12 0.08 0.12 0.13 0.10 0.09 0.08 0.13 0.15 0.08 0.09 0.13 0.10 0.11 0.09
C2 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.12 0.10 0.09 0.09 0.15 0.14 0.09 0.10 0.13 0.11 0.11 0.09
C2' 0.07 0.11 0.07 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.12 0.09 0.08 0.08 0.11 0.17 0.09 0.10 0.12 0.11 0.13 0.10
C3' 0.09 0.11 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.13 0.10 0.09 0.09 0.11 0.17 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11
C4 0.11 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.16 0.12 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.10
C4' 0.09 0.12 0.09 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.13 0.11 0.09 0.09 0.13 0.17 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.11
C5 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.13 0.09 0.08 0.08 0.14 0.13 0.09 0.09 0.12 0.11 0.11 0.09
C5' 0.11 0.13 0.11 0.14 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.15 0.18 0.13 0.13 0.13 0.15 0.14 0.14
C6 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.12 0.13 0.09 0.08 0.08 0.13 0.15 0.08 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09
N1 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.12 0.13 0.09 0.09 0.08 0.14 0.15 0.08 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09
N3 0.10 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.16 0.12 0.10 0.11 0.13 0.11 0.12 0.10
O2 0.09 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.10 0.09 0.15 0.14 0.09 0.10 0.13 0.11 0.11 0.10
O2' 0.07 0.11 0.07 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.12 0.09 0.08 0.08 0.11 0.16 0.09 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09
O3' 0.10 0.12 0.09 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.18 0.12 0.12 0.13 0.13 0.15 0.12
O4 0.13 0.10 0.14 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.17 0.11 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11
O4' 0.08 0.12 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.12 0.08 0.13 0.14 0.10 0.09 0.08 0.15 0.16 0.09 0.09 0.13 0.11 0.11 0.09
O5' 0.10 0.13 0.09 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.14 0.16 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.11
OP1 0.15 0.15 0.16 0.14 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.16 0.22 0.14 0.16 0.13 0.17 0.18 0.13 0.14
OP2 0.35 0.32 0.33 0.32 0.35 0.33 0.35 0.32 0.33 0.35 0.32 0.29 0.34 0.35 0.36 0.33 0.32 0.36 0.33 0.33 0.32 0.34 0.33
P 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.18 0.15 0.15 0.12 0.15 0.14 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.07 0.01 0.07 0.11 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.09 0.11 0.09
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.12 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.12 0.09
C5' 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.01 0.08 0.12 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.09 0.13 0.09
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.08 0.01 0.08 0.12 0.08
N2 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.08 0.01 0.08 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.07 0.01 0.07 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.09 0.01 0.09 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.12 0.08
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.09 0.06 0.11 0.16 0.11
O3' 0.06 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.09 0.12 0.10 0.03 0.05 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.08 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.07 0.08 0.06
O5' 0.06 0.07 0.07 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.03 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.09 0.00 0.09 0.12 0.09
OP1 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.11 0.11 0.05 0.12 0.03 0.12 0.01 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.13 0.12 0.16 0.05 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.09 0.03 0.08 0.02 0.09 0.01 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.03 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00