ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52053

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.021, 0.035, 0.048, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.035 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.019, 0.036, 0.053, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.020, 0.038, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.038 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.041, 0.075, 0.109, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.075 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.043, 0.084, 0.125, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.084 std_dev=0.041
N3 B 0, 0.198, 0.495, 0.791, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.495 std_dev=0.297
C2 B 0, 0.179, 0.478, 0.777, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.478 std_dev=0.299
N1 B 0, 0.185, 0.522, 0.858, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.522 std_dev=0.337
N2 B 0, 0.142, 0.482, 0.822, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.482 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.206, 0.555, 0.903, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.555 std_dev=0.348
C6 B 0, 0.248, 0.610, 0.971, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.610 std_dev=0.361
C5 B 0, 0.245, 0.615, 0.985, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.615 std_dev=0.370
O4' A 0, 0.071, 0.453, 0.834, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.453 std_dev=0.382
C2' A 0, 0.112, 0.538, 0.964, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.538 std_dev=0.426
O6 B 0, 0.293, 0.736, 1.179, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.736 std_dev=0.443
N9 B 0, 0.165, 0.650, 1.135, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.650 std_dev=0.485
N7 B 0, 0.230, 0.722, 1.214, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.722 std_dev=0.492
C3' B 0, 0.362, 0.864, 1.366, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.864 std_dev=0.502
O5' A 0, 0.261, 0.778, 1.294, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.778 std_dev=0.516
P A 0, 0.274, 0.803, 1.333, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.803 std_dev=0.530
C8 B 0, 0.190, 0.734, 1.277, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.734 std_dev=0.544
C2' B 0, 0.290, 0.834, 1.378, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.834 std_dev=0.544
C1' B 0, 0.141, 0.694, 1.247, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.694 std_dev=0.553
C4' A 0, 0.112, 0.712, 1.313, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.712 std_dev=0.600
C3' A 0, 0.202, 0.840, 1.478, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.840 std_dev=0.638
C4' B 0, 0.246, 0.900, 1.554, 2.285 max_d=2.285 avg_d=0.900 std_dev=0.654
O4' B 0, 0.153, 0.857, 1.560, 2.404 max_d=2.404 avg_d=0.857 std_dev=0.703
C5' A 0, 0.187, 0.893, 1.598, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.893 std_dev=0.705
