ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52054

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C3' A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O3' A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4 A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C5' A 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O6 B 0, 0.000, 0.176, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C6 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.000, 0.185, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.185 std_dev=0.185
N1 B 0, 0.000, 0.186, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O2' B 0, 0.000, 0.195, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C5 B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
N3 B 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C2 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
N9 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
P A 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.000, 0.210, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N7 B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
C8 B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C4' B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
OP2 B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
N2 B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.000, 0.249, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.249 std_dev=0.249
P B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O3' B 0, 0.000, 0.258, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C3' B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O5' B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
OP1 B 0, 0.000, 0.278, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.278 std_dev=0.278
C5' B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP2 A 0, 0.000, 1.150, 2.301, 2.301 max_d=2.301 avg_d=1.150 std_dev=1.150
OP1 A 0, 0.000, 1.454, 2.908, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.454 std_dev=1.454

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.21 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.34 0.26 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.55 0.39 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.15 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.61 0.43 0.07
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.30 0.28 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.53 0.39 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.37 0.29 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.43 0.32 0.04
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.19 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.03 0.03
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.10 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.59 0.42 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.29 0.01
O5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.24 0.34 0.03 0.08 0.55 0.17 0.61 0.30 0.53 0.37 0.43 0.22 0.08 0.16 0.59 0.34 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.26 0.06 0.04 0.39 0.15 0.43 0.28 0.39 0.29 0.32 0.19 0.03 0.10 0.42 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.02 0.09 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.08 0.06 0.08 0.03 0.02 0.10 0.03 0.06
C2 0.12 0.07 0.14 0.12 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.09 0.05 0.07 0.09 0.07 0.10 0.11 0.10 0.11 0.07 0.04 0.11 0.05 0.08
C2' 0.06 0.01 0.07 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03 0.05 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03
C3' 0.05 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.02
C4 0.15 0.08 0.16 0.16 0.12 0.13 0.10 0.14 0.08 0.13 0.07 0.06 0.11 0.11 0.13 0.10 0.13 0.14 0.11 0.07 0.14 0.09 0.12
C4' 0.04 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03
C5 0.14 0.03 0.16 0.15 0.09 0.13 0.08 0.14 0.06 0.12 0.03 0.00 0.07 0.10 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11 0.05 0.15 0.08 0.12
C5' 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.12 0.02 0.13 0.12 0.06 0.10 0.06 0.10 0.04 0.09 0.02 0.01 0.04 0.07 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.03 0.13 0.06 0.10
N1 0.11 0.04 0.12 0.10 0.06 0.08 0.05 0.08 0.04 0.08 0.03 0.03 0.05 0.06 0.09 0.10 0.09 0.10 0.06 0.03 0.11 0.05 0.08
N3 0.14 0.09 0.15 0.14 0.11 0.11 0.09 0.12 0.07 0.11 0.07 0.08 0.11 0.09 0.12 0.11 0.12 0.12 0.09 0.06 0.13 0.07 0.10
O2 0.12 0.08 0.13 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.09 0.07 0.10 0.11 0.10 0.10 0.05 0.04 0.10 0.04 0.07
O2' 0.06 0.02 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.06 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03
O3' 0.05 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.02
O4 0.16 0.13 0.17 0.17 0.15 0.14 0.14 0.17 0.12 0.15 0.11 0.10 0.15 0.14 0.16 0.09 0.14 0.15 0.14 0.11 0.16 0.11 0.14
O4' 0.06 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.00 0.10 0.02 0.05
O5' 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.09 0.05 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.85 0.76 0.85 0.89 0.85 0.93 0.89 0.91 0.87 0.94 0.82 0.70 0.77 0.94 0.88 0.76 0.83 0.90 0.90 0.90 0.77 0.89 0.86
OP2 0.75 0.71 0.71 0.79 0.75 0.84 0.78 0.91 0.76 0.79 0.74 0.66 0.71 0.79 0.77 0.57 0.70 0.80 0.86 0.77 0.61 0.81 0.78
P 0.03 0.01 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.09 0.05 0.04 0.00 0.04 0.07 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.10 0.08 0.05 0.05 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04
N2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05
N9 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01
O5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.00 0.05 0.03 0.06
OP1 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.02 0.06 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00