ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52051

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 4, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.016, 0.050, 0.083, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.050 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.002, 0.061, 0.119, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.061 std_dev=0.058
N3 B 0, 0.224, 0.459, 0.695, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.459 std_dev=0.235
O4' A 0, 0.048, 0.321, 0.594, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.321 std_dev=0.273
C4 B 0, 0.227, 0.504, 0.782, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.504 std_dev=0.277
C2 B 0, 0.163, 0.463, 0.762, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.463 std_dev=0.300
C5 B 0, 0.248, 0.572, 0.897, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.572 std_dev=0.325
C2' A 0, 0.024, 0.356, 0.687, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.356 std_dev=0.331
C6 B 0, 0.175, 0.558, 0.941, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.558 std_dev=0.383
N1 B 0, 0.107, 0.493, 0.879, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.493 std_dev=0.386
N9 B 0, 0.164, 0.577, 0.989, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.577 std_dev=0.412
N2 B 0, 0.106, 0.527, 0.949, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.527 std_dev=0.421
C4' A 0, 0.036, 0.474, 0.911, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.474 std_dev=0.438
O4' B 0, 0.214, 0.664, 1.113, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.664 std_dev=0.449
N7 B 0, 0.228, 0.693, 1.157, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.693 std_dev=0.465
C1' B 0, 0.125, 0.592, 1.059, 2.142 max_d=2.142 avg_d=0.592 std_dev=0.467
C3' A 0, 0.045, 0.538, 1.031, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.538 std_dev=0.493
O6 B 0, 0.168, 0.667, 1.166, 2.410 max_d=2.410 avg_d=0.667 std_dev=0.499
C8 B 0, 0.159, 0.686, 1.213, 2.616 max_d=2.616 avg_d=0.686 std_dev=0.527
O2' A 0, -0.032, 0.584, 1.199, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.584 std_dev=0.615
C4' B 0, 0.204, 0.837, 1.470, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.837 std_dev=0.633
C5' A 0, 0.148, 0.799, 1.450, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.799 std_dev=0.651
C5' B 0, 0.475, 1.169, 1.862, 3.075 max_d=3.075 avg_d=1.169 std_dev=0.693
C3' B 0, 0.120, 0.849, 1.578, 2.781 max_d=2.781 avg_d=0.849 std_dev=0.729
O3' A 0, 0.024, 0.810, 1.596, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.810 std_dev=0.786
C2' B 0, -0.037, 0.776, 1.589, 3.544 max_d=3.544 avg_d=0.776 std_dev=0.813
P A 0, 0.154, 1.008, 1.862, 3.191 max_d=3.191 avg_d=1.008 std_dev=0.854
O5' A 0, 0.139, 0.995, 1.850, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.995 std_dev=0.855
O3' B 0, 0.072, 1.037, 2.002, 3.847 max_d=3.847 avg_d=1.037 std_dev=0.965
O2' B 0, -0.063, 0.915, 1.894, 4.518 max_d=4.518 avg_d=0.915 std_dev=0.978
O5' B 0, 0.109, 1.101, 2.093, 3.888 max_d=3.888 avg_d=1.101 std_dev=0.992
OP1 A 0, 0.152, 1.157, 2.163, 4.028 max_d=4.028 avg_d=1.157 std_dev=1.005
OP2 A 0, 0.232, 1.241, 2.251, 3.737 max_d=3.737 avg_d=1.241 std_dev=1.009
P B 0, 0.021, 1.333, 2.646, 5.082 max_d=5.082 avg_d=1.333 std_dev=1.313
OP1 B 0, 0.394, 1.858, 3.321, 5.736 max_d=5.736 avg_d=1.858 std_dev=1.464
OP2 B 0, 0.188, 1.931, 3.674, 7.110 max_d=7.110 avg_d=1.931 std_dev=1.743

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.19 0.02 0.01 0.08 0.28 0.50 0.22
C2 0.02 0.00 0.13 0.25 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.13 0.02 0.03 0.24 0.24 0.60 0.39
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.04 0.02 0.13 0.08 0.15 0.02 0.08 0.28 0.01 0.03 0.05 0.01 0.17 0.64 0.70 0.39