O2' B 0, 0.339, 1.046, 1.754, 2.356 max_d=2.356 avg_d=1.046 std_dev=0.707
O2' A 0, 0.146, 0.883, 1.620, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.883 std_dev=0.737
O3' B 0, 0.502, 1.282, 2.061, 2.257 max_d=2.257 avg_d=1.282 std_dev=0.780
C5' B 0, 0.122, 1.132, 2.141, 3.988 max_d=3.988 avg_d=1.132 std_dev=1.010
OP2 A 0, -0.076, 0.935, 1.945, 3.424 max_d=3.424 avg_d=0.935 std_dev=1.011
OP1 A 0, 0.443, 1.496, 2.549, 3.485 max_d=3.485 avg_d=1.496 std_dev=1.053
O3' A 0, 0.350, 1.405, 2.460, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.405 std_dev=1.055
O5' B 0, 0.417, 2.135, 3.854, 6.360 max_d=6.360 avg_d=2.135 std_dev=1.719
OP1 B 0, 1.666, 3.744, 5.823, 7.757 max_d=7.757 avg_d=3.744 std_dev=2.079
P B 0, 1.119, 3.338, 5.556, 8.322 max_d=8.322 avg_d=3.338 std_dev=2.218
OP2 B 0, 1.307, 3.947, 6.587, 10.108 max_d=10.108 avg_d=3.947 std_dev=2.640

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02 0.31 0.04 0.01 0.21 0.41 0.41 0.23
C2 0.05 0.00 0.21 0.20 0.02 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.03 0.10 0.23 0.33 0.47 0.24
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.22 0.17 0.02 0.17 0.36 0.00 0.02 0.09 0.03 0.46 0.93 0.79 0.65
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.26 0.01 0.24 0.02 0.20 0.15 0.25 0.23 0.03 0.01 0.29 0.02 0.13 0.70 0.52 0.28
C4 0.03 0.02 0.07 0.26 0.00 0.08 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.31 0.09 0.00 0.04 0.30 0.26 0.67 0.30
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.05 0.14 0.27 0.03 0.09 0.01 0.01 0.29 0.34 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.12 0.00 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.37 0.11 0.02 0.06 0.33 0.25 0.67 0.30
C5' 0.09 0.14 0.22 0.02 0.22 0.01 0.25 0.00 0.22 0.14 0.18 0.15 0.09 0.22 0.24 0.01 0.00 0.11 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.20 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.10 0.02 0.09 0.31 0.25 0.53 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.02 0.05 0.02 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.16 0.03 0.02 0.24 0.32 0.44 0.23
N3 0.04 0.01 0.17 0.25 0.01 0.05 0.01 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01 0.22 0.16 0.02 0.08 0.27 0.29 0.56 0.27
O2 0.09 0.01 0.36 0.23 0.02 0.14 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.27 0.37 0.03 0.16 0.22 0.37 0.46 0.25
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.31 0.27 0.37 0.09 0.34 0.18 0.22 0.27 0.00 0.04 0.32 0.16 0.36 0.98 0.93 0.66
O3' 0.31 0.23 0.02 0.01 0.09 0.03 0.11 0.22 0.10 0.16 0.16 0.37 0.04 0.00 0.11 0.22 0.30 0.68 0.59 0.28
O4 0.04 0.03 0.09 0.29 0.00 0.09 0.02 0.24 0.02 0.03 0.02 0.03 0.32 0.11 0.00 0.05 0.32 0.26 0.74 0.33
O4' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.08 0.16 0.16 0.22 0.05 0.00 0.10 0.17 0.25 0.15
