ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52052

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 4, 2, 1, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.022, 0.052, 0.082, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.052 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.028, 0.099, 0.169, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.099 std_dev=0.071
N2 B 0, 0.265, 0.566, 0.867, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.566 std_dev=0.301
O4' B 0, 0.313, 0.614, 0.916, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.614 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.188, 0.508, 0.828, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.508 std_dev=0.320
C1' B 0, 0.230, 0.555, 0.880, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.555 std_dev=0.325
C2 B 0, 0.201, 0.540, 0.878, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.540 std_dev=0.339
C4 B 0, 0.220, 0.580, 0.940, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.580 std_dev=0.360
N9 B 0, 0.248, 0.617, 0.986, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.617 std_dev=0.369
C4' B 0, 0.238, 0.610, 0.982, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.610 std_dev=0.372
O4' A 0, 0.204, 0.600, 0.996, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.600 std_dev=0.396
N1 B 0, 0.213, 0.635, 1.056, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.635 std_dev=0.422
C5 B 0, 0.259, 0.708, 1.157, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.708 std_dev=0.449
O3' B 0, 0.033, 0.486, 0.939, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.486 std_dev=0.453
C2' A 0, 0.244, 0.698, 1.153, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.698 std_dev=0.454
C8 B 0, 0.309, 0.765, 1.221, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.765 std_dev=0.456
C3' B 0, 0.151, 0.629, 1.107, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.629 std_dev=0.478
C6 B 0, 0.252, 0.738, 1.224, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.738 std_dev=0.486
C2' B 0, 0.175, 0.665, 1.154, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.665 std_dev=0.490
C5' B 0, 0.375, 0.871, 1.367, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.871 std_dev=0.496
P A 0, 0.490, 0.988, 1.485, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.988 std_dev=0.498
N7 B 0, 0.317, 0.831, 1.346, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.831 std_dev=0.514
C4' A 0, 0.341, 0.877, 1.412, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.877 std_dev=0.535
C3' A 0, 0.361, 0.936, 1.511, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.936 std_dev=0.575
O6 B 0, 0.285, 0.871, 1.457, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.871 std_dev=0.586
O5' A 0, 0.318, 0.949, 1.581, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.949 std_dev=0.631
O2' B 0, 0.094, 0.741, 1.387, 2.533 max_d=2.533 avg_d=0.741 std_dev=0.647
O2' A 0, 0.455, 1.171, 1.887, 1.978 max_d=1.978 avg_d=1.171 std_dev=0.716
OP2 A 0, 0.730, 1.458, 2.185, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.458 std_dev=0.727
O3' A 0, 0.531, 1.286, 2.041, 2.315 max_d=2.315 avg_d=1.286 std_dev=0.755
C5' A 0, 0.445, 1.213, 1.982, 2.306 max_d=2.306 avg_d=1.213 std_dev=0.769
OP1 A 0, 0.710, 1.520, 2.330, 2.742 max_d=2.742 avg_d=1.520 std_dev=0.810
O5' B 0, 0.492, 1.561, 2.630, 3.572 max_d=3.572 avg_d=1.561 std_dev=1.069
P B 0, 0.871, 2.256, 3.641, 4.009 max_d=4.009 avg_d=2.256 std_dev=1.385
OP1 B 0, 0.685, 2.344, 4.003, 5.203 max_d=5.203 avg_d=2.344 std_dev=1.659
OP2 B 0, 0.989, 3.268, 5.546, 6.386 max_d=6.386 avg_d=3.268 std_dev=2.279

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.24 0.01 0.01 0.24 0.50 0.34 0.23