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.26 0.01 0.24 0.02 0.20 0.17 0.27 0.29 0.02 0.01 0.28 0.02 0.15 0.60 0.43 0.23
C4 0.02 0.01 0.04 0.26 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.17 0.00 0.04 0.33 0.39 0.76 0.56
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.13 0.00 0.14 0.01 0.12 0.08 0.12 0.12 0.24 0.03 0.14 0.00 0.02 0.26 0.30 0.10
C5 0.02 0.01 0.13 0.24 0.01 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.18 0.01 0.07 0.35 0.41 0.74 0.55
C5' 0.02 0.15 0.08 0.02 0.22 0.01 0.24 0.00 0.21 0.12 0.19 0.16 0.15 0.14 0.24 0.02 0.01 0.11 0.16 0.03
C6 0.02 0.01 0.15 0.20 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.15 0.01 0.07 0.31 0.29 0.64 0.43
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.10 0.01 0.02 0.19 0.20 0.55 0.33
N3 0.02 0.00 0.08 0.27 0.01 0.12 0.01 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.15 0.01 0.03 0.30 0.30 0.69 0.50
O2 0.05 0.01 0.28 0.29 0.02 0.12 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.21 0.02 0.06 0.27 0.28 0.57 0.37
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.29 0.24 0.27 0.15 0.21 0.17 0.27 0.16 0.00 0.05 0.32 0.17 0.12 0.61 0.72 0.32
O3' 0.19 0.13 0.03 0.01 0.17 0.03 0.18 0.14 0.15 0.10 0.15 0.21 0.05 0.00 0.20 0.13 0.30 0.63 0.34 0.21
O4 0.02 0.02 0.05 0.28 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.20 0.00 0.05 0.35 0.44 0.81 0.61
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.06 0.17 0.13 0.05 0.00 0.14 0.22 0.44 0.28
O5' 0.08 0.24 0.17 0.15 0.33 0.02 0.35 0.01 0.31 0.19 0.30 0.27 0.12 0.30 0.35 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.24 0.64 0.60 0.39 0.26 0.41 0.11 0.29 0.20 0.30 0.28 0.61 0.63 0.44 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.60 0.70 0.43 0.76 0.30 0.74 0.16 0.64 0.55 0.69 0.57 0.72 0.34 0.81 0.44 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.39 0.39 0.23 0.56 0.10 0.55 0.03 0.43 0.33 0.50 0.37 0.32 0.21 0.61 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.17 0.53 0.65 0.22 0.45 0.24 0.46 0.22 0.32 0.19 0.20 0.17 0.29 0.29 0.76 1.01 0.29 0.36 0.24 1.09 0.52 0.74
C2 0.40 0.19 0.63 0.61 0.27 0.42 0.27 0.39 0.23 0.36 0.21 0.21 0.22 0.31 0.35 0.95 1.01 0.30 0.31 0.23 0.91 0.61 0.71
C2' 0.35 0.28 0.46 0.43 0.31 0.36 0.32 0.48 0.30 0.36 0.28 0.28 0.29 0.34 0.35 0.75 0.72 0.35 0.28 0.31 0.93 0.37 0.51
C3' 0.24 0.21 0.38 0.51 0.19 0.27 0.18 0.42 0.17 0.23 0.20 0.27 0.20 0.20 0.22 0.54 0.83 0.25 0.38 0.17 0.87 0.35 0.42
C4 0.39 0.19 0.57 0.49 0.29 0.35 0.27 0.30 0.22 0.35 0.20 0.20 0.24 0.31 0.35 0.85 0.91 0.27 0.28 0.22 0.74 0.71 0.63
C4' 0.21 0.15 0.42 0.61 0.13 0.30 0.16 0.44 0.16 0.22 0.16 0.20 0.12 0.20 0.18 0.50 0.95 0.22 0.39 0.18 0.91 0.41 0.44
C5 0.38 0.17 0.51 0.48 0.26 0.36 0.26 0.30 0.22 0.33 0.18 0.20 0.20 0.30 0.33 0.73 0.91 0.29 0.27 0.22 0.72 0.64 0.59
C5' 0.24 0.30 0.37 0.55 0.23 0.27 0.22 0.49 0.25 0.21 0.28 0.34 0.28 0.21 0.22 0.39 0.84 0.30 0.53 0.25 0.77 0.64 0.38
C6 0.36 0.17 0.52 0.56 0.23 0.41 0.24 0.37 0.22 0.32 0.19 0.20 0.17 0.29 0.30 0.73 0.97 0.31 0.28 0.23 0.81 0.53 0.61
N1 0.37 0.18 0.57 0.62 0.24 0.43 0.25 0.40 0.22 0.34 0.20 0.21 0.19 0.30 0.32 0.85 1.01 0.30 0.31 0.23 0.93 0.53 0.68
N3 0.41 0.20 0.63 0.57 0.29 0.39 0.27 0.35 0.23 0.36 0.20 0.21 0.24 0.31 0.36 0.95 0.97 0.28 0.29 0.22 0.81 0.68 0.68
O2 0.40 0.20 0.64 0.63 0.28 0.43 0.27 0.41 0.23 0.37 0.21 0.21 0.22 0.32 0.35 0.98 1.02 0.30 0.33 0.24 0.98 0.61 0.75
O2' 0.35 0.45 0.42 0.45 0.39 0.35 0.39 0.46 0.42 0.36 0.44 0.49 0.41 0.38 0.37 0.75 0.73 0.30 0.31 0.43 1.30 0.59 0.84
O3' 0.27 0.23 0.42 0.57 0.21 0.29 0.20 0.43 0.20 0.26 0.23 0.28 0.21 0.23 0.25 0.54 0.89 0.27 0.40 0.21 0.93 0.42 0.45