O5' 0.21 0.23 0.46 0.13 0.30 0.01 0.33 0.00 0.31 0.24 0.27 0.22 0.36 0.30 0.32 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.41 0.33 0.93 0.70 0.26 0.29 0.25 0.11 0.25 0.32 0.29 0.37 0.98 0.68 0.26 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.47 0.79 0.52 0.67 0.34 0.67 0.24 0.53 0.44 0.56 0.46 0.93 0.59 0.74 0.25 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.24 0.65 0.28 0.30 0.09 0.30 0.01 0.25 0.23 0.27 0.25 0.66 0.28 0.33 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.29 0.15 0.35 0.29 0.62 0.29 0.69 0.29 0.31 0.29 0.31 0.29 0.30 0.31 0.37 0.57 0.71 0.80 0.29 1.38 1.18 1.24
C2 0.32 0.29 0.18 0.37 0.27 0.66 0.26 0.72 0.28 0.28 0.29 0.31 0.27 0.26 0.28 0.54 0.73 0.76 0.74 0.28 1.25 1.12 1.14
C2' 0.70 0.47 0.53 0.50 0.59 0.73 0.59 0.68 0.53 0.69 0.47 0.40 0.53 0.64 0.67 0.57 0.58 0.94 0.57 0.52 1.07 0.83 0.89
C3' 0.39 0.26 0.19 0.15 0.31 0.48 0.30 0.44 0.27 0.38 0.26 0.26 0.27 0.35 0.36 0.35 0.25 0.66 0.53 0.27 1.03 0.81 0.83
C4 0.27 0.29 0.21 0.32 0.25 0.57 0.26 0.63 0.28 0.24 0.30 0.32 0.26 0.25 0.25 0.66 0.78 0.71 0.51 0.29 0.87 0.79 0.78
C4' 0.34 0.31 0.16 0.28 0.32 0.57 0.34 0.61 0.34 0.35 0.33 0.31 0.31 0.35 0.34 0.22 0.30 0.68 0.75 0.34 1.30 1.07 1.12
C5 0.29 0.30 0.20 0.33 0.28 0.55 0.28 0.59 0.29 0.28 0.29 0.30 0.29 0.28 0.28 0.63 0.79 0.72 0.45 0.29 0.80 0.62 0.69
C5' 0.48 0.47 0.33 0.36 0.49 0.66 0.51 0.64 0.51 0.51 0.50 0.45 0.47 0.52 0.50 0.28 0.28 0.78 0.73 0.52 1.19 0.94 0.97
C6 0.33 0.29 0.18 0.36 0.29 0.60 0.29 0.63 0.28 0.31 0.29 0.30 0.29 0.30 0.31 0.52 0.76 0.74 0.56 0.29 0.99 0.74 0.86
N1 0.34 0.29 0.18 0.37 0.28 0.64 0.28 0.69 0.28 0.30 0.29 0.30 0.29 0.29 0.31 0.49 0.71 0.75 0.71 0.28 1.22 1.02 1.10
N3 0.29 0.29 0.19 0.35 0.25 0.62 0.25 0.69 0.28 0.25 0.30 0.32 0.26 0.25 0.25 0.62 0.77 0.74 0.64 0.29 1.08 0.99 0.99
O2 0.33 0.29 0.19 0.39 0.27 0.68 0.26 0.76 0.28 0.28 0.29 0.32 0.27 0.26 0.29 0.52 0.70 0.76 0.83 0.28 1.41 1.30 1.29
O2' 0.78 0.70 0.61 0.50 0.76 0.69 0.76 0.65 0.73 0.79 0.70 0.66 0.73 0.78 0.78 0.73 0.58 0.92 0.69 0.73 1.32 1.11 1.12
O3' 0.37 0.26 0.26 0.13 0.31 0.41 0.31 0.36 0.28 0.38 0.26 0.25 0.28 0.35 0.36 0.49 0.21 0.62 0.58 0.28 1.12 0.97 0.93
O4 0.23 0.28 0.25 0.30 0.23 0.53 0.25 0.61 0.28 0.22 0.30 0.32 0.24 0.23 0.22 0.70 0.78 0.67 0.46 0.30 0.76 0.78 0.70
O4' 0.22 0.25 0.24 0.44 0.20 0.60 0.21 0.70 0.24 0.22 0.26 0.29 0.21 0.21 0.20 0.42 0.62 0.60 0.91 0.25 1.44 1.27 1.32
O5' 0.60 0.51 0.33 0.23 0.56 0.71 0.56 0.63 0.54 0.58 0.52 0.48 0.53 0.57 0.58 0.26 0.02 0.91 0.68 0.54 0.98 0.72 0.72
OP1 0.13 0.27 0.40 0.43 0.22 0.46 0.24 0.68 0.26 0.23 0.27 0.29 0.25 0.24 0.19 0.60 0.04 0.29 0.58 0.27 0.75 0.91 0.64
OP2 0.86 0.89 0.63 0.28 0.90 0.49 0.90 0.51 0.92 0.85 0.91 0.84 0.88 0.88 0.88 0.81 0.02 0.76 0.73 0.92 0.85 0.78 0.61
P 0.32 0.34 0.25 0.02 0.31 0.28 0.31 0.26 0.32 0.30 0.34 0.34 0.33 0.30 0.31 0.43 0.00 0.40 0.40 0.32 0.71 0.53 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.06 0.06 0.02 0.07 0.09 0.08 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.48 0.06 0.38 0.65 0.49