C2 0.01 0.00 0.17 0.26 0.01 0.10 0.02 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.23 0.01 0.06 0.26 0.31 0.58 0.22
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.04 0.02 0.14 0.22 0.17 0.02 0.11 0.32 0.00 0.06 0.05 0.02 0.40 0.43 0.72 0.44
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.32 0.01 0.31 0.03 0.27 0.20 0.30 0.28 0.03 0.01 0.34 0.02 0.34 0.17 0.59 0.28
C4 0.01 0.01 0.04 0.32 0.00 0.17 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.21 0.00 0.04 0.28 0.20 0.75 0.30
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.17 0.00 0.20 0.01 0.18 0.11 0.13 0.09 0.28 0.05 0.19 0.01 0.02 0.45 0.21 0.15
C5 0.02 0.02 0.14 0.31 0.00 0.20 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.21 0.01 0.08 0.26 0.18 0.64 0.27
C5' 0.12 0.22 0.22 0.03 0.37 0.01 0.42 0.00 0.38 0.25 0.29 0.16 0.08 0.19 0.39 0.03 0.01 0.20 0.16 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.27 0.01 0.18 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.16 0.01 0.09 0.25 0.24 0.49 0.20
N1 0.00 0.01 0.02 0.20 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.14 0.01 0.01 0.24 0.34 0.47 0.19
N3 0.01 0.01 0.11 0.30 0.01 0.13 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.22 0.01 0.04 0.28 0.24 0.71 0.27
O2 0.03 0.01 0.32 0.28 0.02 0.09 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.39 0.33 0.02 0.11 0.25 0.37 0.56 0.22
O2' 0.02 0.31 0.00 0.03 0.36 0.28 0.32 0.08 0.26 0.20 0.36 0.39 0.00 0.08 0.40 0.20 0.35 0.30 0.85 0.43
O3' 0.24 0.23 0.06 0.01 0.21 0.05 0.21 0.19 0.16 0.14 0.22 0.33 0.08 0.00 0.23 0.16 0.48 0.33 0.67 0.38
O4 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.19 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.23 0.00 0.04 0.27 0.21 0.82 0.34
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.09 0.01 0.04 0.11 0.20 0.16 0.04 0.00 0.30 0.67 0.33 0.42
O5' 0.24 0.26 0.40 0.34 0.28 0.02 0.26 0.01 0.25 0.24 0.28 0.25 0.35 0.48 0.27 0.30 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.31 0.43 0.17 0.20 0.45 0.18 0.20 0.24 0.34 0.24 0.37 0.30 0.33 0.21 0.67 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.58 0.72 0.59 0.75 0.21 0.64 0.16 0.49 0.47 0.71 0.56 0.85 0.67 0.82 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.22 0.44 0.28 0.30 0.15 0.27 0.02 0.20 0.19 0.27 0.22 0.43 0.38 0.34 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.14 0.25 0.28 0.21 0.32 0.21 0.32 0.17 0.26 0.14 0.12 0.17 0.24 0.25 0.24 0.28 0.34 0.47 0.17 1.22 1.27 0.99
C2 0.23 0.13 0.20 0.21 0.20 0.29 0.19 0.33 0.15 0.23 0.13 0.10 0.17 0.21 0.23 0.25 0.20 0.34 0.54 0.15 1.08 1.51 1.08
C2' 0.39 0.21 0.40 0.40 0.31 0.43 0.30 0.41 0.26 0.38 0.22 0.18 0.26 0.34 0.37 0.44 0.39 0.48 0.36 0.25 0.98 0.97 0.67
C3' 0.23 0.33 0.27 0.28 0.26 0.29 0.27 0.31 0.30 0.22 0.32 0.36 0.30 0.24 0.23 0.33 0.27 0.27 0.43 0.30 1.05 0.88 0.59
C4 0.23 0.14 0.22 0.16 0.22 0.23 0.21 0.29 0.17 0.25 0.14 0.09 0.20 0.23 0.25 0.32 0.16 0.30 0.54 0.17 0.91 1.66 1.04
C4' 0.16 0.23 0.21 0.20 0.19 0.23 0.19 0.27 0.20 0.18 0.23 0.27 0.21 0.18 0.17 0.31 0.23 0.22 0.50 0.20 1.15 0.93 0.64
C5 0.24 0.14 0.21 0.16 0.20 0.23 0.20 0.26 0.16 0.24 0.14 0.14 0.17 0.22 0.24 0.28 0.16 0.31 0.45 0.16 0.81 1.46 0.89
C5' 0.32 0.42 0.29 0.39 0.35 0.57 0.34 0.63 0.37 0.29 0.40 0.46 0.40 0.30 0.32 0.32 0.34 0.49 0.81 0.36 1.29 0.84 0.71
C6 0.25 0.15 0.22 0.20 0.21 0.27 0.21 0.28 0.18 0.25 0.16 0.15 0.17 0.23 0.24 0.23 0.19 0.34 0.42 0.18 0.93 1.30 0.87
N1 0.24 0.13 0.22 0.23 0.20 0.30 0.19 0.31 0.16 0.24 0.13 0.11 0.16 0.22 0.23 0.22 0.22 0.34 0.47 0.16 1.07 1.36 0.98
N3 0.23 0.15 0.20 0.17 0.21 0.27 0.21 0.32 0.17 0.24 0.15 0.11 0.19 0.22 0.24 0.30 0.17 0.32 0.56 0.17 1.02 1.64 1.11