O4 0.37 0.19 0.55 0.43 0.30 0.31 0.27 0.27 0.22 0.34 0.19 0.19 0.26 0.31 0.34 0.79 0.84 0.25 0.30 0.21 0.71 0.78 0.62
O4' 0.33 0.14 0.57 0.76 0.18 0.46 0.21 0.46 0.21 0.32 0.18 0.19 0.11 0.28 0.27 0.69 1.14 0.26 0.39 0.24 1.03 0.42 0.62
O5' 0.40 0.45 0.36 0.49 0.38 0.59 0.34 0.76 0.36 0.33 0.41 0.50 0.44 0.31 0.36 0.32 0.73 0.55 0.87 0.34 0.75 0.87 0.60
OP1 0.78 0.71 1.03 1.09 0.78 0.56 0.81 0.58 0.79 0.86 0.74 0.66 0.72 0.86 0.81 0.99 1.07 0.48 0.97 0.80 1.01 1.08 0.86
OP2 0.75 0.98 0.71 0.49 0.89 0.38 0.89 0.36 0.94 0.77 0.98 1.00 0.94 0.82 0.81 0.78 0.51 0.53 0.58 0.94 0.65 0.80 0.40
P 0.67 0.74 0.78 0.80 0.70 0.38 0.68 0.33 0.70 0.63 0.73 0.75 0.73 0.64 0.67 0.76 0.95 0.39 0.64 0.69 0.75 0.72 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.09 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.30 0.00 0.25 0.06 0.56 0.59 0.30
C2 0.06 0.00 0.10 0.13 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.57 0.18 0.35 0.01 0.93 0.91 0.59
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.20 0.06 0.09 0.08 0.13 0.11 0.08 0.03 0.00 0.05 0.04 0.30 0.07 0.42 0.60 0.25
C3' 0.05 0.13 0.01 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.13 0.25 0.10 0.18 0.13 0.24 0.11 0.03 0.01 0.02 0.40 0.16 0.47 0.53 0.23
C4 0.04 0.01 0.05 0.08 0.00 0.08 0.01 0.23 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.38 0.10 0.41 0.03 0.97 0.90 0.61
C4' 0.02 0.15 0.03 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.17 0.13 0.20 0.15 0.17 0.07 0.16 0.05 0.01 0.02 0.14 0.46 0.26 0.20
C5 0.04 0.01 0.05 0.14 0.01 0.11 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.29 0.08 0.55 0.02 1.23 1.07 0.82
C5' 0.09 0.25 0.20 0.02 0.23 0.01 0.30 0.00 0.32 0.33 0.28 0.28 0.22 0.36 0.21 0.13 0.14 0.02 0.01 0.36 0.35 0.30 0.02
C6 0.05 0.01 0.06 0.13 0.02 0.12 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.26 0.35 0.11 0.55 0.01 1.29 1.14 0.86
C8 0.02 0.02 0.09 0.25 0.02 0.17 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.27 0.18 0.10 0.61 0.03 1.14 1.01 0.80
N1 0.06 0.01 0.08 0.10 0.02 0.13 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.48 0.14 0.45 0.01 1.13 1.05 0.73
N2 0.07 0.01 0.13 0.18 0.02 0.20 0.02 0.28 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.30 0.66 0.22 0.32 0.02 0.85 0.87 0.56
N3 0.06 0.01 0.11 0.13 0.01 0.15 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.24 0.55 0.18 0.31 0.02 0.82 0.81 0.51
N7 0.02 0.02 0.08 0.24 0.01 0.17 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.19 0.08 0.66 0.03 1.35 1.13 0.94
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.07 0.02 0.21 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.15 0.24 0.03 0.42 0.04 0.87 0.83 0.56
O2' 0.02 0.26 0.00 0.03 0.19 0.16 0.24 0.13 0.26 0.27 0.25 0.30 0.24 0.29 0.15 0.00 0.08 0.11 0.35 0.29 0.47 0.70 0.30
O3' 0.30 0.57 0.05 0.01 0.38 0.05 0.29 0.14 0.35 0.18 0.48 0.66 0.55 0.19 0.24 0.08 0.00 0.23 0.37 0.32 0.68 0.42 0.28
O4' 0.00 0.18 0.04 0.02 0.10 0.01 0.08 0.02 0.11 0.10 0.14 0.22 0.18 0.08 0.03 0.11 0.23 0.00 0.34 0.11 0.49 0.60 0.38
O5' 0.25 0.35 0.30 0.40 0.41 0.02 0.55 0.01 0.55 0.61 0.45 0.32 0.31 0.66 0.42 0.35 0.37 0.34 0.00 0.63 0.02 0.02 0.01
O6 0.06 0.01 0.07 0.16 0.03 0.14 0.02 0.36 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.29 0.32 0.11 0.63 0.00 1.44 1.24 0.98
OP1 0.56 0.93 0.42 0.47 0.97 0.46 1.23 0.35 1.29 1.14 1.13 0.85 0.82 1.35 0.87 0.47 0.68 0.49 0.02 1.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.59 0.91 0.60 0.53 0.90 0.26 1.07 0.30 1.14 1.01 1.05 0.87 0.81 1.13 0.83 0.70 0.42 0.60 0.02 1.24 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.59 0.25 0.23 0.61 0.20 0.82 0.02 0.86 0.80 0.73 0.56 0.51 0.94 0.56 0.30 0.28 0.38 0.01 0.98 0.01 0.01 0.00