C2 0.08 0.00 0.29 0.18 0.03 0.24 0.03 0.40 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.62 0.59 0.33 0.57 0.03 0.72 0.95 0.76
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.14 0.03 0.07 0.10 0.12 0.21 0.22 0.35 0.29 0.14 0.04 0.00 0.07 0.03 0.66 0.10 0.40 0.91 0.59
C3' 0.04 0.18 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.07 0.20 0.12 0.25 0.19 0.18 0.05 0.02 0.01 0.01 0.39 0.09 0.51 0.48 0.24
C4 0.05 0.03 0.14 0.07 0.00 0.14 0.01 0.33 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.32 0.38 0.18 0.72 0.03 0.78 1.09 0.89
C4' 0.02 0.24 0.03 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.20 0.16 0.22 0.28 0.21 0.17 0.08 0.02 0.05 0.00 0.02 0.21 0.31 0.14 0.18
C5 0.04 0.03 0.07 0.07 0.01 0.16 0.00 0.41 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.20 0.28 0.10 0.93 0.02 1.07 1.44 1.20
C5' 0.06 0.40 0.10 0.03 0.33 0.01 0.41 0.00 0.47 0.32 0.46 0.40 0.33 0.40 0.23 0.09 0.05 0.02 0.00 0.51 0.12 0.28 0.01
C6 0.06 0.02 0.12 0.07 0.03 0.20 0.01 0.47 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.32 0.36 0.17 0.92 0.01 1.13 1.47 1.23
C8 0.02 0.04 0.21 0.20 0.02 0.16 0.01 0.32 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.25 0.07 0.17 1.03 0.03 1.05 1.53 1.25
N1 0.07 0.01 0.22 0.12 0.02 0.22 0.02 0.46 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.50 0.50 0.27 0.75 0.02 0.94 1.22 1.01
N2 0.09 0.01 0.35 0.25 0.04 0.28 0.03 0.40 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.75 0.69 0.40 0.44 0.03 0.63 0.83 0.62
N3 0.08 0.01 0.29 0.19 0.01 0.21 0.01 0.33 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.59 0.57 0.32 0.52 0.03 0.61 0.84 0.66
N7 0.01 0.03 0.14 0.18 0.01 0.17 0.01 0.40 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.17 0.10 0.08 1.09 0.03 1.24 1.72 1.42
N9 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.08 0.02 0.23 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.08 0.22 0.02 0.76 0.04 0.72 1.08 0.88
O2' 0.02 0.62 0.00 0.02 0.32 0.02 0.20 0.09 0.32 0.25 0.50 0.75 0.59 0.17 0.08 0.00 0.07 0.02 0.66 0.27 0.49 1.05 0.62
O3' 0.26 0.59 0.07 0.01 0.38 0.05 0.28 0.05 0.36 0.07 0.50 0.69 0.57 0.10 0.22 0.07 0.00 0.16 0.29 0.31 0.79 0.38 0.35
O4' 0.01 0.33 0.03 0.01 0.18 0.00 0.10 0.02 0.17 0.17 0.27 0.40 0.32 0.08 0.02 0.02 0.16 0.00 0.26 0.14 0.36 0.37 0.37
O5' 0.48 0.57 0.66 0.39 0.72 0.02 0.93 0.00 0.92 1.03 0.75 0.44 0.52 1.09 0.76 0.66 0.29 0.26 0.00 1.02 0.02 0.02 0.01
O6 0.06 0.03 0.10 0.09 0.03 0.21 0.02 0.51 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.27 0.31 0.14 1.02 0.00 1.31 1.66 1.40
OP1 0.38 0.72 0.40 0.51 0.78 0.31 1.07 0.12 1.13 1.05 0.94 0.63 0.61 1.24 0.72 0.49 0.79 0.36 0.02 1.31 0.00 0.02 0.01
OP2 0.65 0.95 0.91 0.48 1.09 0.14 1.44 0.28 1.47 1.53 1.22 0.83 0.84 1.72 1.08 1.05 0.38 0.37 0.02 1.66 0.02 0.00 0.01
P 0.49 0.76 0.59 0.24 0.89 0.18 1.20 0.01 1.23 1.25 1.01 0.62 0.66 1.42 0.88 0.62 0.35 0.37 0.01 1.40 0.01 0.01 0.00