O2 0.23 0.14 0.20 0.22 0.20 0.31 0.19 0.34 0.16 0.23 0.14 0.11 0.17 0.21 0.23 0.25 0.22 0.34 0.56 0.16 1.15 1.51 1.12
O2' 0.46 0.51 0.43 0.34 0.50 0.35 0.50 0.29 0.51 0.47 0.51 0.52 0.50 0.48 0.48 0.54 0.36 0.47 0.29 0.51 1.28 1.17 0.90
O3' 0.26 0.32 0.37 0.31 0.30 0.19 0.32 0.19 0.34 0.30 0.34 0.33 0.30 0.32 0.28 0.50 0.31 0.19 0.52 0.35 1.04 1.16 0.75
O4 0.24 0.19 0.25 0.15 0.26 0.21 0.25 0.28 0.22 0.28 0.18 0.12 0.25 0.27 0.28 0.38 0.16 0.27 0.58 0.20 0.91 1.77 1.08
O4' 0.36 0.23 0.42 0.42 0.29 0.33 0.30 0.32 0.26 0.35 0.23 0.20 0.25 0.33 0.33 0.46 0.48 0.32 0.49 0.26 1.26 1.15 0.89
O5' 0.18 0.33 0.15 0.07 0.28 0.26 0.30 0.32 0.32 0.25 0.34 0.35 0.30 0.28 0.23 0.32 0.01 0.19 0.45 0.33 0.91 0.72 0.42
OP1 0.23 0.33 0.34 0.17 0.32 0.28 0.35 0.39 0.37 0.33 0.36 0.32 0.31 0.36 0.30 0.56 0.02 0.17 0.61 0.38 0.69 0.91 0.51
OP2 0.48 0.82 0.40 0.17 0.70 0.11 0.72 0.16 0.78 0.59 0.82 0.85 0.77 0.66 0.59 0.54 0.01 0.27 0.39 0.78 0.61 0.65 0.42
P 0.21 0.39 0.20 0.02 0.33 0.13 0.33 0.18 0.37 0.25 0.39 0.40 0.36 0.29 0.27 0.36 0.01 0.06 0.42 0.37 0.70 0.68 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.26 0.03 0.33 0.84 0.28
C2 0.05 0.00 0.05 0.08 0.01 0.16 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.15 0.18 0.44 0.02 0.65 1.63 0.80
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.40 0.05 0.43 0.50 0.24
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.12 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.40 0.03 0.55 0.45 0.33
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.09 0.41 0.02 0.41 1.38 0.59
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.12 0.22 0.15 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.45 0.59 0.27
C5 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.04 0.50 0.02 0.51 1.51 0.68
C5' 0.05 0.22 0.06 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.16 0.19 0.19 0.27 0.20 0.18 0.11 0.06 0.03 0.01 0.01 0.16 0.29 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.10 0.07 0.52 0.01 0.57 1.66 0.76
C8 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.09 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.08 0.55 0.03 0.58 1.26 0.62
N1 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.13 0.13 0.48 0.01 0.62 1.68 0.80
N2 0.07 0.01 0.07 0.12 0.02 0.22 0.01 0.27 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.19 0.18 0.22 0.46 0.02 0.80 1.73 0.91
N3 0.05 0.01 0.05 0.08 0.00 0.15 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.18 0.37 0.02 0.55 1.48 0.69
N7 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.06 0.05 0.57 0.03 0.63 1.49 0.72
N9 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.40 0.03 0.36 1.13 0.45
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.09 0.02 0.09 0.06 0.11 0.12 0.14 0.19 0.14 0.11 0.05 0.00 0.04 0.02 0.46 0.11 0.50 0.52 0.31
O3' 0.05 0.15 0.01 0.01 0.10 0.02 0.08 0.03 0.10 0.05 0.13 0.18 0.14 0.06 0.06 0.04 0.00 0.04 0.32 0.09 0.72 0.61 0.43
O4' 0.00 0.18 0.02 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.08 0.13 0.22 0.18 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.31 0.05 0.35 1.00 0.43
O5' 0.26 0.44 0.40 0.40 0.41 0.02 0.50 0.01 0.52 0.55 0.48 0.46 0.37 0.57 0.40 0.46 0.32 0.31 0.00 0.57 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.11 0.09 0.05 0.57 0.00 0.65 1.75 0.83
OP1 0.33 0.65 0.43 0.55 0.41 0.45 0.51 0.29 0.57 0.58 0.62 0.80 0.55 0.63 0.36 0.50 0.72 0.35 0.02 0.65 0.00 0.02 0.01
OP2 0.84 1.63 0.50 0.45 1.38 0.59 1.51 0.37 1.66 1.26 1.68 1.73 1.48 1.49 1.13 0.52 0.61 1.00 0.03 1.75 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.80 0.24 0.33 0.59 0.27 0.68 0.02 0.76 0.62 0.80 0.91 0.69 0.72 0.45 0.31 0.43 0.43 0.01 0.83 0.01 0.01 0.00